LOC110520306 (LOC106586457)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520306
gene name LOC106586457
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 60659246 ~ 60682924 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>LOC110520306
CCCGGAAGTGATGATGTAAGACTAAGCACTAGCAGCTACACTAAAGCCTAAAGCTAGCAACACACGGGCAAATTGAATTGGTTTCGCCGGCCTAATAAGTTATATACCTATCATTAACATAGTGGTGGAGGGGCAAAGTTCTCTCTGTGCGCTGTGATTATGAAACAGGAGTTCAATCACTACTGGTGTCAGCTTCGCTGGACATAAGATGGCGACAGAGTTGAGACGCTTTTGGAAGCTTGGGTCATTGAGTCGTATCTGCACCTTCTCCCTTCTATTTCTGTTTGTGCATTGTCATACGTGTAAACATCAAGTTCCTTCTCTGTCGGAGGTTGTCCATAAAGTGTACCTGAAGTCTGAAAGATTAACCAAAAGAAGCTCTGATCAACAATTGAAGATAACAATAATTTATGATTCAAGTGTGGACaaGATAAACTGTTTTCACAAGCAATTGATTATCTACAGAAGGCATTTCAGGTTTGCCGGCAAGCAGGACCTGTATTACTCAGCAGCAATGCAAGGTGTGCAGCGAGACAGGGAGATCGTGTGGTCAGCAGGGCCTCTGGATgggaagggggtggagggggcTGACTTTGTCCTCTATGTCAGTGGGGTGACTACAGAACGTTGTGGACAGGAGAACATTGTGGCCTATGCTGCATACTGTCAGCTGGAGTCTGAGCTGGACAGACCCATTGCTGGATATGCCAACCTGTGCCCCAATATGATATCCACCCAACCTCAGGAGTTTGAGGGTATGCTGTCAACCGTCAAACACGAAGTCATACACGCCCTGGGTTTTTCTGCAGGGCTGTTTGCATTTTATCACGATGATGATGGCAAGCCTCTGACACCTCGGTTTGCAAGTGGACTACCAGCATTCAACGAGAGTTCAGGCTTGTATCAGTGGAGTGATGCAGTGATACTTAAAGTGACTCGATTATGGGACATCCGTGGTGGCGTGATGGTCCGACATGAAGTGCACCTACTAGTGACACCGCGTTTTGTGGAAGAGGCAAGGAGACATTTTGGCTGTCCCATCCTGGAGGGTATGGAGCTGGAGAACCAGGGAGGGATGGGTACTGAGCTGAACCACTGGGAGAAGAGGCTACTAGAGAATGAAGCAATGACTGGATCTCACACCCAGAACAGAGTGTTTTCAAGGCTCACCTTGGCCATCATGGAAGACACAGGTTGGTACAGAGCCAACTACAGCATGgcagagaggctggactggggcaAAGGCCTGGGCTGTGACTTTGTGATGAAGAGCTGTAAATTCTGGATTGAAAGGCAACGTCAGAGTCGTAAAGTGGTGACCCTTTACTGTGACACAGTGCGAGCCACACCCCTCCAGCTCACCTGCAGGCAGGACCAGCTGGCAGTGGCTGTCTGCAACCTGCAGAAGTACCCTCAGGACCTACCCCTGGACTACCAGTACTTTGACCATATCCCTGAAGTCTCTGTGATGGATCTGGCCTCCTACGGGGGAGCCGTGGAGATCGCTGACTACTGTCCCTTCAGCCAGGAGTTTAGCTGGCACCTGAGTGGAGAGTACCAACTCCTACTGCAGGGTCCAGGAGAACCAGCCCGATTGGTGGAGGAACTACGGAGCTGAGCAGTATGGTCCAGACTCAGTGTGTTTGTACCAGAAGACTGCCTTCGTCATGGAGCAGTGTACCAGACGCATGACCTACCCTGACTGGGGAAGTGGCTGCTATAAGATCTCTTGCTCTACCCAGGGTCTGACGGTGTGGGTGGAGGACACTGCGTACCAGTGTGTGCGTATGGGTCAGCTGCTGAGCGTCAGTGTGCGTGTTAATGACTGGGTATACAATGGGGTTCTCGTCTGTCCTGTCTGCTCAGACTTCTGTAGCGCCTGCCCCCTACCACAACAGCTCCCGCCCCTCAATACCACCAAGATAATTCCTATTGACCCTTGCTCCAGTTCCTCCAGCTTAgtggtaactctgtgtcttctaCTGTTCAACTTCATCCCTGTGTATGTggaactaactaactgactgtctGGTTGATTGGCTGGCTGACTAACTAACTGTAAGGTTCTCTCTCTGGGACtgcggcccaaatggaaccccatTCCTTAAACGGGCCTATGGCCAtaggccctggccaaaagtagtgctctatgtagggaatagggtgccatctgggacgcAATCTGGCAGCCCGTTTTGTAGTCGACCATACTTGGCCATCCCACAACCTCAGGCATCCCATTCCAGGGTTCCACAGTCCAGTTGGAAAGGATTTGATCCTTGGAAAGTCAGGAAAGTTGTTTAGGAATCAATCACATTAAACCCACCATCAGGGAAATTTGTGATACTTTTGAACAAATGTTTCGTAAAACAAAATTCAGtgcaaaatatgtattttacataTGTATTTAAGTTTAAATGCCTGAAAGAAGGATATCTTACCACAATACCTTATCTGTCCAGTTTAGACACATTTGTACAACCTAGAACTTCTTTTAATGCTGCAGTTTTGGAACAGACAAAGTTCAGTTCATGAAATTGCTAGATACTTTCAGAAAAGGGGAAAAAATAAGCCATTGATTGCACTTTTCTTTTTGTTAAACTAACAAACGAGGCGCCAGTAAACTGTAAGCAAAATCCGAAGAAGCCATACCCCAAGGGTAGCTAGATGATCACGGTGAGGTGCCGGTGCTACTTTATGTATGACCCCCTATCCTAACACTAAGACATACTATATTCCCCTCAGGGGGACTGTAGCATATTCAGTTTCCTAGTGTTGTCATGTAAGGTTTGTTACATTCTTAGAACTCATATGAAACATCTACATTTTCAGTTAGCATTTTTATAGCAAGTTATAAGATGATTCAATGTAACAATGCAGTATTTAAAATTGACAGCAGATTGTTATTCGCGTGTATTTGTTTCCTGGTAAAAGGTCCATATCTGGCAAACTGGAAAAGTTTGATTGTCTTAGTTAGGCCCTTAAAATATCATTTTTGGTTTGATATTAGATGCATTTGATGATTTTGTAGATGCATGCGTGAAGATAAAGGTGTATCTGAAATGAAAATTGCACTAAGACTGTTTCACAGTGCAGTAAAGTTACAGGCAGGCCAATAGTGATGATACTAGATGTAgattgtaacttattttttatgATTTTCATAAATAATggacaattttttaaaaataacattttactgGTGAGGGAGCGAATAGGGCTTTTTATATTAATAATAGTTTGTTTGATGCCTTTAAATCCGCTATGACGAGCCAGAGATTATGTGGAATTCACCTTGTACGTATTATGTGTCTGTCATGTGGGAAAATGAATTGAACCAGCCATAATGTACACCTTCTGAAGTGAATAGGGACTTCCCAGTTTCAGATACTCTTTCAGCTTCACAATTGGTCAGGGCATTATTCCATAGTACCTATAATGGAATATATGTAGTAATGCGATTGTATAGTACTTACACGCAGTTATACAGTAGGACTAATTTTCAATTTAAAGTTAAAGGGATAAAAAGCATCAAGTACTATATGATGGTTATATGCCTCTAGTATTCCAGTGCATCTGCTATAAGCccactgtaatgtagtgttgaCATATTTGACTTGAGTGACTTGTTATTTTGTAAGTTTGTCTAATTTCAGTTGATATGGTATGCTTTTGCCAAATTTAACATCAGTTCATTTTTCTATTTAACTTGAATCTTGTAAGTTTCATGGTGTAGGATATGGCTTTTATAAATACGGCATTCAAATTGTCCCTCTTCTCTAAGCACTCCACTGAATATTGAGTAATTAATTTGAGCATACACTTGATATGAAACAATTTGGCAACCTTACATTTTTGGTTTATGTGATGTGCCTGGGGTTGGATTTTAACATGCATTGCAAATGGCATTAACAAAACCAACAGATTCCAAGGTGGCAGGACACTGAAGACTAATAATGCCATGTTTATCTGAAGTGTAGTTTAACATGGCCTAAAACCAAACGCGTCGAACAGTACTCTGATTAGACTATAGTTAAAGAAGTGCCACTGACATGCCATGTTATATTGTTTATGGTCCTATGTACTAACTTATTGTTAGGTTAATAATAGTATTATGGTTTTTATGCTACTGCTGTTTCTGAAGATATGCAAAAGTGATTGCAATAACTGTGATAAACAAATGAGCAGCtaccaattttttttttctgCCCCCCATTAGTTGAAATATATATGCATTTTTTTCCTATATAGTAGGCCTAGATCTTAAGAAACTTGCTGTTTTTAAGTTTAATGATGGATccagttgtatttgtattttgtgGGTCATTTTGCAGCTGCTTCTAGATGTTTGGTTTTCTGTATGGTTGCCAACAGGGTCTACATCAATTATGGGAACATTTGTATTTCATCATGAGAAGGAACAAAACTGTAATGTGTTGATGAGGTGGATTGAGACCacaaaatggctgtgtgtgattGTTGGTATATCTGTTAATTGAGATTACTGTACCAGAATGCTGCTTAAGGGAATAGTTTAATATTTTTTATGGAAAAAACAAGTTAGATTATTCACCTTTTTGTAATTTGTACCCATGCAATTGTCTGTATTAGAAtgacttgttttgttttttagttACATTCCAGGGCTACAAGTGAAGCATGGCAGTGCTTTCATTTGTGATCTTTTTTATGTTGTACGAgagtccattgtgtgtgtgtggaaaaggTGTTGATTAAAAAATAGATTGTGTGTTTTACAGTATCAGGGAAGCAGGCAATAAATGTTGTACAGTAGGA
>TU319665
GGTTATATGCCTCTAGTATTCCAGTGCATCTGCTATAAGCccactgtaatgtagtgttgaCATATTTGACTTGAGTGACTTGTTATTTTGTAAGTTTGTCTAATTTCAGTTGATATGGTATGCTTTTGCCAAATTTAACATCAGTTCATTTTTCTATTTAACTTGAATCTTGTAAGTTTCATGGTGTAGGATATGGCTTTTATAAATACGGCATTCAAATTGTCCCTCTTCTCTAAGCACTCCACTGAATATTGAGTAATTAATTTGAGCATACACTTGATATGAAACAATTTGGCAACCTTACATTTTTGGTTTATGTGATGTGCCTGGGGTTGGATTTTAACATGCATTGCAAATGGCATTAACAAAACCAACAGATTCCAAGGTGGCAGGACACTGAAGACTAATAATGCCATGTTTATCTGAAGTGTAGTTTAACATGGCCTAAAACCAAACGCGTCGAACAGTACTCTGATTAGACTATAGTTAAAGAAGTGCCACTGACATGCCATGTTATATTGTTTATGGTCCTATGTACTAACTTATTGTTAGGTTAATAATtttttttctgCCCCCCATTAGTTGAAATATATATGCATTTTTTTCCTATATAGTAGGCCTAGATCTTAAGAAACTTGCTGTTTTTAAGTTTAATGATGGATccagttgtatttgtattttgtgGGTCATTTTGCAGCTGCTTCTAGATGTTTGGTTTTCTGTATGGTTGCCAACAGGGTCTACATCAATTATGGGAACATTTGTATTTCATCATGAGAAGGAACAAAACTGTAATGTGTTGATGAGGTGGATTGAGACCacaaaatggctgtgtgtgattGTTGGTATATCTGTTAATTGAGATTACTGTACCAGAATGCTGCTTAAGGGAATAGTTTAATATTTTTTATGGAAAAAACAAGTTAGATTATTCACCTTTTTGTAATTTGTACCCATGCAATTGTCTGTATTAGAAtgacttgttttgttttttagttACATTCCAGGGCTACAAGTGAAGCATGGCAGTGCTTTCATTTGTGATCTTTTTTATGTTGTACGAgagtccattgtgtgtgtgtggaaaaggTGTTGATTAAAAAATAGATTGTGTGTTTTACAGTATCAGGGAAGCAGGCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
LOC110520306 False 4797 mRNA 0.35 15 60659246 60682924
TU319665 True 1140 lncRNA 0.35 2 60659266 60660495

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
snx4 snx4 coding downstream 25362 60620486 ~ 60633884 (-)
LOC110520303 LOC106586453 coding downstream 44034 60607110 ~ 60615212 (-)
znf148 znf148 coding downstream 59140 60593527 ~ 60600106 (-)
slc12a8 slc12a8 coding downstream 69907 60560430 ~ 60589339 (-)
heg1 LOC106586449 coding downstream 98950 60545104 ~ 60560296 (-)
LOC118944682 NA coding upstream 3530 60686454 ~ 60689464 (-)
LOC110520307 LOC106586456 coding upstream 27030 60709954 ~ 60888262 (-)
LOC110520309 LOC106586458 coding upstream 209885 60891843 ~ 60941193 (-)
LOC110520310 LOC106586459 coding upstream 269932 60952856 ~ 60957863 (-)
LOC110520311 LOC106586460 coding upstream 291996 60974920 ~ 61013177 (-)
G281872 NA non-coding downstream 42815 60616186 ~ 60616431 (-)
G281832 NA non-coding downstream 118901 60540132 ~ 60540345 (-)
G281393 NA non-coding downstream 250890 60408064 ~ 60408356 (-)
G281392 NA non-coding downstream 251307 60407197 ~ 60407939 (-)
G281390 NA non-coding downstream 253186 60405795 ~ 60406060 (-)
G282125 NA non-coding upstream 347462 61030386 ~ 61030761 (-)
G282179 NA non-coding upstream 426204 61109128 ~ 61110355 (-)
G282206 NA non-coding upstream 460422 61143346 ~ 61145221 (-)
G282977 NA non-coding upstream 510723 61193647 ~ 61211320 (-)
G277749 LOC106586429 other downstream 3070063 57584386 ~ 57589183 (-)
G277673 LOC106586423 other downstream 3255671 57402984 ~ 57403575 (-)
si:dkey-91i10.3 LOC106586420 other downstream 3361484 57270782 ~ 57297762 (-)
G275250 NA other downstream 5247759 55410143 ~ 55411487 (-)
LOC110520227 plekhm3 other downstream 5540034 55068639 ~ 55122013 (-)
G284018 NA other upstream 2031651 62714575 ~ 62715177 (-)
G286522 NA other upstream 4286625 64969549 ~ 64970755 (-)
G286580 marco other upstream 4331335 65014259 ~ 65029736 (-)
G286638 NA other upstream 4371776 65054700 ~ 65075985 (-)
G286953 LOC107579696 other upstream 4552256 65235180 ~ 65235908 (-)

Expression


Co-expression Network