XLOC_034596


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_034596
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 17222537 ~ 17258812 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00069168
AACCATTCTGTTTGGTCGGTTATAAGAGTCCGACGATATTATGTAAAAGCtaaagtaaatatttacactAAAGTACAGGAGATCCCGTGAAAaacCTTTTGAGAAGTTCTCCTTCTTTGGTTGCCTACTGCCCAGTGTCGCCCTGTAGGTAGGAAGAGGTGGTAAACTCACATTCGGGAAAAGGAGCGGAAAGGGGAAGCAAACATGGACAAATAATCcacagcaacacaaacagcacatgcAAGACTGGTTACAGGAGATGGAAATATGCTGACTGCAGCGCTTTGAGTCAAAGGGATGAGGAGAAGTCAGACGTGACCGTCACGGTTGCAGTGGGCCGTCACAAGGGTTTTAGTGTAGCatttactgtcaaatgactaGATATCATGGCTTTTAATAAGGGTTGTTGTGACAAACCCATAACAATGATGTTACGATTAaaaaat
>TCONS_00069169
ACCATTCTGTTTGGTCGGTTATAAGAGTCCGACGATATTATGTAAAAGCtaaagtaaatatttacactAAAGTACAGGAGATCCCGTGAAAGTGAGTAAAACAGTTTGATATTTATTCTTAATCCTCCTGTTTTACGTTTTTGAGAGAGTTTGTCCTGACAGGTAACGTTAAGGGTATTATCAAACGATAATCCACAGCAAACTGCATTTATTATTTGAGAATGTTTTAATATGCCGTAATTATTGAAGGCCAAGTActgaaatatacaaatattagCTAACCTTTCAACTTGCTGAAACGTATAGATAATAGACtgattatgaataataatgacctttatatatttacaataaaggTTTCAATACTCTAAATTCCAACCCAATAAATGACACTTCAGACCACATAAGAGGAAAATGTGGTGCAATAGGTCAAGCTGCATGTAATATGCACAAAACCTCTACCTCAAAGCTTGATTTTTATCTCTTCATTCCTTTCGATCATTCGTTTTGAACATTGGTCATATAATAAAAGACTgttgcatttctggagatcaaaGATGACTAAATGATCATACAATGACAAATCACTTTAAAGTATATAATATTAACAAGGAACCCGCTCAACTACCCTTAGGGGTTCCCTGGACCCCAGTTTAAACTGTCTGCTCATTTAAAGAAACTGCTGATTTTAAAGAACCTTTAATAGATTCGTCATAGAACCATAAATGCtaataaactaaaaattaaaatgtacttattttacaATTGTGTGGCAGAGAAGCATTCATTAGATCTCTAAAGTATTTATAATAAGACATTTTTTGGGGAAACAAAATTATTTGGAACTTTATTTTGAAGATTGTACTAGGAAGCtgttatataacaataataatgaacaagAATTATTATAATGAACATCACTGTAGTCCAGAGgttttattttgtacatataGTTTTACGTGTCAAATAGAATAATATGTACATTTCCCCCTTTCGTACACATAATGGTTACATACGATTTCCATCCACAGACATGATCTTTCACACTTTGTTCTGCATCATAACCACAAACGCTATTTTAAGACATGCTTTTAACACCTCTTCATTTGATGTTTTATGCAGTTGTTTGGGCTAGAGTTAAGAATCAGATAAATAATAagcataatgaataaaaaaaaaaaatctaaatcatctgaaatttgaacaaaaatggttttactttttattactgTTATATAAATACCATACTCACCTGAGGATTTTACATCAGATATTAATATATTCTGCAACTGAAAGTGATTGTTTTATATCATATTAATGTGACTCATGTTTTTAAGTTaaccaaaatgaaaaaaataaaaaatctgtgtaTTTAGTCTGTGTATGGATAGTATTATTAcattaattagtattattacatTAACATCTAGCATTAGAGAGCAGAATGCACTGAAAGCAAGTAAAGCAAAAATACCAGACCTCCAGTAATTCTATGTGATTTTAATGTAAATGAACTCACCCACTGGCCATCCAAGACttgacttttttcttcagtagaacatttagGAAGATTTTAGCTGTGGTCTTTGGTGAATTAATAAATGCATGTCAGTTGCTAATTTGTGAGTAAAACATACAATACAGTGATACATTCGTGTCTTACGAAGCAAAAAAGCCAGATAAGTTGACACGATAAGCAAATTGGCTGTCTACACCAAACGTGACGTACAGTAACATGACaacaacatttatatattagCCACTACACTCAAAAGCACTACACTGGCAAaagcttttaatttaattaatacatattaaacctctttaacattgttAATAGGCTACTTAGTGACTCATGTTGTTAGTTTGCACTGGGTCACAGTTCggactttcattttcaaaccgtCTGTTTGAATTAGTTGAATTCAATTATTTTCTGAGGTgaacaatctgctgcagctgcTATCAATACTATGTTCATAAATGTCAAGTGAATTAGTATTTAAACTCACACGGGTAACATGTAACACTGATTAAGCACATAATCTGTCCCTGAGGTGATAATTGTCATTGCAGCATATGCTGTTGTCCCGCCATAACATTGCGAAAATAGAaagcatttctaaaatagaaattttgcaAATCACAGTAGCAGATGGTCAGAACAAAACCTCTTTTTAacatgggaaaaaaaaacaatccttttTTAAACTTTCTAATCAAAAAGTTTCACTTTGTCGCCCTGATTTGACGAGGGGGCGGAGTCAAGGAAACGGCTGTAAGACCACCTCAGTGATATTTTCTCCCCAGGTGATGACATCACAAATTGAGGCAGGTCTGGGTGTGCTGTAAATGCCCAAGTTCTGTTGACTCTGCCCCCTtttcaaatcagggccacaaagtgaaacacgcagaaacgtgaagtgcaaagtgaaaacagcatcgcaactcacggttgactaaaaagcaaatcaaaatgaggATTGCAACTGACTGGATGgtttttgtaaaggcaatgctataaaaaatgTTGTGCATcgctagtttttttttaaattgcaaatagTTGTTATTTTGCacagcttgatttttatttgcagattttttttttgtttgcaaattcaatttttatttctcaaaacctaATTTTTCCTTTGCAGAgctctttatttttgttagcaaaataaatttttatttatcaaaaatgtaCTATGGATTTGCGATTTTTAAAGAtttgcattaattattatttttttatttattattatttttgtattgatcaatactttattttttgtttgcaaactcttttattttgcaagtaaacAGTATATAGCCCTAGATTGAATCCATAGTTACTTACTATTTTAAATTATGGGCCAGTATAAGACTCTAAGGGTTTGATAAACGTGGATAAAAAAATCAGGGTTTCACGGTATCATAGTAATGTGATTACTGctataaaatatattcaatattttattttgaaaaactttttaaatattttggagcagtaaacatgtcaggctaaaacatgttaatgaattattgacttctgctgtcttcattagtttcaaaaacacagatttctttacaatttaaaatggcatcattgtatatcttttctgctgaagatgctgttgttttaaaaaaaaactgtaaataaaaaaaatcttaaacatacCGTAGGAACAGCATTACAGACAATTTTGGCGGtcttaaaaccttgacttttccaaaccgcagtataccttgaaaaaggttatcgtcccatgcctatttgtaattatttcatacattttttagCAATTACTGAGGAATTTGTAGACAGCGTTTGACCAATTCTCAGAATGTTCACACttctttcaaagcattttcttatttaatgtaagatttttttatatacatttaaaaattcatcCAATGTTAAGCATGTGTAAATATGCAAGCATGCACATCTGTGAACACAATATTACTCACTCATCTCAGACATATGAAAAAACACAACTGAAGttgaaaacattaacatttatttattgattaaaagGTTATACATTTTATGATAAATATGGTCTTTTATTGTATTATTGGCAAAGATACTATGATTCAAATTGCATTtctatacataaatacaaaaatctgAGGTAGGGCCTCAAggataaatgacatttaaaataaattatgccttttcatatatatttatttttctcattttatatattttttacactcTTTTTTTCATTGTTGTCCGGCATAGGATTCAAAATCTAGATATTTGTCATATTTATACTCTACAATCAAACTCAAAGGATGCCATGATCAGTTGGAGGTACGCATCTGTATCCATAGGCAGATTTCCCTCATGTAAAACACACAGAAATATATGACATTACCCAAGTAATAAGACATTTTACCTATGCTCCGATAGGTCCACAGTAAAGTGCCAAATGACACGACATACATTACAATATAGACTGACCACATAATGACTGATTGGAAGCTACTCTGTATCGTTATTCTGAAAtacacataatagtttattaCCAGAGGACATCTTTAAGGCCAAAGGTTACCTGAAGATGTCATTTAACATATTGGCACACATCAATAATGACCACTAGATGAAGGATGAGTGGCAGTATCTCAGTCTCCTAAATACACAgaataatatagtttattttcttttgtttatatatatatatatatatatatatatatatatataggctttttgtatatatatatttatttttttcatatatttgttgTATATCGTCTTTTAGaatgtatgttttcttttttttcagaacCTTTTGAGAAGTTCTCCTTCTTTGGTTGCCTACTGCCCAGTGTCGCCCTGTAGGTAGGAAGAGGTGGTAAACTCACATTCGGGAAAAGGAGCGGAAAGGG
>TCONS_00067357
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>TCONS_00067358
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>TCONS_00067359
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041001-1 Predicted to be involved in response to bacterium. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in intestine; kidney; and spleen.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000098626

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00069168 False 446 lncRNA 0.43 3 17222537 17255612
TCONS_00069169 False 4410 lncRNA 0.31 1 17251202 17255611
TCONS_00067357 False 1006 mRNA 0.40 5 17253149 17258812
TCONS_00067358 False 1118 mRNA 0.38 5 17256688 17258635
TCONS_00067359 True 888 mRNA 0.39 4 17257322 17258766

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_034595 dbx1a coding downstream 194522 17024602 ~ 17028015 (-)
XLOC_034594 BX088559.1 coding downstream 380421 16841999 ~ 16842116 (-)
XLOC_034593 e2f8 coding downstream 624325 16576246 ~ 16598212 (-)
XLOC_034592 csrp3 coding downstream 660335 16548219 ~ 16562202 (-)
XLOC_034591 NA coding downstream 873105 16347500 ~ 16349432 (-)
XLOC_034597 CU179757.1 coding upstream 2804 17261616 ~ 17264309 (-)
XLOC_034598 nitr10a coding upstream 8092 17266904 ~ 17268111 (-)
XLOC_034599 nitr11a coding upstream 36241 17295053 ~ 17297156 (-)
XLOC_034600 nitr8 coding upstream 73311 17332123 ~ 17337345 (-)
XLOC_034601 CU179702.2 coding upstream 99272 17358084 ~ 17380310 (-)
XLOC_034589 NA non-coding downstream 999433 16222045 ~ 16223104 (-)
XLOC_034585 CT030144.2 non-coding downstream 1040945 16176847 ~ 16181592 (-)
XLOC_034584 NA non-coding downstream 1048208 16172570 ~ 16174329 (-)
XLOC_034610 CT030012.1 non-coding upstream 382376 17641188 ~ 17645750 (-)
XLOC_034615 CU457795.1 non-coding upstream 603613 17862425 ~ 17862540 (-)
XLOC_034617 CT027807.1 non-coding upstream 988225 18247037 ~ 18247691 (-)

Expression


Co-expression Network