G339605


Basic Information

Item Value
gene id G339605
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048568.1
NCBI id CM023222.3
chromosome length 46841314
location 28749896 ~ 28766286 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU384345
agtgagtgtgttaatgtacgacagtgagtgtgttaatgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttattgtacgacattGAGTGTGTTAATGTAcaacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgttattgtatgACagtgagtgttattgtacgacagtgagtgttattgtatgACagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttaatgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttataatacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttat
>TU384344
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>TU384342
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>TU384341
attgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttattgtactacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttattgtactacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtatgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttaatgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttaatgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgttataatacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgatagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacaacagtgagtgtgttattgtacaacagtgagtgttattgtacgacattgagtgtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacaacagtgagtgttattgtacgacagtgagtgtgttattgtacgacagtgagtg

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106584621 isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU384345 False 458 lncRNA 0.39 3 28749896 28765176
TU384344 False 603 lncRNA 0.39 3 28751859 28765176
TU384342 False 243 lncRNA 0.40 2 28764010 28765176
TU384341 True 856 lncRNA 0.40 2 28764575 28766286

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110522446 bmp2 coding upstream 113383 28630004 ~ 28636513 (+)
LOC110522445 LOC106608054 coding upstream 182596 28558200 ~ 28567300 (+)
LOC110522440 atad2b coding upstream 787529 27800923 ~ 27962367 (+)
LOC118964460 NA coding upstream 876918 27871143 ~ 27872978 (+)
LOC110522435 wdcp coding upstream 985344 27757433 ~ 27764552 (+)
LOC110522448 plcb4 coding downstream 191798 28958084 ~ 29140138 (+)
LOC110522450 LOC106608065 coding downstream 387188 29153474 ~ 29163882 (+)
LOC118964462 NA coding downstream 409040 29174963 ~ 29176894 (+)
LOC118964461 NA coding downstream 416593 29182879 ~ 29186037 (+)
LOC110522451 LOC106608077 coding downstream 573250 29339536 ~ 29348164 (+)
G339601 NA non-coding upstream 18125 28731438 ~ 28731771 (+)
G339600 NA non-coding upstream 21448 28728248 ~ 28728448 (+)
G339598 NA non-coding upstream 24734 28724950 ~ 28725162 (+)
G339597 NA non-coding upstream 25751 28723939 ~ 28724145 (+)
G339594 NA non-coding upstream 32834 28716642 ~ 28717062 (+)
G339608 NA non-coding downstream 906 28767192 ~ 28767412 (+)
G339609 NA non-coding downstream 1467 28767753 ~ 28767986 (+)
G339612 NA non-coding downstream 5054 28771340 ~ 28771630 (+)
G339614 NA non-coding downstream 5903 28772189 ~ 28772469 (+)
G339615 NA non-coding downstream 6499 28772785 ~ 28773101 (+)
LOC118964415 LOC106608050 other upstream 1148340 27537262 ~ 27601564 (+)
LOC110522355 plekhg1 other upstream 1564926 27054628 ~ 27185449 (+)
G336464 NA other upstream 1855059 26892229 ~ 26894837 (+)
LOC110522376 sash1 other upstream 2692205 25761890 ~ 26057813 (+)
G334473 armt1 other upstream 4327165 24420114 ~ 24422731 (+)
G339660 NA other downstream 92430 28858716 ~ 28859155 (+)
G339693 NA other downstream 148313 28914599 ~ 28915539 (+)
G339830 LOC100846954 other downstream 400232 29166518 ~ 29166996 (+)
G339928 NA other downstream 569083 29335369 ~ 29336939 (+)
G342538 NA other downstream 2615540 31381826 ~ 31382749 (+)

Expression


Co-expression Network