XLOC_012786


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012786
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 21163424 ~ 21169748 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00027107
GCCTTGAGGAGCAGAGGTGCTGTGACATCTGTTCAGGCCAGCTCATTATGAGTCAAAAATCGTGATGTTTGCTTTAATTCTGTAGCAGTCTTCATGACTGGTCCTGTAACTTCATACAAACAAACTGGAGGCAGGCCACAACTAAATAACGTGACACGCTTATGTTTTTGAATGGCAGCGTGGGTCTGTTCTAATCCAGACATTGCTATTCTAGCATCATGCTAATCATGCTGCCTCAATGCTGACTGAGTCTGGCTGTGCAGTTTTAGCCATGAAACAGTTCAGTGGGCTGGAACAGATGATGTGTGATGTGCAACTTCTGCAGCACAAATCATGTGAGGTTTTTCATTAAAGACACGAGATGCAGATTACAGTCCAACCAACCTGAAAGCGCAAACAAAAGTCGGAAGTATGACCTTCCACCTCGGGAGATGGGAAGCGTCAATAAGGTTCTTGGAGGACTTCTTTGAAGGCTGAATCTCGTAAACAGACACCTCTATGGAGCACTCTTTAATTTGTTGATCTGGCAACACAAAGGTCATCACCTCATTAAACACAGTGACCTCCCTGCGTTTCTTCTGAGTTGTCCTCTGATGGCGAAGTCTGCTCTGGTTGCAGGTCACAATAGTTCTGGCGTAGAGAGCTACAAAAGGGTCCACACTGTGACTGAAGTCTCTTACGGCCAGATCCTGGGCATCCAGTACTGTCACCACCATTTTGGACTGCAGCTGATCGTAGAACAGTGAAAATCGCAGAGATCCCTGGATGTGCTCCTCCTCCAGATCCTCCAAGCTTGCCAGGTCTAAATTGCTGCCCAGGTTAGTGCAAGATGAGCCGGGCGACAGTCTGTGGCTCAGTTCCTCATATTGAACCTTATTCTGATGGGCAGAGTGTGCATCAGGtgtcatttttcttttattggatGCTTTGAAATACAGACATACTGTTTGGCAACCTAAGCTAACCATCTGTGAAACGTGTTTTTCATCTATGTTGTTTGATCTTGGTTAGAGCAAGCAGTAAATACGGAAGTAAACACAGCACATATTAGGTGCATTCCAGGTAATGACGATTATGATGGCTTATGCAAATTATTCTTACCATAGCTTGTTTACCATTCTGAAAACCTCCTCTTTTAGCTGGCTGGCCAtctgttaataaaacattcacaGGAATCAAATAGATCTTGATAGGTATTTTGCATAAACCCTATTAGCTTTGCTGCTAAACAATCTCATTGTTTAATTCATATAACATTGAAAAGgaagttatttaattaaataaacatgtaaattaaTTGTCAGCATCTTTACTGCAaactttagtgtcacatgattaTTCAGAAAACTTTTTAATATGCCGATTTGGTTCTAaaagaaacatgtttattatcattatcattttttaaaattctttaaataGAAAGTTAAGaggaatattaaaaatattatttacaaataatattattattgtgattatacattataaataatttaaatgtacatttgatTACTTATTAtccatttttatttcaaatttgaaTTGCTTTCCAAAACAATAAAACCATTTTACTGACATTTAATTGTTAGGGATATCATAAATAATATCAAACTTCCTATACAATACTGCATATTTAAGGCACATATTTTAAAAGGATTATTTCAAACAGCAGCTGTTCATAGTAATATATACTAATCAGTCAGTTAATTTGCAAGAAAACTTACCAGCTCTTTGCAAAACGCGAAACTGTGTACAGTAGCGGTAAATTTGCCATATCAAAAAGCCAAGGGCTGCAAGGAAAACCACAGCTGATATGGCCAAGATACTATACTCAACTTGCTCAGAGAATAGCAGTCGAAGACTCAAAGCCATAAACACCATATTGTCGTTCTGCCATGTACAACCCTGGAAATGAATGACATAAAGGTATTCCTGATATCCGTTATTCATATGTACAGAAAATCTGA
>TCONS_00026897
ACGCTATCACTattgcaaatttattttttataacttgtCATTTCCACCACAGAATATACTGTAATATCAAGCACAATTTATTATGATGTGGTTTAATTGCAATCATCATCGTTGTCATTATCGTGTTACAAATATACATGTTTCATCTCTGTAATAtttgttgttaaaaataaatattagagaGCGTACATGAGATCTTTTGAGTCCAGGAAACCAAGAGCTGTTAAAActtgcatacaaaaaaaaaacaaaaacaaaaaaaagctcaGCACCATTTATTCTTGATATGTTGTTTCCTCAGTCCAACCAACCTGAAAGCGCAAACAAAAGTCGGAAGTATGACCTTCCACCTCGGGAGATGGGAAGCGTCAATAAGGTTCTTGGAGGACTTCTTTGAAGGCTGAATCTCGTAAACAGACACCTCTATGGAGCACTCTTTAATTTGTTGATCTGGCAACACAAAGGTCATCACCTCATTAAACACAGTGACCTCCCTGCGTTTCTTCTGAGTTGTCCTCTGATGGCGAAGTCTGCTCTGGTTGCAGGTCACAATAGTTCTGGCGTAGAGAGCTACAAAAGGGTCCACACTGTGACTGAAGTCTCTTACGGCCAGATCCTGGGCATCCAGTACTGTCACCACCATTTTGGACTGCAGCTGATCGTAGAACAGTGAAAATCGCAGAGATCCCTGGATGTGCTCCTCCTCCAGATCCTCCAAGCTTGCCAGGTCTAAATTGCTGCCCAGGTTAGTGCAAGATGAGCCGGGCGACAGTCTGTGGCTCAGTTCCTCATATTGAACCTTATTCTGATGGGCAGAGTGTGCATCAGGtgtcatttttcttttattggatGCTTTGAAATACAGACATACTGTTTGGCAACCTAAGCTAACCATCTGTGAAACGTGTTTTTCATCTATGTTGTTTGATCTTGGTTAGAGCAAGCAGTAAATACGGAAGTAAACACAGCACATATTAGGTGCATTCCAGGTAATGACGATTATGATGGCTTATGCAAATTATTCTTACCATAGCTTGTTTACCATTCTGAAAACCTCCTCTTTTAGCTGGCTGGCCAtctgttaataaaacattcacaGGAATCAAATAGATCTTGATAGGTATTTTGCATAAACCCTATTAGCTTTGCTGCTAAACAATCTCATTGTTTAATTCATATAACATTGAAAAGgaagttatttaattaaataaacatgtaaattaaT
>TCONS_00027108
GAGATGGGAAGCGTCAATAAGGTTCTTGGAGGACTTCTTTGAAGGCTGAATCTCGTAAACAGACACCTCTATGGAGCACTCTTTAATTTGTTGATCTGGCAACACAAAGGTCATCACCTCATTAAACACAGTGACCTCCCTGCGTTTCTTCTGAGTTGTCCTCTGATGGCGAAGTCTGCTCTGGTTGCAGGTCACAATAGTTCTGGCGTAGAGAGCTATCCTGTCTTAACTCCAGAGGATAAGAGATCTTCAATGTGTTCAGAGAAGCACGGGTCTCTCCCAGAACTCCATGTCTTGAGTATTTATCAAAATCCCTAACCTGAAAaagattaataatatttataaaaagcagaATTCTTTATATACATATGCTTGCTAAAAAGCCATGTCACATACCTCAAATCTAACAGTGACCCTTGATACTTCATCCTCAGCTAAAATGCAAGAGAACTGATCTCCAAACACAGGACAGCAGCTGTTTTTAACAATACGCGTCTGCCATTCGTGCAGCAAACACCGCATTGAGTTCTTCTCTTTATCTTCTCTCTCTGCCCACATTAAACGCACCCAGACAAAAGGGTCCACACTGTGACTGAAGTCTCTTACGGCCAGATCCTGGGCATCCAGTACTGTCACCACCATTTTGGACTGCAGCTGATCGTAGAACAGTGAAAATCGCAGAGATCCCTGGATGTGCTCCTCCTCCAGATCCTCCAAGCTTGCCAGGTCTAAATTGCTGCCCAGGTTAGTGCAAGATGAGCCGGGCGACAGTCTGTGGCTCAGTTCCTCATATTGAACCTTATTCTGATGGGCAGAGTGTGCATCAGGtgtcatttttcttttattggatGCTTTGAAATACAGACATACTGTTTGGCAACCTAAGCTAACCATCTGTGAAACGTGTTTTTCATCTATGTTGTTTGATCTTGGTTAGAGCAAGCAGTAAATACGGAAGTAAACACAGCACATATTAGGTGCATTCCAGGTAATGACGATTATGATGGCTTATGCAAATTATTCTTACCATAGCTTGTTTACCATTCTGAAAACCTCCTCTTTTAGCTGGCTGGCCAtctgttaataaaacattcacaGGAATCAAATAGATCTTGATAGGTATTTTGCATAAACCCTATTAGCTTTGCTGCTAAACAATCTCATTGTTTAATTCATATAACATTGAAAAGgaagttatttaattaaataaacatgtaaattaaTTGTCAGCATCTTTACTGCAaactttagtgtcacatgattaTTCAGAAAACTTTTTAATATGCCGATTTGGTTCTAaaagaaacatgtttattatcattatcattttttaaaattctttaaataGAAAGTTAAGaggaatattaaaaatattatttacaaataatattattattgtgattatacattataaataatttaaatgtacatttgatTACTTATTAtccatttttatttcaaatttgaaTTGCTTTCCAAAACAATAAAACCATTTTACTGACATTTAATTGTTAGGGATATCATAAATAATATCAAACTTCCTATACAATACTGCATATTTAAGGCACATATTTTAAAAGGATTATTTCAAACAGCAGCTGTTCATAGTAATATATACTAATCAGTCAGTTAATTTGCAAGAAAACTTACCAGCTCTTTGCAAAACGCGAAACTGTGTACAGTAGCGGTAAATTTGCCATATCAAAAAGCCAAGGGCTGCAAGGAAAACCACAGCTGATATGGCCAAGATACTATACTCAACTTGCTCAGAGAATAGCAGTCGAAGACTCAAAGCCATAAACACCATATTGTCGTTCTGCCATGTACAACCCTGGAAATGAATGACATAAAGGTATTCCTGATATCCGTTATTCATATGTACAGAAAATCTGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00027107 False 1967 lncRNA 0.38 4 21163424 21169748
TCONS_00026897 False 1225 lncRNA 0.39 3 21164826 21169079
TCONS_00027108 True 1893 lncRNA 0.37 3 21165181 21169748

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012785 chka coding upstream 18050 21122818 ~ 21145374 (+)
XLOC_012784 kmt5b coding upstream 43206 21113216 ~ 21120218 (+)
XLOC_012783 arpin coding upstream 87418 21071023 ~ 21076006 (+)
XLOC_012782 fam169b coding upstream 100045 21061216 ~ 21063379 (+)
XLOC_012781 BX548061.1 coding upstream 139823 21021699 ~ 21023601 (+)
XLOC_012787 BX571884.1 coding downstream 21917 21191665 ~ 21191784 (+)
XLOC_012788 hydin coding downstream 104001 21273749 ~ 21401401 (+)
XLOC_012789 necab2 coding downstream 239046 21408794 ~ 21620816 (+)
XLOC_012790 NA coding downstream 299888 21469636 ~ 21473364 (+)
XLOC_012791 ranbp10 coding downstream 781803 21951551 ~ 22020509 (+)
XLOC_012772 NA non-coding upstream 786489 20328119 ~ 20376935 (+)
XLOC_012771 NA non-coding upstream 838203 20316443 ~ 20325221 (+)
XLOC_012769 BX890624.2 non-coding upstream 955295 20089381 ~ 20208129 (+)
XLOC_012759 NA non-coding upstream 1542471 19524841 ~ 19620953 (+)
XLOC_012792 CT573204.1 non-coding downstream 908396 22078144 ~ 22081753 (+)
XLOC_012793 NA non-coding downstream 929871 22099619 ~ 22100228 (+)
XLOC_012805 NA non-coding downstream 2289181 23458929 ~ 23463541 (+)

Expression


Co-expression Network