XLOC_035499


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_035499
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 13687104 ~ 13692006 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00072160
gatctcatgactGTGACGCAGCTTAAAAAATTAGTTTCTAACTGGAAGTATAAATTTGCTCGAAATTAGGCgaaaacaaacaattttcactttttagtgaaatatttgtgtcctaatagtgtttttagcagtgtgggacacatatacgaccgtcaacagctcaaaaaaaggTGTTTTACTGTTTTGTGAGCCTGTAAGTGCAAgtacttaaataattttatatttaggtCATTACTATAACCTTTTAAGCGAATTCTACTTTTTTGTAGACAAAGTTTATTGGATGAATAACTTTAAGTACAATAGAGTTTTTGTCTGATCCTGCACCTGCTCCCAACCTGACTTACTGTTCAGGCTATGGCATTTTCTCGTGGCTGCAGTTGCAGGACACTTCTGGTGagtatactgtaaacatttcaccCAGTTTTTATTTTTCGGCTGTTTGTGAATACAGGAAAACACTGTTTTAAGTATGTTTCGCTTAAAATGTATACTAAATAGTTCATGGGAGCTGTTAATGTAGACAAATGAGACACGTGATTATATTTAGAAGGACCAACTGaattaatctttttcttttttctccacaCAGATATTGTGAGGTGTTATTTGTTAGCTTGTTAAAGCTACTTGTAGTGTAAGTAAATAGTATGTTTAAATTTTGttctaaactttattttatttcattgaatACCAGGGGACTTAAAGACAGTATTAAGAGAAAAGCAATATTCTTATTTTGCAAAAGTCAACAGGCACAATGTATATTTTTACAAGAGACACATTCCAGCGCAGAGGACTCAACCTTCTGGAGAAACCAATGGGGTGATACTATACTGTTTAGTCATGGAACTATAGATCTGCTGGCGTAGTCATATGCTTGAATAACTGTCCTGGTAAAGTAGTTAAAGTGAAAGAAGATAAGGATGGACACTGGATTGCTGCAGTTTTGATGATTGAAGGTACTCCACTGATTCTTCTAAATGTTTACGGATATAATGGTCAATATAAAAAGAGAATTTAGCTGGAATGCATTTCAGAAACTATTAGAGAGTTGAAAACATTTTTCCCAACTGAAAATATGTTGGTGACTTTAATTGTGTccctgatgaatggatggatagattttcAACAAAATACGGTTATTATGAAATGAATGTATTACAAATTTTTGTATTAATACTTCCCTAATAGACGTTTGGAATCATGTTAACCCTGAAGTAAGGCAATATTCATGGATTAGACCCAATGGAAATTGTAAAACAAGAATAGATTTTTGGTTGGTAACCCaagaaatttttaaatatgttttgcaaGCTAAAATCTCTGCAGCTCCTACAACTGATCATTGTGTAATTACTGTCACACTGATCCCAGGCTCTGAAAGAACATGTAGGCAAAAATATTGGAAATTTGATGCAAACTTGTTAAAAGAAGAATATTTTTGTGACatggttaaaaaaatcttatattcaATTATGACAAATGATGAGATAAAGTGAGAATGTACTCAATTAATTATGgtaaaatattgtgtaataaGCAAAAAGAATTAGAAAAACAGCTGATAAAAGACATTAATGATTGTTGTAAAAAGGATTTATTATTAGAACCTATTAAAGAGGAAATGATTAGATTACAAACTAAATTGAACGATTTCTCCTTAAATATGGCACAAGGGGCATATATACGATTTAGAGCAAAATGGATGGAAGTTGGTGTAAAAAAACAGCTCTTATTTTAGTAGATTAGAAAAAAGTAGACAGAAATGCAATTACCACcttaaatctaaataataaaattgtaactgatccaaaagaaataagtaatgagatttttaaattttatcaaaGCCTATATTCATCATCATTTTCCATGAAAATTTCTGAGAATTTCTTCAAAAATTCTATAATTTTATTCCTAAAATTGATGAAGATTTTAAAATGATATGTGACTCTGATTTAAAAATTGAAGAACTTGATGCTGCTATTAAAAAAATGGCTTTAGGTAAATCACCAGGTCAAGATGGACTTGCAACTAACTTTTATCTTTTTTCTGGAATGATATGAGAGAAATGCTCTTTAAAGCACTAAAAGAATGTTTAGAAAGTAATACACTACTAACTACAATGAAACAGGCTATAATTATTTTCATACCTAAACCAAAAAAGACAACACTCTTATTGATAATTTAAGACCAATTACTTTACTTAACATTGATTACAAAATATTCACTCATGCATTAGCTAGTAGACTTAAAGGTGGTATAGGTAAAATTATTAGTGATACACAATCTGGGTTTCTTCCAAATCGACTAATACATAATAACATTCGCATGGTGTTAGATTTATTAGACTATTCACATTTGATAGAGGATGATGGTATAATACTATTTCTGGATTTTCTAAAAGCTTTTGATAAACTTGAACACCCTTTTGTTTTTCAGTCTCAACAATATTTTGGGTTTGGCAcaaaatttattaatattctttCAATGTTGacaatataacaaataacaagTGCTGTTTTACTTCAATCGGGTACTACAAAGAGATTTGATAACAGAAGGGGAATACGACAGAGAGATCCAGTCAGCCCCCTTCTTTCTTACTTGCTGCCGAATTATTAgcactgtatattaaaatattaagccATTAAAAGTAGATCCTTGGTAATTACACAATTAGCTGATGATACAACTTGATTTCTGAAGGACTCTAATCAAATACCGATTGCCTTAAAGTCTATATCATTGTTTTCTAATGCTTCAGggttacatttaaatttgaaaaaatgtgAGATTCTTCACAATAATACATAAAACTCATTGTATAATATCCCAATTAAAAGCTAAATAACATACTTGGGAATAACTATTACAAAAAATTTTAGGGACagggaaaataataatattcatactgttgtacagaaaaataaaaaacattaagtaGCTGGTTACAAAGAAATATTTCAATTTTGGGGagaatattattaacaaaaatggAAGCAATATCAAGATTAATCTATCCAGCATATTCCTTAGGTGTACCAGAAAGatgtattaaacaaattaacagagttcattatgagtttatttgGAACAATAAGCAACATTTAATTCGAAAAAATGATTTGGTAAAGTTATCAGAGGAAGGGGGGTTGAATGTTAGTGATTTTGGCGTTATAAATGGAGTAATGAAGTTAAAATGGTTACAAAGCTTTGTTAAAGGTGAACCGTCTTTATGGTTTAGCATcccttttcatatttttcaaaggATGGGAGGAATTTCTTTTCTTCTAAAATGTGATTTTGACTTACTAAAATTGCCATTTAAATTGTCTGGTTTTCATGCAGAAGTGTTACTATATTGGAAGATGTTGTACAAGCACAATTTTACTCCACATAATGTTATCATTTGGAATAACAGGTGTATTTTTCTACATGACaggaaatctttattttttaaagactggTTTGGCAAAGGAATTTGGAATGTAATTCATTTAATGGATGATGATGGTAATATGTTGAGCTATGATCATTTTAGGTTAAAATTCAATTGTAATTGTGCATATAGAGAATTCTCTTTGGTTGTCAAAGCTATTAATGTAGCTTTGAGGAACTTAGTTAAAGGTATAGTGCAATACTCCTCTGTAATACCTACACTAGttgatttgtttataaataattattcttttttgGATATTAAACGTAACAACAAGGTCTTGAGATCACTACTGACAAAAGAATATTTTCCTCTTCCTgttaaaagaaaagttttatCTGAGAGATTTTCTAAAGCGAACACTATTGATATTAGAAAAAGATACCTGTCATTTCCCTTGTTACCTAAAATGAAAGAagtacatttcaaaacaattaatgacATCTATCCATGTAACGAATTTCTTAGAATAAGATTTCATTTAGACAGTAATGCTTGTATTTTTTGCTTGAAAGATATAGAATCCCATGAACATCTTTTTTATAGTTGTTCCAGTGTCAAATCCTTTTGGGACAGATTGTATTAGTGGTTGATAACTAAAAATGTAACACCTGCGTTTGACTatcacattgtgaaatttggcatttttatgaaaaacaaggAAGTTAAATTTCTATGTAATAATATGTCGATTGTAGCAAAATTTTATGtacacaaatgtagatttgttaaagtttctccttgtttcaaagcatttacaaattatttcaatatattatataaatctataaaacaagtaaaaacaaaaggTGCCTTAAAGCTCTCTAAGCTTTTGTCAACATATATGGACTGACCCCTCTGAATGTAATGTATTTTCCTTTGtattatttaaggtttatttttatgttattattaatttgtactgttttgtttattataagcTGCTTGGATATAATGATATATATGTTTAACGATGGAAGTTGAAAAtgcctgtttgttttttgaagtttaaataaaaaaaaaaaagttcgtCAAGAGAATAATAAAATACGAGATTGCTAGAATATAAATGTGTCACTGTGGTATTGGATATACACaatttatcaatatatataaacatgtagcCTATCAAAAAATAGAAGTGCAAGTCACTGATGATATTTTAAGCATGAGGATTAAAATATCAGCCATACTTATTAGAGTCGAGTAAaaccattcatttatacattcattaaaGAATTTACCCATACAAAATGTCAACCTCAACACTGTCAGTGAAacatatacacacgcacgcagtacaataaagaatgaatgaataaattaggaGCAAAAATATTatgtcaatagaaaaaaaaagcatgcatcCAAAATCAAAAGAATGCTGAGTTTATACGAAGAACGAAAccggcaaaaataaataaataaataaatgaataaatacgcaaaaaaaaaaaa

Function

GO:

id name namespace
GO:0048731 system development biological_process
GO:0007520 myoblast fusion biological_process
GO:0048513 animal organ development biological_process
GO:0007275 multicellular organism development biological_process
GO:0009653 anatomical structure morphogenesis biological_process
GO:0048856 anatomical structure development biological_process
GO:0035914 skeletal muscle cell differentiation biological_process
GO:0048646 anatomical structure formation involved in morphogenesis biological_process
GO:0032501 multicellular organismal process biological_process
GO:0032502 developmental process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko04611 Platelet activation
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00072160 True 4903 lncRNA 0.30 1 13687104 13692006

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_035498 NA coding upstream 89212 13518522 ~ 13597892 (+)
XLOC_035497 fut9d coding upstream 181618 13503377 ~ 13505486 (+)
XLOC_035496 jak3 coding upstream 274507 13389115 ~ 13412597 (+)
XLOC_035495 slc5a5 coding upstream 304753 13364950 ~ 13382351 (+)
XLOC_035494 itgb4 coding upstream 527517 13106760 ~ 13159587 (+)
XLOC_035500 pimr107 coding downstream 2944 13694950 ~ 13696012 (+)
XLOC_035501 lonrf1l coding downstream 8599 13700605 ~ 13788311 (+)
XLOC_035502 NA coding downstream 64007 13756013 ~ 13760915 (+)
XLOC_035503 NA coding downstream 102975 13794981 ~ 13799369 (+)
XLOC_035504 doc2d coding downstream 157993 13849999 ~ 13955872 (+)
XLOC_035489 NA non-coding upstream 623966 12766030 ~ 13063138 (+)
XLOC_035486 CR933523.1 non-coding upstream 1826960 11860028 ~ 11860144 (+)
XLOC_035485 NA non-coding upstream 1874940 11794658 ~ 11812164 (+)
XLOC_035482 NA non-coding upstream 2113632 11567232 ~ 11573472 (+)
XLOC_035505 CT025854.1 non-coding downstream 279411 13971417 ~ 14020139 (+)
XLOC_035506 NA non-coding downstream 310071 14002077 ~ 14006807 (+)
XLOC_035509 NA non-coding downstream 549579 14241585 ~ 14246353 (+)

Expression


Co-expression Network