XLOC_017196


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017196
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 14144076 ~ 14147484 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036558
CTGGCacttttaatttgattttgtCATTAGCATTGCTTCGTGGAATTGTAGTTTCTTCTCCTCAATACAACTATTAAAGGGTTGGTTAACATAAAATTACAactctgtcattaattactcagcTTACTCAATTTCCAAACCTCTTTGTTATGTTtagaacataaattaaaatattttagatgaaatcagagagctctttTATCCTTCATAGACAACAAAGGTCCCGAGATGAATGAACGGAAAACATTCCATGTGATTGGTTTAACTGTAATCATGTCAAGCTCCAAAAACATTTGGAGTTTCGTGtgctaaaaactgtaaaaacaactttgttcaTCAATGTCTTCTGTCACATTAAttcagagtgtgtgtgagttAACTACAGGCAATTGGTGTATCTGTCTGCGTACTGCAAGACAGGGGCATAACATGACCGTGCGCAACTTGTAGTAAATTAGAGAGGCATAACTTGCAGTTATCGAGATCTCATTGAACCATTGAGATGTCACAatgagatgttgttggcaagatggcagAAATACTTAACAGAGagcattttcagcatttttttcattagttttctCCAAAAACATCCACAACTAATTCTTTAGATTTATTGAAAGCCTCCACCAATTGTGACTGTACGTTAATAACtgcaacttttgtttttattgttggagtaggtgtaaacgttaataactgatggttgggtttagggtaggggtaggtgtaaacgttaataactgatggttgggtttagggttggggtaggtgtaaacgttaataactaatggttgggtttagggtaggggtaggtgtagacgttaataactgatggttagggtttagggttggggtaggtgtagacgttaataactgatggttagggtttagggttggggtaggtgtagacgttaataactgatggttgggataagggttggggtaggtgaagaggttaataactgatggttgggtttagggttggggtaagtgtagacgttaataactgatggttgggtttaggattggggtgaGTGTAGAgtttaataactgatggttgggtttaggattggggtaggtttagacgttaataactaaTGGTTGGgataagggttggggtaggtgtagacggtaataactatgatggttgggtttagggttggggaaggtgtagacgttaataattaTGATGTTTGGGTTAGGGGTTGTGAtaagtgtagacgttaataactgtgattgtTGGGTTTAGGATTTAGGTAGGTATAGATGTTAGTAACTGATGGTTGGCTTTAAGTTTGGAgtaggtatagacgttaataactgatggttggctTTAAGTTTGGGgtaggtatagacgttaataactgatggttagGTTAAGGGCTGAGGTAGATGTAGATTctaataactgtgagggttgggtttagggttggggtaagtttagatgttaataactgatggttgggttaggGGTTAGGGTAGATGTAAAAGTTATTGACTGTGATGGTTAGGATTATGGTTGGGtagatgtagacattaataactgtgagagttgggtttagggttggggtaggtataGATATTAATATCTGATGGTTATGTTAAGGGTGGGGTAGATGtatatgttaataactgtgatggttgggtttagggtttggggtaggtgtagaagttaataactgtgatggttgggtttaggattggggtaggtgtagaagttaataactatgatggttgggttagggtttggggtagatgtagacgttaataactgtgatggttgggtttatgatTGGGGTGGGTGTAGAAGTTAATAACTGCGATGGTTGGGTTAGggtttggggtaggggtagacgttaataactgtgatggttgggttagggtttggggtaggggtagacgttaataactgtgatggttgggtcaGGGGTGGGTGTAGcagttaataactgtgatggttggatttgagtgtggagtaggtgtaaaagttaataattgtgatggttgggttagagtttggggtaggtgtaaaagttaataattgtgatggttgggttagagtttggggtaggtgtagaagttaataactttgatggttgggtttgggtttggggtaggtgtagaagttaataattgtgatggttgggtttaggattggggtaggtgtagaagttaataactttgatggttgggttagggtttggggtaggtgtagaagttaataactttgatggttgggttagggtttggggtaggtgtagaagttaataactgtgatggttgggttagggTTTGTAGTAGGTGTAgaagttaataactgtgatggttgggtttgagtgtggagtaggtgtagatgttaataactgatgcgTACAGCGGCATCTTGCTGAAAACGTAGATTTAATCTCATTAGAGTCAGCAGCACAACATTTTAGCATCGTAATGCCCATAGTACAAGTGCATCCTGACTTTGAGGTGGATAACATTAGCAAACAAAGtcacttttacagtttttttggtgcacaaaatcTTTTTTGGAGAATGAGAGAGCTTTTGAATTTCAACTACAACATTGTAATTTGCTTTGCGAATGTGAAAGAAGGTCtgaaggtgagtaattaataatagaatTGATATTTCTGgttgaactgaccctttaagtaCACAGTCATTTATATTTTCCTGATTTTCATACACTTGGAAACATTGCGTCATTTAATCGATTGTAAAAATTTAATCGGATTTGTGTGCAGTGTGAACAAAGCCTTAGTTTTGTCCTCTGAATGAACTGAAACACAAACCAGGTGGCAGTAGCTGCATGTGTCGGAGCTGCACCTCTTCCCGTTGAGCTCTGTTTGAGGCATATATAAACTCACCACTCTTCTCAGCTCAGAGTAGATGATGAACAGGAAGAAAACGCGTAACAGACCAGAGGATGGAGCAGAATGGATGTACCCTGTTGGTGAAGCGTAGCATGTGTGTGTTTCATAAGCGTGTTTGGGCTTCAGGGATGTAGATCTCTATGCTGTCGGCTCGCTCTGTAACGGAGCTCTGACGGAAAGAGGCAGCCCGTTTAGCAGCCAAGAGCCTGCGGCGAGCCTCCTGCCTCTGACGGTCCTGCAGATCCAGCGAACGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036558 True 3139 lncRNA 0.40 2 14144076 14147484

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017195 kcns3b coding upstream 25780 14114258 ~ 14118296 (+)
XLOC_017194 NA coding upstream 102858 14014812 ~ 14041218 (+)
XLOC_017193 rd3 coding upstream 146241 13969414 ~ 13997835 (+)
XLOC_017192 si:dkey-249p7.4 coding upstream 184862 13956106 ~ 13959214 (+)
XLOC_017191 nek2 coding upstream 230286 13883131 ~ 13913790 (+)
XLOC_017197 si:dkey-69c1.1 coding downstream 318489 14465973 ~ 14474905 (+)
XLOC_017198 NA coding downstream 340273 14487757 ~ 14623918 (+)
XLOC_017199 BX901920.1 coding downstream 509657 14657141 ~ 14661432 (+)
XLOC_017200 tmed5 coding downstream 641664 14789148 ~ 14806671 (+)
XLOC_017201 pigc coding downstream 663402 14810886 ~ 14815492 (+)
XLOC_017189 NA non-coding upstream 479025 13640945 ~ 13665051 (+)
XLOC_017184 BX547930.2 non-coding upstream 1140893 13001068 ~ 13003183 (+)
XLOC_017183 BX547930.3 non-coding upstream 1169355 12968914 ~ 12974721 (+)
XLOC_017182 BX547930.1 non-coding upstream 1234951 12907233 ~ 12909125 (+)
XLOC_017202 mir199-3a non-coding downstream 727976 14875460 ~ 14875546 (+)
XLOC_017203 mir214a non-coding downstream 730155 14877639 ~ 14877738 (+)
XLOC_017206 FP074855.1 non-coding downstream 851472 14998956 ~ 14999072 (+)

Expression


Co-expression Network