XLOC_022523


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022523
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 35540360 ~ 35549662 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00045064
TGTTATATTGTTACAAAGCTATCAACTCATAAAACACGAACATCACCTTGCAGTTTAGTTCTGTGTAAGGTGAATAGTGTTAGGTGTTGGTTTAATTGACGTGAAGGGGCCCTAAACTGCCGTCTACCTTTTGAGTCCGCCCATGCAAGATCACCATTCGTGACCGGGATTGGAGCCAGATTGCTCCATGTTCTCGTTTGCTGCTTTGAGGGAGTGGTATAAACGAAAAGCAAACACAAACTAATCCGAACTCACTTTTCCTCCGGTCTGTTTGCCCGACTGTTTCTCTTGAGCTATCATTACCATTACGCAGAATAATTACATCAGCTTGCAGCCACTTCCAGGCATCGATCTGTAACTCGAATCAATCCTCCGGGGACCCAAAGGGATGAAATGGTGATCTATGGTTGTGTGTGAGGGGAAAAACCTGACTTTCAGGCACCGTCGGAGTTCCAGTCTGTGCAATAGTAGGACGGTTCCTGGTATAGCTGCATCTCTTCCTTCTAAGTGCTCTAATGAGATAGTGGGCAAGAAAAAAAGCTGTCCACGGGATGCAGCGTGTGAGAAACGGGAATATGAAGATGTGCGGCGTATGTGTAACGAGTTTCTAATTAAAGACACAGCGATGTGAGGCCACGAGGGACGACTGCTTCCGTCTGAGAGCCTCAATAAATTGGCGAGAATCGACGGCGAGTGTTTGGAGACGTTCAGAAGGCGAGCGGCGCGCGCGCTCAGAGTCCTCCAGGAGCTTTGTGTGGAGTTTTGGAAACACCAGAAAGGAGTCTGACCACTCCAACTTCCCACGCTTGAATATAATAAAGGACGGCTCGCTTTAAAGGACAGcgcgcttctctctctctctctctctctctctttccagcTCGTTTTGCGTGGGGTTTAAATAAGCACAGGACACTCGAGACTCAataaaacaaacagcacgcgCCAAATTCGCCTCAGGCTGCTGTGGAGATTGAAGGACACGACCGTCCTCAGGTAGGCTTACCGGAGGATTTATGACTTtgattcttttttattatatgtcGGCTGTAACTTTGTAAGCTTTTCGCAATTAATCtacaatttaattataatttttttaccaaATAACCTTAAAATGTGATGCTTTTAAAATGAATGGCCTCTTTAGTCATTTCATAATATTTTGACCTACAGTACAAGTCAAAGTTTGGACACACtgctgaattatttatttattactcttttcaaaaaataatatagtattaataacctttaactatgttttttttaaagcagagtgATTACTATTTCTAAAACAGGTCACAGGTTTGCTAAAGTAAAGACCATAGTTTGTGTAACAAAGCCATGGTTAATTCGTGGTTACCATTGCTTAACTAGCTTTTAATATGTGGTAAACCCGTGGTTAATTTGAATAAATGACATGGAAATGGACTAGTCGAGATATTAAGAGCTGGCTACAGACTATAAAGCTATTCAGTTCAGATTATTTGTTTTGTGAAAGTTTAAAAAGATTTGAGCTCATAAAGAGACTTCTGATGGGAGATGTAGGTACGTCTGAAGTCTGAAAGTTTAGAGAAAACACGTGCGAGCTTCTCAGGAGAAGCAGGAGACTTCTCTGTTTGCTCTTCATAGCCTACTGCTGTCGAGGAAACAAATGACTAATGGACTAACATAAATTGTGCCTACATATCAGTTTCTTTCTGAAGTCTCGAGTGATTTATTTAGTCAATGAATGAGTTGGACTGAGTAGAGGAAAATCAGCCAAGTGCCTGGCATGTGAACTCTTTCACTTCAGCAGGGATTAAACCCATGATAGGAGGCACTCAATGAATAAAATCCAGAGACAGTTTTGGATTTGTCTTAAATTCGAATCACAAGTGCCACAGTTCTGATGCTATaccaaaaatgacaataaaaagaaAGAGTAGGTGTGTCCAATCTAGTGAAAATCGAGCAAGacttctattttaaataaatcgcAAAAGCTTCCAAAGCTCATTTCCAACATAAAAGTTTATCATATAAACCCTGCCACTTCTTCTCCAGACTGCGTGATCCTGGACTTGGGCTGTGCGCGCACTCTGGTTTCGGGAGAGATGCGCGCGCTGCGAGCCCCGGTGCTGGTAATGGGGCTCGTATTGTTAATCTGCACTGCCGCACAAAGCGATGCCAGCGCGAACAAAGTGGAGAAAACGCTCAGACGGATCATGGAAATCATGAGACAGGTGGAAAATAGCGCTGACGACGAGAGCGCGCAGAAGACAGAGAGCGCGCCTGAGCCGAAGGACACGCACCATCTCAAAACGGCAAGTGGAGAAACAATTTTAGGTAAGCAGGGCATTTAAAGATGCACAAAATGTCAGTGAACTATATATTAGAATGTGGGATGACCCAAACTGAATTTTCAAGCAAAATGTTGTCTAAtaagtacagtgctcagcataacagagtacaccccattttgaaaatcaagattttttttatctatttctcagtgaatagaggcaatgtattttggtgcatttaaacaaaacagatttattaaacagatatatttattaaaataacattttagtcaccaaacatattcagaaatttaatacaattaaatttaagctaaatattgcacaaaaaaatgacaacctacaaaatttcaactaaatcttTTAATTGTTGTGCTTCTGttgatttagtcttttttttatttgtatttaatatttttctataaaatatactgtatatttggctttactagtttttggaccgttatcaccAGATTTggttcagtactgactaatcaaatgtatatgcacaaatataatattgtatagcttcttattaaaaatatgaatttaaaagagagatgtgtgaggggtgtacttatagaTTCTGAGCACTGTTTTACAAATAAAGGTTTCAAAAGAGGGCTTTAGCATTCATGCCATGGAAGAACAATTTTCAGCTCCATAAAGAACATTTCAGTCAACATTTCTAATAAGAATCAAGATTTTCTTagttttaagaacattttaatcATCATTAACATTTTATTCAGAATGAAAAGGTTCTACGATTGTTAAATGGTTCTTTGTGGAACTATTAATGGCAATAGTTGCCAAAATTAAAGTTTCCTAAATGGCTGGTATATTTAGGAGTTTATTTTcctgttaagcacaaaagaagatacaatgttggaaactggtagccattagGGATAGAATATATGGAGGTCAGTTGCTgtttccaacattgttcaaaatatcttctatcgTGCTCAACAGGAGaaataaaaaactcaaaatgAAAGTTTATTGATGACAGAATTGCAAAAATGAGCTGTAATTTATTAGTCTACTAAATAATTAACTCCATGCATCTACTTTAGGTCACACTGAAACAATTTGATTACAAGAGACTGCATAAATGGTTCTGAAAATTGGCTCAGTGACCATGATCACTTGCAGCCAGTTGGTGTTACATTTTGATATTTAATGCAATGACATCTTACGTGTGGTCACTGAATGTGCCATCTTATGTTTGAGCTACTTTTTAAAGCAATGTGACTTACCCTCAAGTCTCGATTCTTTCTAGAATGAGGTCAAAGAGCTTTGCATTGCATCTGTTGTGTGTTGAATCAGACATGTGGAATTGGACGTCAGTTTGGGCAGAAGATTATGGCCAACTTAAGACTTTGTATGAGAGGGAAGAGTGCAGTCTTCAATTAAATGTTCTTAACTTGAATTGACGGTTCCTTAAAGAAAATATATCATCCGCAGAACCTTTATATTGCCCTAAAAGTTATTTAGGTTATTAAAAAGAAGTGTTCATTAATGTGGAACCTAAAATGCGATGAAAACTATTTTGCAACCTTTATTTTTAGGAATAAGCTAAATTACTGAAGGTATATTTCTGTTTGAACTTACTTAAAAATTAGCGAGTTTGTGTTGGATGCTAAAAATAGGGAAGCACAGCTTGTTTTGATGTCTAAAGTGCTTAGTCGGAGTGTGGTCATTGCTAGGGAATGTTGAGCTGAGCGATTTGTCTCTCTTGAAGGATCAGCGGATATCCAGCATTTAACCTTTGAATGTCTCTTTTTCCTTTGTAGAAATCTTTCCCAGAGACCTCAGTAGGAAAGAGAAATTTATCACAATATTAACAGGTAGGAGACTGTCGAATCCTCTGAGACATCAAAGCTGTGTGTTTGAGACTTCTGACCTTGTTGTTTTCCATCCGTCAGGTCCTCTTTATTTTGGTCCAAAGTGCAAGAAGGATGTCTACAGGCTTTACCACAACACTAGAGACTGCACCATCCCTGCACGTGAGTACCGTTCCACTCCATCACTCGATGCTACAGGTCACATCTCTGCCCACATGCACCACCTCCCTTTATATTCATGACAGTCTCATGTCGGCTAGGTGCCGCTGATTTACCCCTGCACACAGAAACAGTATAGGCTACAAATTCAGGACTCATCCAGATGATTATCCAACTCATCCAGCTTTACTCCTGTCCTCAGACTACAAACGGTGCGCACGGCTCCTGACACGACTGGCGGGGACTCGGAAATGTCAAGAGGGTTAACTTCTAATTACCAGGTAAGACGCTTACAACTCCCCCTTTTCCTTTCTGATGTAGGAAACTAACAGtgttagaaataaaggtacaaaaaagGGTCACTGTGCTGGAACTGGCTTTTCAAAGGGTGCACTTTTGTATTTTTAGGACACTACTAACCTGGATATCTAATGTTCCGATACAGACCTTTTTGGTAACGTGTACATTCTGAAAAGGTGCTGCCCCAGTAACAGCTTTTGTACCCTTACTTGCAAGAAGCATAACTTAAGGAAAAGATGGGGAATAGGGCATACTCATGGTCCTCAGAGTCTATAAAATGAAGGGCATTGATTGATTAAACACTAtatctaaatgtgtgtgtatattgctAAAGGATTTGGGACATCTGTCTGTACATACACAATCTTTAAAGTGagaattcacctaaaaattaaatttctgccatcatttattcaacCTTGattcaaatctttatgagtttgtttcttctgttaaacacaaaagaagtcatttttaaaaaatgctgaaaacttttttcctttttttaacctaaaatagaagttacaggttttcatctttattcaaaatctatattttttgtttttaacagaagaaacaaagttataaaaatttgGAAACTCTTGAGAGCGAGTTAATAGTGagtatatttacatttctgggtAAACTATCCCCTTAATGACATCCCGATCTTAGTCTCTATGGTTTAATATGGAGTTGGCCCACCCTTTGCAGCTACAACTCTTCTGGGAAGGCTTTCCACAAGGTTTAAGAGTGCGTTTATGGAAAAGTTTGACCATTCttctagaacaggggtcaccaatctcgttcctggaggtctggtgccctgcagggtttagctccaacttgcctcaacacacctgcctgggtgttttaagtatacctagtaagaccttaattagcttgttcaggtgtgtttgattagggttggagctaaaatctgctggacaccagacctccaggaacaagtttggtcaGGGACTGATGATCTCCtctttaaaacatgctaaatatatTCTCTTGGGTTGAGCTCAGGACTCTGTGCAGGCCGGTCAAGCTCCTCCTCACCAAACTTGCTTATTAATGTCTTTATGGACCATGCTTTGTGCACTGGTGTGCAATTATGTTGGAACAGGGATACCCATCACCAAACCCTTCCCAAATTGTTGAAGAAATTTTCCAAGTATTGGTATGCTTAAGCATAAAGAGTCTAGCCCAAACCTAGAAAAAAACAACCCCACAGCATAATATCCCTCCACtaaactttacatttttcacagtgtagtccaggggtgtccaaactcagtcctggagggccggtgtcctgcaaagtttagtttcaactccaatcagacacacctgggctagctaatcaagctcttactaggctttctagaaacatctgtgcaggtatgttgaggcaagttggagctcaaatctgcaggacactgtccctccaggaccgagtttggacaccccgggTGTAGTCAAACAAGTACAGTTCTCTTGACAAACACTAAACCCTCCATAAAACACCTAGAGTCCAGTGGTGGCCAGCTTTACACCACATTTTGCATTGCACTTGATGCTGTAAGCTTGGACCCAGCTGCTCTGCCATAGAACCCATTCCATGAATATCTCTACACACTGTTCTTGAGCTAATCTGAAGGCCACACAAAGTTTgtcatttggagccgtgtctgagtccactagctcctttcagaggtgcatcctgCTCTGTGCGCTCATAAACTaatccagaaactgaacctggatgatggaagcattcagcggtgcttctgactgagccgagcccaatttgatgaactgttgtcggtgtgtgcaggaggattttcccctgggacaccaacaactgGCGCTACGTcgtaatcacgcccccacaagagcaagctcctgattggttaactcgGCGCGAATGTCAGCTGAAATTCACATTATcgaacgctcaattcgcgccaaGCCATTCGTgcgtatcgtgccgcaggatgtctgttTGCACGTtggcattgacttaacatgtaaatcactcgtgcttgatgcttctcccgcgtctggtgtgaacacagcataaggcaAAGGTCTCATACTTAATTCCTTGAGGGCTGAAGCTCTGCAGATTTTCTCCAACCCCAAtccaacacagctgatccaactaataaaGGTGTTCAAGACCTCTAGAGACTATTtgaggtgtgagttggaggtggttagagctaaactgtgcaggggtccgttcttcgtacgtggattagtcagttagctggatttggatattgacgatttgacacgatccaggatcgtttcgttcttcaaagctgatccgagagttgttgtcatagcaacagttctgctaggtcaaacctgatcgggagcaggttcaattaatataaacaggattagatcggcttagttcaagcaaagataatacagaaagtatgttccgaattctgatattttcttacagtagtagttatatacacttgggaaaatggtacatattttttaactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaagttatagtcattaataaaataaattaagttatacatattaataaaacgtatgcaatctgcaccctcgaaatgaaagtacaaagactgccacctggtggtgcaaagagaaaacttattgataagaactttttagatcgctttagtacaaattgtgtataatagaaatgcacaatatgtgacttttttttaaagcaataatacatttatgcagtcataaacatgttttgatagttaatatgccagtgatttgatgcttcacaaaagttgcagacacctttaccaatatcaaaacgcttttgtaaacaaccagttattctttacaccgaatAAAAAACCAGcttctataataaagaaaatattttctaaatgtggaactaaatacattgatttgcattgaaatacatgatgaatactcttgacacatgaaagtggaaagcctgcagctcacaacaaatgtggaaggttattgcgtgtcatatttaacaagccgtttactgctaatttgatgtaattttgctcacatggataattgaatattaatcagatgatgtcattagcTGCTGTggcgtcagccaatcgttgcattgctgatcatgatttcgaggatcgatagatctgtccttcacaacacacgcagcgatctcagatcagttcatccagacattctaatctgattcgcgaactcatttgaagaaccaaattagccagagatcagttatcaagattaaaagatccgggatctgccaaataatcttagatcatttaagcgaggtacgaagaacggacccctgagctgtggctctccagaaattgagtttgaaacAATTGATCTAATCTAATGTAATTAGCAGTTTTTACAGTTGAATATGCATTACGTCTATAGAGAGTCCTCATAAGCCATATATACAAGTATATGTGTGTAGGCAAACTACATAAGTAAATCACATTCATAAAGAACACATGTACTTGGAGGTTTATGGTTGAAAATGGATTCCAAGATTAGATAACCAATCCAAGCTATAAGCTGCATATCTCAGCAGTAAAGACCCCTGGGATGTGATTTAAGCGGGTGCACAAGGTTTGTGTCAATTCTTTATTGTGAAGTGCTTCTTTCTAGGACCGCTCTGCAGGGAGTGTGCGTAACAAGCCCCGTTTCCCAATTTTTTGTTCTCAGAAGGAAAAGATTACATCCAAAATGCACACATGTAGATACACAGAGCCAAGTCTGAAACAGCACTAAACTCCACTTCCTTTATCAAGCAGGTTGAAGCCAAACCAGAGTGACCCagagaaaacaacaaaaacagcagTCAGAAGTGCCTTTGGACAAGAGAAGAGAATTTACACCAACACGCAACATTCCACATAATCAGCACATCACGTCCAGAGCACTGCTCGGCCTCTCTGGAGAATAGATGAGGGAAAGAATTGATAGAGCAGTAAATGGACAGAAAAATGGGATGCTCTTGCCCAAGGACGGTATGATGGACTCAGCATGGAGCCGATGTTCAAATACAAGATGTCAGAGAACGAAAACAGAGAAACGCATCTGGCGTTTTGGGTTCTGAACCCGTCTGCCAAAAAACGAAAACCATTTTCCATTGTTTCATTGCGAAAAAGGGATTGCCGTGTTTTTTACGCTGTGTTCTCATCAGACGTTGATACTGATGTTCCGTGCGACGAGCCTCAACGGGGTTGCAAATACAAGGACCTGTCAGTGCAATGAGAGAGAGCTTTCATTTTCTCCGTGCTAGTAAACTGCATGAACTTCTGCTTTCGCTTCAGTTTGCCAGCAGACAGGTCGAGTTCTGCAGTAAATCTGTGACCAGAAGCTTCtcgatgtttgtttgtttgtgagacTACGACTGTGGAAATACATTCAGTAtattttgatatgtgaatattgTACATACGAGACTTACAAATCCCTATAACAAACCACATAAGCATCTGGCGTACGAATGCTTCGTTGGGAtatgtatatttaaaagaaaatatatttaaataaattatgattGTTTAAACGCTGTGGTGTTTGATATCGCAAAAAAATACTGTCTCGATCTGGATTAACGGCTTATCT
>TCONS_00044421
ACTGCGTGATCCTGGACTTGGGCTGTGCGCGCACTCTGGTTTCGGGAGAGATGCGCGCGCTGCGAGCCCCGGTGCTGGTAATGGGGCTCGTATTGTTAATCTGCACTGCCGCACAAAGCGATGCCAGCGCGAACAAAGTGGAGAAAACGCTCAGACGGATCATGGAAATCATGAGACAGGTGGAAAATAGCGCTGACGACGAGAGCGCGCAGAAGACAGAGAGCGCGCCTGAGCCGAAGGACACGCACCATCTCAAAACGGCAAGTGGAGAAACAATTTTAGAAATCTTTCCCAGAGACCTCAGTAGGAAAGAGAAATTTATCACAATATTAACAGGTAGGAGACTGTCGAATCCTCTGAGACATCAAAGCTGTGTGTTTGAGACTTCTGACCTTGTTGTTTTCCATCCGTCAGGTCCTCTTTATTTTGGTCCAAAGTGCAAGAAGGATGTCTACAGGCTTTACCACAACACTAGAGACTGCACCATCCCTGCACACTACAAACGGTGCGCACGGCTCCTGACACGACTGGCGGGGACTCGGAAATGTCAAGAGGGTTAACTTCTAATTACCAG
>TCONS_00044422
AAATCTTTCCCAGAGACCTCAGTAGGAAAGAGAAATTTATCACAATATTAACAGGTCCTCTTTATTTTGGTCCAAAGTGCAAGAAGGATGTCTACAGGCTTTACCACAACACTAGAGACTGCACCATCCCTGCACGTGAACTACAAACGGTGCGCACGGCTCCTGACACGACTGGCGGGGACTCGGAAATGTCAAGAGGGTTAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016011 dystroglycan complex cellular_component
GO:0016012 sarcoglycan complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-100922-116 Predicted to enable receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity and receptor tyrosine kinase binding activity. Acts upstream of or within iridophore differentiation. Predicted to be located in extracellular region. Orthologous to human ALKAL2 (ALK and LTK ligand 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000091073

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00045064 False 9303 lncRNA 0.39 1 35540360 35549662
TCONS_00044421 False 574 mRNA 0.51 3 35545064 35547613
TCONS_00044422 True 204 mRNA 0.47 3 35545078 35545554

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022522 fam110c coding downstream 48773 35486037 ~ 35491587 (-)
XLOC_022521 fbxo25 coding downstream 57050 35468834 ~ 35483310 (-)
XLOC_022520 cmtr1 coding downstream 143382 35361724 ~ 35396978 (-)
XLOC_022519 cpne9 coding downstream 192622 35244378 ~ 35347738 (-)
XLOC_022518 NA coding downstream 337276 35200692 ~ 35203084 (-)
XLOC_022524 tmem18 coding upstream 92399 35642061 ~ 35649000 (-)
XLOC_022525 NA coding upstream 114190 35663852 ~ 35669221 (-)
XLOC_022526 tuba1c coding upstream 140995 35690657 ~ 35694461 (-)
XLOC_022527 jph2 coding upstream 171945 35721607 ~ 35756115 (-)
XLOC_022528 mfsd5 coding upstream 237280 35786942 ~ 35790260 (-)
XLOC_022515 NA non-coding downstream 772209 34767321 ~ 34768151 (-)
XLOC_022513 CT025912.1 non-coding downstream 1571372 33968866 ~ 33968988 (-)
XLOC_022509 NA non-coding downstream 1801249 33731189 ~ 33739111 (-)
XLOC_022506 NA non-coding downstream 1921514 33608009 ~ 33618846 (-)
XLOC_022530 BX546466.1 non-coding upstream 315064 35864726 ~ 35864853 (-)
XLOC_022532 NA non-coding upstream 471134 36020796 ~ 36051826 (-)
XLOC_022533 BX005254.3 non-coding upstream 531763 36081425 ~ 36088234 (-)
XLOC_022534 BX005254.4 non-coding upstream 542684 36092346 ~ 36095368 (-)

Expression


Co-expression Network