XLOC_022504


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022504
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 33406774 ~ 33442342 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00045057
GGTGTATCCTGCGCCGAGCTCTTCTCAAGAACCAGAACGACTTTACCATGCTCCTCCAGACGGACGGTGTTTGCCTCGACGTCCTGCAGTTAAATCCAGGCCTGGGTTACCCTCCATCAGAGTGCTGTAAACTACCCGTGCAGCCTTCAGGATTCGATCTGATAAAAACTGACAGAGACAAACAGAAAAAAGGGCGGTGACGTTTGCCCCTTCTTCGAGGCCCCTTGGCCTGCTCGGTCAGTCACGGTGATGTAATTGCCTTCTGACCCATGAAGGATGGACTGACCCGTCTTTTCAGTCCAAAAGGAGGCCACATCTACAGTACTGTTCTCACAGGACCACTTCATTAAACGCTGCACAAGTGTGTCAAAGGATTTCAGAAAAGCTCTAACTTAACCACCAGGCCACAAAACACTGCTTACAGTATGTGACGACTCCGCGTGACTAAGGGTTTGTCTGCATTGTTCAAGTCCAGGTCAGATTGCTATATAAACTGTCCCCAGTCTCCAAAAATAACGTACAAAGGCAGCATGAATGAAAGTACTGGCTCCACAATAGAGATGAACGTGAATATAACGT
>TCONS_00045058
TTAAAATGTAGACATTTTGCCACTAACATTTTTTAGTTTGCGATTTCAGAAGCTGTCCAGTGCTATTCGGGGTTAAAAAGCGTATTTAGTATGCAATTTGGGAAGACGTGTAATGTTAATCGGGGTTAAACGCGTTTCAGATTCCTAGTCAACGTTTGATTGTTTGCGGATTTCGATTGGACAAATGGAGCGTGTCACGTCAGCTGTGCGTAGTCGTGACTCGTAAGCCCAAACTGCTGTCAGGTTTTCCTCCCCTGAATGGTCTTTTCAAACAGTAAGGAATTCAGAGGCCACAGGATCGTCCCTGAGCAGCAGAGCGAACAGAGCCACCCAGTGACACACCAGCTTCACCACCTTCTGCTTGGTGTTGAGAGCGTACGCTGCCTTCTCCAGGTCTGAGCCTTCAGACGGCTCCGCTTGaagacaaaaactctaactggtttggaacaagtcaaggCTTGGTGTATCCTGCGCCGAGCTCTTCTCAAGAACCAGAACGACTTTACCATGCTCCTCCAGACGGACGGTGTTTGCCTCGACGTCCTGCAGTTAAATCCAGGCCTGGGTTACCCTCCATCAGAGTGCTGTAAACTACCCGTGCAGCCTTCAGGATTCGATCTGATAAAAACTGACAGAGACAAACAGAAAAAAGGCGCAGAAACCCAGTGAGTTGGTGTTTTATCGAACAGCTCTGCTGGACCCCCTGCAGACAGCAAGTCCCGCTCTAGCTCCCAAACAGACTGGAGAAAAACCTGACCGCATTGATTGAGGCTACAGTTTATTTAACCACTGAAGCATGCCACCGTTGTTGCTATGCagccttcatttttttttctttctgcgtGTCTGCCAAGACCAACTCAATGATCACATGGCGATAAAACTGGTTCGGTGCATTGACACACTGTAAAGAAAAACAATCGCCTGTAGAAGTGGAGGCAAACATGGGGATTTAGGCAAGTAAGAATTGCACGCATTGGATTGGAAGCAAGTTTTTCCAGCTAAAAAGCCACCTTAGTCCTGCATCAATTTCCAAGCTGGTTTTGGTGTCAAGTTTGCACCAATGTGCTTGctgattaattatatttttaaagacaccAGCATATAAAAAGCAGTAAATACACtggtctttcttttttcttttagcaACACTGTTTATGTGATTGAAGTCGTTTTAgtagagaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcagaccaaaatatatttcattttacatttatgcTTTAGAACATCAAAAGCTGCAAGTTCAAAGCCAAACGCCTCAAGCTGTTGCATAAGGTCGAAACTGCACAGCAATCAGAGGAAAACTGACAACTATTTGTGCATTTATCGATCCTCCATTCAAAAATTCGGGAAACTTAAATTCTCTTTTATTAACAAAGCCTGTGATgtgtttttcaacacattgttattattaaacagttttaatattgaatttctaataactcatttatttattctttgccatgaagacTTTACATCATATtacacaaataataattaaaagactTGACTGGTTTCATTGGGTTAACCATGTAATATAGGTTTGTTCCTATAGGTTGCTTTCAATCACGTGGTTCTGGTGACGCACAAAATTCAAGAATTAAAAATCTGAATAGGAGACATGGAGGAaagtctgtattttgtgatttatgtcttatttcaaagaaaaaataaatagaaattaac
>TCONS_00045059
ctggtctcagctggtcaggcaggaaaatgaccagctaaaaccagcttgaccagcctggtttaagatggatggacacagctggttttagctgggctcccagcctggttaCGCTGGTCAGGCTATATTGTCATTGTAGTATTTTAGACGTTTAAAATGTAGACATTTTGCCACTAACATTTTTTAGTTTGCGATTTCAGAAGCTGTCCAGTGCTATTCGGGGTTAAAAAGCGTATTTAGTATGCAATTTGGGAAGACGTGTAATGTTAATCGGGGTTAAACGCGTTTCAGATTCCTAGTCAACGTTTGATTGTTTGCGGATTTCGATTGGACAAATGGAGCGTGTCACGTCAGCTGTGCGTAGTCGTGACTCGTAAGCCCAAACTGCTGTCAGGTTTTCCTCCCCTGAATGGTCTTTTCAAACAGTAAGGTCTTCACAGAGACACAGttcagtcacaacccagtactgaaccTCATTGAAGCGACGAACAAACCGCTCGAGGTTTGCTGTGGTGGATCCAGGGAACTTTTCCCGTCCGAAAACATAGTAGACAAGCTCCACCTGCAGTACAGCAAATACAAGGAATTCAGAGGCCACAGGATCGTCCCTGAGCAGCAGAGCGAACAGAGCCACCCAGTGACACACCAGCTTCACCACCTTCTGCTTGGTGTTGAGAGCGTACGCTGCCTTCTCCAGGTCTGAGCCTTCAGACGGCTCCGCTTGaagacaaaaactctaactggtttggaacaagtcaaggCTTGGTGTATCCTGCGCCGAGCTCTTCTCAAGAACCAGAACGACTTTACCATGCTCCTCCAGACGGACGGTGTTTGCCTCGACGTCCTGCAGTTAAATCCAGGCCTGGGTTACCCTCCATCAGAGTGCTGTAAACTACCCGTGCAGCCTTCAGGATTCGATCTGATAAAAACTGACAGAGACAAACAGAAAAAAGCTCTGCTGGACCCCCTGCAGACAGCAAGTCCCGCTCTAGCTCCCAAACAGACTGGAGAAAAACCTGACCGCATTGATTGAGGCTACAGTTTATTTAACCACTGAAGCATGCCACCGTTGTTGCTATGCagccttcatttttttttctttctgcgtGTCTGCCAAGACCAACTCAATGATCACATGGCGATAAAACTGGTTCGGTGCATTGACACACTGTAAAGAAAAACAATCGCCTGTAGAAGTGGAGGCAAACATGGGGATTTAGGCAAGTAAGAATTGCACGCATTGGATTGGAAGCAAGTTTTTCCAGCTAAAAAGCCACCTTAGTCCTGCATCAATTTCCAAGCTGGTTTTGGTGTCAAGTTTGCACCAATGTGCTTGctgattaattatatttttaaagacaccAGCATATAAAAAGCAGTAAATACACtggtctttcttttttcttttagcaACACTGTTTATGTGATTGAAGTCGTTTTAgtagagaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcagaccaaaatatatttcattttacatttatgcTTTAGAACATCAAAAGCTGCAAGTTCAAAGCCAAACGCCTCAAGCTGTTGCATAAGGTCGAAACTGCACAGCAATCAGAGGAAAACTGACAACTATTTGTGCATTTATCGATCCTCCATTCAAAAATTCGGGAAACTTAAATTCTCTTTTATTAACAAAGCCTGTGATgtgtttttcaacacattgttattattaaacagttttaatattgaatttctaataactcatttatttattctttgccatgaagacTTTACATCATATtacacaaataataattaaaagactTGACTGGTTTCATTGGGTTAACCATGTAATATAGGTTTGTTCCTATAGGTTGCTTTCAATCACGTGGTTCTGGTGACGCACAAAATTCAAGAATTAAAAATCTGAATAGGAGACATGGAGGAaagtctgtattttgtgatttatgtcttatttcaaagaaaaaataaatagaaattaac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00045057 False 579 lncRNA 0.48 4 33406774 33420849
TCONS_00045058 False 1779 lncRNA 0.41 7 33411491 33442194
TCONS_00045059 True 2043 lncRNA 0.42 7 33411491 33442342

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022503 NA coding downstream 22910 33378523 ~ 33383864 (-)
XLOC_022502 slc48a1a coding downstream 45349 33357163 ~ 33361425 (-)
XLOC_022501 si:ch211-226m16.2 coding downstream 55784 33337734 ~ 33350990 (-)
XLOC_022499 NA coding downstream 69920 33232978 ~ 33336854 (-)
XLOC_022500 AL929087.2 coding downstream 105355 33301304 ~ 33301419 (-)
XLOC_022505 itga5 coding upstream 5283 33447625 ~ 33558161 (-)
XLOC_022506 NA coding upstream 165667 33608009 ~ 33618846 (-)
XLOC_022507 csrnp2 coding upstream 190899 33633241 ~ 33680265 (-)
XLOC_022508 pou6f1 coding upstream 239335 33681677 ~ 33710029 (-)
XLOC_022509 NA coding upstream 288847 33731189 ~ 33739111 (-)
XLOC_022498 AL929087.1 non-coding downstream 187646 33219005 ~ 33219128 (-)
XLOC_022497 BX470150.1 non-coding downstream 531114 32875546 ~ 32875660 (-)
XLOC_022513 CT025912.1 non-coding upstream 526524 33968866 ~ 33968988 (-)
XLOC_022515 NA non-coding upstream 1324979 34767321 ~ 34768151 (-)
XLOC_022518 NA non-coding upstream 1758350 35200692 ~ 35203084 (-)

Expression


Co-expression Network