RNA id: TU82398


Basic Information

Item Value
RNA id TU82398
length 7789
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id G61514
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053117.1
NCBI id CM020914.1
chromosome length 43979800
location 14699525 ~ 14794602 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

AGTTTATCCCCCTCAATGTAGGCGGGGTTCTTAGCTGAACTCATCTCACTTGGAACCTAGCTGAGGTGATACCAAATAAAGTAACAGGTACTATTGACAACTTttgctaatggaaaaccaaaaaatagCTAGTTGAGCcgtaccatgcagtggaaataACTAATCCTTAGATAATCTCCGCCCCTCCTCAATTTTCAGTTTACAATGGTAAAACTCTGCAGATTTACTGttaattgcacattttgaaACAACACTTCCTTCATGTCAGAAAGTTAAAGCAGATTGTCAATTAGCTGTTGATGATTTAGCTGAAATGTCAGATTTTATCAGCTGTTGTCGGTGGATGAGGGATTTCATACAGCTTCAactgatatactgtacatgttgaaGCTACAATAAATGTGGTTTTCCAGCTCTGCTGTtgatcagtccctccaggatttcgcgatgtCGCGATCGCCACAATTGACgcgaattcaaccaatcaccgtgaatttggtgcgactcgcagttttgaccaatcaccacaacttttttcagcaaatttgaccaataaccggagtttcccgcgacttcaaccaatctcAGCAGTCCCATATGCCAGACTTTGTATCAGTgtgtgactctgagagccactgaccaagcgggagtgagaacgggttgacgtaACACACGTACGTCagcaaattcatttccttgtttctgatatgaagacgagacgtgtggaactcgaacatctcacatttaccaaaaaAACGTACAGTGAAAGactgtgcaaaacatttcagaccgtccggccaacctgtatacattttaacatcactgTACGCTGTAACGGTTTTTCACTCcaaagtcgctgaaagctgctgctgtttcaatcctgtcggctctctgcagcgggcagGGCTCCTCCGTTCCCCCcgcaactgacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacaaacacacaaacacacacatcatataaACACAGATGGACAGACTGAGCGTCCTCTGAAACAGGAAGTAGAATATGATGGCATCAGGACTTTTGGATGGAATCACACTGcgccaacacacagacacacacacacaccatctgtcatcccaaacacacaaacacacacacacatcgcctCGCCTTGCTCTGCTTGTAGCCGTCAGCCTCCTCCAAACAGAGggtcttttattttaaaagaactGTTTAAAATAGCTTTTATATCGGTTGATGTCTTTGATGTTGCACAGTTTCCTGTCTGTCACACTGATTGATCGTACTGACTCATCGATCCTCCCGATCAGTTTTTGCTTCATCTCGCCGGAAACTCGAGCTCCGAAACTCCAACGCAGATGTTTCCTCCGaacggaaacacacacacgcacctgcCGATCGATCGGGAACCTATTGATCGATCAGGAACTTGTTGATCGATCGGGAACCCGTCGGTCGTTCGGGGGACCTAATCACTGATCAGAGAGTGGTAGGTGGGCTGAGCCTCTGGGATAGGAAGTATTTTCTAACCACAACGTCTCCTGCATCACTGAACCAGGtgcacgttcaatctcaaaacaATGTGCACCGTTTTGCTACAGTTTCCGGGTTGAACGACACGTTTCCTCGGAAAGGTGTAAAACGGTGTGCAACGAGCTTTGAGGTAGGTTTTCTCTCAGTTGGTGGATGTGTTACctaatcagcagagacgtgtacGTAAAatcgtggtaataaaaaggcagtcCACTTGTGCACGTAGCAGGGTGTTTAGCACGCATCCGTTTCAGTAAATAAACGGTTTGCTATGCTTTGTCGGGGCTGAACATTCCCCTGACTGCAGGGATCTGTAATTGCTTCTCAACGACGAGGCTCATGGGTACTGTAGTCTCTAGAGCCACTCCACCAAACTGAGGAGAAAATGTGATCTGACAGTTTGGTTCAATGATTCAGGAACTTCTATTTATACCTCTATTTAGCATTTATAAGAAGTATATAAAGAATTAATAAATCGTTTATAACACTGAATGATTTAAGCCGATATGAGGACATTTTTATTGGTAATTTTACTTATTTGGTATATTAATGAACAAATCATGTATACATGAATATTTCTTCTTCACTCTGACTTCAAATGAGCAAACTCTGTCCTCTGATGAAGGCCATGAGATGCAGCTGATAGCTCTTGTAGAAAAAGTTGACTTTGAGTCACAGATGCTACAGAAGTTATAAATGTTGtcaaatacagtacattacgCTTTTATAAAGTCCTTATATCTGTTGTGTTATAAATCATTTATTAAGTGTTATACTGCTTAAAAGTGCTGAATAGAGGGATTTAAGTAAAGTGCACTAACTTAATACGAACaacattaacattattattataataatctaagtcatatattttatattatcttaaatatttaaagaaaagttgTATTTAATAATGTCAAAAGTGGCAAATTTAGAGTAATCTGTAACAATCTACATTTATGTGTATATGATTTTACATAAAAGTCCTAATAGATATTGTACACACAAAACAAGAACTTGTTCACAATTTGTGTTAAGAGATAAAAAACTGaattaaacttaaacttatttttttttttaaactttcaggACTTTGGAGACACTGTAGAGTTTATCTATTATCACACTGTTATAAAAGTGTTATAATGCTCTGTTTTGCATAATAACAACACATTTGACATTAAACTACATTGAAGATCAGAACCAGATGTTTAATGTCATCACAGGTGTAGAAAAAGGTCTCAATATTCACTTCAGTTGTTgaaattacatatttattttgaataggaaattagattattttgtgatagcatttttttattgattagGAAATGCATTTGGTGTAataatttatattgtttttattttttacattgtgtttttttaatgaaatttatCTACATCATGGTTTAAATGTTCCAGATTCACACTGCcagaaatatttaatttaatttgtatttaactgaaatattttgtataatagATTAATATTGATCCAGCCCCCTTTATGATAATCACAATTTCTTTTAATTCAGTTAGAAAATACTTCCTGAACCAGAGGCTCCCCCCACCGTCCCCGTGACAGCCCCAGGGCATGATGGGACATGTAGTCACTGCTCCACCTCCACTGTGTCTCTGCTGATGATGTCAGTCTCTGTCTACCTCCACAACGCTGTAACTCCAACCTGCCAATAACAGAAACTGATGTCCTGTGAAAACCTCTTAACTCTTCCCAGGCCTGTCCACACAGGCCCGCTGGAGTTAGGAGGTTTTCACGCTGCAGAGGCAATGTAGCTGCCAtctctttacagttaaatataaataaggttgttctattaaaaaaaaaaaaactcactgagAACACGAAAACTTCTTCAGGAACGTAATTTTAAAGAACGTCAACCTTCACCTtaaaatatttgtgaaaatCCGCCTGCACAGACTTGAAACATCACacagtttattatttttagttATCATCATGGGATGATTGGCAGTTTGTTTAGAGACCGTACAATTTAAAAGTGAtagaaaaacaggaaataaattAAAGAAATATCCCAAATAACTTGTTTTATTGGAAAAAAGATCACCTGAAGATCGAGATAGCAACTAACGCTAACAAGCTAGTTGTTTGTTTGCCATCTCTGCACAATGAAGATAACATCATTTCTGAATGTGATTTAAGACCAACAAACACTAATGTTGAATCTCTAAATGACAGTTTGATTGCTGAATATGATGAAGACCAACACAGCTAATGCTAGTACTATTGTACcagttaaccctcatgttgtcctcgggtcaaatttgacccattttcaaaaagtttctatatcagaaagaagtttctttcaaccaaattgtcaaaaaaatatataacatggatggttccatacaacgctcttcacaagtaaaataagtgatcagttgaaaaaatgtctaaacaaatgttaaaaaaacgcagaaaaaatcggaaaaggtgacaaaaacatcggaaaaggtGACACAAGTGTCAAAGTCAACCAAAACGTTAAAAATAAGTTTGAATTTTAAATCTTGACCCAGAAAACCAAAACGTTGCatggtcaacgggaagacaaGGCTAACTGTAGTCAGCCTTTTCCTACAGCTAAACTACAGACATAACAGCGTTTCTAAACCTGACCAAGATCAGCACGGCTAATGCTAATCCTGTGTACGAGATGAGTCTAACAAGCTACTGTATAAACTCCAATGATAGCAAGGTTTTTGATAAGAACAAGACATCTAATGCTTAAGTTCCAGATAAGCCTAACAGGCTACACATTTAATGCTGCTGCTAATGCTAAAGTACCAGTTATAGGCTAAATGGTTCCCATCACCAAAATATAGTAATAAGGACATTTTTAAGACCTACACAACTAATGCTAGTTCTAATGCCAATTTAGCTCATATGGCTGGCtgtagctagctgtttcctctcCAAGAAAATCCATAAATGTTCTTTTGCTTACAAATGAGTCAATGATCAAAAAATTGTTTCTCAGCCAGATTGTTGTCGATTGACTGATCGTTTAttaactaattgtttcagctttaATCAGGATGATACTTAATAAGGGCCAATAAACAGGTTTCTAATATTTCATCTCATTTCtaaagaaaatgtgtaaaagGCTTATTATAGTTCATCTAAATCTTCCTTTTCATTAATCTAtttgtttttcatctttacataTATAATTTAAAGTGGCACAGTTTACACTCGTTTTTTTCTGGTTACTTCCTGTTAAGAGCATCTATAGAAACTGTCATGAAGAGCATTTTCTTTGGTGATTCCTTTGTTTCATAAAAAAGGGAAGGTTTTTGTGCATATCATAGAGCAAAATAAGACGAAAATTAAAACGTCTTTGCTGCTCTCAGGTCAGCAGTTTTCCAGCTGCAGTGAAACTCTCCAGAGATCGGCTGAATTAAGACAAAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU82392 lncRNA upstream 22153 14676137 ~ 14677372 (+) True G61513
TU82340 lncRNA upstream 200091 14499180 ~ 14499434 (+) True G61468
XR_005639539.1 lncRNA upstream 200468 14497781 ~ 14499057 (+) True LOC120560938
XR_005639538.1 lncRNA upstream 200468 14497798 ~ 14499057 (+) False LOC120560938
XR_005639540.1 lncRNA upstream 200468 14497838 ~ 14499057 (+) False LOC120560938
XR_005639594.1 lncRNA downstream 1394 14755450 ~ 14762495 (+) True LOC120561401
TU82458 lncRNA downstream 272385 15026441 ~ 15027400 (+) True G61539
TU82459 lncRNA downstream 273549 15027605 ~ 15027818 (+) True G61540
TU82698 lncRNA downstream 392044 15146100 ~ 15152551 (+) True G61730
TU82731 lncRNA downstream 469066 15223122 ~ 15224015 (+) False nudt18
XM_039804189.1 mRNA upstream 33260 14646727 ~ 14666265 (+) True LOC120561189
XM_039803267.1 mRNA upstream 57313 14626621 ~ 14642212 (+) True LOC120560602
XM_039803269.1 mRNA upstream 57314 14626651 ~ 14642211 (+) False LOC120560602
XM_039803810.1 mRNA upstream 135826 14556389 ~ 14563699 (+) True barhl1a
XM_039803808.1 mRNA upstream 144045 14548680 ~ 14555480 (+) False cfap77
XM_039804510.1 mRNA downstream 13660 14767716 ~ 14772152 (+) True kazald3
XM_039803938.1 mRNA downstream 27642 14781698 ~ 14795943 (+) True surf4l
XM_039802194.1 mRNA downstream 88015 14842071 ~ 14867655 (+) True LOC120560087
XM_039802198.1 mRNA downstream 88015 14842071 ~ 14867655 (+) False LOC120560087
XM_039802196.1 mRNA downstream 88015 14842071 ~ 14867655 (+) False LOC120560087
TU82322 other upstream 264928 14431330 ~ 14434597 (+) True LOC120560925
TU82315 other upstream 306947 14389603 ~ 14392578 (+) True c6h12orf43
TU82226 other upstream 380019 14317539 ~ 14319506 (+) True G61390
TU82227 other upstream 380019 14317539 ~ 14319506 (+) False G61390
TU82219 other upstream 415654 14283417 ~ 14283871 (+) True G61383
TU82404 other downstream 1469 14755525 ~ 14762489 (+) False LOC120561401
TU82405 other downstream 1469 14755525 ~ 14762549 (+) False LOC120561401
XR_005639550.1 other downstream 20457 14774513 ~ 14786109 (+) False surf4l
XR_005639549.1 other downstream 20458 14774514 ~ 14786109 (+) False surf4l
XR_005639552.1 other downstream 20487 14774543 ~ 14786109 (+) False surf4l

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU438716 True 245 lncRNA 0.43 1 CI01000191 479222 ~ 479466 (+)