RNA id: TCONS_00045062


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00045062
length 7757
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 1
gene id XLOC_022509
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 33731189 ~ 33739111 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGATCTCTTACGCCATGACGTATTTACGTCGCCTCAGCGTTTCTAGCGATTTAGTACAACCACGTTGTCTAGTTTGGTCTTAACTACCTATTTTATTTAGTTCTTTTTAAATCAAATCATATGTACAAATTCAGCCACATTCAAAACCAGCTCTACGTGAGTTAGATATGGAAAGTGTCATTTTGCGAGGCTTTCTAAATTAATTTAGTCACAAAATGCGTTTCATGTATTATTAGAATACTTAAACATTGATCATTTACGTTGATAAAGCTCCAAACTAGTCTTTCAAGTTGTAAACAAATACCAAACATTGCTTAGTCGGATTCGTTCATCTGATTCGTTGAAAAGAGTCGACTCAATAGAACGACTCGTTCAAAAATCGGTCGTCGCTCAAACAGTTTTGTGGATGAGCGTGTGGCGGCTTTACTAACCTACTTCAGCTTGAACACCGTCTGCTTTTCATGATTTATCGGTCTGAAGTTCAACTGTTATCACCGTGATCTCCATCTTTCACTAACAAGTCGTTTATCTGCGACTTTGTCACTGAAGCAGGTAAGTTTTTTTGTTCCTGTTGGACTCGGGAGTTGATCTGACGGTTTTAAATGGCTGAACAGCTGTTAAATGATGAGCTTTAAAGCTCTTTAAAGTGGTCGCTTAACGGCGTGAGAGGGAATTTCCCACTACTATCAAACTAATTAAGCTAATGGAATTGGCAAAACTGCGGTTTTCGGTTGTCTCTcatacaaataaacaattaatcaCGGGTGGGTGGTTGTTTCTTTGAGTCTGTGGTGACCCAGCACCTCTGGCTTTGTGTTTTGCTGTGCACACATCACAATGAGAGGCTTTTAAAACGAGCTTTGTAACTACAAGCTTTATAACGAGGAAAGTTGATTCAATTTAGGAAGTGAGCCTCATGACTGCAGCCATAGAGTTTATTCATAGATTTAATATTCATTCTGACAAACGGGTGCTGTTGTGCGTACATCTACAGTATGTGTTTGTCAATTTATTAGTCTCCACCCTCATCAAATATATGGCATGATTAGCAGTTTGCCtcgatttgtcgactgcacatgcAAGCATGTAAGTAGTTTTAGATTTTAAAGTAATTAGCCATTAAATTATTACCAAATAAACTTATCTTTTGTATTCAAACGACTGCAAAATATGACTGTAACTTGACATTGAAACGCACATTTTCAGTAATGGGATAGTTTacataaaactgaaaattctatcatcatttactctcttcaattgttcaaaacctgtttaagttgcttttttctgttgaacacaaaagaagatacttttgaagaaagctgaaaggaaacctgtgaccattgactcccatagtatttgtttttcctaccatggatgTCAGTGATTAtcgctttctttaaaatatcttctcttgtgttgtacagaagaaactcataaaggtttggaaccattcaGAGGAGAGtaaatattgaggtaaagttagttttatattcacacattcattcatttttggacaATGACAACTTGtgtttaccatgcaactttgaatattcagtgtaaaatctcatgcaagtatgacttcaaagtTCAAAACAAACAGTatgtgaacaatgttgtgctttgatagccattggctgctaatatgattttcttatttaaaattgGCAAACAATACTTTatgaaataattttgttaaaaagaaacagaatgtgcaaatataagagcaactttacctcaatattaatgagtacatttttatttttgtgttaactATCCATTTATCTTAACATGGTGCAATgcaatttataaacattttaaatatacaagGTATCTTACTGAATGCTTGAGAAAAGGCTAAAGGTACTCACTTCATAAAATGATTCTTGTAATTTAtaaactcaccagccactttattaggtacaactgtccaactgcttaagtaaatatccagtgaacagcagttctgtgggtgcaaatgccttgttgatgccagaagagAATagtcagactggtttgagctgatagaaaggcaacagtaacgcaaataaacactcgttacaaccaaggtatgcagaagaccaTCGCTgaacaacatgtccaaccttgaggtggatgggctatagcagcagaagaccacaccaggtgccactcctgtcaactaagaacaggaaactgaagctacaattcgcacaggctcaccaaagttgGACAATAGAAGGTTAGAAAAACATTCAGGTGGTAGGGTCAGAACTTGGCGTCAACAAATTGAATGCATGGATCCATCCTCTTCTGTGgaaatggttcaggctgctggtggtgtaatggtgtgggagatattttcttggcacactttgggcccattagtaccaattgagcattgtgtcaacaccacagcctccctgagtattgttgctgaccgtaACCATcgcttcatgaccacagtgtacccatcttctgatggctacttccagtaggataacacaccctgtcataaagcatgaatcatctcagactagtttcttgaacatgacaatgagttcactgtactcttatggtctccacagtcacctgaactcaatccaatagagcacctttggcatgtggtggaacaggagatttgcatcatggatgtgcagccgacaaatctgcagcaactgtgtgatactatcatgtcaatattgactaaaatctctgagttatatttccagtaccttgttgaatctatgccatgaaggattaaggcagttctgaaggcaaaagtgggtccagcCTGTTAaaagtatggtgtacctaataaagtggccggtgagtgtagttttAATTGATGAAGTATTTGTAAAACTTATTCATGCACTTGTTTTTGCTTCTGTACCCATTTATACATCCAGTATTAGTAGGCGTCAGTGTGAATATAACTGTACACACGATATGTCTGCTTCACCAGTGAAGGTTATTCACATTTAATAGTTAATGTTTAAGCAGAAGTTTACTCAGGAAGACATTGTCAATTTCACAAAGGACAAATTTGTAAAAACCCACAGCTGCAACACGTTTTATTGCTGAAATGAGTAAATAGTGTTTATTTTGCTTCATATAGGTGTTTGTTTCAACGCAAGTATGACTTTCCCCGTGACTAGCACTGCATCGATTGGTAAGTCGTGCACCTTTTCATCCATTATAAACATAAAcatcttttaataatttaaaaaaagttaacctTACAGGCATAGGGTGTGTCGCTCATATCAAATAATCAATGCAAACACAATGAAACATGATCTTGGCACCAACACTTTTTTTCATATATGTAAGCTAGTCTATCTTGAGCGATAGTGTGGTCTAGAAATGTGTCACTGGAAGCCAGACTGAAGCCATTATTAAAATGCACACGCAGTTAATGCCTAACATGCATTTCTTCTAATCTGGTTACTCTTCAACAATGCTGAACAGTTTCTCCAGCTGGAAATGGTTGtaattccacatttttttattgccTGTGATCTTGACATACAGGTTTTGTGTGTCATCTtcaagtgtttttattttgtgctaCAGGGACGGGCGTTACAGCAGGAACAACTGCAGTTCCACCACAAACAGACATGACCGTCATTGGAGGTAATTGACTTCCAGTGTATTAGTCTAGTTTTTTAATATAAGACTTGTCAGTGCATGGTACCGCGGTTTAGTTTAGACTAAAGCCACTGAGGTGTCTTAATAACTAGGCATCATATTAAACAAgctttatttatgttattttgtaATTGGCGTAATATCAAGttgacaaaatataatgtttacatCTTTGGACTTGGAATTCTGTATTTCTGAATACATAACAAAGGTCAGGTGATGGGTCATTGCCTTCAGACAGAGTTTACAAATTATGAGTTGTAGGAGGACGTGAATGGTTTGTGCTAGTTGTAATTTTATGATCGGGAAGGCTGTAGAGGAGTGGTGGAAGAGACCAGCGCTCTACATGGGCCGCCGGAAGAAGTAATTATATAACCACTGTAGTTACAAGATGGTGCGAGTGCAGCTATGCTCCCTGGCCTCTTTATTAGATATACCTGCTCAACttatttatgttaatatacatactcaccggccactatattagatacaccttattagtactactcccttttgccttcagagctgccttaatcctttgtggcatagatttaacaaggtacttaagagattttgatccatattgacctgatagcatcacagttgcttcagatttgtcggctgcacatccataatgcaaatctcccgttccaccacaactcaaaggtgctctattggattgagtctggtaactgtggaggccatttgaatacagtgtagtctcagttttctgttcttagctgacaggagtggcacctgatgTGGTCTTCTGTTCCTGTAGCCCATCTCCCTCAAGGtccgacatgttgtgcgttcagagatgctcttctgcatacctcagttgtaacaagtggttattgacttactgttgcctttctatcagctcaaaccagtctggctattctcctctgatgtcaacaaggcatttgcggccacagaactgctgctcactggatattttctctttttcagaccattctctgtaaaccctagatatggtggagaatgaaaatcccagtaaatcagcagttctgaaatactcagaccagtccgtctggcaccaacaaccatgccacgtccaAAGTCACggtctgatgctcggtttgaactataGCAGaacatcttgaccatgtctacatgcctaaacgccttaagttgctgccatgtgattggatgattAGAAAGTTGCATTAACAAGCTGTtaaaaaggtgtacctaataaagtggccggtgagtgtatataagcAGTTATTGCAGTAACTCTAGACATGGTCAAAAGACCTCAATCTTGTTTTTTGCAACCCCATGCTAGGCATAGTTTGTATGCTTTTCTTAAAACTTGGATTGTCTAATAGATGTCC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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044381 lncRNA downstream 64285 33658007 ~ 33666904 (-) True XLOC_022507
TCONS_00045061 lncRNA downstream 112343 33608009 ~ 33618846 (-) True XLOC_022506
TCONS_00045060 lncRNA downstream 114121 33608009 ~ 33617068 (-) False XLOC_022506
TCONS_00044375 lncRNA downstream 262860 33463217 ~ 33468329 (-) True XLOC_022505
TCONS_00045059 lncRNA downstream 288847 33411491 ~ 33442342 (-) True XLOC_022504
TCONS_00044394 lncRNA upstream 8468 33747413 ~ 33750320 (-) True XLOC_022510
TCONS_00044397 lncRNA upstream 22203 33761148 ~ 33764275 (-) False XLOC_022511
TCONS_00044744 lncRNA upstream 1028376 34767321 ~ 34768151 (-) True XLOC_022515
TCONS_00045063 lncRNA upstream 1461747 35200692 ~ 35203084 (-) True XLOC_022518
TCONS_00044416 lncRNA upstream 1654162 35393107 ~ 35396760 (-) True XLOC_022520
TCONS_00044382 mRNA downstream 21160 33681677 ~ 33710029 (-) False XLOC_022508
TCONS_00044384 mRNA downstream 21225 33699317 ~ 33709964 (-) True XLOC_022508
TCONS_00044383 mRNA downstream 28289 33683485 ~ 33702900 (-) False XLOC_022508
TCONS_00044380 mRNA downstream 50924 33657005 ~ 33680265 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044379 mRNA downstream 51610 33654231 ~ 33679579 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044390 mRNA upstream 270 33739215 ~ 33753361 (-) False XLOC_022510
TCONS_00044392 mRNA upstream 745 33739690 ~ 33750135 (-) False XLOC_022510
TCONS_00044393 mRNA upstream 746 33739691 ~ 33750307 (-) False XLOC_022510
TCONS_00044395 mRNA upstream 18228 33757173 ~ 33775309 (-) False XLOC_022511
TCONS_00044396 mRNA upstream 21461 33760406 ~ 33775244 (-) False XLOC_022511
TCONS_00044369 other downstream 429770 33301304 ~ 33301419 (-) True XLOC_022500
TCONS_00044368 other downstream 512061 33219005 ~ 33219128 (-) True XLOC_022498
TCONS_00044367 other downstream 855529 32875546 ~ 32875660 (-) True XLOC_022497
TCONS_00044359 other downstream 1397075 32325967 ~ 32334114 (-) True XLOC_022488
TCONS_00044348 other downstream 1591231 32139843 ~ 32139958 (-) True XLOC_022484
TCONS_00044391 other upstream 532 33739477 ~ 33744771 (-) False XLOC_022510
TCONS_00044400 other upstream 229921 33968866 ~ 33968988 (-) True XLOC_022513
TCONS_00044402 other upstream 239480 33978425 ~ 33986365 (-) True XLOC_022514
TCONS_00044409 other upstream 1505433 35244378 ~ 35256445 (-) False XLOC_022519
TCONS_00044432 other upstream 2125781 35864726 ~ 35864853 (-) True XLOC_022530

Expression Profile

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