XLOC_010686


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_010686
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 23984776 ~ 23995329 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022163
tgtaccgcatgtctttggactgtggtggaaaccggagcaccctgaggaaacccacatgaacacagggagaactacacacagaaatgccaactgatccagccaaggcttgaaccagcaaccttcttgctgggaggcaatagcactacctactgcgccactcgtcaccctaaaatgtaatttatagtggtcttaaaaatgtctttaaaagtcttaaatttaccttaatgaaacctgcagaaaccctgtatataAGGAGTTTTAAAAGGTCTATTCTAGACTCTGAATGTATGGGATATTAATGTTAAAGATAATGTGTTACATTAGTTTTGTCCAAGTAATGAAAATCAGACAATTGTTGtttgccattttaaaatgtacacactttccatttatacattttttatcagGTTGTTTTGCGTGTTTTGCCTGTTGTTATGGTTCAGAAtttttttactgctttttttCCCCCTGCTTGGCAAGAAACAATTAAATGCATTCACCAGGCTGTACCTGTTAATATACAGGTAATTAAGCTCAACAAGTCCCTCTTATTTTGGGCACAATTTTCATAAATTTTGCAGCCTAAAATGATTTTGAGGGTTTCTCAAAATGTTTTGCAAAATGTACGAAATTTCTTGTTGTTTTGCAATTAGAAATATACACAGGATTACATATCTTTGTGATTCAGGATTAGAATAACATAATGCAATCAAAAAGCatgataagtgaagtttatttataaactaattttgagaggatcatgtgcttattaCTAAACACAGTGATGCATTAGCTAATTCATGacttaccaatcagacgattcctaagccactataaataccctaagttccatatcacagccatcttcgttttgaagaatccccccttccacccctacttctcctccaGATGGGTCTcccatggttagcactgttgcctcacagcaagatagtAACTGGTTCTAgttcttaccaagccagccgacatttctgtgcggagtttacatgttctccccgtactCATGTGGATTTCCCCAGGCcccccagtttcctcccatcAACCAAAAACGTGCAACTTTAGTTAATTGACTTATCCAAATTGGCATCATAGATGTACTCCTAGTAAGTAGCTATGTCTTAAGAGCAATCCCTATCTATTCATTAGCTATATACAGCAGGGTAGTTTAAAGATCTaccagagctcaaactcccctctctccCTGGgatcgaggatcttttgagctcagagctctcttTCGGGACAGCAGGCCAAACActctttataatcaatcatcaaagtgtgaactcttgaaatggagagaaaaaaaaatacaatacagaAAACTTAGTtcatgatttttttacagtgttgccaAAATTTGAatgaaatctgttttatttagctttattgTTGGTGAAGTCAGGAAATTTGACATTTGGCTTAGAGTGGGAagcttgtaaatgtttttttttttttttttttttttggtttgtaagAGTGTGGACCCAGTTTGTTGTCTTATACTGGCTATCTTATATGAAAGGATACTGAACATTCTATTATTGaaccataaataaatatgttgcacatcgctttattgtttatattttgagTTAATGTTTTTACAGTTAATATTATGGTGCATTATAATTATTGTACTGattaatataattgtattatcTCCTTCAAATACCATGACTAATATTTCatgtcattttttacattttagatttaTTAATGAACATTGGCCCATAATGCTAAATGGTCATTTCATTCAAGAAGCTCGTTGTATTGAAATTGCCTAATTACATTTGGTCATTGCAAATCAAATTTAACTTATTAGTCTTGTCCTCAGAGAATTGTTTTCAATCATAAACCCTAatgtaaacagttgttaataGCCAGCTAAATTGCTCTGAAAAGGCAATTATTTGCATATGACATGGAAATTAATTCAGTGACAAGTAATTAATCAAGACAGCATTTAAACACATTGTCTAGCAATCAACTTCCAAATGATTGGTATTTGGAGTGATTATATTATCTGTAAATGCATACAAACAAAGAAAGTTTTCTACAAATGTGGAGTTTTATTGCAGTGCCGTAAAGCTCATGGACACAGAACCACTTAAAGCTGATATAATACAAGGATTTATTTAATCTATAAAGCAAACTTCAATGAAACAGTCAAGGATTCTGCTTTAACCTGGGTGCAGGTTATCAGCCAGCAGCACGGGCATCTGATCTTCATCCAATAACAGCTTGTGTTTGAGCATTAGACATGGCTTAACCTAGAATTTTTACATACTTATTTACTGATGTGTGTCAAGGTGCTTTTGCAGAATAGGCAAAGGTAACAGGCCAGTTGAAGACAAGAGTTCGCCACTCATGTGTTTATCCCAGACCGCGCTGTCTTCTTGCGGGATGTGTATATTTGTGCATCCAGTGTGGGGGTAGACTTGGGACCGGAAAGAGATGGAGTTGTGTTCAGGTGTTGTTTTATATGACTTAATGGCTATCTTGAGAGTACAAAATGTGGTACAGCTGGTCTTGAAAGATGCCGGCGTAGGTGCCCACAGCACGGACTGTATCGCTATAGATTGTTCTTGAGGGAGGAAAGGCATAAAGTCAGAGGAGTCATGTTTAAGAACATCAAAATGTCATTACTGGCCATGTGTTGTAATGGGAAACAACGAaagtcaattttttatttttattttttttgattcattagcaatatatatttatttaacatcagttacctgtaactattgacttccacagaaaaaaaaaaaactaatagtatggaagtcagtggttacaggattCCAactttctttgaaatatcttcttttgcgttcaacagaagagaaACAGACAAaccggtttgaaacaagtaaaggttgagtaaataatgacaatagTCAAGTAAAATTTTGCAAATGCACAAATTGCAAAAAATTAAGATGcgagttaaaaaaatatttggtatACATTTAAAGGGTACACAAAAACGTAAAATTAAGGAAGTTTAATCAGCAGAACAAGTGAGTATACAGAGGGTATACATAATCATTTATCATCAGAAGTCGTAATATCCAAACAGCTCATGGAAAAAAGTAGGCATGAAGAGTAGATGTGCATACTACACCACTGGTTCCAACTAAACATTAATGGCAGCCTCCCCCATGTATAACGGTATTTATACGTATTTTAACGGAGTTTAGTTTACATTGAGGAGCTCGCGATTATATTGAAGAATGAGAATTTCTTTATGGCTGAGTTTTTCTCCGTGCTCTTTTCTCTTTCATATGTAGGATATTTAAGAAAAAATCAAGTATGCTTGATAACTTTGTGTATTCACGGTTTGCGATGTGGGTGTGTGCGTCGTCTGTTATTAGTGTCTGACTGTAATTTAATGTAGTATAAAAATGTAATCTGTATTTCATTTTCATAGAACAGTTATATGTAGATGCattattttaaagcagtttaacaatgtaaatgtttttatatatatatatatatatattatatcatccAATGCGACTACACATGACTTGGCTTATGACCTACTAACTACGATTTGTGTTAAAAACATGTGTTGCAACTGGAGTAagaacaaatttatttacaaactagctagtagttactaaGCCCCTATTGAAGACTTTACACTCCATCTGGTGCAACCCCTACCCAGAAGTGTTGCTGAAAGAAATATTTGACActcacatttttcatttttttctttttattttatttttgagattacatataaatacaatttttagaaTAAGCTGAATATTTCCACCTGGTGACAGTAAAATAAGACCTGTATAGTAAGTTTCTTTTTAAGAGTTGATTTCAAATTCAAATTTAGACAAACCCTGCCATTaggttaaaacaaaacaacaatggtTGATTTAGATTCATCCATATTGAAACTACCCAGCAGTTTCAGTCATTgcctgcttttatttttgttattttttgtcaaGTGTTTTGATATTTTCCCTctctattgttaataataatgataattcctTTTAGCTCTTTTCTTGACACTCAAAGCTCTTTACACAATGGCAGAAATCTCCTCATCCTTTACCAAGCGCATTCCACCTGCTGATTGGTGGTGAGAAGACAGAGTGAcgaagccaattataatatggggatggttagaagaCCATGATGGACAGAATCCAGGACATGCCAGAGTTAAACCCCTGCTTTTTtgtttgaaggacatcctgggatttttaatgaccacagagagtcagtacCTCGGTTTAAAGTCTCATTCAAAAGTTAGCACTCACTGAGCAgcatagagtccccatcaatttactggggtgttaggacccacacagactgcaggttaagcacccccttcgggcctcactaacaccaattCAGGCATTATGTGGTCTACCATCCAGGTCTGACCAGgcacagctctgcttagcttcagtgggcaaccatgtaagagttgcagagagctagctgccagctaatGTTGACTGCTTTGTGGCTGAATTACTGATATCTTTCTTGGTGTTTCAGATAATCCAGTTCTTGTGTCAGCCATTTAATGCTGCTTTTATCTGCTTTGTTGCTTTGTCTGCTTTGTTGCTTTGTTCTGCTTTttgtaaatgttatattttttgtacatattttatcCTATTACATATgcattttctaattatttttttatttgaaaaaaaaacaagtgacaattttgttttacCACCAACATATACAATTAGACTTACTTGGCTTTCTCTTCCAGCTTGTAGCCCTTGATGGTCTCTACATATCCACTGGCAGTGTCCACACTCTGGTCATAGTAGGATTTCAGGGTGTCGACCACAACAGCGATGGTTCCCTTCTCATCCTCAGCCTGCCTGGGAACACGAAAGCTCTCCGCTCCTTTTCTCCTCTGTGGAAAGTGTG
>TCONS_00022164
TGATGAGCAGTGGCTTTTGGAGACGTGAGACCATTTTTTTGGGAGAACAGCTGCTCAAGACATTTCTGGGAGGTGCTGAAgctgaaccactttgatgataAACTTTGGCTTGTAGCCCTTGATGGTCTCTACATATCCACTGGCAGTGTCCACACTCTGGTCATAGTAGGATTTCAGGGTGTCGACCACAACAGCGATGGTTCCCTTCTCATCCTCAGCCTGCCTGGGAACACGAAAGCTCTCCGCTCCTGCACACCCGAAAAAATGTATCAGAGATGAGTCCTTCTTCATTCTAAATCACATGTGCTGCATTACAAATCGCATACTCTCTTAAGTAGGGACTATTTTTAATAAGCTTAAACTATGCGACCACTAAAAGTATATATAAATGGATGTACTGCAGCTGATGTGTAGAGATGGAGGTTCTTTTTGCTTCCTTTTTgagttcaaactactttttttcttttgtcacaTATTGTCTTTTACCTACTGTTGAAATAGTAGGAAAGTAGATGTGATTTCGGATCCAGCCATAGTCACTTCACTGTATTGCCCAATTAGCAAATAGTGCAGACTtaattaggtaacactttattttgatggtccatttgagtattattagactgtctgggtaatatctgctgatactgctccttcaacagacatttaactgactataagaaattttgcaagtacatgtcaacctacactaaccccaacctaacagtctacttataatctaatgagaaatagttggcatgtagatgcaatgtaacttaaatttaacaaacagaccatcaaaataaagtgtgacccataacTGTAATcaaag
>TCONS_00022165
aaatctgttttatttagctttattgTTGGTGAAGTCAGGAAATTTGACATTTGGCTTAGAGTGGGAagcttgtaaatgtttttttttttttttttttttttgCTGATATAATACAAGGATTTATTTAATCTATAAAGCAAACTTCAATGAAACAGTCAAGGATTCTGCTTTAACCTGGGTGCAGGTTATCAGCCAGCAGCACGGGCATCTGATCTTCATCCAATAACAGCTTGTGTTTGAGCATTAGACATGGCTTAACCTAGAATTTTTACATACTTATTTACTGATGTGTGTCAAGGTGCTTTTGCAGAATAGGCAAAGGTAACAGGCCAGTTGAAGACAAGAGTTCGCCACTCATGTGTTTATCCCAGACCGCGCTGTCTTCTTGCGGGATGTGTATATTTGTGCATCCAGTGTGGGGGTAGACTTGGGACCGGAAAGAGATGGAGTTGTGTTCAGGTGTTGTTTTATATGACTTAATGGCTATCTTGAGAGTACAAAATGTGGTACAGCTGGTCTTGAAAGATGCCGGCGTAGGTGCCCACAGCACGGACTGTATCGCTATAGATTGTTCTTGAGGGAGGAAAGGCATAAAGTCAGAGGAGTCATGTTTAAGAACATCAAAATGTC

Function

GO:

id name namespace
GO:0004518 nuclease activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022163 False 4956 lncRNA 0.36 2 23984776 23993231
TCONS_00022164 False 832 lncRNA 0.39 2 23987716 23995329
TCONS_00022165 True 630 lncRNA 0.40 2 23990570 23991846

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_010685 osgin2 coding downstream 99294 23880004 ~ 23885482 (-)
XLOC_010684 rps27.2 coding downstream 184292 23788616 ~ 23800484 (-)
XLOC_010683 NA coding downstream 265203 23716831 ~ 23719573 (-)
XLOC_010682 CR533578.2 coding downstream 392177 23592464 ~ 23592599 (-)
XLOC_010681 CR533578.4 coding downstream 461401 23523261 ~ 23523375 (-)
XLOC_010687 bcam coding upstream 34943 24030272 ~ 24135573 (-)
XLOC_010688 rps19 coding upstream 192785 24188114 ~ 24195361 (-)
XLOC_010689 cadm4 coding upstream 217749 24213078 ~ 24518040 (-)
XLOC_010690 CR854851.1 coding upstream 399017 24394346 ~ 24394463 (-)
XLOC_010691 si:ch211-79k12.1 coding upstream 527495 24522824 ~ 24550029 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 3089601 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_010677 CT030031.1 non-coding downstream 647180 23335528 ~ 23337596 (-)
XLOC_010676 NA non-coding downstream 965173 23016957 ~ 23019603 (-)
XLOC_010703 BX539313.3 non-coding upstream 1004350 24999679 ~ 25012398 (-)
XLOC_010704 NA non-coding upstream 1073175 25068504 ~ 25072892 (-)
XLOC_010708 NA non-coding upstream 1242921 25238250 ~ 25241068 (-)
XLOC_010710 BX571853.2 non-coding upstream 1333202 25328531 ~ 25328647 (-)

Expression


Co-expression Network