RNA id: TCONS_00044512


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044512
length 3951
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 6
gene id XLOC_022583
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 39755641 ~ 39772107 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACAGGAAGTTCTTCTAGTTAGTTGACAGCTTTCCTCAATCGATTATCGGAATAGATTTCAGTTTTGTCCTACTGAATATGTAACATATCCTAACATTTGTCTTACTGTATTATTAAGACCCATTCTCGTTGAGGACTGCGGTTGGAGTGTGTTTtcgctgaatgtgtgtgtttttggacgTGAAGCCGACTCGTTGAGGACTGCAGTTTGAGTGTGTTTTCacagagtgagtgagtgagtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtggaggtgAAGCTCTGGTTCTGGACTTACTGAACCCGGTGAGAATGTCATGTTCGCTGGAGAAGGTTTTGGGCGATGCGCGGACGCTTCTGGAGCGGCTCAAAGAGCACGACACCGCGGCTGAGAGCCTCATCGAGCAGTCCAGCGTCCTCGGACAGAAGATCCACAGCATGAAGGAGGTCGGAAACACTCTCCCTGACAAGTACATGGAGGAGAACACCGAGTATCAAGAGCTGTCCAGATACAAGCCTCACGTCCTGCTGAGCCAGGAGAACACCCAAATCAAAGAGCTCCAGCAGGAGAACAGAGAGCTCTGGCTCTCTCTGGAGGAGCACCAGTACGCCTTGGAGCTGATCATGGGCCGATACCGCAAGCAGATGCTGCAGATGATGATGGAGAAGAAAGAGCTGGACACCAAACCTGTGCTCAGTCTTCACCAGAATCATGCCAAGGAGGTTCAAAGCCAGTTGGGACGGATCTGTGAAATGGGTCAAGTAATGCGTCAAGCCGTACAGATGGATGACCAGCACTATTGCTCTGTGAAAGAGCGACTGGCACAGCTTGAGATTGAAAACAAGGAGCTCCGGGGTCTGCTGTCCATCAGCTCTGTGAAGCAGCACAGAGAGGAGAAAAACCCACCGGAGACGACATCTGAGACTGTGGAGAAACAGGAGTCCTAATGGAGGATAATGTTACTTTAGACAGCagtttgtgcatttgtgtgtcagCTGACCTGGTGTCCACTGACACTAATATCTCTATTGGGTTTTCTAGTTTCCTTCAGAACTGTCCTGGCGGTGGTTTTAGCTCTCTTATGTCCGATCATGCACTTTTTCTGATGTTTAATATTAgagttattaatattttagttcAGGAAAGACCCATGACCTCTTTGCTTTTAATAATAGACTCTTGAATCGTTAGGCAGATGTGTGTTATAGATCATTTCTTTCTCTGTTTATGTTTGAATTTTCCAAAGATGtaagtgtttttaattttaaaataagcttttttcgGTCTTAAATTGATTTGTAGCTTCACATTCACTAGGTTTAGAGGGATTGTGGATAGTTCAGCTGAAAATTTTAtattgatttgatgttttgataaatgttggaagccgataaccattgacttccattgtgtttGATTTCTtacaatggaagttaatggttacatgattccaacattctttaaaatatcttcttttgtgtccagcATAAAAAAGTGAGTGtaggtaaacatattttttttttgtgtgaactctcccttttAAATTGATGTTGATAATTTtatgaatgttggaaaccagtaaccactgacttccattgtgttTGATTTCTTACAAGtcgatggttaccggtttccaacattgttcaaaatatcttttttttgtgttcaacataaaaaaagaaactcgTTAAGCCACTTTagtgtgagtaaatgttcatttttgggtgaactctttctTTAAATTGATGttgatatattttgaagaatgttggaaaccgctAACCATTGAATTCCTGTATTTGATttcttacaatggaagtcaattgttacagatttacaacatgcttcaaaatatcttcgtttgtgtttaacataaagaAACTAATCAAGCCACTGGagagttattttgaagaatgttggaaaccggtaaccattgacctccattgtatttgatgttttactatgaaagtcaatagttacaggtgaCCAACGTTCCTCAAAATATTACCCATTGTGTTTGATTTCAGAATATTTCCCATTGTATTTGATTTCTTACTATGGAGGtcgatggttaccagtttccaacattcttcaaaatatctacttttgtgttaagAAACTCATTAAGACACTTTagtgtgagtaaatgttcatttttgggtgaacttccaCTTTAAATTGATGTTGATAAatcttgaagaatgttggaaagcgcTAACCATTTACTTCCGTTGTATTGGATTTCTTACaaaagaagtcaatggttaccagttttcaacattcttcaaaatgtcttcttttgtgtttaacataaaaaagtgAGTGTAAGTAAAcgtaatttttttgtgtgaactcttCCTTTTAAATTGATGTTGATAATTTTATGAATGTTGtaaaccagtaaccactgacttccattgtgttTGATTTCTTACAAGtcgatggttaccggtttccaacattattcaaaatatctttttttttgttcaacataaaaaaagaaactcgTTAAGCCACTTTagtgtgagtaaatgttaatttttgggtgaactctttctTTAAATTGATgttgagatattttgaagaatgttggaagccggtaaccattgacttccattgtgtttAATTTCTtacaatggaagttaatggttacatgattccaacattcttcaaaatgtcttcttttgtgagTAAACgtaaatttttgtgtgaactctcccttttaaattgatgttgatatttttaagaatgttggaaaccagtaaccactgacttccattgtgttTGATTTCTTACAAGTCGATGGTTaccggtttacaacattcttcaaaatatcttttttttgtgttcaacataaaaaaggAAACCCATTAAGCCACTTGAGTGTCAGTAAATAtcaatttttgtgtgaactctccctttaaattgatgttgagatattttgaagaatgttaaaaaccgtAAACCATTGATTTCCAATGTATTTAATGTCTtattatggaagtcgatggttaccggtttacaacattcttcaaaacatcctcttttgtgttcaacataaaaaaagaaactcgTTAAGCCACTTTagtgtgagtaaatgttcatttttgggtgaactctttctTTAAATTGATGttgatatattttgaagaatgttggaaaccggtaaccgtTGACCTCCattgtatttgatgttttactatagaagtcaatagttacaggtgaCCAACGTTCCTCAAAATATTTCCCATTGTATTTGATTTCAGAATATTTCCCATTGTATTTGATTTCAACGTTCCTATTGTATTTgatttcttactatggaagtcgatggttaccagtttccaacattcttcaaaatatcttctttcgtgttcaacataaaaaagaaactcattaagccactttagtgtgagtaaatgttcatttttgggtgaactccccCTTTAAATTGATGTTGATAAATCTTAAAGAATGATGGAAAGcgctaaccattgacttccgttaTATTTGATTTcttacaatagaagtcaatggttaccggttttcaacattcttcaaaatgtcttcttttgtgttcaacattaaaaaaaaaactcattaagcCACTTGagtgttttgggtgaactacccctttaaataagCAGGCGTCTGCGTTGGGAGCGTATTTTGTATATGTGAAAACAGATTAATAACAGGCTCATTAACGAACCTCAACCTCAGATATATTGGTATTGTTAATGTTATATGTATTCTGCGGTATTGCATCTTTAAAGCGTCTCGATGTGATAATCTTGTATGACTTTCACAGTGATGAGAATCCTCTGAAATTTGCCAGtctttattattactgttaattGTTGTATTTTCATCTCAGGAAAGCAATCATGTGTGTCACAGCTGTTATTTTGTATTCttcattatgtaaaataaaataggaaTTCTTTCAGTTTAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-090312-146 Orthologous to human SIKE1 (suppressor of IKBKE 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000159519

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00045105 lncRNA downstream 221521 39527970 ~ 39534894 (-) True XLOC_022579
TCONS_00045104 lncRNA downstream 221592 39527970 ~ 39534823 (-) False XLOC_022579
TCONS_00045103 lncRNA downstream 221686 39527970 ~ 39534729 (-) False XLOC_022579
TCONS_00045102 lncRNA downstream 221686 39527970 ~ 39534729 (-) False XLOC_022579
TCONS_00045101 lncRNA downstream 224943 39527970 ~ 39531472 (-) False XLOC_022579
TCONS_00045106 lncRNA upstream 168173 39940240 ~ 39942116 (-) True XLOC_022586
TCONS_00045107 lncRNA upstream 504091 40276158 ~ 40286032 (-) False XLOC_022592
TCONS_00045109 lncRNA upstream 504091 40276158 ~ 40296806 (-) False XLOC_022592
TCONS_00045108 lncRNA upstream 504091 40276158 ~ 40296806 (-) False XLOC_022592
TCONS_00045110 lncRNA upstream 511056 40283123 ~ 40286011 (-) False XLOC_022592
TCONS_00044510 mRNA downstream 5181 39744369 ~ 39751234 (-) True XLOC_022582
TCONS_00044509 mRNA downstream 18360 39730965 ~ 39738055 (-) True XLOC_022581
TCONS_00044505 mRNA downstream 89757 39632397 ~ 39666658 (-) False XLOC_022580
TCONS_00044513 mRNA upstream 2864 39774931 ~ 39784368 (-) True XLOC_022584
TCONS_00044514 mRNA upstream 35790 39807857 ~ 39849155 (-) True XLOC_022585
TCONS_00044517 mRNA upstream 186099 39958166 ~ 39959173 (-) False XLOC_022589
TCONS_00044518 mRNA upstream 186156 39958223 ~ 39959784 (-) True XLOC_022589
TCONS_00044519 mRNA upstream 413314 40185381 ~ 40194732 (-) True XLOC_022590
TCONS_00044508 other downstream 89957 39641964 ~ 39666458 (-) True XLOC_022580
TCONS_00044502 other downstream 1596671 38151415 ~ 38159744 (-) True XLOC_022570
TCONS_00044500 other downstream 1628846 38127452 ~ 38127569 (-) True XLOC_022569
TCONS_00044499 other downstream 1656443 38096820 ~ 38099972 (-) True XLOC_022568
TCONS_00044489 other downstream 2475702 37277073 ~ 37280713 (-) True XLOC_022558
TCONS_00044515 other upstream 172585 39944652 ~ 39945578 (-) True XLOC_022587
TCONS_00044516 other upstream 179486 39951553 ~ 39952406 (-) True XLOC_022588
TCONS_00044525 other upstream 756594 40528661 ~ 40536040 (-) False XLOC_022595
TCONS_00044527 other upstream 820750 40592817 ~ 40592934 (-) True XLOC_022596
TCONS_00044540 other upstream 1515266 41287333 ~ 41287449 (-) True XLOC_022608

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000001_00433013_00435064.mRNA True 988 mRNA 0.44 4 CI01000001 433013 ~ 435539 (+)