RNA id: XM_039802858.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039802858.1
length 9610
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 21
gene id grin1b
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053117.1
NCBI id CM020914.1
chromosome length 43979800
location 14677671 ~ 14753400 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

CGGGAGCGAGTGTCAGGATCCAAGGACGGACCGCGGGCTCGCGAGCTTCAGGTCATCTGGAAGTCCGCGAGCATCAACAGACACCGGACTACCGGAgacaacatttaaaatatgaactGATGAATTcattagaaaagaaaagacaaatatctcaattatttttttccctgtTGAATGAAACGACACGGTGAATCAACAGGACGAGGCGCGAGACGGTATCAACAATGTCAACCGGGTTTGTCGTTTAAACTGtgaatgaaaaacattttatccATCAAAGAAGAAATGAGGATTTTCCCCTTCACCTTTGGTGTGTAACGGTGAGGGCACGGAACGAAAACAAAACGCCACCGGAGATTTCCAACGGTTAAACATTTGATTTATTAGCCTAATTAAAAACTAAACACCTTTTAACCTGAAAGACCCGAGTCACCGGACAGAACCGGAGGAGGAAAAGCTGACGGTACCGGGCTGATACTGGGAACGCTGGGAGTGATCACCgtgatttaaataaatcacagaCGGTGAAATCAACAGGAGACCGACTGAACGACGCAGTTTTGTAACGGAATTCTGACCCGTGAGGCTGAACAATTATCggtttttaatttgaaaaacctGCAGGAGAAGCCAGAACCGGCTGTAAACATGGAGCTGCGTGGCGTGCTCCTTCTCACCGTGCTGCAGTGCTGTTCGGTTGCTCGCGGTGGTTGCGAGCCCCGGCTGGTAAACATCGGTGCAGTGCTGAGTCATAAACGCTACGAGCAGGTGTTTAAGGAGGCGGTGAGCCAGGCCAACACTCTGTATGGTAAAGAGAAATTCAAGATGAACGCCATCTCCGTCACACACAAACCCAACGCCATCCAGATGGCTCTGTCCGTCTGCGAGGACCTCATCTCCAACCAGGTGTATGCGATCTTGGTCAGTCACCCCTCTCAGTCCAATGACCACCTCACCCCGACACCCGTCTCCTACACCGCTGGTTTCTACCGAATCCCAGTGGTCGGCCTGACGACACGCATGTCCATCTACTCTGACAAGagCATCCACTTGTCGTTCCTGAGGACGGTGCCTCCGTACTCCCACCAGGCTCATGTCTGGTTCGACCTTATGAGAGAGTTCAGGTGGAACCACATCATCCTCATCGTCAGTGACGACCACGAAGGACGAGCCGCTCAGAAGAGACTGGAGACGCTGCTGGAGGAGCGAGAGACCAAGGCAGAGAAGGTGCTGCTCTTCAGCCCAGACACCAACCTGACGGCTCTGCTGCTGGAGGCCAAAGACCTGGAGGCCCGAGTCATCATCCTCTCTGCCAGTGAGGATGAAGCTGCAGCAGTGTATAAAGCAGCCCGTCAGCTCAACATGACCGGCTCTGGTTACGTCTGGCTggtcggagagagagagatgaccgGCAAAGCTCTGAATGAAGCTCCAGATGGCCTGCTGGGCCTCCAGCTGATTAACGGTAAAAACGAGTCGGCTCACATCGCAGACGCTGTGGCAGTGGTGGCTCAGTCTCTGCAGGAGCTGTTTGAGAAGGAGAACATCACGGAGCCTCCGCGGGGCTGCGTGGGAAACACCAACATCTGGAGGACAGGACCACTCTTTAAACGAGTGCTGATGTCATCCAAGTACCCTGACGGTCTGACTGGACGGATTGAGTTTAACGACGACGGCGACCGACGCTTCGCAACCTACAGCATCCTGAACTGGCAACAGAAGCCAAGTCGCCTCGTCCAGGTCGGAGTCTTCAACGGCTCACAGgtTGTGATGAACCCTCAGAGGAAGATCATCTGGcctggaggagagacagagaaaccaGTTGGATACCAGATGTCGACTAAACTGAAGatTGTAACGATCCATCAGGAACCATTTGTTTACGTGAAGCCAACAAAGACTGATGGGACATGTAAAGAGGAGTACACCGTCAACGGAGTCTTAATCAAGAAGGTGATCTGTACCGGACCCAATGGGACGacaccagGTCAGCCCATCGTCCCTCAGTGTTGCTATGGTTTCTGCATTGACCTGCTCATCAAGCTGGCAATGAGCATGAACTTCACCTACGAAGTTCACCTGGTTGCTGATGGGAAATTTGGCACGCAGGAGCGCGTGAACAACAGTAACAAGAAGGAGTGGAACGGGATGATGGGGGAGCTGTTGGGAGGTCTAGCCGACATGATCGTCGCTCCCCTCACCATCAACAACGAGCGTGCTCAGTACATTGAGTTCTCCAAACCCTTTAAATACCAGGGGCTTACCATCCTCGTCAAGAAGgaAATCCCTCGCAGCACTCTGGATTCATTCATGCAGCCGTTCCAGAGCACACTGTGGCTGTTAGTCGGTCTGTCGGTCCATGTGGTGGCAGTGATGCTTTACCTATTAGACCGGTTCAGCCCGTTTGGAAGGTTTAAAGTAaacagtgaagaagaagaagaagacgccCTCACCCTGTCCTCTGCCATGTGGTTCTCATGGGGAGTACTGTTGAACTCTGGGATAGGAGAAGGAGCTCCCAGGAGTTTCTCAGCGAGGATTCTGGGTATGGTGTGGGCAGGTTTCGCTATGATCATTGTAGCATCATATACTGCCAACCTGGCAGCCTTCCTTGTGTTGGACCGGCCTGAGGAGCGCATCACTGGCATCAATGACCCCAGGCTGCGTAACCCATCAGATAAGTTCATCTACGccacagtgaagcagagttcgGTGGATATCTACTTCAGACGGCAGGTGGAGCTGAGCACCATGTACCGGCACATGGAGAAACACAACTATGAGAGCGCTGCTGAGGCCATCCAAGCCGTCAGAGACAATTTGCTTCATGCCTTCATCTGGGACAGCGCTGTGTTGGAGTTCGAGGCATCACAGAAGTGCGATCTGGTGACGACAGGAGAGCTTTTCTTTCGCTCCGGATTTGGGATTGGAATGAGAAAAGACAGTCCGTGGAAACAGAACGTTTCTTTGGCTATTCTCAGCTCACATGAGAATGGCTTTATGGAGGACCTGGACAAGACGTGGGTTCGATACCAGGAGTGTGACTCCAGGAGCAACGCCCCCGCTACCCTTACGTTCGAGAACATGGCAGGTGTGTTCATGCTGGTTGCCGGGGGCATCGTCGCCGGGATCTTCCTCATCTTCATCGAGATCGCTTACAAACGACACAAAGACGCTCGAAGGAAACAGATGCAGCTCGCCTTTGCTGCTGTGAACGTCTGGAGGAAAAACCTGCAGGATAGGAAAAGTAGAGCAGAGCCCGAGTCCAAAACCTCTTTTAGGTCCATCACTTCGACCTCCGACCTCAAATGCCGTAAGGCCTCCGGGGATGCCACGcCGTACCCGACTGACATCACCGGCCAGCTCAACCTATCAGATCCCTCCGTCAGCACCGTGGTCTAAGAGGGAAAGAGAGctacactgctgctgctgagccacacacacacacacacacacacaaacacacacatcatataaACACAGATGGACAGACTGAGCGTCCTCTGAAACAGGAAGTAGAATATGATGGCATCAGGACTTTTGGATGGAATCACACTGcgccaacacacagacacacacacacaccatctgtcatcccaaacacacaaacacacacacacatcgcctCGCCTTGCTCTGCTTGTAGCCGTCAGCCTCCTCCAAACAGAGggtcttttattttaaaagaactGTTTAAAATAGCTTTTATATCGGTTGATGTCTTTGATGTTGCACAGTTTCCTGTCTGTCACACTGATTGATCGTACTGACTCATCGATCCTCCCGATCAGTTTTTGCTTCATCTCGCCGGAAACTCGAGCTCCGAAACTCCAACGCAGATGTTTCCTCCGaacggaaacacacacacgcacctgcCGATCGATCGGGAACCTATTGATCGATCAGGAACTTGTTGATCGATCGGGAACCCGTCGGTCGTTCGGGGGACCTAATCACTGATCAGAGAGTGGTAGGTGGGCTGAGCCTCTGGGATAGGAAGTATTTTCTAACCACAACGTCTCCTGCATCACTGAACCAGGtgcacgttcaatctcaaaacaATGTGCACCGTTTTGCTACAGTTTCCGGGTTGAACGACACGTTTCCTCGGAAAGGTGTAAAACGGTGTGCAACGAGCTTTGAGGTAGGTTTTCTCTCAGTTGGTGGATGTGTTACctaatcagcagagacgtgtacGTAAAatcgtggtaataaaaaggcagtcCACTTGTGCACGTAGCAGGGTGTTTAGCACGCATCCGTTTCAGTAAATAAACGGTTTGCTATGCTTTGTCGGGGCTGAACATTCCCCTGACTGCAGGGATCTGTAATTGCTTCTCAACGACGAGGCTCATGGGTACTGTAGTCTCTAGAGCCACTCCACCAAACTGAGGAGAAAATGTGATCTGACAGTTTGGTTCAATGATTCAGGAACTTCTATTTATACCTCTATTTAGCATTTATAAGAAGTATATAAAGAATTAATAAATCGTTTATAACACTGAATGATTTAAGCCGATATGAGGACATTTTTATTGGTAATTTTACTTATTTGGTATATTAATGAACAAATCATGTATACATGAATATTTCTTCTTCACTCTGACTTCAAATGAGCAAACTCTGTCCTCTGATGAAGGCCATGAGATGCAGCTGATAGCTCTTGTAGAAAAAGTTGACTTTGAGTCACAGATGCTACAGAAGTTATAAATGTTGtcaaatacagtacattacgCTTTTATAAAGTCCTTATATCTGTTGTGTTATAAATCATTTATTAAGTGTTATACTGCTTAAAAGTGCTGAATAGAGGGATTTAAGTAAAGTGCACTAACTTAATACGAACaacattaacattattattataataatctaagtcatatattttatattatcttaaatatttaaagaaaagttgTATTTAATAATGTCAAAAGTGGCAAATTTAGAGTAATCTGTAACAATCTACATTTATGTGTATATGATTTTACATAAAAGTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU82392 lncRNA upstream 299 14676137 ~ 14677372 (+) True G61513
TU82340 lncRNA upstream 178237 14499180 ~ 14499434 (+) True G61468
XR_005639539.1 lncRNA upstream 178614 14497781 ~ 14499057 (+) True LOC120560938
XR_005639594.1 lncRNA downstream 2050 14755450 ~ 14762495 (+) True LOC120561401
TU82458 lncRNA downstream 273041 15026441 ~ 15027400 (+) True G61539
TU82459 lncRNA downstream 274205 15027605 ~ 15027818 (+) True G61540
TU82698 lncRNA downstream 392700 15146100 ~ 15152551 (+) True G61730
TU82731 lncRNA downstream 469722 15223122 ~ 15224015 (+) False nudt18
XM_039804189.1 mRNA upstream 11406 14646727 ~ 14666265 (+) True LOC120561189
XM_039803267.1 mRNA upstream 35459 14626621 ~ 14642212 (+) True LOC120560602
XM_039803269.1 mRNA upstream 35460 14626651 ~ 14642211 (+) False LOC120560602
XM_039803810.1 mRNA upstream 113972 14556389 ~ 14563699 (+) True barhl1a
XM_039803808.1 mRNA upstream 122191 14548680 ~ 14555480 (+) False cfap77
XM_039804510.1 mRNA downstream 14316 14767716 ~ 14772152 (+) True kazald3
XM_039803938.1 mRNA downstream 28298 14781698 ~ 14795943 (+) True surf4l
XM_039802194.1 mRNA downstream 88671 14842071 ~ 14867655 (+) True LOC120560087
XM_039802198.1 mRNA downstream 88671 14842071 ~ 14867655 (+) False LOC120560087
XM_039802196.1 mRNA downstream 88671 14842071 ~ 14867655 (+) False LOC120560087
TU82322 other upstream 243074 14431330 ~ 14434597 (+) True LOC120560925
TU82315 other upstream 285093 14389603 ~ 14392578 (+) True c6h12orf43
TU82226 other upstream 358165 14317539 ~ 14319506 (+) True G61390
TU82227 other upstream 358165 14317539 ~ 14319506 (+) False G61390
TU82219 other upstream 393800 14283417 ~ 14283871 (+) True G61383
TU82404 other downstream 2125 14755525 ~ 14762489 (+) False LOC120561401
TU82405 other downstream 2125 14755525 ~ 14762549 (+) False LOC120561401
XR_005639550.1 other downstream 21113 14774513 ~ 14786109 (+) False surf4l
XR_005639549.1 other downstream 21114 14774514 ~ 14786109 (+) False surf4l
XR_005639552.1 other downstream 21143 14774543 ~ 14786109 (+) False surf4l

Expression Profile