RNA id: TCONS_00008564


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00008564
length 10543
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_003278
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 11891240 ~ 11903510 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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TAATCCATGCTTTGAGAACTCCTTGTCATTATTAATCAACTTCAAAATGTCCACAGCTTCATTCTTCTTTTGTTTATTCCTTTTTAGCTCAAGCTGATCACTGGCACCAACAATATCTTCCCCTAAAAATTGCAATGTGAAAATTATCAACATTTTTCATTACGCAGAAGTTCCCTTAGCAAGAATTTTTAATCAtcctttaaacacaaaattgattGGTGGGTTCAGGGCAAagttattttgtaataataaagtataaaaaggaaaatataagtttacaacatcaagcagcagaacaatctgttttttttgttgttttttttttgctgctaaaAATTAGAGAAAACAAATGAGACCATAAGTCTAAACCAATAGGTATTGATGGCTGAACCCACACTTACACCAAAGAATAAGACCAATAAGAAGTTCTTTGTAAAAAAGTGATGCTATGATGCTCAATAACTTTATAGTGATCGTATAGTGATAGTATTTTAGGACTGGGCGATTAGGCAATTTTCATGCATATTTTCTCAGTAAAATTAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00006458 lncRNA downstream 262976 12166486 ~ 12166790 (+) True XLOC_003282
TCONS_00008393 lncRNA downstream 563256 12466766 ~ 12467060 (+) True XLOC_003302
TCONS_00006480 lncRNA downstream 590362 12493872 ~ 12494177 (+) True XLOC_003304
TCONS_00008394 lncRNA downstream 619260 12522770 ~ 12523029 (+) True XLOC_003307
TCONS_00006494 lncRNA downstream 814599 12718109 ~ 12718402 (+) True XLOC_003319
TCONS_00006454 mRNA upstream 41563 11842724 ~ 11849995 (+) True XLOC_003277
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TCONS_00006448 mRNA upstream 110326 11719575 ~ 11781232 (+) False XLOC_003270
TCONS_00006455 mRNA downstream 71198 11974708 ~ 11979854 (+) True XLOC_003279
TCONS_00006456 mRNA downstream 149281 12052791 ~ 12092178 (+) True XLOC_003280
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TCONS_00006439 other upstream 430456 11460806 ~ 11461102 (+) True XLOC_003266
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TCONS_00006464 other downstream 305399 12208909 ~ 12209205 (+) True XLOC_003287