XLOC_022509


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022509
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 33731189 ~ 33739111 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00044387
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>TCONS_00044388
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-090313-81 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000092856

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044387 False 1226 lncRNA 0.38 5 33731189 33738492
TCONS_00044389 False 1332 lncRNA 0.39 5 33731189 33738564
TCONS_00045062 False 7757 lncRNA 0.37 1 33731189 33738945
TCONS_00044385 False 1782 lncRNA 0.38 4 33731189 33739111
TCONS_00044386 False 877 lncRNA 0.41 3 33731459 33735925
TCONS_00044388 True 911 mRNA 0.43 5 33731568 33738570

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022508 pou6f1 coding downstream 21160 33681677 ~ 33710029 (-)
XLOC_022507 csrnp2 coding downstream 50924 33633241 ~ 33680265 (-)
XLOC_022506 NA coding downstream 112343 33608009 ~ 33618846 (-)
XLOC_022505 itga5 coding downstream 173028 33447625 ~ 33558161 (-)
XLOC_022504 NA coding downstream 288847 33406774 ~ 33442342 (-)
XLOC_022510 bin2a coding upstream 104 33739215 ~ 33753361 (-)
XLOC_022511 racgap1 coding upstream 18062 33757173 ~ 33775309 (-)
XLOC_022512 COQ10A coding upstream 195766 33934877 ~ 33944597 (-)
XLOC_022513 CT025912.1 coding upstream 229755 33968866 ~ 33968988 (-)
XLOC_022514 tmed4 coding upstream 238613 33977724 ~ 33986762 (-)
XLOC_022503 NA non-coding downstream 347325 33378523 ~ 33383864 (-)
XLOC_022499 NA non-coding downstream 394335 33232978 ~ 33336854 (-)
XLOC_022515 NA non-coding upstream 1028210 34767321 ~ 34768151 (-)
XLOC_022518 NA non-coding upstream 1461581 35200692 ~ 35203084 (-)
XLOC_022523 NA non-coding upstream 1801249 35540360 ~ 35549662 (-)
XLOC_022525 NA non-coding upstream 1924741 35663852 ~ 35669221 (-)
XLOC_022500 AL929087.2 non-coding downstream 429770 33301304 ~ 33301419 (-)

Expression


Co-expression Network