RNA id: TCONS_00064866


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00064866
length 462
lncRNA type antisense_over
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_032122
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 31826335 ~ 31835954 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCAGGTAGAGTACATCCATGATATTAGTCCTGCTGGTTTGGTGGAGGGGCTGAATTCCTCTGACTACTGTTCACCTTTCAGAAAAACCTCAGCACCGTCTGAGCTACACCTGACAGCAGCGTTCAGCAAACTGCATCTAGAGTTACCAAGAATCTGCTGCTAGATTTGAGCACGATTCTGTTGACCACAGCATTGACAGGGATATGAGGAATGGAGCTGGGGAAAGCTGGCTTTTACAGGAAGCAAACTGAGcagatgcccttccagctgtactccagtactgggaaacaccaatacactcatacaccatggccaattttgtctacccaattcacctaatccccatctttggactgtgggggaaactggagcacccagaggaaacccatgcgaacatgaggagaacatgcaaactccacacagaaatgccaactggcccagccaggacttgaaccagcaacc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00064864 lncRNA upstream 45852 31758398 ~ 31780483 (+) False XLOC_032121
TCONS_00064865 lncRNA upstream 45852 31765630 ~ 31780483 (+) False XLOC_032121
TCONS_00062779 lncRNA upstream 45852 31770121 ~ 31780483 (+) True XLOC_032121
TCONS_00064863 lncRNA upstream 390666 31431127 ~ 31435669 (+) True XLOC_032120
TCONS_00064862 lncRNA upstream 461119 31362348 ~ 31365216 (+) True XLOC_032117
TCONS_00064867 lncRNA downstream 257894 32093848 ~ 32107492 (+) False XLOC_032124
TCONS_00062781 lncRNA downstream 257982 32093936 ~ 32107492 (+) True XLOC_032124
TCONS_00064658 lncRNA downstream 302972 32138926 ~ 32147732 (+) True XLOC_032125
TCONS_00062782 lncRNA downstream 484776 32320730 ~ 32323767 (+) True XLOC_032126
TCONS_00064868 lncRNA downstream 684145 32520099 ~ 32557977 (+) False XLOC_032129
TCONS_00062777 mRNA upstream 397174 31368071 ~ 31429161 (+) False XLOC_032119
TCONS_00062774 mRNA upstream 1118212 30703828 ~ 30708123 (+) True XLOC_032114
TCONS_00062773 mRNA upstream 1125128 30689239 ~ 30701207 (+) True XLOC_032113
TCONS_00062772 mRNA upstream 1150261 30668098 ~ 30676074 (+) True XLOC_032112
TCONS_00062771 mRNA upstream 1233388 30533504 ~ 30592947 (+) True XLOC_032111
TCONS_00062780 mRNA downstream 210248 32046202 ~ 32059110 (+) True XLOC_032123
TCONS_00062783 mRNA downstream 490120 32326074 ~ 32404633 (+) False XLOC_032127
TCONS_00062784 mRNA downstream 490231 32326185 ~ 32340231 (+) False XLOC_032127
TCONS_00062786 mRNA downstream 502380 32338334 ~ 32357279 (+) False XLOC_032127
TCONS_00062787 mRNA downstream 519250 32355204 ~ 32382674 (+) False XLOC_032127
TCONS_00062778 other upstream 408714 31413913 ~ 31417621 (+) True XLOC_032119
TCONS_00062776 other upstream 460809 31365446 ~ 31365526 (+) True XLOC_032118
TCONS_00062775 other upstream 1038291 30787928 ~ 30788044 (+) True XLOC_032115
TCONS_00062767 other upstream 1704466 30120081 ~ 30121869 (+) True XLOC_032108
TCONS_00062766 other upstream 1710924 30113769 ~ 30115411 (+) False XLOC_032108
TCONS_00062785 other downstream 500347 32336301 ~ 32337054 (+) False XLOC_032127
TCONS_00062789 other downstream 557103 32393057 ~ 32403099 (+) False XLOC_032127
TCONS_00062791 other downstream 574894 32410848 ~ 32415854 (+) False XLOC_032128
TCONS_00062802 other downstream 1704892 33540846 ~ 33550502 (+) True XLOC_032136
TCONS_00062812 other downstream 2095794 33931748 ~ 33934027 (+) False XLOC_032140

Expression Profile

//