RNA id: TU188432


Basic Information

Item Value
RNA id TU188432
length 5986
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 1
gene id G149747
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 12092387 ~ 12098372 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AAATCCTGGAGCTTTTTATTATCCCCACCCTTATTTTGAATTTCTACTATGAATCAGAAACTGGTTGCTTTTGGATTGTAGGTAAgcagtgattttaaaatgcttctctACCAGAATTACTATGTCTTTTACTAGGGTCTGGTAGCCATCTGCGTACAATATTCTTCATGAGAGGAAGTTAAAAAATTAccacactttctttttcttaaactGAATTTCACAGATATGAGCTTCTCTTCTACACCTTTTTTGTGAGTGAGTTACACTTGGACTACATTTGTGCACGCAATGCTGTAGCAAGGTGTTTGTGAAGCAACACTTAAGTAGACAGTGACGTAGCTCTACTTTCAAAAGCAAGAATGAAATCCCGTTTTCAAACTGAGTGACACTGATAGActtggaaagaaacaaaacagtggtTTATTCTTTCTATCTGCAACCAAATGTTTCACTTttggtttttttctttttctttttcatatataGCCTTCGGATATCAAACCCATGGAAACAGACTTCTAGTCATCTCTGATAATAGGTAATCGTAAGACGAGTGTGGGTTGTGATTGGAGCTCTGCTGATTTGGCCGGGAATACAGTGTTCTTCAGATGTCCTGTACAGCAGAGTTTATTCCAGGACTGCATGTGTAGAGTCACTGGAATACAAGAAATCCATGTGTTCTTTGTACTTGCATACAAACGGATGTGTGACAGCCTCCAAATGCAGACCACCAGGGATGCTAGGAATTAAGTTAATACCAAACCGTTACGTTTTTATATTGGAGCCTTTATACTGGGATTTTTTCTTGGGTTGGGGAATGAGGAGATTGAGGAGATTGAAACCaatttgaataatgttttattgtgtgggGAACTACACACATTAATGTCAATAAtcgctttttttaaattatttttttataagtgTGCTTTACTTCTGATTCCTGTCCTATGAACCATGTAGTTCAATCATGTTTTGCTGTTAAGTGCAGCAGACTTACCAGACCAAATGTAAATTTCTGAAAGATCAATGAATTACCAttataaagattttatttgaagttgatatacaaaaatatcttTTGGCATTTTATAAAGAACAATGTAGGCTGTAATCTAGTCTTGACAATACAGACAAGGCCCtggacagacaaaacaaaacaaaaacaaaacaaaccatcaaaaaaaaggaaatgaaatctTTAACCCAGGGTACTGAATAATCTTAGATGCTTTTTAGCTCCCAGTCccctgatttaaatgtaaatatttaaaatctgagTGGCAAAACTGGGCATTTTCCAACCAAATCAAAATCACAGCATAGcatgtttgcattatttaaaagacagacctgtgtattataaaaacatcctacaaatggaataaataatatatgagtTTCAATTAAACTTATCTGCAGTAAGTCCTGATGAGAGAATTTCATGgtcatgaaaagtaattttgtttcctgcagtgtgtaatttacaattaaacatgtatttatttggtcttTTTCAGACGCACAATAGTACAGGCTGAAAATGAAGCCCATTCTATACTGTCATTTATGTCATCTGAAAAACGTTCTTTAGTAGTAATTTTCTTGGATAGTATTAATTACCcacaaccatttaaaaataataactgttagtataaacatttaatgttaaaattagCTTTACATCTACAGTTGATGATATTCCTTACTATGTAAAGCATGGATTTAGCATGTCAGCCATGTCATTAGAAATTGCTTTCGGCATTACAAATCATGTATCAACAAAGCACTTTCTCAAAGATCTTAAGCCAGTGTTTTcggttttgtttcttgtatttctttggTGTAAAGATACACTTGGGCACTGCTATCAGATTGTTTGTCTTggggagggagaaaaacaacCCACATTTCTAATGCGTTTCATTCCCCAGACTTGTGGACAGCCCCCCCGATAACGCACTCTTCTACATTATGATGCACACATTTGTCTTTTATATGAATTAAAAGGTTTGTATTCTTCTTGATTTGAGAGACTGGTAGGTGAATAAAACGTGAACATGAACCCCCTCCCAAGAAATATAACTAGATCTGATCTTACCAGTGGAGAAATATAAATCTGTTTGCCCTTGGTCATGGCTGGTGTAAATGcctgcatatatattttgtaatttaatcatGAGGAAAAAATGGAAACCAGTTATTTTGGAGTATATAgagtatatttgtaaatgtgttatatttaaatgctttgtCATGCTATCTGGGATTTAgcggacaaaaaaaaaaagaaaaaaaaaatgctgacagCTAGCATCCCTGCTGATTTACCTTTCAGGAGcttatttataaaactgaagggttttttcttctgtgaaacAAGGTTGcagttttcattatttcatttgagtgcctgttctttttttattttttaatctataggtttgtattttaagaaatggGGATTTTAAGTGCTTCATCCACAATGTAATTAGAAGCTCAGTTTGATTTAAACTGCTGCATGCTGTCCATAATAAATCCATCAActcaaatcatgtttttaaaacgtACACATCTTGCTTTTCCCCGATTGTGTCCGAAAGAGTTTAAACTAGTTTTTCTATCCGATGTTGCTCTCGCAGGTCATTCCAAACACAATCCAACATGCAGACTTGCACTATGAAGACTTGAACGTATTCACAGATCGTAGGCTATTTTATGTTACTCAAGAAAGTTCTGTGTAAAGTCAGTGTATTTAAAATTTGAGAgaattaaatagttatttagCCATACAATTTACCGTGTTAAAGTAGGTtacatgaaatgtgaaataaacattttaacctCATCCTTTTGCAGTCCCTTCCCAGTACTCGGTACACTGACCTGACATGCCCCTTCCAGTCCTGCAGCCCCGTGTCCTCACCTCGCCTCTCTCACTGCTCGCTGGAAAAGTATTAATCCGTAGGGCAGTGTATTTGCTGTGGATCAAAAGGTTGGGAAAAATTATAGTAACTcttttttcatgatttaattacatgttaaacaggacaaaataataaaggcCTTCACAAGAAACCTTTTGATTCTACGGCATTGACGTCCATTTGTATCCACTTTCAATTCAGGCATATGTAGTCACTGCACAGAGAAGGGAAAAACCTAACTGTTCCTCATAACAGGGCTATGAAGTTGTATGCGCTAAGGGAAATGCATACACTATTGAAGgctgcctttttttaaatgttaccgAAGAATGTAGTTgaagaggtgttttttttttttcattttcaaatccaCCATTGCCATGTAGGACACTTTTCAGTGAAACTCCGTAGTGAGTGTATGGAAAATCAAATTACCTTGCCCTCGAATACAGTTCTTCACATCTCAAAGTGTCCTAGCGATCCTAGTGCTTCAGCAGACCAGGTGTATGGCTCGCACGACTAACGATGGCAGGTCATGCTGCCGGGGGTGTGCTGTACCCGCTGCTGCAGGGTTTTACTGCAGTGTGGCCCCTCCGATCCATACTTCTGTATGTTGGCTTAATATCCTGGCTGAGTTCTGCTGAGCATTGAATCCGAGTGCACAACACGGCATCGTGAACATCAGTGTTCATGGCACAACAGGCCGACTCCTGCGCAGGCCGTCCATAAGCCCACCCTGTGAGGCACGAACCATGCAGTCAGTTCGAGCTGCTAAAGCAATGAATATACACTAAAGAGAACAGGACCCCAGCAGGAGAGATCTAGCACTCTGTCTGTGGATCCCCTGACAGGCCTTGAATTTTGGCCTTTATCTGCCACTGCCTTAACAAGGGTACTTGTCTTTAAAGAGTATGAATTGCTTGGTAGATTGCTGACTTTTTAAGATGTTTTCAATGCTCCCAAGTTCccgtttcttttctcttttttgacATTGGTCAGTTAAAGCTTTGTTCCATCTCTTACATGAATGAAACGTGATGCATGCTgactacattttttgtttttttgttttttgcttttagtttgcttttttccctcccttCTCTGCCTGGTTCTCCAGGACGTAGACCTGTTGTGGTGCATGTGGTAGCAGAGCACAGTGCTGAACTAAATGAAATAGGGCCTGTCTAGCTCATagttcagactttttttttatttccattttttttctcaggtTTGAATGTTTGCTCTCAATCCACCATTCTTTCCAGAAGTGAATTTCTTGTGACGAGTCACAGAAATCAGTGGGTATTACCtaaagactgaaaacaaacaggcaaactGTGTACTGCATTGCAAAAAGTGCCTAATTCAAGCCCCATTCAGCACCACACCACAGAGCAGTGTGTCACATACTGAAGAAAACAGGGTGTTCATTCAGACTTCCTCTGTAATTACACGTCTGCCTTGCCTTAAACACAGTTGCAAATCTTCCCAGACATTCTGGGACTCGTGCAGAACACGGGCACAAGCACACAGAACAAAAACCACAGTCAGGTTTTCTTGAGGTTTTAAGCTCAGTGAGATGTTTGTAGTGTTCGCAGAAAAAGTAACTGCATTTATACTGAGTTGCCACAGGGTGTCATGTGGGATCCATGTAACGACAGCCGCCGAGTCCTGCAGCAGAGTGTCTATCTGCTTTTTCGTAACTATTTAAATTTGAGAGAGGTGAATGGTTTATAAAAACTGTAAACCAACTTTGTGATATTGTTATCTTGCTTATGTTGAACAACTTGTGGGGTACATTTCTGTAGGGGACACTTACTAACATAACTTTCTTTAAAAGAAGAAAGTATGTAAAGACTTATCTGCTTAAAGCAACCCTCCCTCAATCGTGCATGTGTATTACATGTCCAGTGGTCCAGGTCAGTTGTCTTTCTGAAGAGACTGTATAAACCGTGACCAGTTATTACACGTTGTTAACGAATTCGGTGTTCTGGGACTCTCTGCTAAGACAATTACACACAATCGTTTCCCTTAAAGCCTGCTGCAGCCCTACTAATTAACCCTTATTAATCCCCCCCAACAAAACCTGGTTACATACCTCCAGACCATCTGTTTAAACAATGGCAAACTTTGCATAGGTGAGATCTTTGAACAGTTTGACTCTTAACCGCCTCGACAATCATTTTTTcgtattttgatttgatttgatttgattatttatttatttacagggatccttgcagtattttattattgaccGTTTTACACTTGCTTGCCCCTCAGAGTGGCACACTTAAATTTCCCTTGTCTGGGAGGGCTGCAGAAAAGCATCATATTTGGTGGGTTTTGGCTTTCAGTTGTGTAATTGTGGAAGAGAGGGACGGCTCCAAAAGCCCTTCAGAATGATTGATGCAAGGGcctttcttatttcttttttatttgtttgtttgttttgtttttctatgatCTGTGCTTATCATACTTTCCCCTAAACATAAGTGTCCCAAAGACCTAAATGTGTAACGAttttaagctgtttttacataatatattaacaatCATTTTCAGCATTGATGGGCTATGAGTAGGGAATGTAGTCATTAATTGATAAGTAATCGTAGAGAACATGCAAATGCAGGTGTTAAATTATATAcgtgtattaaaacaaaaacttgttgGTGATGTGCAGGTTCATCCGATAACCCGTTTTCTTTCTTGACTGATTTTTATATCTTTTTAACAGTGATTTCTTGTATATGCACTTTCTTTTCAGCCCCCTTATCAAATGCCCTTTCCCCCCGTGGCCAGGTCTGAGTGTTTACAAGTGGAATGAGAGACATTCCagaatattcttttttttttttttttcttttgggggcatacaaaataaatctgcaaatgtaacacataaaaaaagtacattttaaaggtgaaaatggaagtgtattgattttagaaggaaaaaaatatatatgttttgattGAACTTGAATcctgtttctgctgttttttgtttttctccttacAAAAGCTTCCAGTCAGCAGCTATGTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU188424 lncRNA upstream 64944 12027227 ~ 12027443 (+) True G149739
TU188352 lncRNA upstream 291647 11800000 ~ 11800740 (+) True G149674
TU188351 lncRNA upstream 292509 11799561 ~ 11799878 (+) True G149673
TU188350 lncRNA upstream 294380 11797375 ~ 11798007 (+) True G149672
TU188346 lncRNA upstream 297531 11793367 ~ 11794856 (+) True G149668
TU188614 lncRNA downstream 735167 12833539 ~ 12841673 (+) True G149869
TU188779 lncRNA downstream 868603 12966975 ~ 12968142 (+) False AMCG00000381
TU188827 lncRNA downstream 1314493 13412865 ~ 13413064 (+) True G150042
TU188855 lncRNA downstream 1551031 13649403 ~ 13650051 (+) True G150066
TU188905 lncRNA downstream 1641404 13739776 ~ 13746116 (+) True G150106
AMCG00000339 mRNA upstream 1494 12076056 ~ 12090893 (+) True AMCG00000339
AMCG00000351 mRNA upstream 50464 12034131 ~ 12041923 (+) True AMCG00000351
AMCG00000352 mRNA upstream 97361 11965555 ~ 11995026 (+) True AMCG00000352
AMCG00000353 mRNA upstream 205490 11866155 ~ 11886897 (+) True AMCG00000353
AMCG00000332 mRNA upstream 252707 11836793 ~ 11839680 (+) True AMCG00000332
AMCG00000340 mRNA downstream 63619 12161991 ~ 12169461 (+) True AMCG00000340
AMCG00000346 mRNA downstream 103798 12202170 ~ 12208132 (+) True AMCG00000346
AMCG00000347 mRNA downstream 156056 12254428 ~ 12285830 (+) True AMCG00000347
AMCG00000344 mRNA downstream 246495 12344867 ~ 12345699 (+) True AMCG00000344
AMCG00000345 mRNA downstream 258469 12356841 ~ 12364023 (+) True AMCG00000345
TU188404 other upstream 106672 11982460 ~ 11985715 (+) False AMCG00000352
TU188165 other upstream 1557250 10534590 ~ 10535137 (+) True G149525
TU188032 other upstream 2121586 9969324 ~ 9970801 (+) True G149424
TU187550 other upstream 3511275 8579717 ~ 8581112 (+) False AMCG00000249
TU187301 other upstream 4729680 7361020 ~ 7362707 (+) True AMCG00000217
TU188603 other downstream 581298 12679670 ~ 12727903 (+) True G149859
TU188861 other downstream 1592467 13690839 ~ 13692589 (+) True G150069
TU189044 other downstream 2034766 14133138 ~ 14153840 (+) True AMCG00000412
TU189714 other downstream 4837621 16935993 ~ 16938282 (+) True G150750
TU189794 other downstream 5447082 17545454 ~ 17548508 (+) True G150811

Expression Profile