RNA id: TCONS_00006384


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00006384
length 118
RNA type rRNA
GC content 0.47
exon number 1
gene id XLOC_003238
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 9898513 ~ 9898630 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttaaacatgccaTATCTCCcagcagcccaagaccggttacttattgaagctaagcagggctgagcctggtcagtacctttATGAGCGACCACaagggaaaactaggttgctgttagaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117703

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00008551 lncRNA upstream 295443 9601745 ~ 9603070 (+) True XLOC_003237
TCONS_00006383 lncRNA upstream 376440 9511533 ~ 9522073 (+) False XLOC_003236
TCONS_00006382 lncRNA upstream 376440 9511533 ~ 9522073 (+) False XLOC_003236
TCONS_00008389 lncRNA upstream 376440 9518806 ~ 9522073 (+) False XLOC_003236
TCONS_00008550 lncRNA upstream 376754 9520744 ~ 9521759 (+) True XLOC_003236
TCONS_00006385 lncRNA downstream 636826 10535456 ~ 10537403 (+) True XLOC_003239
TCONS_00008552 lncRNA downstream 770505 10669135 ~ 10673008 (+) False XLOC_003241
TCONS_00008553 lncRNA downstream 770822 10669452 ~ 10673008 (+) True XLOC_003241
TCONS_00008390 lncRNA downstream 1166870 11065500 ~ 11065792 (+) True XLOC_003244
TCONS_00006406 lncRNA downstream 1340818 11239448 ~ 11240944 (+) True XLOC_003247
TCONS_00006380 mRNA upstream 1216066 8660158 ~ 8682447 (+) True XLOC_003233
TCONS_00006377 mRNA upstream 1216608 8565455 ~ 8681905 (+) False XLOC_003233
TCONS_00006376 mRNA upstream 1219608 8565323 ~ 8678905 (+) False XLOC_003233
TCONS_00006378 mRNA upstream 1224024 8565828 ~ 8674489 (+) False XLOC_003233
TCONS_00006374 mRNA upstream 1719368 8170948 ~ 8179145 (+) False XLOC_003232
TCONS_00006386 mRNA downstream 642628 10541258 ~ 10550377 (+) False XLOC_003240
TCONS_00006387 mRNA downstream 649541 10548171 ~ 10550375 (+) True XLOC_003240
TCONS_00006388 mRNA downstream 1010553 10909183 ~ 10960394 (+) True XLOC_003242
TCONS_00006389 mRNA downstream 1076382 10975012 ~ 11020857 (+) False XLOC_003243
TCONS_00006390 mRNA downstream 1076851 10975481 ~ 10988549 (+) False XLOC_003243
TCONS_00006353 other upstream 2624135 7262004 ~ 7274378 (+) False XLOC_003222
TCONS_00006343 other upstream 2747607 7150820 ~ 7150906 (+) True XLOC_003218
TCONS_00006342 other upstream 2747873 7150547 ~ 7150640 (+) True XLOC_003217
TCONS_00006341 other upstream 2748147 7150274 ~ 7150366 (+) False XLOC_003217
TCONS_00006340 other upstream 2748431 7149989 ~ 7150082 (+) False XLOC_003217
TCONS_00006409 other downstream 1369260 11267890 ~ 11274557 (+) False XLOC_003248
TCONS_00006412 other downstream 1373304 11271934 ~ 11274600 (+) False XLOC_003248
TCONS_00006417 other downstream 1447173 11345803 ~ 11346099 (+) True XLOC_003250
TCONS_00006423 other downstream 1474256 11372886 ~ 11373182 (+) True XLOC_003255
TCONS_00006426 other downstream 1487732 11386362 ~ 11386658 (+) True XLOC_003257