RNA id: TU34488


Basic Information

Item Value
RNA id TU34488
length 13557
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id G29223
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047596.1
NCBI id CM018542.1
chromosome length 35203048
location 17700761 ~ 17714365 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TU34442 lncRNA downstream 171557 17472330 ~ 17529204 (-) True si:dkey-44g17.6
TU34457 lncRNA downstream 189306 17487361 ~ 17511455 (-) True G29196
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TU34503 lncRNA upstream 70110 17784475 ~ 17842820 (-) False G29237
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TU34596 lncRNA upstream 433863 18148228 ~ 18148749 (-) False zgc:153916
TU34718 lncRNA upstream 738103 18452468 ~ 18452976 (-) True G29439
TU34829 lncRNA upstream 899992 18614357 ~ 18614724 (-) True G29541
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XM_026917633.2 mRNA downstream 44551 17637150 ~ 17656210 (-) False brdt
XM_026917615.2 mRNA downstream 44551 17637150 ~ 17656210 (-) True brdt
XM_026917640.2 mRNA downstream 44553 17637150 ~ 17656208 (-) False brdt
XM_034310162.1 mRNA downstream 68617 17618116 ~ 17632144 (-) True ephx4
XM_034312426.1 mRNA upstream 80273 17794638 ~ 17795351 (-) True LOC117599332
XM_026924048.2 mRNA upstream 369356 18083721 ~ 18090316 (-) False znf326
XM_034311248.1 mRNA upstream 369356 18083721 ~ 18090316 (-) True znf326
XM_034314495.1 mRNA upstream 379802 18094167 ~ 18106279 (-) False lrrc8db
XM_026920117.2 mRNA upstream 379802 18094167 ~ 18106279 (-) True lrrc8db
XR_004577384.1 other downstream 171446 17513712 ~ 17529315 (-) False si:dkey-44g17.6
TU34409 other downstream 420588 17272955 ~ 17280173 (-) True G29158
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TU32916 other downstream 2239760 15456635 ~ 15461001 (-) True G27925
TU32819 other downstream 2401742 15297309 ~ 15299019 (-) True G27843
TU34529 other upstream 234792 17949157 ~ 17949718 (-) True G29263
TU34546 other upstream 356622 18070987 ~ 18072909 (-) True G29279
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TU34886 other upstream 1079667 18794032 ~ 18806750 (-) False LOC113537624
trnag-ucc other upstream 1101894 18816259 ~ 18816330 (-) True trnag-ucc

Expression Profile