RNA id: TU175906


Basic Information

Item Value
RNA id TU175906
length 4201
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 2
gene id G139867
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030139.1
NCBI id CM030139.1
chromosome length 23121578
location 8111025 ~ 8115245 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTacatttaacagtttatttatttttaatttttttacaaaacaaatgtggcaatagaaaaaaaaaacaatgcaataaggTTAGCAGTTGtgaataaacttaaaaaagaaacattacagaCAGCTTTAAGGCACTGTAATTTTGGGGGTGTGGTCAGAACATGGCCATATAGATAAAAGGGATAACAATTTGGTATTTAGGCTTTATAACGTATTTTCATGCAGTGGACGTTAGGATTACGCCTTTCAgagattttatttcagtgggAGAAAATCAATATAGAAGATGTTTTAATTGAGTCATGTTGTACTTCAAATCAGCaattataaaagcattttaatatcacAGCAGACATATTTACAGAATAACACTTATTAAATTATGGTATTAAAATAATGctaatacaaattgaaaaggGTTCTAACATCCTGGACAAGTCAGCTACAATGCAGCACTGTGGTATTTGTGCAATTTGAAATggacattcatatttatacctatacatttttttttaagcaagtCAGACTGATCTTAATACACACACGGACCTACAGATTAgggataagaaaaaaatattaagcataaaacaaacatggcaTAACTTCATaatgaaactaaaaatatatgtagcatttttatgcagatattcataatgtttaaatttgttccctcaaaaaacaaaaacctaacaAAATACTGtcagtaaaaacacaatttataaaaaaaaatctgagtaaattatcatttaaattaagataTAAGTTAtcagactttttttaaataggatGAGTATCGGATTCCTTTAGCTGATACAAGTTTCAATAGGACTGCTTTTCCAATTTCCCATCATTATTCTTAGCTCTTGAGTGAAAGAGCACAGATAATTCGTATTTCACAATCCTTTCTTGTTTGTTCATTCTATacgtttatttaaatattttgtctccacacattttcataaaatgaaACCTATATGTTGGTACATACTGTTCTCCTGCAAAGGTAAAATTAAACTACAGACGTCACTATTCTCGTATCCGCCATTGGATTTCACTGTTGAGTACAATTTAATATAAGGTGACATGCTGTCAAATGTCATTATCACAGTCAATGCATTTTAGATCCACAATGGCAGTGAATGGTGTGAAAATAGCTGTTGACAAATAAGTTTTATGTCATATAGACAAACAATGAGAATATTCTAgcttaatgtaatatttttctattttttgatGTTGAAGACAGACCGATGTGCCACATAacactgattggaaaactgacCTACtccaaactttgacccacctgatatttgcatattaaaaaaacaatacttaatgACAGCTTAAAATTGGGATATGGGTATATAAAAGCTTctggcaaacaaaataaatagtggaTTTCTAATTTGGTCTGtgtcaatttaatttgtttaaatacatgcatttgtagctgttatttgtattatttatcagtACACCTCGATTATGAAGATTATAAACtctatttaattacaataatggtGTCTTATTCACTTACACAAATATAGTTTCTCAAATCtagtttcatattttgttgtataGGGGAGGAACAAACCACATCTTTtactaatatattttacaatttattactacagtgtttatatacagtacttcTACACTAATAGTTCTAGTAGAGAACAGGTCAGTATAGCTTGAAGGAAACTAAATGCATCATACCAATTTGCATATGGAAAGTACTGGTAgcttaaacatgtattttggtATTGTATTTAAGAAGGGCAAATCATGTCACAATTGAGAAGTAGACAATGTTCTGCTTTTGCATTCAGTATGTTCACAACATTGACTGTATTCGACGAACGCAAATACATTATACTTTTGCTGCCTTAACAATTTCCAAACGTAGGTTTCActgaactgttttttgtttttttttcttctacaagCAAATTCAATGACATCACAGAAAAATCTAGTACTTTATGGTCATGAGTCATTACTTACATTACTGGGGATTAAAGAGACTTCACCTCCTGCTTTTTCACTGTGAATTCAACTATTTTCTGAAACCTTAATCACACTCCTAATGCAGAGCAGACTTGGTAGccagaaacatatatatttttaaattaatgccaTACACATTCACCAAACGTGGCTTAATCGGAGTGAGATGACGTTTCTAAACTATATCAAAGTCATGTGCATATatgtttattgcattattaCCAACAATCAATTTCTCAGTGCTATCATACAGAATTCAGATAGCCAGCACTAAGTGATTTGATTCTCAAGAAAAAGGCTGCATGTCCTAAAATGAATCTaccactgttaaaaaaataataataattaaggaacatgacagaaaaaaaatataaatactatgtaaaaaatatgaaaaccatATACTGAAATACTCATTAATAGAAATAACACCATtcctaaaattataaaatagcTTTTCAATGTCATTGTCTATACATTAAAGAGTTACAAAGGGATTTCCCAGCAATTCCTCAATGCATGCAATGCATCTTTCCAAACATTTATTGAAGAGTCTCAGACATTGAGTAtagattaaacatattttaagacTAAGATGATGCTATAATTTGTTGCTGGGAATAAGGGCACTTATCTTTCTGGTGTCTTTTTCTTAGAATTCTGcttcttctctgtatttttcttcaaaaagggttaatacattttccttacTATTAAACACATCCTCCCAATTATTcataaattcatattatttccaAACAGAAGATGGCTACCAAGTTCACTTGCatacaaacaatattaatagTTGTAGTCAATGTTAGGTGGTAATTGGACATATGTCTGAAATTACACAGAAAACTAAATACATGTACAATTTATAGCGTTAGGAACTGTAATTGTACTGTTATTTCTACACCTACAAGTAGAACCCCTACCTGGACTGATGGACTGATGTACACCACATCAGTGCAGAGCCCAGAAAACCAAGTATGAGTTTATATCGTGACAAGGAGCCAATATCTTCAACTAAATGGCTTGTTCATGAGTGACTTTGGCTAAACAATATTTAGAAACCTTGAGAGATATAATGGGAAATGCCTTTGATTCAATTGAAGTCCAGATAAAAGTGGGTTAGGTTTCCTGGCACTCAGTGGAGGATTGTCACTAGAGTGCAATGAGGAGGAGAAAATGATGAATGATAATGAACCGCGACTTCAATATTATCCAGAGTAAACCAGGTCCGTCTTGACAGGATATTGTCCTTCTGCACAGCAGTATCAAGGCAATGCAGTGTGCAAAGCCATTTTCAAAGTCAACTCCCCTTTAAAATGAAACgcattgcaatacatttaagaaaaaaaacacattcaactaataaaaacatatcttcCCTATTTTGGTAGTGGCAGTCTTTACCAAAACAAGGGACAGTGGACACAGTGAGTCGCTGTATCCCAACAGTTTTTCAAGCACTGCGTGGTGCCAGAGCAGCTCCCTCTTCATGAGATTAATGGCTAATTTTAAAGACGACATACAATCGGAGAGAACTATTGAAAGTACAGAGAGAAAGCAAGTTATTTTTTCCATccctgtattattttttaaccataCATCAAAAAACCTATAACAAAAGATTACATCCTTTAGAGCTGAATTGCATGTTGTTTTCACTGGCTATACCGCTATGAATCAATATTACTCCagaaatgtttgcttttaaaaactgaaataagaattatacatacatacatacatatatatatagttgtaaaAGGCAGGATCATGAGTTTGGGACtcttgaaaacaaatctgtttaaggcattaaaaatgtatgtgtgtaaggCGGTCCAGGCGAAGCTCGAGATATTTTTGGCAGTGCAGTTCACAGTGACTGTCTCTCAAATGAACTCCCCTCGGAAAGGAAGCGAGTGGACGTTCTGCTGTTGCCAGCGGCAGCGCAGACGGGCAAGTGGTGTGTCCTTTGGGTTTTCAAACTCGGAGAAACCCAGCTGGTTGAGAATGTCATAAACACCAGCCCTGGCAGCCACCTACAAGACATAAACACAGGAAGCACACTTACAAAAAAAGTCAACTGAACATTACCCAGAGTGTGCTCTTTTGGAAAATTTGTCCCACACCTCCTTACCTTTAAAAAGTCACTTTCGTTGATGGGCAAACATCAAAAGTGAAGCTCAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU175854 lncRNA downstream 164504 7946052 ~ 7946521 (-) True G139825
TU175760 lncRNA downstream 652534 7455544 ~ 7458491 (-) True G139752
TU175655 lncRNA downstream 891833 7218869 ~ 7219192 (-) True G139668
TU175618 lncRNA downstream 1037489 7001665 ~ 7073536 (-) True G139639
TU175564 lncRNA downstream 1600900 6482267 ~ 6510125 (-) True G139593
TU175922 lncRNA upstream 66045 8181290 ~ 8181576 (-) True G139881
TU175946 lncRNA upstream 115124 8230369 ~ 8231218 (-) False G139902
TU175947 lncRNA upstream 115124 8230369 ~ 8234284 (-) True G139902
TU175950 lncRNA upstream 115124 8230369 ~ 8234284 (-) False G139902
TU176008 lncRNA upstream 379609 8494854 ~ 8495297 (-) True G139937
AMCG00002975 mRNA downstream 62591 8045215 ~ 8048434 (-) True AMCG00002975
AMCG00002969 mRNA downstream 72954 8033455 ~ 8038071 (-) True AMCG00002969
AMCG00002972 mRNA downstream 85093 8022647 ~ 8025932 (-) True AMCG00002972
AMCG00002971 mRNA downstream 89623 8012852 ~ 8021402 (-) True AMCG00002971
AMCG00002968 mRNA downstream 100089 8006321 ~ 8010936 (-) True AMCG00002968
AMCG00002981 mRNA upstream 59667 8174912 ~ 8176893 (-) True AMCG00002981
AMCG00002978 mRNA upstream 68210 8183455 ~ 8195892 (-) True AMCG00002978
AMCG00002980 mRNA upstream 83431 8198676 ~ 8203314 (-) True AMCG00002980
AMCG00002979 mRNA upstream 99651 8214896 ~ 8229129 (-) True AMCG00002979
AMCG00002986 mRNA upstream 390444 8505689 ~ 8508352 (-) True AMCG00002986
TU175851 other downstream 172784 7931257 ~ 7938241 (-) False AMCG00002970
TU175710 other downstream 758204 7348811 ~ 7352821 (-) True AMCG00002945
TU175621 other downstream 1044704 7062473 ~ 7066321 (-) True AMCG00002935
TU174755 other downstream 4108221 4001650 ~ 4002804 (-) True G138932
TU174734 other downstream 4160857 3937764 ~ 3950168 (-) False AMCG00002828
TU176000 other upstream 370116 8485361 ~ 8494596 (-) True G139933
TU176103 other upstream 731787 8847032 ~ 8847840 (-) True G140006
TU176114 other upstream 1121413 9236658 ~ 9237730 (-) True G140015
TU176570 other upstream 2186555 10301800 ~ 10331372 (-) True AMCG00003049
TU177068 other upstream 3525571 11640816 ~ 11647619 (-) True G140758

Expression Profile