RNA id: TU5309


Basic Information

Item Value
RNA id TU5309
length 4875
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id G4358
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 24657907 ~ 24662781 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTTTATCCTTACCATGCAGATGCGAAAACATGTCTGTAGAATATCATCTGTCGGGTTTTTAAAATTAGACTAATATTGAGTGGATAGGAGTCTTCAAACAGCAATGTTAATTcactttcttcttcattttcaaaatcataaatcatCTTACGTGCCCTATTTGAACATATTTTGCTTCTGAAATTATTGACTTAAATTATTCTCTACTGTTCATGGCAATAtggttcatatttatatatatgtagtgtttGTCCGTTAAATTGCACTCTGAAGATctaattttaatgataattaaataaatcctcaCTGTCTCCACTTCGCTGAAGTACTGCTGGACACTTGGCTTCTCTTACTGACAGATTAAATCACACACAGGGACCAATCTTGCCCCCTGAATCTCTTCAGACAGAGGACCCTTCCATGTCTTTCTGTCAGACAGAGAAACTTTACATGATGTCTCATGGGGGGGTTGTTCATATGAGAATTTATCCAACAATGTGATTCCTCttggtgaaaatgttaaataagattaagaaattgattaattatttattgcacGTACGAGATCCTTgatagttaaacaaaaaaatacagggTTAAGAGATAGGTGTAATTTATATCCAgttttcacaaatacaaatacaagtgcATGACCAAAGAGGAGATTGCAGAATGAGAACAAACTATTTCCACAAAAACCTGAAATACTACTCACTTAATATCTATAGACttaatacagaacagaaaacacaaatgataCAGTTGGGAGCTGAACTAAAGGCTATAACAAAAAATCGTTTACCTGCTCCTTTCagcaaaatatcacattttaaattgaatacacTATTTTATTCTACAGGGATACACAAGAAACAACCCTGTGGTGTTGTGTTTTACTACAATGATGCCAAAAAACCTTCAAcatcatactgtatattaaaatcagAATCTAAATATGCACTGTTCTTAGTAATGCCATTCATGTTATATTGCATTTCGAAACATTGTTTCACCCTATAAAAGTGTGCTTTAGGTTTCAAAAGCAATATCAAATTTGCAGTCTTCTCACATAAACTATAAAAATCCATATTCACCTTTGCTGAACTttggttattattttcaatacaaaactTTTATAACATGTAACACCAGCAAAACACAGGAAGACCCGTCAGTGCTTCTTTTTCCAGATTATTCTACCGTTAGGTGTCGGTTCAACAGTGTATATTTATCATGATAAATGATTGCACATTTCATATGGTAGGCATGGCTGCACGTTTGTTTCTGTTGCTGAATACAGGAATCTGTTCAGGATTGATGTTAACGTGCCAGAAAGTGCCAGAACCTTGCAAATCAATGAATCTCATGTTCAGACACTCAAACGCTTACCTAGAAAAATAATTCTGACAGCTccttgaaaaacattttctggaaATAAGCAGTAGATGTGCATGCTTATCCCATTTTCTTGAAAAGAAAATCCTAAGTCTTTGATTCTCCACTGTCCTGCATTTTGAATTAACTGTTCTTGTttatcttgtttatttgaatgaaacagTAATTAATTtccacacacttttttttttttttaaactgctcgCCCTCCTTTGAAGCAGATTAGTTTTCTTCTGCCCTTGGCTTCATTAGCCTGTTTTCAAAACTTATTTGggaaaatgaatatgaatttcTCCAAGGGTCTCTAATCTGCATCACAGCACAGACAAATAAGATCCCTTGCTATCTCTTAATTTCTCCTTGTTTTGGGGTTGTTTATCGGCATGTTTAAAAGCCTCATGATGCCACAAAAAGTAACTCGGTTAAGTCTTTAGAGTTATGCAGTTTTCTGTAATTCGGCTGAGATTTTAAACAGATGGCAAAGAAGTTATTTTAGAcagccaaaaacaaaaccatggtAACAAAACAGCTAAACATGTTTTACGTGAaggttattaatatatttttttcagttgtaaatataattgaatgaatctgaaatgttcagtttatatataaacaattgaATATGCATACAAtctaacatttaataaaacttaaattaacTAAACTTATCTAAAAAGTTAAGTGTTTATCTTATAAGGTCAAAAACCCATCTTAGAAAGTATAGAGCTATTTTGGAATTAATGTGCAAAGTaggatattttgtttctgttaaaacCCACTAGCATTTTACAGGTATGTTTTCAATAGGACATCAAAATACTGATTCAGTTGCCAAATGGATTTGTCAAATTATGGTGTCAGTTTCAATAAGATTCACAACTTCATATGAAAGCCTGATAATGGCTTCTCAAAATGTACTGACAATAGCACCCTGTtcttacatattattttttatatcaggAAATAGGAAATGCACTAcattacaaataagagcaaatGTTACTCCATCCATGCTTCTTCTGTCTTGATCGAAAAACGTGTGAAGATTATTCTAGAAGTGTCCTTGTTTAAACTGGTTTTAGTTTTGACTGGTTTGCTGAAAGCATATTATCCTGTATATGCATCATATTTTCTGATGTTTGTCTCctggttgtgaagcaaataataataaaaaacacagaggGAAGCTAAAAATAGTCTGTTTAGCATTTACATCACCAAGCACTCAGATACCTGAATTGATCCCCAAAAAATCCCTGTGTGAATTGTTCATTCCCAGAATATATGATCTCTTACTAGTCCATCCATTTAGctttgctgaaaatgtatttggatcAATAAAAAGGAGCTTTTACTAAAAGCATTGCTGggctattttaaaaattattttgtgtatttacaaaaataagatCTATTCCATGTCATTTAATGCTTCCAAGAACCTCAAAATTAACTTTCcataatgcaaatacaatacagtaccaTACAACtcttataaatacaatacaatacattgaaaataacaggaTATTTCTAGAACTTAAACTATTGCTGATGACGCTAAAAACGTAGACCTGAATCCTACTGTTCCAATATGTATGTCACAGAACAACTGAGGAAATCGTCAATCATAGAAACCgcataaatattaacatttaacttgtattttgtttgttttgtctttatgcactgtgattatttttaattatttatgcaAGATATCTTTGGACTCTTGATCTGATGGCAATTGATCTGCTTGGTGCCATGGATGTCAGCTCAGAGCATGAAGCCATTGTGTCCTCCTCAATTGGACCCCAGGACACCACAATTCAATATATGCATGGCTTTGATAAATGAGAGCTTACAACTGCagctttcattacacaatgcttgatttaatttcagattaatttgaaGATGCTGGCAGTTCAAATTCAGAGAAATACAGTTAGATTGTTAATTCCATTCATTCTCAAAATTAAGGTTCTAAGTTTCCTTCACAATACCAGATCAGCAGCACACCTGGGCACCAAAAAGCATGTGTCAATGCATCCAGCTGTGGTGCTACATGAGAGGAATGGTAAGGGACAATGTCGCTGTAACATCTGTCTCCCTGAAATCTCTGAACTGCTGTTCTACAGTGGATGTCAGGgataaaacattaattgaagTTAATGTTTACCATATTAACTAGTTTATTCTATTCTCAGTTACTAAAAGGTAATGTATTATGCAACAGCGGATGTGCCATTAATGCACATACATTACATTCAtgtatcattttcattattgattCTTTTCAATATAAATTCAAGTCACAGTCCAAACAAACTAATTTTCgtctattttaaaaatgatcagtTTGTGCTTTTCTTGCTAATACTCCAGATACATGCAATCCTGGATGATCccagagtaaaataaataaataaataaataaaaataatttacagtgtatttattttatctgaatCTTATGAAAGTTTAGTGAAGTGTGGTGAAGGTCAGAAAAATCACTGTAAAGTGTCGAGAGGTTTGGCGGTAACCATAGCAAAGTGTAAGTATTTTCAAGCTTATGTAATTAAAAGGACTATGGCAGGTTCACaaacttaatttgtttcagcaagaataaaaacacttcaGTAAAGAAGCAATACACGTTATACATTACACTTTCACAAAGCCTTAGGTAATCCTAAGATATTTAAATGCTTATGACAAAGTAAGCCACAAAATGCTGATCACTTActggtatttaaatgtatacctGCTCTGTGGCAAGGTAACAATATAGGCAGTTCATATGCAACTCTCTGATTAGCTCTCATTGTTTCAGCTTGAGTCATAATTCAGAAGGAAGCCTTCAGACATTTTTGGTGTCAAACCTCATGAAGCACAGTGTACAGAATTCCTCTCATTAAAGACTGAATTAAGTATACAGAAGTATGCCACTCTAGCAGCCTTACTTGCAAAACTGCAACATTGTTTGAAGGATAGTGATGGAAAATAGTTATACTGGTACTAAATATACAGGGTCATCAGATTTCTAAGTTATTCAAGTTGGAAACCCCAAAGTTCTTTTACCCAGTTCATATCAGTGGCTAAAGACCTGGTACAATGTAAATTTGATTAAATGATTAAGAAAATgacatcaattaatcaatctgCAACTCAGGATTTGAATTTTCAGCATGCAGGTTTAAGCCCACGGAGGAACGAAGCCGTCCAAACTTCTTGTAGAAGTCTTCCTGCGCACGTACAAGAGCCTCTTCATCGATGTAGACCGCCGCCCTTTTGGCTAGGACGTAGTATTGCACTTCCCTTATACTCCACCCTGTGACATACATGAGGAATCCACACACAGCTGCCGTGGATCTGCCCACCCCAGCGTTGCAGTGCACGTAGACTGTGTGTCCGTTTTCCAGCAACCCATGCAGGAGGAACACAGCCTGGGGGAGCATGCGGATCCGGCCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU5305 lncRNA upstream 10152 24647509 ~ 24647755 (+) True G4354
TU5302 lncRNA upstream 47345 24610274 ~ 24610562 (+) True G4351
TU5174 lncRNA upstream 528015 24128552 ~ 24129892 (+) False AMCG00003910
TU5083 lncRNA upstream 799247 23847011 ~ 23858660 (+) False AMCG00003902
TU5058 lncRNA upstream 876819 23780780 ~ 23781088 (+) True G4165
TU5310 lncRNA downstream 1158 24663939 ~ 24664183 (+) True G4359
TU5313 lncRNA downstream 22235 24685016 ~ 24687137 (+) True G4362
TU5432 lncRNA downstream 818817 25481598 ~ 25554089 (+) True G4452
TU5466 lncRNA downstream 947297 25610078 ~ 25610296 (+) True G4482
TU5503 lncRNA downstream 1151510 25814291 ~ 25888313 (+) True G4512
AMCG00003915 mRNA upstream 103791 24552140 ~ 24554116 (+) True AMCG00003915
AMCG00003912 mRNA upstream 117534 24501990 ~ 24540373 (+) True AMCG00003912
AMCG00003914 mRNA upstream 159351 24465051 ~ 24498556 (+) True AMCG00003914
AMCG00003913 mRNA upstream 234066 24366199 ~ 24423841 (+) True AMCG00003913
AMCG00003911 mRNA upstream 338259 24310608 ~ 24319648 (+) True AMCG00003911
AMCG00003918 mRNA downstream 106176 24768957 ~ 24776655 (+) True AMCG00003918
AMCG00003922 mRNA downstream 120013 24782794 ~ 24825995 (+) True AMCG00003922
AMCG00003925 mRNA downstream 166648 24829429 ~ 24829785 (+) True AMCG00003925
AMCG00003926 mRNA downstream 189879 24852660 ~ 24868862 (+) True AMCG00003926
AMCG00003923 mRNA downstream 221415 24884196 ~ 24966367 (+) True AMCG00003923
TU5028 other upstream 944773 23710238 ~ 23713134 (+) False AMCG00003898
TU4606 other upstream 2734120 21922636 ~ 21923787 (+) True G3799
TU4563 other upstream 2897277 21745850 ~ 21760630 (+) True G3771
TU4541 other upstream 3108374 21549201 ~ 21549533 (+) True G3751
TU4227 other upstream 5288641 19368193 ~ 19369266 (+) False AMCG00003828
TU5311 other downstream 20619 24683400 ~ 24683920 (+) True G4360
TU5497 other downstream 1131271 25794052 ~ 25795791 (+) False AMCG00003930
TU5898 other downstream 3399582 28062363 ~ 28103211 (+) True G4831
TU5899 other downstream 3399893 28062674 ~ 28067786 (+) False G4831
TU6431 other downstream 5608429 30271210 ~ 30271524 (+) True G5245

Expression Profile