RNA id: TCONS_00008522


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00008522
length 10724
lncRNA type antisense_over
GC content 0.40
exon number 2
gene id XLOC_003187
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 5955265 ~ 5966389 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCccatttcaattcttacaaaaatatgacaaaataaaagaaataaataatccCGTCCCCTAATATATTTGTTTTCCAATAAAGAAAAGTTTTACAGTGGAACATTGGAAGAGCTCATGATAGGTTTGTGAGGTTGCCTTCAGAGAGGGAAATCTCATCACAATCAGTTCAGAATTCACAGTTAGACCGAATGTTAAGCAGCTCTTACACAGCAAACCTATGCAGCCTCGTAATGCTTCCAGCTATATCTGTAGCATAGCTATTAACACCGTTCGATTAAACGACAGTAAGAAACGTCAATGTTATTATGCCAGAGTTGACAGTCTGACGATACATCAACTGCACAGATGATGCGGACGGGCGATAAAACATTACAGCAGCCTTGCGCTCTCTAATATACAGCGATGCTTCATATTGCAGAGTTTAGGTCAAAAAGAGAGCAAACAACCAACCAAAAATGCCTCTTGCTAACAAACACTTCAATTATTGAGTCTATCAAAcagcccagcagacacacaaagttataagatgttaatattaagttTGATTTAGGTCACCAGCGTCTATGGACAATGTTAATTTGATATCCGATAACAATGTGAAATTATGTTGATTTATGGTTgaatttaggttgtgttggaaagtggccaaaatccaacatcgaaaaccaacgtcatattgatatCAAACACTGACTTTATTtcttcaggtatggcaaccaaatccaacgtctaatagacgtcatattggtaacgttcacacaatgtcaagctgtaacttTGATACGTCAACGTaagacattgatatttagttgattttaggttgaaaagtgaccaaatcTAACATCGAGGCAACATTtttaacatcttaaaccaatgtcatattgacgttatGGAAAccgaaatccaacgtctgatacaTGTCCTATTGGTCACGTCCACACactgtcaagctgtaacatcatcagacgttgatatttggttgattttaggttgcataAAAAATGGCCAAATCCAACATCCtacgtcatgttgacatcaaatacagacatttattCGACAAGTATATGGCAACGAAATCCAACGTCAGATAGAtgttatagtggtaacgtccacacaacgtcaactgtaacatcattagacgttggtatttagttgattttaggttgtgttggaaagtgaccaaaatccaacatctagccaacatcttaaaccaacatcatatcgACGTCAAATACTCACATTATTTCGTCAGGTGTGGCAACCAAAAgctaacatctgatagatgtcatagtggtaacgtccacacactgtcaagctgtaacatcatcagacgttgatatttggttgattttaggtcgcATTAAAAGTAGCcaaatccaacatcttaaaccaacgtcatgttgacatcaaaAACAGACATTTATTCGACAAGTATATGGCAAAATataccaaaatccaacatctgatagatgttatAGTGGTAACGTCATCACAACATCAACTGtcacatcattagacgttgatattgtgttggaaagtgaccgaaatccaacatcctaaaccaacgtcatatcaacgtcaaatactgacattatttcgtcaggtatggcaaccaaaagccaacgtctgatagatgtcatagtggtaacgtccacacactgtcaagctgtaacatcatcagatgttgatatttggttgattttaggttgcattAAAAAGTGGCcaaatccaacatcttaaaccaacgtcatgttgacatcaaaAACAGACATTTATTCGACAAGTATATGGCAAAATataccaaaatccaacatctgatagatgttatAGTGGTAACGTCATCACAACATCAACTGtcacatcattagacgttgatattgtgttggaaagtgaccgaaatccaacatcctaaaccaacgtcatatcaacgtcaaatactgacattattTTGTCAGGTATGGTAACTAAAagccaacgtctgatagacgtcatagtggtaacgtccacacagtcaagctgtaacatcatcagacgttgatatttggttgattttaggtcgcATTAAAAGTGGCcaaatccaacatcttaaaccaacgtcatattgacatcaaaaacagacatttattcatcaggtatggcaaccaaaatccaacatctgatagctGTCAtggtggtaatgtccacacaacttcaagctgtaacatcattagatggtgatatttggttgattttaggttgtgttggaaagtgaccaaaatccaacgtcgagccaacatcttaaaccaacatcatattgacatcaaatacagaCATTAATTCGTCAAgtatcaaaatccaacgtctgatagacgtcatattggttggaaagtaaccaaaacgCAACATCTGTCCGACATCGGAATTATGTcaacctgatgttgggttctgatgtcaacccgattttcatttccaaacaaaatgcaaagtcccacgacattggggtacaacgtcaatttgatgtcatgttgacatcctgagCCTGCTGGGTGAATCAAATGAAGTTCATAACAAATAAAACGCACAGGCAAATCGTAGTTGACAGACAGCTGGTTTCCAGATGTGATTGCAGCTGTTACTGAAGGGACAGCTAAGTTCTTgacatcttaattttttttgcgACCCTGGACTACACAAGTGTCAATTCCTAAGCTTTACGTgaataagctttccattggtgTATGCTTTGTTAGGATTGGATAATATTTGACTGAGATACTACTACTtgaaggtggcacagtgggtagcacgatcgcctcacagcaagaaggttgctggttcgaacaccccagctgggtcagtttgtgtttctgtgtgaaattgttctccccgtgtttgcgtgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaggacatgcagtataggtcaaatgaataagctaaaatgtccgtagtgtttgtgcgTGAATGCagaagtgtttggatgtttcccagtgatgggttgtggctggaagggcattcgctgtgtaaaacacatgctggataagttggtggctaaTTCCACTGTttcgacccctgattaataaagggactaagccgaaaaaaaaaaaaaaataatgaacaacTACTTGAAAATGTGAAATCTAAGTGTTAAAAAACGAAATATCGATAAAATCACTGACATAGCACGtctgcatattacattttgatatatttatgtatgttggGGATTTAAAAGAACAAACTATTCCCAAAAAAAAGCAAatgattttgtggtccagggtcacaaaaaacaagcaaacaaacgaAATGCAAATGAAAACGAGTGCAAATGTAACACATCCATTAATTTCATTCAAATTTTATGTTCAAGTCACTTTATGAACAAAGGCAATGCATATTAGATATAATGCGATTAATATTGAGTGGAGAAAAGACGAATACTGCTGTcaggttacactgtaaaaatgcagggttccacacaaacctattaagttaacataaaaaaatctaagtgaattgaacataaaacaattaagttgtcccaaaaaaaagtcaagaattgtgtcgtttcagcttattttaaatatgtagtttgaaaaagcagcaaaCATAATCTTTTGAGAGCAGGAACAATGTGTAATTGTGTAACAATGGATGAACTTGTCAATGCAATCAAATAATGGAAAAACATCTGATAACCGTAATGAAGGGCCTCGTAAACAAGTACCAACTGAATGTAGAACACGGGTTCAAACCGCTATTCAGGTCGAAATATTATTGCAACAACCTGCTGTCAACAAAATAAGGAATAAATGCATAGTTTGTATCTTGTgtatgaaaataaaaagtaataaaaacgtaatattttattacttgagGCACCTCTCGTTTCTTCCTGACCTCACGCTGGAAcataaacagctcattctcttcACACAGATTCAGCTGCTGCACTGAAACCCTTCACTCTGCGGCTCGTGTGATAGCAACATCCCTTTCCAGATAACAACCTGCCTTCGTTGCTGCAGGAAAACCAGTCATTCTTTCAAAAGCGCACATTCAGACTGTCTTTAAAGATGGAGACAGTTTGATTGTGAACGTTTATGTTTTCCTTCACATTTCCAAAGCAAAAGTGCTTAGCAGCTTTACGGTAAAATATGACTTGACACTGAAATAATGTGCAAAGTGGAGGCATGTATTAGTTTTACCTCAGTAAAAAAAGACGATTCTATAAATAGCTAggcatgaataaattaattaaagttgGCAACAAATGCTGAACATTAAAAAAGCGAAGAGAGTAGCTAAAATGATATACACTTACAACTATTATGTGCACAACTGGGACAGTAATGAGGCTTAGCTCTGTAAAGAATTAGCACAGACATTAGTCATACAACCCTACTCAAAATGTGGAAACTTGTTattacacatttacacattttagaaTAACTGTAAAGCGGACTATGCAATTATACAAATTTGGGTACGAGCTCTTTCaaattcatgtttaaaaaaaagaagattttgcCATTTTGCAAATATAAGGTTCTCTCTGCTTGCTGAGTGGTTTTGAGATACTGAGCTTTAAAGTCGACGTGGAATCAAAGGTAAGATTGTCCTTTTTTCAATTATTGTAACACACTTCCAACTGAAATTTTCTGAAATGTGCATGAATTCGCTCTTTGGTTACCGATTGGATCGTTGGAAGATGGGCATTTCTAACAAAATGGAGGaagatttaaatgtaattttgtacCCAGTTGTGAAAGATTACTGTCTACCATCTGCATCCTGTGATGTAGAATGTTTTCAGATGCCTGATGATCAAGAGAACGAGGAGCTAAAGTTTACAGATGGAATTGAATCATAATTGTATTAACCACTGCTTCCCACGCAGAAATAAGACATGAACTGATAGCTCAGCCCTAAAGAGCTAAAAGCCCCGCTCTAAAGCACTGttagccctgccctaaagtactgatagccc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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00008382 lncRNA upstream 477604 5476848 ~ 5477683 (+) False XLOC_003175
TCONS_00006284 lncRNA downstream 103486 6069875 ~ 6074783 (+) False XLOC_003189
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TCONS_00006285 lncRNA downstream 103502 6069891 ~ 6072934 (+) False XLOC_003189
TCONS_00006286 lncRNA downstream 103771 6070160 ~ 6073081 (+) False XLOC_003189
TCONS_00008529 lncRNA downstream 104070 6070459 ~ 6074783 (+) False XLOC_003189
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TCONS_00006274 mRNA upstream 32240 5880582 ~ 5923047 (+) False XLOC_003185
TCONS_00006270 mRNA upstream 102692 5842663 ~ 5852595 (+) False XLOC_003184
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TCONS_00006279 mRNA downstream 43788 6010177 ~ 6037739 (+) False XLOC_003188
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