psenen (LOC106577931)


Basic Information

Item Value
gene id psenen
gene name LOC106577931
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 14519197 ~ 14524902 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005051407.1
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>XM_021592025.2
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>TU259714
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>TU259715
GGAGCAGGAAGCGGAAAGGAACGAGTTTAAATGCTCTTTTGTGTTGATGTTTTGAGCTGTTTAACGTTAATTTGTCAAGCAATTTAGAGCTATTTGACATCTATTTAATTAAAGATTACAGGTCTCTTTGAAAAGCTGCCAATACTAAGGGGGAAATAACAGGAAATCGACATGAACCTAGAGCGCCTTCCAAATGAGGAGAAACTCACCCTCTGCAGGAAATACTATTTAGggggATTTGCATTCCTTCCATTCCTGTGGCTGGTGAATGTGGTGTGGTTTTTCAAAGAGGCCTTTGTAAAGCCAACATATACTGAACAACTCCAGATCAAAACATATGTAAAGCGTTCAGGGCTGGGGTTGCTACTGTGGGTTGCAGTACTCACCACATGGATAACCATATTCCAACACTTCAGAGCAGAATGGGGTGAGGTGGGCGACTACCTCTCCTTCACCATTCCACTTGGCATTCCCTGAGACAGACAAGGCGGGAAACAAGAAAGCTTCCTACTGTATAAAACTTGACCATGACAGAATTAATAGACAAATATAACAGGTTGAAATAGTTAAATGTGTAGTTGATCTCAATGGATAATCATAGTAATTTTTTCTGGGCTTTAATGAGTGGGAAGATGTCTTGTGAACACTGCACCTTTTTCCCAaaattgtgtgtagtgtgtggatGTCTCAACGCGTTTGAGTAAATTTGGAAGGTTAAACAGGCGAATGGCATGTATGACAAAAATAAATGG

Function

NR:

description
PREDICTED: gamma-secretase subunit PEN-2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005051407.1 False 4029 mRNA 0.40 7 14519197 14524902
XM_021592025.2 False 863 mRNA 0.40 4 14523180 14524889
TU259714 False 828 TUCP 0.39 4 14523180 14524854
TU259715 True 752 TUCP 0.41 4 14523256 14524854

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
antol lin37 coding downstream 7565 14508406 ~ 14511632 (-)
LOC110510742 LOC106578317 coding downstream 37542 14475682 ~ 14481655 (-)
LOC110510581 LOC106578340 coding downstream 121914 14389198 ~ 14397283 (-)
si:dkey-79d12.4 LOC106605603 coding downstream 240055 14270653 ~ 14279142 (-)
LOC110510806 LOC106578077 coding downstream 326891 14148137 ~ 14192306 (-)
LOC110503689 tm149 coding upstream 76000 14598789 ~ 14638314 (-)
LOC110510719 LOC106577908 coding upstream 114867 14639769 ~ 14642909 (-)
zbtb32 LOC106577891 coding upstream 130962 14655864 ~ 14667500 (-)
aplp1 LOC106577862 coding upstream 169704 14694606 ~ 14742899 (-)
LOC110510856 LOC106577793 coding upstream 255165 14780067 ~ 14834031 (-)
G227094 NA non-coding downstream 20343 14496793 ~ 14498854 (-)
G227068 NA non-coding downstream 89752 14424463 ~ 14429445 (-)
G227065 LOC106577515 non-coding downstream 102319 14415060 ~ 14416878 (-)
G227015 NA non-coding downstream 109117 14409102 ~ 14410080 (-)
G227064 NA non-coding downstream 113047 14405901 ~ 14406150 (-)
G227162 LOC106577926 non-coding upstream 94037 14618939 ~ 14623213 (-)
G227163 NA non-coding upstream 95366 14620268 ~ 14625116 (-)
G227207 NA non-coding upstream 189371 14714273 ~ 14714833 (-)
G227331 NA non-coding upstream 369347 14894249 ~ 14894545 (-)
G227060 NA other downstream 44031 14428793 ~ 14475166 (-)
LOC110538195 LOC106578103 other downstream 517389 13995196 ~ 14023153 (-)
wu:fe05a04 LOC106578221 other downstream 591364 13909746 ~ 13927861 (-)
G226294 LOC100136012 other downstream 1174822 13344074 ~ 13344375 (-)
G226224 NA other downstream 1294682 13223884 ~ 13224515 (-)
LOC110512327 LOC106578554 other upstream 1011463 15536363 ~ 15539677 (-)
G228094 NA other upstream 1076113 15601015 ~ 15601488 (-)
G228098 fbrl other upstream 1181332 15706234 ~ 15708265 (-)
G228191 LOC106578455 other upstream 1262720 15762029 ~ 15791401 (-)

Expression


Co-expression Network