RNA id: TCONS_00072161


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072161
length 4903
lncRNA type intronic
GC content 0.30
exon number 1
gene id XLOC_035502
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 13756013 ~ 13760915 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gatctcatgactGTGACGCAGCTTAAAAAATTAGTTTCTAACTGGAAGTATAAATTTGCTCGAAATTAGGCgaaaacaaacaattttcactttttagtgaaatatttgtgtcctaatagtgtttttagcagtgtgggacacatatacgaccgtcaacagctcaaaaaaaggTGTTTTACTGTTTTGTGAGCCTGTAAGTGCAAgtacttaaataattttatatttaggtCATTACTATAACCTTTTAAGCGAATTCTACTTTTTTGTAGACAAAGTTTATTGGATGAATAACTTTAAGTACAATAGAGTTTTTGTCTGATCCTGCACCTGCTCCCAACCTGACTTACTGTTCAGGCTATGGCATTTTCTCGTGGCTGCAGTTGCAGGACACTTCTGGTGagtatactgtaaacatttcaccCAGTTTTTATTTTTCGGCTGTTTGTGAATACAGGAAAACACTGTTTTAAGTATGTTTCGCTTAAAATGTATACTAAATAGTTCATGGGAGCTGTTAATGTAGACAAATGAGACACGTGATTATATTTAGAAGGACCAACTGaattaatctttttcttttttctccacaCAGATATTGTGAGGTGTTATTTGTTAGCTTGTTAAAGCTACTTGTAGTGTAAGTAAATAGTATGTTTAAATTTTGttctaaactttattttatttcattgaatACCAGGGGACTTAAAGACAGTATTAAGAGAAAAGCAATATTCTTATTTTGCAAAAGTCAACAGGCACAATGTATATTTTTACAAGAGACACATTCCAGCGCAGAGGACTCAACCTTCTGGAGAAACCAATGGGGTGATACTATACTGTTTAGTCATGGAACTATAGATCTGCTGGCGTAGTCATATGCTTGAATAACTGTCCTGGTAAAGTAGTTAAAGTGAAAGAAGATAAGGATGGACACTGGATTGCTGCAGTTTTGATGATTGAAGGTACTCCACTGATTCTTCTAAATGTTTACGGATATAATGGTCAATATAAAAAGAGAATTTAGCTGGAATGCATTTCAGAAACTATTAGAGAGTTGAAAACATTTTTCCCAACTGAAAATATGTTGGTGACTTTAATTGTGTccctgatgaatggatggatagattttcAACAAAATACGGTTATTATGAAATGAATGTATTACAAATTTTTGTATTAATACTTCCCTAATAGACGTTTGGAATCATGTTAACCCTGAAGTAAGGCAATATTCATGGATTAGACCCAATGGAAATTGTAAAACAAGAATAGATTTTTGGTTGGTAACCCaagaaatttttaaatatgttttgcaaGCTAAAATCTCTGCAGCTCCTACAACTGATCATTGTGTAATTACTGTCACACTGATCCCAGGCTCTGAAAGAACATGTAGGCAAAAATATTGGAAATTTGATGCAAACTTGTTAAAAGAAGAATATTTTTGTGACatggttaaaaaaatcttatattcaATTATGACAAATGATGAGATAAAGTGAGAATGTACTCAATTAATTATGgtaaaatattgtgtaataaGCAAAAAGAATTAGAAAAACAGCTGATAAAAGACATTAATGATTGTTGTAAAAAGGATTTATTATTAGAACCTATTAAAGAGGAAATGATTAGATTACAAACTAAATTGAACGATTTCTCCTTAAATATGGCACAAGGGGCATATATACGATTTAGAGCAAAATGGATGGAAGTTGGTGTAAAAAAACAGCTCTTATTTTAGTAGATTAGAAAAAAGTAGACAGAAATGCAATTACCACcttaaatctaaataataaaattgtaactgatccaaaagaaataagtaatgagatttttaaattttatcaaaGCCTATATTCATCATCATTTTCCATGAAAATTTCTGAGAATTTCTTCAAAAATTCTATAATTTTATTCCTAAAATTGATGAAGATTTTAAAATGATATGTGACTCTGATTTAAAAATTGAAGAACTTGATGCTGCTATTAAAAAAATGGCTTTAGGTAAATCACCAGGTCAAGATGGACTTGCAACTAACTTTTATCTTTTTTCTGGAATGATATGAGAGAAATGCTCTTTAAAGCACTAAAAGAATGTTTAGAAAGTAATACACTACTAACTACAATGAAACAGGCTATAATTATTTTCATACCTAAACCAAAAAAGACAACACTCTTATTGATAATTTAAGACCAATTACTTTACTTAACATTGATTACAAAATATTCACTCATGCATTAGCTAGTAGACTTAAAGGTGGTATAGGTAAAATTATTAGTGATACACAATCTGGGTTTCTTCCAAATCGACTAATACATAATAACATTCGCATGGTGTTAGATTTATTAGACTATTCACATTTGATAGAGGATGATGGTATAATACTATTTCTGGATTTTCTAAAAGCTTTTGATAAACTTGAACACCCTTTTGTTTTTCAGTCTCAACAATATTTTGGGTTTGGCAcaaaatttattaatattctttCAATGTTGacaatataacaaataacaagTGCTGTTTTACTTCAATCGGGTACTACAAAGAGATTTGATAACAGAAGGGGAATACGACAGAGAGATCCAGTCAGCCCCCTTCTTTCTTACTTGCTGCCGAATTATTAgcactgtatattaaaatattaagccATTAAAAGTAGATCCTTGGTAATTACACAATTAGCTGATGATACAACTTGATTTCTGAAGGACTCTAATCAAATACCGATTGCCTTAAAGTCTATATCATTGTTTTCTAATGCTTCAGggttacatttaaatttgaaaaaatgtgAGATTCTTCACAATAATACATAAAACTCATTGTATAATATCCCAATTAAAAGCTAAATAACATACTTGGGAATAACTATTACAAAAAATTTTAGGGACagggaaaataataatattcatactgttgtacagaaaaataaaaaacattaagtaGCTGGTTACAAAGAAATATTTCAATTTTGGGGagaatattattaacaaaaatggAAGCAATATCAAGATTAATCTATCCAGCATATTCCTTAGGTGTACCAGAAAGatgtattaaacaaattaacagagttcattatgagtttatttgGAACAATAAGCAACATTTAATTCGAAAAAATGATTTGGTAAAGTTATCAGAGGAAGGGGGGTTGAATGTTAGTGATTTTGGCGTTATAAATGGAGTAATGAAGTTAAAATGGTTACAAAGCTTTGTTAAAGGTGAACCGTCTTTATGGTTTAGCATcccttttcatatttttcaaaggATGGGAGGAATTTCTTTTCTTCTAAAATGTGATTTTGACTTACTAAAATTGCCATTTAAATTGTCTGGTTTTCATGCAGAAGTGTTACTATATTGGAAGATGTTGTACAAGCACAATTTTACTCCACATAATGTTATCATTTGGAATAACAGGTGTATTTTTCTACATGACaggaaatctttattttttaaagactggTTTGGCAAAGGAATTTGGAATGTAATTCATTTAATGGATGATGATGGTAATATGTTGAGCTATGATCATTTTAGGTTAAAATTCAATTGTAATTGTGCATATAGAGAATTCTCTTTGGTTGTCAAAGCTATTAATGTAGCTTTGAGGAACTTAGTTAAAGGTATAGTGCAATACTCCTCTGTAATACCTACACTAGttgatttgtttataaataattattcttttttgGATATTAAACGTAACAACAAGGTCTTGAGATCACTACTGACAAAAGAATATTTTCCTCTTCCTgttaaaagaaaagttttatCTGAGAGATTTTCTAAAGCGAACACTATTGATATTAGAAAAAGATACCTGTCATTTCCCTTGTTACCTAAAATGAAAGAagtacatttcaaaacaattaatgacATCTATCCATGTAACGAATTTCTTAGAATAAGATTTCATTTAGACAGTAATGCTTGTATTTTTTGCTTGAAAGATATAGAATCCCATGAACATCTTTTTTATAGTTGTTCCAGTGTCAAATCCTTTTGGGACAGATTGTATTAGTGGTTGATAACTAAAAATGTAACACCTGCGTTTGACTatcacattgtgaaatttggcatttttatgaaaaacaaggAAGTTAAATTTCTATGTAATAATATGTCGATTGTAGCAAAATTTTATGtacacaaatgtagatttgttaaagtttctccttgtttcaaagcatttacaaattatttcaatatattatataaatctataaaacaagtaaaaacaaaaggTGCCTTAAAGCTCTCTAAGCTTTTGTCAACATATATGGACTGACCCCTCTGAATGTAATGTATTTTCCTTTGtattatttaaggtttatttttatgttattattaatttgtactgttttgtttattataagcTGCTTGGATATAATGATATATATGTTTAACGATGGAAGTTGAAAAtgcctgtttgttttttgaagtttaaataaaaaaaaaaaagttcgtCAAGAGAATAATAAAATACGAGATTGCTAGAATATAAATGTGTCACTGTGGTATTGGATATACACaatttatcaatatatataaacatgtagcCTATCAAAAAATAGAAGTGCAAGTCACTGATGATATTTTAAGCATGAGGATTAAAATATCAGCCATACTTATTAGAGTCGAGTAAaaccattcatttatacattcattaaaGAATTTACCCATACAAAATGTCAACCTCAACACTGTCAGTGAAacatatacacacgcacgcagtacaataaagaatgaatgaataaattaggaGCAAAAATATTatgtcaatagaaaaaaaaagcatgcatcCAAAATCAAAAGAATGCTGAGTTTATACGAAGAACGAAAccggcaaaaataaataaataaataaatgaataaatacgcaaaaaaaaaaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072160 lncRNA upstream 64007 13687104 ~ 13692006 (+) True XLOC_035499
TCONS_00072158 lncRNA upstream 158121 13518522 ~ 13597892 (+) False XLOC_035498
TCONS_00069641 lncRNA upstream 200662 13518768 ~ 13555351 (+) True XLOC_035498
TCONS_00069642 lncRNA upstream 204884 13518593 ~ 13551129 (+) False XLOC_035498
TCONS_00072159 lncRNA upstream 204884 13518755 ~ 13551129 (+) False XLOC_035498
TCONS_00072162 lncRNA downstream 34066 13794981 ~ 13799369 (+) True XLOC_035503
TCONS_00069648 lncRNA downstream 149208 13910123 ~ 13913519 (+) True XLOC_035504
TCONS_00069649 lncRNA downstream 210502 13971417 ~ 13980643 (+) False XLOC_035505
TCONS_00069650 lncRNA downstream 210502 13971417 ~ 13991941 (+) False XLOC_035505
TCONS_00069651 lncRNA downstream 210502 13971417 ~ 14020139 (+) True XLOC_035505
TCONS_00069643 mRNA upstream 60001 13694950 ~ 13696012 (+) True XLOC_035500
TCONS_00069639 mRNA upstream 250527 13503377 ~ 13505486 (+) False XLOC_035497
TCONS_00069640 mRNA upstream 250527 13503491 ~ 13505486 (+) True XLOC_035497
TCONS_00069637 mRNA upstream 343416 13389115 ~ 13412597 (+) False XLOC_035496
TCONS_00069636 mRNA upstream 343514 13389115 ~ 13412499 (+) False XLOC_035496
TCONS_00069645 mRNA downstream 8599 13769514 ~ 13788311 (+) True XLOC_035501
TCONS_00069646 mRNA downstream 89084 13849999 ~ 13955872 (+) False XLOC_035504
TCONS_00069652 mRNA downstream 297731 14058646 ~ 14060244 (+) True XLOC_035507
TCONS_00069653 mRNA downstream 397106 14158021 ~ 14170576 (+) False XLOC_035508
TCONS_00069655 mRNA downstream 620357 14381272 ~ 14441812 (+) True XLOC_035510
TCONS_00069632 other upstream 602435 13143165 ~ 13153578 (+) True XLOC_035494
TCONS_00069614 other upstream 1895869 11860028 ~ 11860144 (+) True XLOC_035486
TCONS_00069612 other upstream 2040731 11687257 ~ 11715282 (+) False XLOC_035484
TCONS_00069600 other upstream 2911945 10843952 ~ 10844068 (+) True XLOC_035474
TCONS_00069587 other upstream 3862225 9893672 ~ 9893788 (+) True XLOC_035461
TCONS_00069647 other downstream 127903 13888818 ~ 13944141 (+) False XLOC_035504
TCONS_00069654 other downstream 408988 14169903 ~ 14170572 (+) True XLOC_035508
TCONS_00069656 other downstream 654783 14415698 ~ 14415823 (+) True XLOC_035511
TCONS_00069660 other downstream 1045259 14806174 ~ 14806290 (+) True XLOC_035515
TCONS_00069670 other downstream 1308785 15069700 ~ 15078299 (+) False XLOC_035519