RNA id: TU2383564


Basic Information

Item Value
RNA id TU2383564
length 1695
lncRNA type intronic
GC content 0.36
exon number 2
gene id G2084448
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048591.1
NCBI id CM023245.2
chromosome length 51556237
location 42601015 ~ 42602836 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGTCATGGTATCATTACTAGACTCCATATATTTATGTTGTCATGGTGTCATTGTGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcatggtATCATTACTAGACTCCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTTGTGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCTATATCtttatgttgtcatgttgtcatggtATCAATACTAGACTCCATATATTTATGGTGTCATGGTGTCATTGTGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcaagGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATAATGAGACCATATCTATTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcatggtATCATTATTAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCAAGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcatggtATCAATACTAGACTCCATATATTTATGGTGTCATGGTGTCATTGTGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcatggtATCATTATTAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTGTCATTGTGAGACTCCATATCTTTACGTTGTCATGGTGTCATTGTGAGACTCCATACCTTTATGTTGTCATGGTGTCATAGTATCATTACTAGACTTCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTGTCATTGTGAGACTCCATATGTTTTTGTTGTCGTGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATAATGAGACTCCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcatggtATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTCGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCTTTATGTTGTCATGGTATCATTATGAGACTCCATATCtttatgttgtcatgttgtcttggtATACGTCCCCTGTAGATTGTAGTTCCACTGTAAGTACTGTGTTAGCTTTCATACAACGGAACCTTACATTCCCTCCCAAACAGAACCCTGCTACCTCTGCACATTGGTGTTGGTGTAGATCACTCCAGGCTCATGTTAAAGACATAATGACTCGTCTCTGTGGCGCGTGTTTATGATCCCAAACCCCTCATTGGgaacagagagggatagagggtcaTTTCAGTTCAGTGCTGTAACCAAACCACCCTACATTGTACCTTGTACACCCCACATCACTCGTTACATACATCACCCCCTACTATACTGATTCTCAGGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2383572 lncRNA upstream 6946 42592866 ~ 42594069 (+) True G2084455
TU2383514 lncRNA upstream 43707 42557109 ~ 42557308 (+) True G2084412
TU2383508 lncRNA upstream 81140 42519645 ~ 42519875 (+) True G2084407
TU2383502 lncRNA upstream 98571 42502189 ~ 42502444 (+) True G2084401
TU2383501 lncRNA upstream 99187 42501615 ~ 42501828 (+) True G2084400
TU2383609 lncRNA downstream 27732 42630568 ~ 42630781 (+) True G2084486
TU2383615 lncRNA downstream 35169 42638005 ~ 42638227 (+) True G2084492
TU2383616 lncRNA downstream 37809 42640645 ~ 42640875 (+) True G2084493
TU2383620 lncRNA downstream 41580 42644416 ~ 42644634 (+) True G2084497
TU2383642 lncRNA downstream 59853 42662689 ~ 42662945 (+) True G2084517
XM_021588508.2 mRNA upstream 85452 42510819 ~ 42515563 (+) True LOC110508059
XM_021587166.2 mRNA upstream 97542 42502542 ~ 42503473 (+) True LOC110507283
XR_005040057.1 mRNA upstream 108110 42484856 ~ 42492905 (+) False LOC110508060
XM_036965642.1 mRNA downstream 63821 42666657 ~ 42795200 (+) False cux1b
XM_036965636.1 mRNA downstream 63821 42666657 ~ 42796336 (+) False cux1b
XM_036965638.1 mRNA downstream 63821 42666657 ~ 42796336 (+) False cux1b
XM_036965639.1 mRNA downstream 63821 42666657 ~ 42796336 (+) False cux1b
XM_036965640.1 mRNA downstream 63821 42666657 ~ 42796336 (+) False cux1b
TU2383238 other upstream 339378 42260523 ~ 42261637 (+) True G2084156
TU2382880 other upstream 488979 41971259 ~ 42112036 (+) False G2083851
TU2382881 other upstream 588023 41972828 ~ 42012992 (+) True G2083851
TU2382447 other upstream 1093842 41506359 ~ 41507173 (+) True LOC110507232
TU2382143 other upstream 1388243 41212204 ~ 41212772 (+) True G2083239
TU2383825 other downstream 460452 43063288 ~ 43064257 (+) True G2084659
TU2384320 other downstream 929434 43532270 ~ 43532578 (+) True G2085037
TU2384422 other downstream 1129559 43732395 ~ 43733894 (+) True G2085122
TU2384668 other downstream 1515387 44118223 ~ 44119239 (+) True G2085314
TU2385505 other downstream 1805217 44408053 ~ 44410050 (+) True G2085969

Expression Profile