RNA id: XM_036965435.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036965435.1
length 5654
RNA type mRNA
GC content 0.45
exon number 14
gene id LOC110508131
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048591.1
NCBI id CM023245.2
chromosome length 51556237
location 51473520 ~ 51510450 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

actcgaatctaggttgtgccttaaGATTTTGAGAAAATTAACAACCAATGAATCATTTGTACTTGTGTCAAACTCCGGTCTGGTCTGTTAGGTCTGTTTCGTTAGCGTTCCCGGAAGTCTCGTGATGTAgcacctctgggtttagaaactctgttaGTCCAGTTTGAGACCATAGGACTGCAGCGGACGCCCTTTGCGACTATACTGTCAATGGCGAACGATACGGCAAAGTCGGCAAGCGGGAGCAAGGAGAAGATGGCGGAGGAAGATACAAATGCAGAGAAATTCAAGGAGAAGGCGAATAATTACTTTAAAGAGCGAGACTATGAGAATGCGATCAAATACTACACGGAGGCGTTGGAGCTCAAACCATGCAGCGCCATCTACTTCTCCAACCGCAGCCTGGCATACTTGCGGACAGAGTGCTATGGCTACGCCCTGGCCGACGCCACCAAGTGTCTGGAGATAGACCAGAACTACATCAAGGGTTACTACCGCCGAGCCACGTCCAACATGGCCCTGGGCAAGTTCAAGGCTGCACTCAAAGACTACGAGACGGTAGTGCGCGTGCGACCTAACGATAAGGACGCTAAGATGAAGTACCAGGAGTGCAACAAGATCGTGAAACAGAAAGCCTTCGAGAGAGCCATTGCTAGCGACGAGATGAAGAGATCAGTCGTAGACTCCCTAGACATCGAAAACATGATGATCGAGGACCAGTACACAGGACCGAAGCTGGAAGAAGGGAAGGTGACAATGAGGTTCATGAAAGAGATGATGGAGTGCTTCAAAGACCAGAAGAAACTGCACAGAAAGTGTGCTTATCAGATTCTGATCCAAGTCAAAGAACTCTTATCCAAACTACCCAGTCTTATTGAGATCACATTAAAAGAGACAGAAAAGATAACCATTTGTGGCGACACACATGGACAGTTCTACGATCTTATAAACATCTTTGAGCTGAACGGCTTACCCTCTGAGACCAACCCCTATCTATTTAATGGAGACTTTGTGGATCGTGGTTCGTTCTCCCTAGAGGTCATCCTGACTCTGTTTGGCTTCAAGCTGCTCCTCCCTGACTCCTTCTACCTCCTCAGAGGTAACCACGAGACTGACAACATGAACCAGATGTATGGTTTTGAGGGGGAGGTGAAGGCCAAGTACACCGCTCAGATGTTCACTCTCTTCAGTGAGGTCTTCCAGTGGCTGCCTCTAGCCCAGTGCATCAATGGCAAAGTCCTGGTGATGCACGGGGGGCTCTTCAGTGAGGACGGAGTGACATTGGATGATCTGAAGAAGATCGACAGGAACAGACAGCCCCCCGACTCTGGTCCTATGTGTGATCTTCTCTGGTCAGATCCACAGCCACAGAATGGCCGGTGTGTGTCTAAGCGAGGTGTGAGCTGTCAGTTTGGGCCGGATGTCACCGAGCGGTTCCTTGACCAGAACAATCTGGATTACATCGTCCGCAGTCACGAGGTCAAGGCAGAGGGTTATGAGGTCACACACTCAGGGAAGTGCATCACAGTCTTCTCAGCGCCCAACTACTGTGATCAGATGTGTAACAAAGGAGCGTACATCCATCTCAGTGGATCAGACCTCAAACCACAGTTTCACCAGTTCACTGCTGTGCCTCATCCGAATGTGAAGCCCATGGCGTACGCCAACTCCCTGATGCAGATGGGGATGATGTAGAGGCCAAGCCCAAGTCACTCagtctgacccctgaccctggcCAACAACATGCCCTTGTCTACTGGTCCATACTGTGCTCCATGGGATCTCTCTCGCCCAGCCATGCCTGAGTAGCTCCCTTCCCCTTGGCCCAAACTCTTTGATCTCTGTAGTGATGGAGCTTTCACCATATGGCTGTCACATTACTGCTCTGCAGAAATCAAAGGGTTATTGTTAAGGGGAAGAAATGGGAAGTGAATTGTGTCCAGTTCCGATAATCCCTACTGTTTCTTTCAGAGTATCCAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACACGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACACGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCGTGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCGTGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTTGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCGTGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCGTGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTTGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTTGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGTTGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGATATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTATTTAAGGCAGGAAGAGACAACATGGTAGGGTCATGGCCAATAGCCAAATCGTGGCTATTGATAACCAACCATAACCAACCACCCCTGCCAGTTTGGTGTTGAAGCATCCATTATGGAGCTGCTGGGTTTGTGGTGATTAGACTGGTTAATCATACtgtacctaaccttaaccatactgtATGTGGGGAGGATGGCTCAATACTGGCTCTGACCCTAATCATACTGTatcataatggctggaatggagtcaatggaatggtaccaaacacgtggttgataccattccattgatgccattattatgagccatcctcccatcagcagcctccatGGTACAGTTTTGATACTGTATGGAGCTCGTTTGTACCAAAGAATTGGAATGATCCGCGCTGTCACAGCAGTAAAACTGTTCTGCTACTGTAAAACATACTGTTGCTTGACCTACTGTTCGGTTTATAGTGTCTCTGGTTGGGTTGTGAGAGCAATATGTGCTACAGTATTGGAACATAGTTTTATTAAAGTCTTTTTTTACAGTAGAAAATGTAGCTATGATTCCATCTTCAGGAGAAAACATGAGCCTGGTTATTTGACTCCAGTCTCACTCTGCACGGTGCTGTTCATTCCTACTAGTCAGATGGTTTAGACACATGCTATACATGTATGTTGTTTTTCACATTCAACAAAGCTGATCCTTGTTCTGTTGTTTTGCACTACTGCACCTTTTCTCTACCTGTTGCTGCTCTCCATGTTAACTCTTCAGCTCAGCCCGTCAGTCTCCTGGTAGCTCCTGCACAacccctcttctctcccaaccTGCTTTGCTACAAGGCCAACCACTGGTGTGATTCTCCAACCTGCTCCACTGTTAGTCTACCAGTGACTTTGCCCATTTGCAGATGTTTGGCTCAGATTTCCAGACACCAAGCGCCCAGCTGCCGTGTCCCTTCAACTTTTTAGATCATTCTATACActgaagtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatgtatataaggtatatatatatataaaaatgtaaaatacattCTGTGTACATGTTTGGGGAAAAAAAGTTATTGAATAAACTTTCAGTCCAATGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2393062 lncRNA upstream 11876 51461434 ~ 51461644 (+) True G2091952
TU2393059 lncRNA upstream 14362 51458893 ~ 51459158 (+) True G2091949
TU2393058 lncRNA upstream 14943 51458322 ~ 51458577 (+) True G2091948
TU2393053 lncRNA upstream 19534 51453754 ~ 51453986 (+) True G2091943
TU2393052 lncRNA upstream 20333 51452951 ~ 51453187 (+) True G2091942
TU2393087 lncRNA downstream 4651 51514197 ~ 51514413 (+) True G2091972
TU2393269 lncRNA downstream 14686 51524232 ~ 51524540 (+) True G2092135
TU2393276 lncRNA downstream 17455 51527001 ~ 51527298 (+) True G2092139
XM_036964625.1 mRNA upstream 623061 50665719 ~ 50850459 (+) True LOC110507254
XM_036965521.1 mRNA upstream 996912 50465883 ~ 50476608 (+) False LOC110508133
XM_036965522.1 mRNA upstream 996912 50465917 ~ 50476608 (+) False LOC110508133
XM_036965524.1 mRNA upstream 996912 50467065 ~ 50476608 (+) False LOC110508133
XM_036965523.1 mRNA upstream 996912 50467095 ~ 50476608 (+) True LOC110508133
TU2393075 other upstream 3129 51469888 ~ 51470391 (+) True G2091960
TU2392994 other upstream 102757 51369764 ~ 51370763 (+) False G2091895
TU2392995 other upstream 102757 51369934 ~ 51370763 (+) True G2091895
TU2392024 other upstream 1120353 50352368 ~ 50353167 (+) True G2091093
TU2391495 other upstream 1385829 50082063 ~ 50087691 (+) True G2090638