RNA id: TCONS_00045103


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00045103
length 4482
lncRNA type antisense_over
GC content 0.29
exon number 2
gene id XLOC_022579
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 39527970 ~ 39534894 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGAATGTTTTATTAGCATATTGAGTGAATTAGCGTCCCCATAGAAAAGAAATcactactgtgtgtgtgaatatgtttgAAGAAAAGAAATACAATCAGGGAGCAAAAGCAAACAGCAGAATACACCACAGTTCCCAAAACACTAGCACAAATATAATCTCCGACGAGAGTTAATGCCACTAATTATTCTCAAATGCCTCAAAAATGAAAACCACTTTAGCAAACACATAGAAAAGTACCAACTAAATGAAtgaactcatatatatatatacaccatatAAATCGTTTCAAATAATTATAACGCATTGTAAACCGGAGCAGGCGGATGAAACCCTGAGAGTCAAAACCATGACCATGCAGAAAAGACCAAAACAATCAATAATAATCTGAATAAAAAGATGTGCGTTATAGTTATAAGTATTAAGAGTAAGAAAATACACATCCACTTCTACAATGAGGAAAACACATCGCACAAAAGCCCATAGTGATACTGAAACCTCTTAATGTCGCCGAGCTGGAATATAGTGTTAATAATACAATGCAAGTGCTGATTAAGACGTGATATTGGTTGCTTCTGTTAAGTACAACTTCATACATGTGTAAATACCGTttatataatagattttttttataaggaGAGTTTGTATGGAAgcttgttttcttgttttcaaaaaaagaaaagaaaataaaaagataattgtGACTTTTTATCAACTACTTGAAATCTTTAAGATTGTTATGGGTTATAATTGATCTCACaggaataagtttttttttttttttttttacatcttacaattttgatttattttcaagATTATAAGTTGACATTTTACAAGTTTCATTTATGGCCAATATTATATGTTTACatctaataattttattttcaagattatAAATTGACATCTTACAATCTTCATTTATTGTCAAGATTATAAGTTTACAtaacattgatttatttttaaggtATTAAACTTACATCTCACGATTTTGACTTTACAGATTTTAGGCCCACATGTCCAATTTTGACTTCTTTTCCAGATTCCAAGTTgacatgttttaaattttatttttcgaGATTAGAAATTTAtatcttaaaattatttatttattttcaagataagtttacattttacaattttgactTCTTTTCCAGATTCTAAGTTTGCATATTAGGATTTTGTCTTAGTTTCAAGATCATACACTTACAgtacatctacactgtaaaaaaaaaaaattcgtaattttacggtttattttcaGCAGCTGCGGTGCCGGAAAAAAACGttaaataacggccgttaaattacaggaatttactgtaaaataacatacattaaattacagaaattaacttaagtttaaatttctggtaaatttctgtaattcaaccccTTTACagaacatttctgtaatttatctgtaaaattacgtttttttttttacagtgtacaattttgacttattttccagattataaattcacattttaccatttttactatttttccaaattataattttacattttacagttttatttttaagattatagATTTATATCTAaaatttggatttatttttaaGATTCCAAGTAAACATTTTACAAACTTAACTTATTTTCTAGATTATAAATTTATATCTTAcaattttgtatattattttccAGATTATAGGTTTAAATAGGTACAAGTTTGACATATTTTCCAGGTTATGAATTTATATCTTACTATATTTATAATTAAGTTTGCATCTTACAATGTTGATTTGTTTTCCAGATTCCAAGCTTAAATCTTACAATGTTGACCTATTTTCATGATTATACAATTacgtatttattcattttgatttaatttaagtttacatcttaaaattttattttaaagattataaatTTACTTCTTACAATTTTGATTTACTCAAAAGATTCCACCTTTACATCTAACAATTTTGACATATTTTCAAGATCATAGTTTACATCTTGGTATATTTTCCAGATTCCAAGTACACATTTTAtaatcatgaaaataaaaaaaaattttaagttcACATCTTACAATCTTGAAATATTTTCAAGATTACAAGTTTAAATCTTACccacttgatttattttttaagattataaatttacattttaccattttaatttattttcaaggtAAAACTTTTACATCTCACGATTTTGACTTAGATTCGAAGTTTACATCTaacaattttcttttattttcaggaTTATAAGTTTACATCTTGCAATTTTGAGGTTTTGTCTTTTTTCTGGGGACTTAGGATctattttttatacataaaagTTTGCAATGCAGACCTTTTACATCACAATCCTAACTGTTAATTTCAGAACTAACTTTAGATTTATGTTTACATTATACAATTTTCATTTATTCTCAAGGTTATACATTTACATCTTACAATTTTGACTTTTACCCTCAGAATTCTATGCTTTAGTATGTGatagtttgtttttaaatacaacaaGTTGACATTTATCAGGATTTTATACGTCTTGCAGTTTTATCCATTTTAAGCACTAAGAAtctattttttacaaataataattagatattttttattattttaatttctgtctgtaaaatattttctcaCTTCCTGTGGATTCTAgggcactgtaaaaaaaaaccatCACCGACGTGCTTTCCTGGGTGCAccatcatttttttttgcagaccAAGTCTTAACAAGCCTGCCAGTTTTTCTGACTGGACCCAGACGGGTTTGAGCGGATTGACTGTCCCACACAGAATTTTTACATCACAATTCTaacttttaatttcatatttaactTTAGATTTATGTTTACATCATACAATTTTGATTTATTCTCAAGGTTATACATTCACATCTTACAGTTTTGACTTTTCCCCTCagaatttaaaactttaatatataatagttttcaattttttttattattattaatttttgtcaCTTGTAAATATTCTCTTACCTCTAGTGGATGCTACAGCACTGAAATAATATCACTTGCACTGAAGTGCTTTCCTGGGTGTGCCAGcatttatttgctattttttgTGGACCAGGCCTTAACAAGCCTCCCAGTTGGTCTGACTGGACCCAGACGGGTTTGGGAGAATTGACTGGTATACCACACAGACTTTTTACATCACAATTCTAAAGTTTATTTCATATCTAACTTTAGATTTATGTTTACatcttaaaatttttatttattttcaagattataattaaacatattaaaattttgACTTTTCTCCTCAGAATTAATGTTTCAGTAGGtaacagtttgtttttaataataattacaagttgACATTTGTCAGGATTTTACCCATCTTGCAATTTTAACCTTTTTTCTAAGGACTTGGTATccattttttacaaataataattacctattttttattattattaatttctgtctgtaaaatattttctaactTCCTGTGGATTCTAgggcactgtaaaaaaaacatcacCGACGTGCTTTCCTGGGTGCACCATCATTTTTTTTCGGACCAAGTCTTAACAAGCCTCCCAGTTGTTCTGACTGGACCCAGACAGGTTTGAGAGGATTGACTGTTCCACAATCACAATTCTAACTTTTAATTTCATATCTAACTTTAGATTTATGTTTACATCATACGATTTTGCACTGTTTTCAagattttaaatttacattttacaatattgaCTTTTCCCCTCAGATTTCAAATTTTAGTTTGTcatagttaatatttttattatatttggttGACATTTATTAGGATTTTACACATCTTGCAATTTTAACTTTTGTTCTGAGGACATAGGatctattttctttaaatatatataatattttgcaaTTCAGACCTTTGACGTTGCAATTCTCATAGTATACATCTCATAGTTCTGTTCTTGTAACTGATAATTATAACATCTattactctctttttttttccttgattAGGCTTTTTTGAGATGTTGGAAATAAAGAATTTTTGCGGATTTATTTGATGCAATTTTAAACCTTTTCATGATTCTAAGTTTATCTAGtgcaatttttaataattttgaagTTCTCTACACAATTTGGACTTTTTGTTCACTCTTACCTCAAACTTTATTATCTAGCAGTGTGTTTTTCTTATAATATCACAGAAGATAGAAATTTATATGGACTTTATATGACATGAGAGTGTATAAATGATGCCAGAATTGTAACTGTCAGATGAACAACTTCATTAAGGTGTTGTGGTGTGTATTTTAAGCCagtagatgtgtgtgtttgtgtgtcgttTTACTCCCAGTGCACCTGGGAGGCTGTGGTTGAACGTCTTTTGGCATCCAGGCTTGAATTAAATTGATCATTGACCTCCTTCAGCCTCTTCTCCTCCAGAAAGGCCACCAGTGAATCCCTCATGTCTACCACGTCCAGCATCTCCTGCAGGATCTCTGCCTCGTGCTTTTGCTGCTCAGGGCTTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00045099 lncRNA downstream 72848 39415030 ~ 39455122 (-) True XLOC_022578
TCONS_00044753 lncRNA downstream 515608 39011955 ~ 39012362 (-) True XLOC_022577
TCONS_00045098 lncRNA downstream 578060 38947827 ~ 38949910 (-) True XLOC_022576
TCONS_00044752 lncRNA downstream 663115 38859575 ~ 38864855 (-) True XLOC_022575
TCONS_00044751 lncRNA downstream 720458 38803873 ~ 38807512 (-) True XLOC_022574
TCONS_00045106 lncRNA upstream 405511 39940240 ~ 39942116 (-) True XLOC_022586
TCONS_00045107 lncRNA upstream 741429 40276158 ~ 40286032 (-) False XLOC_022592
TCONS_00045109 lncRNA upstream 741429 40276158 ~ 40296806 (-) False XLOC_022592
TCONS_00045108 lncRNA upstream 741429 40276158 ~ 40296806 (-) False XLOC_022592
TCONS_00045110 lncRNA upstream 748394 40283123 ~ 40286011 (-) False XLOC_022592
TCONS_00044504 mRNA downstream 1030265 38379627 ~ 38497705 (-) False XLOC_022572
TCONS_00044503 mRNA downstream 1197224 38329520 ~ 38330746 (-) True XLOC_022571
TCONS_00044501 mRNA downstream 1367946 38151393 ~ 38160024 (-) False XLOC_022570
TCONS_00044498 mRNA downstream 1692176 37823560 ~ 37835794 (-) True XLOC_022567
TCONS_00044497 mRNA downstream 1952940 37566097 ~ 37575030 (-) True XLOC_022565
TCONS_00044505 mRNA upstream 97668 39632397 ~ 39666658 (-) False XLOC_022580
TCONS_00044506 mRNA upstream 97931 39632660 ~ 39636195 (-) False XLOC_022580
TCONS_00044507 mRNA upstream 98233 39632962 ~ 39666519 (-) False XLOC_022580
TCONS_00044509 mRNA upstream 196236 39730965 ~ 39738055 (-) True XLOC_022581
TCONS_00044510 mRNA upstream 209640 39744369 ~ 39751234 (-) True XLOC_022582
TCONS_00044502 other downstream 1368226 38151415 ~ 38159744 (-) True XLOC_022570
TCONS_00044500 other downstream 1400401 38127452 ~ 38127569 (-) True XLOC_022569
TCONS_00044499 other downstream 1427998 38096820 ~ 38099972 (-) True XLOC_022568
TCONS_00044489 other downstream 2247257 37277073 ~ 37280713 (-) True XLOC_022558
TCONS_00044482 other downstream 2568058 36959791 ~ 36959912 (-) True XLOC_022554
TCONS_00044508 other upstream 107235 39641964 ~ 39666458 (-) True XLOC_022580
TCONS_00044515 other upstream 409923 39944652 ~ 39945578 (-) True XLOC_022587
TCONS_00044516 other upstream 416824 39951553 ~ 39952406 (-) True XLOC_022588
TCONS_00044525 other upstream 993932 40528661 ~ 40536040 (-) False XLOC_022595
TCONS_00044527 other upstream 1058088 40592817 ~ 40592934 (-) True XLOC_022596