RNA id: TCONS_00045060


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00045060
length 9060
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_022506
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 33608009 ~ 33618846 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCAGTACTGCTTACAAAAAGAATGATACAACAGTCTCCCGTCGCCATCAGTGCTCTCCAACATCCACACTCAGAATAGATTTAACACCTCCCTCTGGTGCACACCGAATGGAGGAAAACCTAACATGTGAGGAGAGAAGTAAAGCTGTAAAAATGTGACTGGAGAATGATGGAAAGGTACGTTTTTGCCGTTTTATGCACTTGTAAAATGAAAGAGCAAGTTATGAACTTGGCAAAAAGAAGCTAGTTGACAAATGGAAAATAGTTTATTGCAGAATCTTTTTTATGGTGGACCCAATGTCAATACTAAtgattttttgtttaattcaagAAGCTGACATTGAAGGTGACACTTTAGATatgatatacatatttttattccaATGaccaaaaactattttaatattagtTAACAGTGACATCACTGGATAGTCAAattatcattaattttccttcggcttagtcttatttatcagaggttgctacagcggaatgacccgccaactattccagcatatgttttatgcagtggatgcctttacagctgcaacccagtactgggaaacacccatacactgtcacattcattcatacactacagccaatttactttatttaactcacttatactgcatgtctttggattgtgggggaaactggagcaccaggaggaaactaCACACAGAGCTGGCCCAGCCAgcactcaaactagcaacctccttgctgtgagtcgactgtgctaaccactgagttacCGTGTCAAATTATGTCACCTTTATTCTTTTACACTGcctttataatattaaaatgtaaattaagttTACCTAAAGGACAATAAAACTGGCTGAGAAAAGTTAAACAAATCATATTTAGATACCATAATATtttggctgggctagttggcatttctgtttgcatgttctccccatgttcgggtgctccggtttcccccacagtccaaagacatgtgctatgggtaaattaaataaactaaattggctgtagagtatgtgtttgtgaatgcaagagtgtatgggtgtttcccagtgttgggttgcagctggaagggcatccgctgtgtaaaaaaaaaacatatgctggataagttgctggttctttttgctgtggcgacccctaattaataaagggactaatctgaaaagaaaatgaatgaatgtcaaaaaTTCATGCTTGGAGTAATgctttttgagtatttttattattatttgccatCTTAAATGCAACCATGGTAATGCTGACAGAAACACAAATAACAACATGGCAAGATTCAGTAGTTGTGAGTTTGAAAGTACAAAGGTTATAGTTTGCTTTGTTCTTGGTCACATTTTCCAATCAGGTTTCAGTAGTTAATGTTAGGTAATGTATTTAACTCATGatgaacaatattttattaatcatagttcagcatttatttatgtattagtaccatgtagggctgcacaatttatcgtttcagcattgatatcgcaatgtgtgcatctgcagtaGACACATCGCAGGAAGTCAAGCAATTTCAAGAAAATTTAAACCATTTAGACACCAGAAATTACAAAGTTTGCCTCCTCCGAGAACCATAAAGTACTGAATGTttgatgttttattattgtttctgtcatttatttgttttttgtttttataattttgtacattttatacagATGCACTCCCAtgaaatcatcccaatcaatgtaaaacgatcagttctttttaaaaatagtgaccttgtgaaattatattcatattgcaatatcgcagaaaaacaaaatatctcaatgtctgtttttttccaGCCCTAGTACTGAGGTAACAATGGACAGCgttatttccattaactaacatgtataaatactgtaataaatgtactgttcattgttagttcatgttaagaAATAATTTAACTtccattaactaatacaacctcattgtaaagtattaccttttatttagtaatatttcatgtaatattttcctgctgaaaaaaaaaacagcttaaaccagcctaggctggttggctggttttaactggttgaccagcctggttaaaATGTAACcctttggccatttccaggctggtttaagctggacacagctggttttggctgCTCATCTCCCAATCTGACCAGGCTTGAAATGacggaaaccagcctggaaatatgcccaaacccctctaaaaccaggctggttgaccagctaaaaccagtcaaccagcctaggctggtttaagctggctgTTTGAGCAGGGTTGTCATCAagtgttttctatttttattaatatttatttaagattTCTGAATTTAtaatcaaactattttatttatatactactgtatataaataaagtgaaaaaataatCACATATGAATGAGTACATTTTAGAGTATatgctttaaatataaaataaataaaaagaggtGCTTCCATGGTCCATACATGTGAACTTTAAAAGGAATTGAATTGACagattattaaatttatatttcatAATAAAGAGATAAGagatttttgccatatcgtccagccctgtGTCTCACTGTTATGCTGTTGTTCAGTCACTGATTAGATAAACAGTGGCTGAGTATCTTAATAAGGTACATTCCTTTCTGCATTCATTGTGTTCTTGTGTGAACTATGAAAGTTTCCTTCACAGGTAACGGAAACGACTTGATGTTCTTGCTCCAGTGAAGTAACTTAAGGAACaacagaggggaaaaaaaacacaaaggctGCCATGACAGCTGGAAAAACAGCGGTGAGTGGAGATATTTCTGTTGTACGTGAGCTGCGCTTGTGACTCACTTTGTAAACAGTTTAGCCGCTAACAACCACTTGCTGCTTTGTTTGCTTTGTTGTTACTTGTGGTTGGTTATGGCAACATATTAACTGCTGCGTAGCTCACTACAGATTATTCAAAACTGCTGAATGATATAATTTCCTCTCGTATTCTTAGAGATAACATATTTAAATCACGCCTAGCTTCAAAGAAATTCTCAGTAAGTGTATGTGTACTGAAATATCCTCTTAGCAACATAAGGCAGAAGTGAAACTTTCTGTAACTGCAGATTTCTGAGCAGAATTGTCTGTAATAGCGAATATTGTCATGCTGTACTTCCTCATTTTGCAGGCAGGGGGAGATTATGATTCATACAATGATAATCCCACCCATATGATGTAAATTACGGGTGACCTGGGGCATTGAAACCCTCAGATGTCATCACACAAAAGGAGTTCCTctcatattatttacataaaataagcaCGGCGAATCCCAGAATGCAATTTATTGTGCTACGatatacaatttaaaatcttttctttttttttttctgccctgAGAGATGTTGCAGCAGAGGTTCTACATTGTTAAAGGCATACGAAATCAATTATGTCATATATTTGCAGGCGCACGGCCATCATGCAGGAAAATGAGAAAGGAACTTTAACAAAGACAGAACATGACAACATGGCCAAGCTGTTCCAAGAGGACTGAGAAAACAGCTGCATGTCAGATGAAGAAAGCTTTACTGAAGAGAGAAATACAGTATGTCTGTAGAAAATCTTTGCCTGTAGAAAGCCTTCGTAAGAAGTGctgttgcattattattattattaataataataacaataatattgttaatattgttaatagTGATAAATGTTAAGTGCACTTTCTCCCAAatctatattttaatgtaatataaaattacAGTAGGCCTAATATAAACCgaaaaagctatttttaaaaaatatttgttatatgttatattgaaaaaaaccaacatgggctcattctgaaaccgTAGCCCTATAtaagtttctggagatcgcgaattatgtagccagaagtacgtttgGTTgcgttttgtctttaaaacaggCCAGTATGATGCTGTTTCTTTTCGCGCTATGGCAGTTAAGTGCTTACcttcatatggacggctttcttgCTGTGACCATTTTGACCAGTGGCTTGCAGTGTACGTCGACGTACTTGAGATGCAAAAAAGAGCTGACTGCTACAACAGGGTTCAAGTCCAtcaaagagcggttccagaaagcaggtaaggcaaaaacaaaagccaaaaaaattaaataaacaagtaaataacaggatgagaatgtggtaaaatctgaaaacgtggtaaaaatcatggAGATTTTCTATTTCTGTATTGgttttcaaaacactgttggttgcgtttagggaagtgggtgggggctggttaattggtgctttttaaaacactttcgGTTGGGTAAAGGGAAGGTAGGTGAGGAGattggtcggtcggtcagtcagtcaatcgacagtggcctctgttggatttatgtgagaagagcagcATGGCATGCgcaagagaaatctgagatctcaaaaaacatacacagcggcctctggtggatttgcaaaaactacaaaaaaaaaaccttctgggacatatttggcgctctccaaatatgtatatagaggtatattttcagaaagagcctggtTTGCAAAAAACacagggttccacacagttccttcatgttgtcccaaaacaaatcgattTATGTAACTCCACCCCCCTCCAATAAttatgttgattcagctcattttaaaattaGTAGTTTGAAGAAAAGgccaaaatcatttttgagtgtaataTTACTAGtttatattgatttaataataataataataatacagtgtttttactgtaattatcATGTACATCTTGTCAAATGAATCAGGGTTTAATTATTCAAAATCCAAATGattgtaatgcaaaaaaaaaaacattcaaataataaCTAATAGTACAaatgataaattaataattaattctaagatacaataaaatgtaacccttcacaataacataaaaaaaatatatatataattttttattatgttaaataaaaaactgatttcaaatataatttttgctgttgtgcaataataataaatcttgcTCAAttgtaaaaattcattcattttcc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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044375 lncRNA downstream 139680 33463217 ~ 33468329 (-) True XLOC_022505
TCONS_00045059 lncRNA downstream 165667 33411491 ~ 33442342 (-) True XLOC_022504
TCONS_00045058 lncRNA downstream 165815 33411491 ~ 33442194 (-) False XLOC_022504
TCONS_00045057 lncRNA downstream 187160 33406774 ~ 33420849 (-) False XLOC_022504
TCONS_00045056 lncRNA downstream 224145 33378523 ~ 33383864 (-) False XLOC_022503
TCONS_00044381 lncRNA upstream 40939 33658007 ~ 33666904 (-) True XLOC_022507
TCONS_00044387 lncRNA upstream 114121 33731189 ~ 33738492 (-) False XLOC_022509
TCONS_00044389 lncRNA upstream 114121 33731189 ~ 33738564 (-) False XLOC_022509
TCONS_00045062 lncRNA upstream 114121 33731189 ~ 33738945 (-) False XLOC_022509
TCONS_00044385 lncRNA upstream 114121 33731189 ~ 33739111 (-) False XLOC_022509
TCONS_00044374 mRNA downstream 49848 33447625 ~ 33558161 (-) False XLOC_022505
TCONS_00044373 mRNA downstream 246584 33357163 ~ 33361425 (-) True XLOC_022502
TCONS_00044370 mRNA downstream 257019 33337734 ~ 33350990 (-) False XLOC_022501
TCONS_00044366 mRNA downstream 569586 32579495 ~ 33038423 (-) True XLOC_022496
TCONS_00044365 mRNA downstream 663213 32579495 ~ 32944796 (-) False XLOC_022496
TCONS_00044376 mRNA upstream 16173 33633241 ~ 33654889 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044378 mRNA upstream 16420 33633488 ~ 33640959 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044377 mRNA upstream 16420 33633488 ~ 33640959 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044379 mRNA upstream 37163 33654231 ~ 33679579 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044380 mRNA upstream 39937 33657005 ~ 33680265 (-) False XLOC_022507
TCONS_00044369 other downstream 306590 33301304 ~ 33301419 (-) True XLOC_022500
TCONS_00044368 other downstream 388881 33219005 ~ 33219128 (-) True XLOC_022498
TCONS_00044367 other downstream 732349 32875546 ~ 32875660 (-) True XLOC_022497
TCONS_00044359 other downstream 1273895 32325967 ~ 32334114 (-) True XLOC_022488
TCONS_00044348 other downstream 1468051 32139843 ~ 32139958 (-) True XLOC_022484
TCONS_00044391 other upstream 122409 33739477 ~ 33744771 (-) False XLOC_022510
TCONS_00044400 other upstream 351798 33968866 ~ 33968988 (-) True XLOC_022513
TCONS_00044402 other upstream 361357 33978425 ~ 33986365 (-) True XLOC_022514
TCONS_00044409 other upstream 1627310 35244378 ~ 35256445 (-) False XLOC_022519
TCONS_00044432 other upstream 2247658 35864726 ~ 35864853 (-) True XLOC_022530

Expression Profile

//