XLOC_020781


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020781
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 5312971 ~ 5315589 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042307
CCAGCTTATTACGTTGATTTGCATGTAATGTCTCTGCGTGATATGAATTTGGCTCAGGGCGTATGATTAACAATAAATTAAGCATGTGTTTATGGTTATTCAGTTGCTACATGATTTAACTTGAGAAATGCTTGCGAGGATaatgttaaaggggtagttcacacaaaactgaaaattctgtcatcatttagtgtttgctttttccaagtctttatgagtttctttcttttgtttcacAGAAAAGAATACATGTTGAAGCTGGAAATCACTGActtcctttgtttttttcctactatgaaaagtcaatgattaccagtttttaacattcttcaaaatatattcttttggcAAGATTGgcagtattttaaaaagtgtcatagacacttagcaactgcatagcgacATTCCAAAAAGTAtcaaaaacaccttagcaactgcatagcgacATTCTAAAAAGTATCAAcagaataaactcataaagggGTAAACTGTGTAAACTGACATTTTTAAGAGGGGTTAACTCTCCCTTTAACACATCATCTACCTCAGAAAACTACTGCTAGTTAGCATTGTCTGATTGGAGGAAAGTAAAACATGCTGCGTTCTTATTGGAGGAGAGTTAAGCGTGCTGCTTGTTGGTTGGATGATTTTAACATATACTTTTAGGCTGATTGGTGAACGCTATCTGTGGCCTCACAGGCATTCATGTGGTGTCAACATGTcttcaaattgtattttaataaatacatcacaACCACTTACATTCAGCACAGATGTGAAATCCTGTATGCGCTGGATGCTGACCCAGAAGGACTTACAGATGCCCGGCACTGTGGGTTTCTTCACACGGCTTTGCTGCTTTATTACACAGCTGGTCTTGTTCAAGTTAAACCAATTATAAAGCACACAGCTCTGGTCTGGACCGCAAACACACTGACTACATGGTGGCGCAGGGAACAAAACAATATCAAACAACTTAAGGAGGCCACGTCACGAAATCTGGTCAGTCTCTGAGCGCACGATAAAAGGACTCTGACATTGCTGTGAAACTAAAATAAGAGGCTTTCGGCTTTCATCCCCGCAGCTCCTTGCCACTGATGCATTTATGACCTGTAATTGTTTCTGAGCGGTGCAAATCTTTCCAAGTAGCTGTCAATGCTGCGGACTGAGAATGGTTCAAGTAAGGCCGCAGGACCCGCAGAATGGAAACTTAGCTATATGGATGCTATACATGCTAAAAGACAACGTGCTATATATTGTTTGCAGCATTTTTACATAGCAAGGTTATTTTAGTTGATGGaaactaaaactattggtcaaaaactattattgttaactgaaataaaataaataaattaataaaataataaattaaaaactaatccAAACCAATCCAAACCAATCACACAGCAATATTCTAAACTTTAATTTCTTAGCAACCCCCTAACTATATAGAGAAACCTGTACATCAGTGTGTTTAAAATACTGAGAATTCGAGAATCTACTTAACAATATGTACtaaccaatcagaacacactaGCGACATCCTAAAAACTATttcaaacaccctagcaaccgcatagcaacatCAAAAATCCCCACGCAACAGCTTAGCCATCTCATAGCAGCATgctaaaaatattcaaaacatccTAGCGAACACATGGCAATATCCTAAAAATTATTCTGAagaccctagcaac
>TCONS_00042308
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>TCONS_00042309
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>TCONS_00042310
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>TCONS_00042311
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042307 False 1703 lncRNA 0.37 2 5312971 5315485
TCONS_00042308 False 1733 lncRNA 0.37 3 5312971 5315544
TCONS_00042309 False 2352 lncRNA 0.37 3 5312971 5315577
TCONS_00042310 False 2101 lncRNA 0.37 2 5312971 5315582
TCONS_00042311 True 1778 lncRNA 0.37 3 5312971 5315589

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020780 NA coding downstream 38009 5267523 ~ 5274962 (-)
XLOC_020779 ncln coding downstream 60959 5233396 ~ 5252012 (-)
XLOC_020778 tnfaip8l1 coding downstream 141142 5153461 ~ 5171829 (-)
XLOC_020776 CR936300.2 coding downstream 149838 5123914 ~ 5163133 (-)
XLOC_020777 CR936300.1 coding downstream 167949 5140530 ~ 5145022 (-)
XLOC_020782 s1pr4 coding upstream 4826 5320415 ~ 5323482 (-)
XLOC_020783 zgc:194627 coding upstream 117504 5433093 ~ 5441893 (-)
XLOC_020784 NA coding upstream 137654 5453243 ~ 5463115 (-)
XLOC_020785 CABZ01064972.1 coding upstream 167999 5483588 ~ 5518117 (-)
XLOC_020786 CABZ01064968.1 coding upstream 202725 5518314 ~ 5529241 (-)
XLOC_020765 NA non-coding downstream 459156 4853062 ~ 4853815 (-)
XLOC_020756 NA non-coding downstream 577634 4733007 ~ 4735337 (-)
XLOC_020752 CU074310.1 non-coding downstream 999853 4311803 ~ 4313118 (-)
XLOC_020788 NA non-coding upstream 308784 5624373 ~ 5631081 (-)
XLOC_020792 NA non-coding upstream 385671 5701260 ~ 5724131 (-)
XLOC_020793 NA non-coding upstream 407739 5723328 ~ 5825199 (-)
XLOC_020795 BX005329.2 non-coding upstream 429714 5745303 ~ 5749450 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G162821 NA unknown CI01000030 null 10866012 ~ 10868440 (+)