RNA id: TU424570


Basic Information

Item Value
RNA id TU424570
length 3819
lncRNA type sense_over
GC content 0.40
exon number 2
gene id cmtm4
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047619.1
NCBI id CM018565.1
chromosome length 19570078
location 426873 ~ 452014 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

tgtgtgtgtgtgtgtgtgatgtgtgtgtggtgtgtacaGGACCTGATTAACGCTGCGTGCTGCACGCTGTTCTTCTTCATCGCCTCCGTGGTGTTAGCGGCGCTCAGTCACAAGAGTGAAGCAGAAATCGCTGCCGTGATCTTCGGCTTCGTGGTGATGTTGGTGTACGGTGTGAacacgggtgtgtgtgtgagacggtgGCGTTTAGGAGACCAGCGCCCCCTACAGACCAGCGAATACACACGCGCCAGGACGGCCTCGCGCGGCGAAGTGGAGACACGACCcgaataacacacactaaacacacacactaaacacatgcacacaataaacacacactaaacacacacacaataaacacacactaaacacatgcactaaacacacacactaaacacacacaataaacacagacacacacactaaatacacacacacaataaacacacactaaacacatgcacacactaaacacagacacatacacactaaacacacacacaataaacacacacacacaaaacacacacaaaacacacacacacaataaacacacactaaacacagacacatacacactaaacacacacacacacacacttcagacgATGTGGTACTTGATGTGTATATTTAGGGTTAATTATGAAGTTGTATAATCACTGTACTACTTTATTATCATACTGGTGTatataaactacacacactacacacattacacacacactaaacacacactaaacacattacacacactacacacattacacacacgttacacacacactaaacacattacacacactacacacattacacacaaactACACGACTACACACTACCTTTTACATACTACACACCCTTTGCACAATACATACaaattacacactttacacaaaacaaactgcacactacacaacctacacacaaacagtatACAAACTACACACTCTAAACTACACACTCtaaactacacactacacagagTTGATATGAAGGTTAAATCGGGACCAAATGTGTTTTATAACTgatttataaacattaatgtGGTACTAATTCTGAAGgggtttgtgtatttgtgtatatgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtacttcatcacaaaatgtattattttatatatttctgagTTTTAAATTCTGCTTTTATTGTGTTCCATTTCTGTAGTTAGCCATTTACAGTTGCTAGTGTTTCAGCTAGCTCTGAGCATCCGCGCTAGGCGCTAGTGTTTCAGCTAGCTCTGAGCATCCGCGCTAGGCGCTAGTGTTTCAGCTAGCTCTGAGCATCCGCGCTAGGCGCTAGTGTTTCAGCTAGCTCTGAGCATCCGCGCTAGGCGCTAGTGTTTGATTCACCAGCACTTACTATTACTCGTGATTACCTGCTAGTCGCTACTGTGTGGGATAATTTCTGTGCTATTAAGGGCTAGTTGCTAGTGTTTAGGCTAGTTACTCACACTTGGGCTATTAGCTAGCATTTGTTCCAGTCACTAGCATTAGTGATTAATCATGAACCACTGGGTGATTTGGGCTACTTGCTCATGTATCAGCTAGTTACTAGTGTTTGTGCAAGTTTGTAGTAGTTGTACCAGTCTCTAGCGTTTTAGCTTAGTCATGATcatcagtgatgatgtcattagCATTTCATTAGCTAGGGTAGTGAGGGATAGTGAGGGTTAGTGAGGATTAGTGAGAGggtagagagggttagtgagggATAGTGAGTGGGTTAGTGAGGGTAGTGAGGGATAGTGAGGATTAGTGAGAGGGTAGAGAGGGTTAGTTAGGGTTAGTGAGAGGGTAGTGAGGGGTAGTGAGGGTTAGTGAGAGGGTAGAGAGGGTTACTGAGGGATAGTGAGTGGGAGTGGGGTAGTGAGGGATAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTGAGGGTTAGTTAGGGTTAGTGAGAGGGTAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTGAGTGGGTTAGTGAGAGGGTAGTGAGGGTTAGTGAGGGATAGTGAGTGGGTAGTGAGGGTTAGTGAGGGATAGTGAGTGGGTAGTGAGGGATAGTGAGTGGGTtagtgagggagggagtgagggtTAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTGAGAAGGCAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTGAGAAGGCAGTGAGGGTTAGTGAGTGGGTAGTTAGCCTTTGTGCTAGTCACTGTTTTGGAGTTGAGCAATTTTAGGGTTTGGGCTAGCTAATAGCATTTGTGAGTTTCTAGCCACTAGCATTTGGGCTAATCTCACACATTAACAATAatgaatacagaaataaaaaagaaataaaactctgtGATGTcggtaaataatttaataaccaACTGAAACCGgttttgtttttggggttttgttttgtttgtttgattttttattcTGATATTTAGACCAGACTCTGTAAAAGCTCTTTAACTGTAGTGtgttattttctctttaaaatgttcttttggtactaactgtatattttacatcgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgagaagGTGATTTCAGTGTATTTATACGTTTGATTTAttctgtggtgtgtttgtgtgataacGTCAGTGTTGCAGTGGTTTATTTACTCCTCTAATGCGCACTACGTTGCAGTCTTCTGTCCCCTTATACACGGTTTTAGAGATTTTAAAGCAAtaacatttactttaaaatgactcaatctgtctctctgcaccTCGGCGCTAATTCACGCTGAACGTTATCTCTGTGatagaaaacaaaattattttggaaaagtaaaaagtaatattttaccAAACAGCATGTAATAGATTTAAAGTGAAGCTTTGATGCTAATAAATGAGTCTCAGATGGAGTGTATTGCGCTAGTCGCTAATGATCACGGTTATTATTTTATCAGCTAGTGTTTGCTTGCTAACATTTGTGCTGTTAGTGTCTGGATTAGTCAGTAGCATTTGTGTTTAGCCGGCTATACATCGAGAAATGGGCGGAGCCATCATGTTAGCGGAAATATCCAAAATAGTTGAAAGTGATGCTAATTAGGAGTGAGAATCTGTTAGCATTCTGGTCACTTGCTAGCATTTTTGCTGAGTCATTATCATCAGGGCTAGTCGCTAGCACTTAAACTAGCTACTAGCATTTGAGTGGTTTGCTAGCATTTGAGCTATTTTAACATAAATTGAgataaactgaaaataaaaatgaaataaaattcaatgaaatgaaaaacaacatgagataaaaaaaaagatgatttaaAATCTTATACTTTAATGTTTGATTTCTGCACTACAGACATTCAGGTACTACAGAGTGTGTAgcgtgagtgtgtagtgtgagtgtgtagtgtgtagtgtgagtgtgtagtgtgagtgtgtagtgtgtagtgtgagtgtgtagtgtgagtgtgtagtgtaagtgtgtgatttgagatgGAGCCTGAATTCAGCGTAACtctgtaataatttaaatattttaaggaaCACTGTGTGAATATTTTGAAGGACAATCGAACTGTTTTAATGAAGGTTTCATTTTTCTACagcaacactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgattttatctCTTGTGCTTTATACTCTGTAATGAAACACTCCTTCTCTACTTTGAGgtgttataataatgataaattaatatCTGATTGTAATTTTATGGTTGATTATTTATCCCTTTTTAGTCGATGTCTGAACTCGGAGGTTTAATAATCCGACACTGTGATGGTTTAAACAGGAACACAGCCGCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU424557 lncRNA upstream 11609 338823 ~ 436472 (+) True G358331
TU424576 lncRNA upstream 23438 379230 ~ 424643 (+) True G358344
XR_004577246.1 lncRNA upstream 47225 399347 ~ 400856 (+) True LOC117596071
TU424568 lncRNA upstream 53460 391333 ~ 394621 (+) True G358338
TU424536 lncRNA upstream 161554 284243 ~ 286527 (+) True G358312
TU424593 lncRNA downstream 33721 485735 ~ 487322 (+) True G358359
XR_004577209.1 lncRNA downstream 93562 545576 ~ 548885 (+) True LOC117596049
TU424735 lncRNA downstream 180474 632488 ~ 632693 (+) True G358478
TU424767 lncRNA downstream 425242 877256 ~ 914967 (+) True G358508
TU424772 lncRNA downstream 456482 908496 ~ 919746 (+) True G358513
XM_034299617.1 mRNA upstream 27213 405979 ~ 420868 (+) True dync1li2
XM_034299618.1 mRNA upstream 27345 405979 ~ 420736 (+) False dync1li2
XM_034299454.1 mRNA upstream 71835 362885 ~ 376246 (+) True nae1
XM_034299453.1 mRNA upstream 96313 344062 ~ 351768 (+) True ccne1
XM_026911576.2 mRNA upstream 109440 330987 ~ 338641 (+) True si:ch211-260e23.9
XM_026937706.2 mRNA downstream 14526 466540 ~ 476972 (+) True tk2
XM_026937707.2 mRNA downstream 14635 466649 ~ 476972 (+) False tk2
XM_026937569.2 mRNA downstream 501191 953205 ~ 995231 (+) True cdh11
XM_026937736.2 mRNA downstream 851867 1303881 ~ 1433318 (+) True cdh8
XM_026937737.2 mRNA downstream 851867 1303881 ~ 1433318 (+) False cdh8
TU424567 other upstream 9195 426896 ~ 438886 (+) False cmtm4
TU424577 other upstream 96312 348769 ~ 351769 (+) False ccne1
TU424578 other upstream 96312 348769 ~ 351769 (+) False ccne1
TU424579 other upstream 96312 348769 ~ 351769 (+) False ccne1
TU424532 other upstream 99405 344118 ~ 348676 (+) False ccne1
XR_004577234.1 other downstream 1438560 1890574 ~ 1904591 (+) True LOC117596061
TU425115 other downstream 1869157 2321171 ~ 2338758 (+) False c25h16orf87
TU425321 other downstream 2184275 2636289 ~ 2664941 (+) False igdcc4
TU426380 other downstream 3271012 3723026 ~ 3729877 (+) False cylda
TU426382 other downstream 3289772 3741786 ~ 3745457 (+) False cylda

Expression Profile