RNA id: TU115646


Basic Information

Item Value
RNA id TU115646
length 6622
lncRNA type sense_over
GC content 0.36
exon number 2
gene id AMCG00017725
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 20302000 ~ 20358625 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GTTATTGAATGATGGATATGTTTATGAAGATAAAACCTAATGATATTGAAACACTCTTAAGCATTGTGATGGCTTGTATTAAACCAACAGTACGTTTGCATGCAtgattttgtaaagaagaaaaaagtgtaGTTCTGCTCGACCCATATCTGACTGCTAGGTTTCAATTGACAGCTGAGGATTTGTGACTGGACCATGAATCAAAACGGCAGGCATTTATACCCCAGTGCCAGTGAGGATACTTTGGGAATTACTTGGCAAagTCCTGGTACCTGGGCGAGCTTAGTTCCATTCCAAGTGTCGAACGGGACTCCGATTCTGCCAACAAATGTCCAGAACTACAGCATAAACATCATTGGTGAACCCTTCCTTCAAGCAGAAACAAGTAACTGAAGGCCGACAAAAGGAAGTGAGAACAGACAGAACTGAGAATTAATGACGATAAACCAGCAAGCAGCACTTATACAATCTCCAGTGCCTCGTTAGGGGGGCGCTGGCCAAGAACACTAACCGATTGGTTGAAGCACTCTGATAAGGTGATATTTGTCATGCCAGACAGCCTTTGTATATTGAAATCCCCCAGTTAAATACTGTGATATATCCAATACAACTTTAGATGCCTTAATGTTTTGCATGAAATGCTAGTTTGTATTAATCTTTTGATCATTCTTTTGGGAGCACTAGTCCTGGTTTACAAGCAGGTTAAATCATGAAGCTACAAAGGCTGGCTGGCAAATAGCAGAATTTAAGCTTCTTCTCGAGTTGAATTTGCTATCACTTATAGAGGCTCATGAATCAAACCATTCGCCACATTTCCATACCAACAATGttgaaaatcaaattattttcttcaatatgccacagttgtgtttttttctttataaatttATCTTAAACTTGTAATCCCGTTGATCCAGTGCTGATATTTAGTTTAAGGTAAAGGTTAGTATGTACACTAAGAGATTGAACTCTAAAaagtgataattaaaaaaatatataatcaaaaccTATATTATTAGGTTAGGATAATTTCCCCTTACAGTGCAAAATGCGTTTTGATATTTCccccaaaaaggaaaaaaaaaaatctctttaagAGGCAAgtgcaatttaaatttaattactGAAGGGAAACTATAGAAGTCTATCAGCCCTAAGACTCTAAATTGAGGGGGAtaaaattttgtttttgtttttttccaggaaaAAAACCCCGTCTAAAAACAATTTTGAGTTGTATCCTCAATTTTCAAGGGGAAAAATGGATCATGAAACGTAGACAAGTTTGTGCTTGAAAGGGAGTGTGTAACAGAACAGAACTAAACATGAACGAAACAGCACTTATATTTTATTGAGCCGTACCCTCTCCTGGAGGTagcctttatttattatgaGACAAACGGGGAATGAGAGACACACATTGTGTATAAATGGCTTATGATTCCGTATTCACAGCAAAGGAAGAGATTCATTTGGCCGTAAGCTTATGAAGCTactgtttacaaaacaaaacaaacaacaaaaaaataggaATGCAGGCtgttcaagtaaaaaaaaaaaaaaatcaaaaaacgAAAAAAGATGTGTATGTAGAGAATTCTGCACTCGACGCAACACTATCCTAAGGGTGCTGAATAGTTGCATGGTGCTTTGTGAACACATGTAATTCAACAGATCCCTTTGGTCACAAAAACTTGCAGCGTGCATGGCAGTTATTTTGCCTTTGCATCTCAACAGCAGATATATATAAACTACTCTTTCCAATAATCTTAATTTGCACGAAGATATATAGTCCACATTACGTGCCTTGCCTTTGAATATAAAAGAGACATCACTACACTTGTTTTTTGCTGCATTTATTACCATTTTaagaattaacatttttatgataaaaatattttgtactcTGGATGAAATTGTGACATCATTGATTTTTAACTACATTTACTACTTTATCTCACATTTATAATGCATATCATGGCTGTGTATAGTTGCCGTTTTAAAGTTTATAATCAACCagcattatttttcagtattttttggTGGTTTTTCTAataaccttttgttttgttttgttttgttttgttttgtttttgttatttcatcTTCCAATTACTATTTGGGGGGGGTTTTCAGATTTATAAGAATTATGCAATACCAAGTTTTGCCTATGTAGGTAGTGCTTTTAGctatattgattattataagCTAGTATGGAGATAGacaatattgtatacatttattttgtttctgatttttttttttttttttttttgttgttgtttgtttttgttttgaattgacCAAAGTGGGAACTGCTTTCTATGCAGTGTGTGACAAGGTCTTTTTTGTGTACTGAAGAGTTGGAGAggggtgttttcttttttttctggggagggggggacttatttttaaaaaacactttacagcATAGCTGTAAATAATGCACCCTTGGTCTAATACGGCTGCAAAGTCACTGATCTGTCTACTGTGACAAACTGGTTCCTTCTTTTAACTTCCCACCTGGGGTGCTAGCATGATTCCTGGAAGAAGCTCATTTTCATAGGAGAGCAGGCGTGACTTGAGTGTGACAATCATCTGAAGAGTAttcagcaaattaattaaactgaaaatcacTTGCTTGCAGACCCAGCGAGTGCACAGGCACTTGTACAGGAGCTCTCCTGTTCATGGCTGCAGCATGTAACTGATACTGAGCATTGCTACATTTTGCGTTCAGTTGAACACTTCCTATTTACTGTCTGTTGCTGCTGCATTTTGAAATCCCTGAAATGACCTTTTTTCCTATGAGATGGTATGACCATACTATTAGTAGTTATATGCAAAAGACTTCCTTAGCAGATGCCTTAATAAACTAAGTGACTTCTTAAACACTTGCTACAATCATAGACACAGATATGGGAGTAAAACATGGTAAAAATGGTTGCTCAGTAAAGAATCTAGCAGCTCACAAGATCACATAACCTGCATCAGCAAgtgctaaacattttttttccagagactTGCTAACCATCCCAAATGCACTAACGATGTATAGCCTTTACTTCTGTATTCCATGGAAAACTGTTTTATGGAGCAGTTGTTTCAGTGCATTCCACGAGGAATGTTTGTAAAGTAATCTTCAATTTAATAAGCTATCCAACAGAGTAAAAACTCAGAAAGTCACCCTGATGTCGTGGGTAAGTTAGGTAGTCGTTTTCAATTTTCTCTGAACACTATTACATGCTTCAGAAGCATGTACCATTCATAGAAGACTGTCCTAGGAGCAGTATTCTGTGGACTTACTGAAGATGAAATTCATGAACTTCTCAGGCAGATTCCATTACAGGGCATTATGAATTTAGATCCTGAAATGATCgtatgaatacataaaatatgacaCATCACTACCTATTGCAATGCAAGGGTTATCCTTTGTCTCTTTGGCCCCGTTTGCACTTCTTATCCATCATATGTGATCGTTTTTTTGTCACGGAAGGGAAATCTACAAATAAGTGAGAACCAATGCACTATCCAGCCCTCCCTCCATGCAGTAGCAAGTATGTGGAACTCAAGTCATGCTTCTTCTCTCCTCCTTCACCAAGATGCTTTAATTCTGACTCAAAACCAAGCCACCCCGTACTATGTGCACtgttctgcctttttttttttttaaacttaagtGCTTTGCAGCCTGTGGCCATTGGCGACGCCACTGAAGTGCATTTCCCCTAGTGTGACAAGAATGTTTAAGGCTTGTTTAGGGAAGCTAACACAGAGAAGGAGACTGTACATAAAGAGGAAATCATGGCAACGATAATATAGCAATAGTCCTTGGGGTATTATTTGCTCTGGCAGCTCCGTAAAATGTGTATGAATGACTCTGAAGCTGCATGATTTGAGAAGAATCAAGGGTCTTTCTATTGAACCGCCTGCCTTGTAGACAGCAGTTTGTACACTGTATagttttttatctttttttttttaatacccaCTTTTGTAAAGGTAAACCTTTGAAACATGAAAGGAATATGTGTTATttccatttacaaaaataaatataacaaggAACTTGTTCTTTTGGAAACCGGACTTGAGTTAAAACTCTCCAGTTTaccttaatttattaattaaaaaataaatactgtccaatttccattttactACATATTCATATGCTTAAAAAGTAGAGGAAATTAATCCTTTACAGAATTGTAAATGGtgaaaagttatattttattaagtttttttgttgtatttagtGTTGATTAACTTGGTTTTTCTGAAACATTTCATAAATGTTGGAAGTAACACTGTCTTTATGTTAGTATGGCCATAGAAAGAGTTTTtgtgacttaaaaataaaatatctgtgttTAAATAAGGGTTACAGTGCATATTGTGACGGACAATAAGAATGGTGCTGTTACTTTAGAATGATGACTGtggatattttatattgttagaGTGACAACcagttttgtgtgtctgtcccttAATGCACATGGGCATGCATTGTTTGATACTATTAAGTCGGCAGAATGGGATCCCATTATACAGTGTACAGAATTTAGGTTTTAAAAGCGTGATTAAAGGACAATGTAATGTTGCTGCCAGTAAGGCCCTAAGCATGATACCACACACAGTTTACATGTTTCTGTCATGGTCTTTTGTGAAACAAATGGTAAAACATTAATagcattaaaaaagtgaaattatacAAACCTATCTATACATTATAGCTAGATGCTTCCTGGATATCTTCAGTTAAGTGGAGAATTCTCAAATGTGCAGGCTCAGCAAGTTGAACAGGAATGAAGCCCATATTTGCATGTTATACTCCATTTaatggtattttgttttactttgcttttatCAGAGGAGTTCAGAAGAAAGCCACCTTCATATTTGCACTTATTGCGAGTTTCCCCTTAACCTTTGATGATTGTGTAGATGTGGTTGACAACTGGTACATGTATTGAGTCCATCGTCAGAGATTGAAACCCTAGATCGCCTTCTGATCTTGCATGACATTTCTAGAGCAATGTTTTCCAATGCCATGGTAGCTCCTTGTACTGCTTCCTTGCCACAGCACACAATGTTACAAGGGGAAAAGATGAAAATGGtcaattttaacttttttttgttgcagtttgttcttttttttttgtatttttatttcttttcaaagGGCTGAACAGTTTCAAAATCTCTGGAAATAATGTTCACTTATTAAATACTTTTACAGCattaagaataatacaaattgtcTCAGTGACACTGGTTTACGACAATAGGATACAATGACTAGATTCCCAGCAGGACTAGATATGTCATTCTGATTGAGATGGGTGCTGTTGGTGTGCAGGGATGACCAGTGACACTAATGCAATTTCCAGTGTAATTCCTGACTTTTTACTGAATGTGTTGTAAAACTGTGCTACAGGGActgaaatgacaaatgtattagCAAACTGAATACAGAATTTAAGTATGttctatataaatgtgttttgatttggaGGGCATTGGTTATGGCATGAACTAACATCAGGTTGTGTAAACAAGAACGTAACAAAAAACCAGCATATGTAAcgtttaccaaaaaaaaatatatatatatatattctaaaatcAGAAGTAAAGCAGTGCCTGTTCCAGCTCACAGTCTCAGTGGAGTTCAGTTGTAAATAAAGTTCTTGATAGAAATTTTGTCAGAAAACTTCAAAATACAGAATGTGTGGGGCTGCTCTTCCCTagtctgttttaatttcattattattatgattttttttttaagtttggaaTGTGTCTTTAACAGAGCGGTCGTTTGTGCTTCATTCATTTGAATCTTTTAGTCAGATGGGATGGAGTGCCCCTGTCTCTTGATATTTCTCTGAAGAAAAANNNNNNNNNNAAggaaaaatgatttaaaaaaagaataaaaaaaaaatcgtagGGCAGTGTGTTTCTTTAGATTCTCAATGCTACATTTAGTACAACAGTAGGTGACAAGtagtcagtttaaaaaaaaaaaaaatgcttgctAGCTACACAGCAGGGTTGATCCAGTTTGGGTCTTGTGGCACTTTTACACCCTCTGCGAAAACAATTACAAACTTTCAGCAGTGAATGAAAATTACAACAGTGGACAAAAGCAACAGCCTCTAGTAATGGGAGTGAAGCCGCAGGTGTGCACTGCTCTGTGTGTACCTGAGTGTAATTTTAGAGGAATTTAGAAGCCTTTTCGTGCCGTTTTGTTCGGCAGATTATGACATCCAGGCCTGTCAAGTAGAGGTAGGATGggacctgatttttttttcccctttttttttttttttttttttaaagaaatatgctCAGCTAAACAGTAGGCACTGCCTTTGAGCTAGTTGCAATTGGTGCAAGGGCTAAAATTGCCACAAGATTAAAATCAGTGTAAATAAAGCTTGACTTATTGTGATTGTTACTGTTATATCCAGCCTATACTGCTAGCAGCTGCTCATACTGCAGTCAATTACTGGAAGTGGATATATTTCCTATGCAAAActgtttaaacaataaaatgagcTATGCTACAAAAAATctcttgtgttttgtgtcttgtGTTCTGCTGTCAGAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU115611 lncRNA downstream 381848 19905992 ~ 19920152 (-) True G92682
TU115579 lncRNA downstream 434364 19867418 ~ 19867636 (-) True G92660
TU115574 lncRNA downstream 435583 19865972 ~ 19866417 (-) True G92657
TU115514 lncRNA downstream 684213 19613241 ~ 19617787 (-) True G92609
TU115513 lncRNA downstream 688818 19612705 ~ 19613182 (-) True G92608
TU115649 lncRNA upstream 97875 20415306 ~ 20415612 (-) True G92714
TU115749 lncRNA upstream 306712 20624143 ~ 20624420 (-) True G92798
TU115751 lncRNA upstream 317241 20634672 ~ 20634880 (-) True G92800
TU115776 lncRNA upstream 354634 20672065 ~ 20676278 (-) True G92822
TU115778 lncRNA upstream 359228 20676659 ~ 20734422 (-) True G92823
AMCG00017726 mRNA downstream 315385 19973418 ~ 19986615 (-) True AMCG00017726
AMCG00017727 mRNA downstream 347188 19948192 ~ 19954812 (-) True AMCG00017727
AMCG00017724 mRNA downstream 411471 19888936 ~ 19890529 (-) True AMCG00017724
AMCG00017728 mRNA downstream 432543 19868999 ~ 19869457 (-) True AMCG00017728
AMCG00017720 mRNA downstream 491872 19696553 ~ 19810128 (-) True AMCG00017720
AMCG00017731 mRNA upstream 76446 20393877 ~ 20408258 (-) True AMCG00017731
AMCG00017729 mRNA upstream 140784 20458215 ~ 20482752 (-) True AMCG00017729
AMCG00017736 mRNA upstream 180836 20498267 ~ 20514665 (-) True AMCG00017736
AMCG00017734 mRNA upstream 202787 20520218 ~ 20550836 (-) True AMCG00017734
AMCG00017738 mRNA upstream 236236 20553667 ~ 20571410 (-) True AMCG00017738
TU115494 other downstream 882644 19412987 ~ 19419356 (-) False G92591
TU115492 other downstream 882644 19418201 ~ 19419356 (-) True G92591
TU115289 other downstream 1838824 18462784 ~ 18463176 (-) True G92436
TU115048 other downstream 2827661 17468605 ~ 17474339 (-) False AMCG00017665
TU114912 other downstream 4271095 16030456 ~ 16030905 (-) False G92129
TU116215 other upstream 3000695 23318126 ~ 23321954 (-) True AMCG00017780
TU116216 other upstream 3000695 23318126 ~ 23321954 (-) False AMCG00017780
TU116217 other upstream 3000695 23318126 ~ 23321954 (-) False AMCG00017780
TU116981 other upstream 5695230 26012661 ~ 26015492 (-) False AMCG00017866
TU116982 other upstream 5695230 26012661 ~ 26015492 (-) False AMCG00017866

Expression Profile