XLOC_001938


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_001938
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 9823197 ~ 9835446 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00005831
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00005831 True 12142 lncRNA 0.35 2 9823197 9835446

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_001936 rabgap1 coding upstream 12600 9697097 ~ 9810597 (+)
XLOC_001937 CABZ01061749.1 coding upstream 97306 9725774 ~ 9725891 (+)
XLOC_001935 rc3h2 coding upstream 161301 9595575 ~ 9661896 (+)
XLOC_001934 si:ch211-243g18.2 coding upstream 252185 9550419 ~ 9571012 (+)
XLOC_001933 ndufa8 coding upstream 403203 9410304 ~ 9419994 (+)
XLOC_001939 NA coding downstream 55245 9890691 ~ 9895543 (+)
XLOC_001940 BX248503.1 coding downstream 77617 9913063 ~ 9913177 (+)
XLOC_001941 AL935269.1 coding downstream 342655 10178101 ~ 10195602 (+)
XLOC_001942 sh2d3ca coding downstream 375009 10210455 ~ 10274162 (+)
XLOC_001943 NA coding downstream 452702 10288148 ~ 10295789 (+)
XLOC_001926 NA non-coding upstream 697334 9122393 ~ 9125863 (+)
XLOC_001921 BX571955.2 non-coding upstream 954302 8862521 ~ 8868895 (+)
XLOC_001919 NA non-coding upstream 1049538 8773436 ~ 8773659 (+)
XLOC_001917 NA non-coding upstream 1107449 8709485 ~ 8715748 (+)
XLOC_001954 CR931761.1 non-coding downstream 1280408 11115854 ~ 11115970 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000304_05620621_05623140 NA coding CI01000304 null 5620350 ~ 5623797 (-)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G98528 NA non-coding NC_048565.1 CM023219.2 88263473 ~ 88264499 (-)
bowfin (Amia calva) G87464 fkbp14,LOC107685615,LOC107596753,LOC107743226,LOC107550815 non-coding CM030130.1 CM030130.1 24216374 ~ 24218824 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G73760 NA non-coding NC_056708.1 CM032077.1 1117113 ~ 1126466 (+)