RNA id: TCONS_00001561


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00001561
length 708
RNA type mRNA
GC content 0.49
exon number 7
gene id XLOC_000984
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 7908282 ~ 7920702 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGAAACTTGTAAGgtttaTGAACAATCGTGCACCTTATAATAAGAGATATCAGCCCACGGAATATGAGCACGCTGCTAACTGTGCCACACATGCTCTCTGGATCATTCCCAGCATTGTGGGTGGGATCTTACTGTACTTCTTATCTGATGACCACTGGGAGGAGATTTCAGCATGGCTTTATGGGGCAGGACTATCAAGCCTGTTCATCATATCCACAGTTTTCCACACCGTCTCCTGGAAAAAGAGCCATCTTCGgtCAGTCGAGCACTGTTTCCACATGTGCGACAGGATGGTGATCTATTTCTTCATTGCAGCATCCTACACACCTTGGCTCACGCTGCGGGATCTGGGTCCATGGGCCGCCCACATGCGTTGGGTTGTCTGGGTGATGGCCTCTGGAGGAACTGCTTATGTCTTCTTCTTCCATGAAAAGTTTAAAGTTGTCGAGCTGATCTGTTACATAGCAATGGGGGTTTTTCCTGCTCTTGTCATCCTCTCTATGGCAGACAGGTCAGGTCTGTGTGAGCTTCTGCTAGGTGGCGGATGTTATGTGCTGGGCATGGCGTTCTTCAAAAGTGATGGAATTGTTCCCTTTGCTCACGCTATATGGCACCTGTTTGTTGCAATGGGAGCTGGCATCCATTACTATGCCATCTGGAAGTACCTGTACACACctgtcaatcaaccaaccagtaCGGCCCGGTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000177068

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00001555 lncRNA downstream 63920 7771557 ~ 7844362 (-) True XLOC_000981
TCONS_00001554 lncRNA downstream 206426 7700023 ~ 7701856 (-) True XLOC_000980
TCONS_00001553 lncRNA downstream 239727 7662638 ~ 7668555 (-) True XLOC_000979
TCONS_00002907 lncRNA downstream 248525 7659201 ~ 7659757 (-) True XLOC_000978
TCONS_00001551 lncRNA downstream 270602 7634813 ~ 7637680 (-) False XLOC_000978
TCONS_00002908 lncRNA upstream 813 7917875 ~ 7919152 (-) False XLOC_000984
TCONS_00002914 lncRNA upstream 1334 7918396 ~ 7920628 (-) False XLOC_000984
TCONS_00002915 lncRNA upstream 1876 7918938 ~ 7920638 (-) False XLOC_000984
TCONS_00002916 lncRNA upstream 2257 7919319 ~ 7920694 (-) False XLOC_000984
TCONS_00003331 lncRNA upstream 285328 8202390 ~ 8205228 (-) True XLOC_000996
TCONS_00001557 mRNA downstream 14027 7847787 ~ 7894255 (-) False XLOC_000983
TCONS_00001559 mRNA downstream 14027 7889110 ~ 7894255 (-) True XLOC_000983
TCONS_00001558 mRNA downstream 14474 7847820 ~ 7893808 (-) False XLOC_000983
TCONS_00001552 mRNA downstream 234906 7662091 ~ 7673376 (-) False XLOC_000979
TCONS_00001550 mRNA downstream 248412 7634458 ~ 7659870 (-) False XLOC_000978
TCONS_00001565 mRNA upstream 7894 7924956 ~ 7930679 (-) True XLOC_000986
TCONS_00001566 mRNA upstream 19208 7936270 ~ 7939514 (-) True XLOC_000987
TCONS_00001567 mRNA upstream 29780 7946842 ~ 7951002 (-) True XLOC_000988
TCONS_00001568 mRNA upstream 47214 7964276 ~ 7970653 (-) False XLOC_000989
TCONS_00001569 mRNA upstream 51030 7968092 ~ 7975755 (-) False XLOC_000989
TCONS_00001556 other downstream 106636 7801531 ~ 7801646 (-) True XLOC_000982
TCONS_00001549 other downstream 258210 7632119 ~ 7650072 (-) False XLOC_000978
TCONS_00001545 other downstream 304709 7574351 ~ 7603573 (-) False XLOC_000977
TCONS_00001543 other downstream 766139 7142039 ~ 7142143 (-) True XLOC_000974
TCONS_00001542 other downstream 1454763 6453404 ~ 6453519 (-) True XLOC_000973
TCONS_00001562 other upstream 1733 7918795 ~ 7918882 (-) False XLOC_000984
TCONS_00001563 other upstream 2418 7919480 ~ 7919567 (-) True XLOC_000984
TCONS_00001564 other upstream 3057 7920119 ~ 7920206 (-) True XLOC_000985
TCONS_00001570 other upstream 53344 7970406 ~ 7975769 (-) True XLOC_000989
TCONS_00001587 other upstream 635688 8552750 ~ 8553298 (-) True XLOC_000999

Expression Profile

//