RNA id: TU7622


Basic Information

Item Value
RNA id TU7622
length 11012
lncRNA type inter_gene
GC content 0.45
exon number 3
gene id G6225
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 36526668 ~ 36539067 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU7620 lncRNA upstream 6074 36495840 ~ 36520594 (+) True G6224
TU7487 lncRNA upstream 360798 36161606 ~ 36165870 (+) True G6102
TU7461 lncRNA upstream 481386 36027279 ~ 36045282 (+) True AMCG00004160
TU7448 lncRNA upstream 706185 35820255 ~ 35820483 (+) True G6067
TU7383 lncRNA upstream 1060013 35465862 ~ 35466655 (+) True G6007
TU7638 lncRNA downstream 14837 36553904 ~ 36555108 (+) True G6240
TU7640 lncRNA downstream 17039 36556106 ~ 36557331 (+) True G6242
TU7645 lncRNA downstream 26503 36565570 ~ 36593153 (+) True G6247
TU7650 lncRNA downstream 100593 36639660 ~ 36643702 (+) True G6252
TU7678 lncRNA downstream 148563 36687630 ~ 36697885 (+) False AMCG00004179
AMCG00004174 mRNA upstream 24552 36501826 ~ 36502116 (+) True AMCG00004174
AMCG00004173 mRNA upstream 57644 36454991 ~ 36469024 (+) True AMCG00004173
AMCG00004170 mRNA upstream 136156 36348573 ~ 36390512 (+) True AMCG00004170
AMCG00004167 mRNA upstream 248434 36261788 ~ 36278234 (+) True AMCG00004167
AMCG00004166 mRNA upstream 273770 36237806 ~ 36252898 (+) True AMCG00004166
AMCG00004176 mRNA downstream 124735 36663802 ~ 36669648 (+) True AMCG00004176
AMCG00004179 mRNA downstream 150313 36689380 ~ 36690284 (+) False AMCG00004179
AMCG00004180 mRNA downstream 203560 36742627 ~ 36746065 (+) True AMCG00004180
AMCG00004186 mRNA downstream 209789 36748856 ~ 36765206 (+) True AMCG00004186
AMCG00004187 mRNA downstream 251367 36790434 ~ 36873869 (+) True AMCG00004187
TU7524 other upstream 251738 36272192 ~ 36274930 (+) False AMCG00004167
TU7437 other upstream 760488 35752533 ~ 35766180 (+) True AMCG00004158
TU7209 other upstream 1656348 34852863 ~ 34870320 (+) True AMCG00004138
TU6919 other upstream 3395482 33130120 ~ 33131186 (+) True G5642
TU6554 other upstream 5631841 30887995 ~ 30894827 (+) True AMCG00004056
TU7741 other downstream 234934 36774001 ~ 36774523 (+) True G6314
TU7756 other downstream 322480 36861547 ~ 36891746 (+) True G6328
TU7800 other downstream 460290 36999357 ~ 37000158 (+) True G6369
TU8679 other downstream 4920509 41459576 ~ 41507231 (+) True G7094
TU8899 other downstream 5673443 42212510 ~ 42216362 (+) False AMCG00004304

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) TU323264 True 209 lncRNA 0.42 1 NC_047611.1 20990343 ~ 20990551 (+)