RNA id: TCONS_00000301


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000301
length 398
RNA type processed_transcript
GC content 0.48
exon number 3
gene id XLOC_000165
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 12394205 ~ 12400783 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCTTGCGTTCCGTGCAGTTTGTGGAGTtcctgttttttgtgtgtgttttgtttttaacaaactgTGAAAATGGAGCTCTTCGCTGTGAACGAATAGTATCTGCAGTGGTTGTGTCCTCCTGACTGCCATGGATTTCTATATCAGACACACATGGGACAGCTTACCTGTGGATCACAAGCCCGTCAAGATCCGTTTCTCTCCTGGGGAGGACGGTTTGTTAATGCAGGTGACTGCGCCTTTCTTTAATGACCCCCCTGCACCAGCCGGACCACCAGGAGAACCGTTCCCTGGTCTCTGGGACTATGAAGTGGTAGAGTCCTTCTTCCTGAACAGCGAAACAGAGCAGTATCTTGAGGTTGAAGTCTGCCCGTAGGTTTAGTCTATACAGTGTATTTCAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000134575

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00000298 lncRNA upstream 36543 12348267 ~ 12357666 (+) False XLOC_000164
TCONS_00000297 lncRNA upstream 38644 12348237 ~ 12355565 (+) False XLOC_000164
TCONS_00000292 lncRNA upstream 60837 12329543 ~ 12333372 (+) True XLOC_000162
TCONS_00000284 lncRNA upstream 206501 12184497 ~ 12187708 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000285 lncRNA upstream 206501 12186150 ~ 12187708 (+) True XLOC_000159
TCONS_00003038 lncRNA downstream 277698 12672985 ~ 12677022 (+) False XLOC_000168
TCONS_00003039 lncRNA downstream 277704 12672991 ~ 12677022 (+) False XLOC_000168
TCONS_00000308 lncRNA downstream 277704 12672991 ~ 12677022 (+) True XLOC_000168
TCONS_00003040 lncRNA downstream 529339 12924626 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00003041 lncRNA downstream 529380 12924667 ~ 12937089 (+) False XLOC_000172
TCONS_00000296 mRNA upstream 32279 12348232 ~ 12361930 (+) False XLOC_000164
TCONS_00000295 mRNA upstream 32589 12348232 ~ 12361620 (+) False XLOC_000164
TCONS_00000294 mRNA upstream 32792 12348213 ~ 12361417 (+) False XLOC_000164
TCONS_00000293 mRNA upstream 49417 12335816 ~ 12344792 (+) True XLOC_000163
TCONS_00000289 mRNA upstream 59669 12295142 ~ 12334540 (+) False XLOC_000162
TCONS_00000310 mRNA downstream 368174 12763461 ~ 12763970 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000311 mRNA downstream 368174 12763461 ~ 12793458 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000312 mRNA downstream 368633 12763920 ~ 12796578 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000313 mRNA downstream 371064 12766351 ~ 12797410 (+) False XLOC_000170
TCONS_00000314 mRNA downstream 372031 12767318 ~ 12793593 (+) True XLOC_000170
TCONS_00000299 other upstream 37133 12348358 ~ 12357076 (+) True XLOC_000164
TCONS_00000278 other upstream 316731 12071921 ~ 12077478 (+) True XLOC_000157
TCONS_00000274 other upstream 346841 12046591 ~ 12047368 (+) True XLOC_000155
TCONS_00000271 other upstream 360931 12015116 ~ 12033278 (+) False XLOC_000154
TCONS_00000272 other upstream 362909 12015156 ~ 12031300 (+) True XLOC_000154
TCONS_00000306 other downstream 36041 12431328 ~ 12431442 (+) True XLOC_000166
TCONS_00000307 other downstream 148072 12543359 ~ 12543475 (+) True XLOC_000167
TCONS_00000309 other downstream 340633 12735920 ~ 12736034 (+) True XLOC_000169
TCONS_00000315 other downstream 452774 12848061 ~ 12853263 (+) False XLOC_000171
TCONS_00000316 other downstream 452785 12848072 ~ 12853013 (+) True XLOC_000171

Expression Profile

//