XLOC_035482


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_035482
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 11567232 ~ 11573472 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00072152
AAACgcaaaacattacacacacaacCATTCAATTAGTCGACAAACaggacaaacaaataaacattttcaaatggCCTTTAATTTGTTAAACTTCTACATAAAAACTGCCCAGTTGGACAGACATACAGTTTTGACTTGTACAATATGAATGATCTGATATCGGAAATAAAACTCAATCGATGTCTACTTATACTGGTTAGCATTTGCAAAAAGTCACAAGCCTTTCACACTCGATTTGGCAGTTTCATGTTCATGAGGTCTTCGTAAGGAAAGGGAATCCAGCAAGTTCAAAAGCACAATATACAGAAAAAACACAGACAACTCAGCTCTGCAGTAGTGTTTCTTCATGAATGGATATGACTATATTCGTCACGCTCAGAACCTATTATTGAAGAGCAGCCCAAATCTATCCCGAATGAGGTAAATACTTGTATTTAACATCAAAAATGAAACATCAGAATGATTTTGATGGGGTCCAACATTAACTCTACAGAATCGACCAGTAATAAATAAGTATTCTGCAATGTTTTACTCATTGTTTATATGACAATGCAATTATTAAGTTGTTTTTACTGATATTATATACGGGGGAAAATGTGAAAGaagaaaaacatgaaaataaaatggttttggtatcttaaatataaattaaagtcATTAATTGTGTTATATGTGTTATGAATCACATTAAATCAGCAATTTATTACTAAGCAAGTAACGTTTAATTTACCGCATGTTAATCTTGGACCCTTGATATCAATCATTCAGACTCCAAAAAGAATCTAAAACAGTGTAAACAATCGAAAAGAAGAACTTAGGGGGGGATGTGTAGACACGAGACCATGCATATCATTTTCCCAAAAGAAATTAAACACTTAAGAAGATAAAGTagagaaggaaaaacaaaacaggcACAAAcacaattgtaaaaaaataaaaagcttaagTTCAACCATCAGAAGTGGAAGGCTTGAACTTTATAGCGAATCGGACCCCCTAAGACtggcacacacacagagacagggCAAGCATGCATGCGTCGAAACACAGCACCAGCTGAGGACCACCATCAACATCTACTGGACTGCACCACTACAGCTACACCAGACAcagccacagagagagagagagagagagatactgtagatagagagagagaatatgTGTGCATGTAATGCATGTATTACTGTATGCTTCCCTACTGTCTACCACAGTAGccttttttctgtgtgtgtgtgtgtgtgtttttatagaccatttcaatgtgttcatgtcattggcccatggacacttcctgcttgttgtcaaactatttcatatctgTAACGAGAGGTGAATCAATCATAAATGAATGATATAAAGGCTAccgtaacattatttatcaatacagtatgtggacctttttggactctcagaagctgtggaaatttaaaatgtaaaacaggaaatgcgtcaggaccattgttattgtttacatccctcaaaatggtctatatgttgaacactgttttaaaatgttctccttttatttcttacatttgtttatttgagtttattatttgaattattatgatattttgtttttattcttttattttgatattttattgtagttttataTTTGTTCTCCTGTTTCAAGCTTTGGCAATGTTGTATCACATACAGTCATGCCAATGAAGcaattttaaattgaattgaattaatagaGAGACGGTTGTGCATTGTATttggttttattatattttaataacattgtttCTCTTTCATGATCTTTTTATTGCTCAGATTAGTATTTTGTCTTATTAGTGTGTGTATTTATCACATATCAAATTGGGTTTGTCTgtatgcacagttgaagtcaaaatcctTAGCCCTCccgttaattatttttattttcttttttttaaatatttcccaaatgatgtttaacagagcaattaatttttcacagtatttccaatattatttttctgtagaaagtctaatttgttttatttcggctagaataaaagcagtttttaattttttaagaaccatttaaggtcaatatattTAGgcaatattttttcgattgtctacagaacaaaccatcgttatacaatgtcttgcctaataaccctaattttccctaattaccctagttaagcctttagattgcactttaagctgaatactagtatcttgacaaAAATCTGGTAAAATATACTGgaatgtactgtcattatggcaaagatgaaagaagccagttattaaaactattgtttagtgtgtaggaaaaaaaatctttccctTAAAaaaatcaggagggctaataattctgattaaactgtatatacagtcaagcccgaaaTGATTCATACCCCTGACAAATTCTGATTTgaagtttttgttcaaatgtaaataaaaacagacataATTTTTTTCCCCACCTGATGTGTTATAGCATGTACatcctgttttttttaatttggggtggtgggggggcggggggggggggggggctatgaataatttcgggctcgactttatgtattatataatcacATTACACTTTTATATTCATTGTTTATGTAATTTGCAATGCTCTTGCACGACTTGTCAAATATTGCCAAAGTATTGCAGATTACATAATTGATGAATCAAATCGTAATGtgattatataatacatttacacatacagaaaagaaaacaaaacacacgaTTAGAATTCTGATCaatactgtacatacacaaaTAAGAACGAAAAAAAGACTAATGTGAGTATTAAAATGATAATGAAAGAGAAACAGTGTTAGttaaaatagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaatgaGAGCTGAAGCACTATTCAGGTTACTTGTCTCTGTGCCTattaagttagaattattaataGAGTGCAGCTGGGATTTGATGAACTGATTCATATGGAATCCAGTAGCATGATAATGCAGCAGTTGGTTCAAGGATTCTAATCTGATTAGTTGAGGAGATCTCCATTTTTCACTATACAGCTCTTGGTTTCTTTCCAGCctgaaatgtaactattttatgtcTTGTCAGTTAAGTGACTAATtagtaaaaaaatcatatttccTAAATTGTGCAAATGAAATCattcaaattagccactaaaaagtTAGGAATTCCTGTGAGATAGTGTTGTTTCTTTGTCTAATCTGAGTGGCTGAAAGAAATTCCAATAAAAGTGACTTCTAATCTTTTTTGTTGAGCAGCATGATCAAGCAACAGTTGGTTTTAGTTGGTTTTTATCTGATTGGCTGTGAagccattattataattattatttatttttgtctgttttccaATCTATGACTATGAAATTCTGAGAATCTGAGAGGCATTTCAATAAATGCTAACAATTTTTTTATGCTTCCAATATTTGACTATAGAACAGTTAGGTCCTGCAGGCCTCTAATCTGATTGGTCGAGCAACCTTACATTTTAATTCCATGGAACAGTTGGTTTCAGACACTCTCATTGGCTGAGAGCCATTTCGATAAACAGTGACTATTTTAGTTTTTGTCTGTGTTCCAATATATGGCCGTGGAACAGTTGAGTCCAGCAGGTCTGTAATCTGATTGGCCGAGCAACATTCCTTTTTATTACAATAGAACAGTTGGTTCCACACCTcttatctgattggctgagaggcATTCCATTAAACAGTGACTTTTTTAGTTTTGTCTGTGTTCCAATATATGACTGTGGAACAGCTGAGTTCATCAGCCCTCTAATCTGATTGGTCAagcaacatttcattttataactgTGGTACATTTGATTCCAGGCCTCTAATCTGATTGGTTGaaagactttttcttttttttttctttttttcttttttttgcatttctgaCTGTGCATGCAACATTTCAGACCAGActacactgtaaatattttttgaaagTTGTGAATGCACATTTTAAACTATATTTCACATTTCCTTGTTCCATTTTTAAGTTGCATTTACTTTTAATGTGTTACTTATCATGTGCTAAAGTTAATTGTAAAATGTATTAccaatttattatgtttattacttgcttatttaatttgtaaaatttacTACACATTTCCGAGTGAAACTTTTCACATTTCCAAATTTCAATGGTTTGTAAGTGGCCTTTTTTTCCAAGTCAGGACACAACTATTACTAACttaagtttacagtaatttagaaagttggccaaaaaaaaaacaacaaccaaaaactGATAATAAAGATCTATCACACATTGTAATGAGGCAATTTAGCTAAAATCTAAGCAAACAATAATTACCTACACAGTTAATTAGTTATTAGTTAGTAAAATTTACAAAGAAATGCCATTTTTAGAGTGGAAAGTCTTTATGTACTATTGCATTGTAAACATACTCCCCCAATCTTTCATGgacaaattataaaattattatttttacatcgCAAGCtacagccaaaaaaataaaaaattaaaaattaaacaaattgttCTACTATTGTTTTGCAGGAGTTTGCTTCTGCAGAGCTCAGATGTACAGAAACAGGCCAAGAAAAAAGAcaaagaggaggagaagaagcAAGAGTTTGAGAAGAGAAGaaataaaaactcATTGTTTGGgaccacttgaggttgagtaaatggtaagtaaaaattcagctttttagtaagtttttttcttctgttgaactcaaaagaagttggaaaagtgttg
>TCONS_00072151
AAACgcaaaacattacacacacaacCATTCAATTAGTCGACAAACaggacaaacaaataaacattttcaaatggCCTTTAATTTGTTAAACTTCTACATAAAAACTGCCCAGTTGGACAGACATACAGTTTTGACTTGTACAATATGAATGATCTGATATCGGAAATAAAACTCAATCGATGTCTACTTATACTGGTTAGCATTTGCAAAAAGTCACAAGCCTTTCACACTCGATTTGGCAGTTTCATGTTCATGAGGTCTTCGTAAGGAAAGGGAATCCAGCAAGTTCAAAAGCACAATATACAGAAAAAACACAGACAACTCAGCTCTGCAGTAGTGTTTCTTCATGAATGGATATGACTATATTCGTCACGCTCAGAACCTATTATTGAAGAGCAGCCCAAATCTATCCCGAATGAGGTAAATACTTGTATTTAACATCAAAAATGAAACATCAGAATGATTTTGATGGGGTCCAACATTAACTCTACAGAATCGACCAGTAATAAATAAGTATTCTGCAATGTTTTACTCATTGTTTATATGACAATGCAATTATTAAGTTGTTTTTACTGATATTATATACGGGGGAAAATGTGAAAGaagaaaaacatgaaaataaaatggttttggtatcttaaatataaattaaagtcATTAATTGTGTTATATGTGTTATGAATCACATTAAATCAGCAATTTATTACTAAGCAAGTAACGTTTAATTTACCGCATGTTAATCTTGGACCCTTGATATCAATCATTCAGACTCCAAAAAGAATCTAAAACAGTGTAAACAATCGAAAAGAAGAACTTAGGGGGGGATGTGTAGACACGAGACCATGCATATCATTTTCCCAAAAGAAATTAAACACTTAAGAAGATAAAGTagagaaggaaaaacaaaacaggcACAAAcacaattgtaaaaaaataaaaagcttaagTTCAACCATCAGAAGTGGAAGGCTTGAACTTTATAGCGAATCGGACCCCCTAAGACtggcacacacacagagacagggCAAGCATGCATGCGTCGAAACACAGCACCAGCTGAGGACCACCATCAACATCTACTGGACTGCACCACTACAGCTACACCAGACAcagccacagagagagagagagagagagatactgtagatagagagagagaatatgTGTGCATGTAATGCATGTATTACTGTATGCTTCCCTACTGTCTACCACAGTAGccttttttctgtgtgtgtgtgtgtgtgtttttatagaccatttcaatgtgttcatgtcattggcccatggacacttcctgcttgttgtcaaactatttcatatctgTAACGAGAGGTGAATCAATCATAAATGAATGATATAAAGGCTAccgtaacattatttatcaatacagtatgtggacctttttggactctcagaagctgtggaaatttaaaatgtaaaacaggaaatgcgtcaggaccattgttattgtttacatccctcaaaatggtctatatgttgaacactgttttaaaatgttctccttttatttcttacatttgtttatttgagtttattatttgaattattatgatattttgtttttattcttttattttgatattttattgtagttttataTTTGTTCTCCTGTTTCAAGCTTTGGCAATGTTGTATCACATACAGTCATGCCAATGAAGcaattttaaattgaattgaattaatagaGAGACGGTTGTGCATTGTATttggttttattatattttaataacattgtttCTCTTTCATGATCTTTTTATTGCTCAGATTAGTATTTTGTCTTATTAGTGTGTGTATTTATCACATATCAAATTGGGTTTGTCTgtatgcacagttgaagtcaaaatcctTAGCCCTCccgttaattatttttattttcttttttttaaatatttcccaaatgatgtttaacagagcaattaatttttcacagtatttccaatattatttttctgtagaaagtctaatttgttttatttcggctagaataaaagcagtttttaattttttaagaaccatttaaggtcaatatattTAGgcaatattttttcgattgtctacagaacaaaccatcgttatacaatgtcttgcctaataaccctaattttccctaattaccctagttaagcctttagattgcactttaagctgaatactagtatcttgacaaAAATCTGGTAAAATATACTGgaatgtactgtcattatggcaaagatgaaagaagccagttattaaaactattgtttagtgtgtaggaaaaaaaatctttccctTAAAaaaatcaggagggctaataattctgattaaactgtatatacagtcaagcccgaaaTGATTCATACCCCTGACAAATTCTGATTTgaagtttttgttcaaatgtaaataaaaacagacataATTTTTTTCCCCACCTGATGTGTTATAGCATGTACatcctgttttttttaatttggggtggtgggggggcggggggggggggggggctatgaataatttcgggctcgactttatgtattatacagaaaagaaaacaaaacacacgaTTAGAATTCTGATCaatactgtacatacacaaaTAAGAACGAAAAAAAGACTAATGTGAGTATTAAAATGATAATGAAAGAGAAACAGTGTTAGttaaaatagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaagaaaggaaatgaGAGCTGAAGCACTATTCAGGTTACTTGTCTCTGTGCCTattaagttagaattattaataGAGTGCAGCTGGGATTTGATGAACTGATTCATATGGAATCCAGTAGCATGATAATGCAGCAGTTGGTTCAAGGATTCTAATCTGATTAGTTGAGGAGATCTCCATTTTTCACTATACAGCTCTTGGTTTCTTTCCAGCctgaaatgtaactattttatgtcTTGTCAGTTAAGTGACTAATtagtaaaaaaatcatatttccTAAATTGTGCAAATGAAATCattcaaattagccactaaaaagtTAGGAATTCCTGTGAGATAGTGTTGTTTCTTTGTCTAATCTGAGTGGCTGAAAGAAATTCCAATAAAAGTGACTTCTAATCTTTTTTGTTGAGCAGCATGATCAAGCAACAGTTGGTTTTAGTTGGTTTTTATCTGATTGGCTGTGAagccattattataattattatttatttttgtctgttttccaATCTATGACTATGAAATTCTGAGAATCTGAGAGGCATTTCAATAAATGCTAACAATTTTTTTATGCTTCCAATATTTGACTATAGAACAGTTAGGTCCTGCAGGCCTCTAATCTGATTGGTCGAGCAACCTTACATTTTAATTCCATGGAACAGTTGGTTTCAGACACTCTCATTGGCTGAGAGCCATTTCGATAAACAGTGACTATTTTAGTTTTTGTCTGTGTTCCAATATATGGCCGTGGAACAGTTGAGTCCAGCAGGTCTGTAATCTGATTGGCCGAGCAACATTCCTTTTTATTACAATAGAACAGTTGGTTCCACACCTcttatctgattggctgagaggcATTCCATTAAACAGTGACTTTTTTAGTTTTGTCTGTGTTCCAATATATGACTGTGGAACAGCTGAGTTCATCAGCCCTCTAATCTGATTGGTCAagcaacatttcattttataactgTGGTACATTTGATTCCAGGCCTCTAATCTGATTGGTTGaaagactttttcttttttttttctttttttcttttttttgcatttctgaCTGTGCATGCAACATTTCAGACCAGActacactgtaaatattttttgaaagTTGTGAATGCACATTTTAAACTATATTTCACATTTCCTTGTTCCATTTTTAAGTTGCATTTACTTTTAATGTGTTACTTATCATGTGCTAAAGTTAATTGTAAAATGTATTAccaatttattatgtttattacttgcttatttaatttgtaaaatttacTACACATTTCCGAGTGAAACTTTTCACATTTCCAAATTTCAATGGTTTGTAAGTGGCCTTTTTTTCCAAGTCAGGACACAACTATTACTAACttaagtttacagtaatttagaaagttggccaaaaaaaaaacaacaaccaaaaactGATAATAAAGATCTATCACACATTGTAATGAGGCAATTTAGCTAAAATCTAAGCAAACAATAATTACCTACACAGTTAATTAGTTATTAGTTAGTAAAATTTACAAAGAAATGCCATTTTTAGAGTGGAAAGTCTTTATGTACTATTGCATTGTAAACATACTCCCCCAATCTTTCATGgacaaattataaaattattatttttacatcgCAAGCtacagccaaaaaaataaaaaattaaaaattaaacaaattgttCTACTATTGTTTTGCAGGAGTTTGCTTCTGCAGAGCTCAGATGTACAGAAACAGGCCAAGAAAAAAGAcaaagaggaggagaagaagcAAGAGTTTGAGAAGAGAAGGTGAGAAGAAAGAGAGACAGAAGGAGCAGCTGTGGCTTGTGTGCACACATCGCACGAAGaaaagtgtgaatgagtgagtgagtgactgagtgagtgagtgagtgagtgagagtggtGACACTTCTTTCTTCTCTGGGAAAGAGGAAAGAGTAAGAGAACTAGAAGAGATGCTTACCGCTTCACCTGCCGTACACAACTACTCATCTACAACAGCACCTCACACAAAATGTAGGGGATGATTATGCATTCATCAAAACCTTGAATGTTGTAAGAATTAGATTTGCATTTCCTGATGGAAATATCAGTGCTTGCAAGGCAGCAAAAGAGGTTAATGATGGCTTGAATAGGATCGAGCtttaaaacatacacacacacgcacgcacgcacacacaccgaTCGATAGTAAtttgaaatgtataaaaaagaagcaattcagtatgcaaatattacaATGACTTTCCAAATTTGATGAGGttagtttaataaaaaacattctATAG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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00072152 False 4755 lncRNA 0.32 2 11567232 11573472
TCONS_00072151 True 6101 lncRNA 0.33 2 11567232 11573472

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_035481 tjp2b coding upstream 24943 11425048 ~ 11542289 (+)
XLOC_035480 fxn coding upstream 227625 11325310 ~ 11339607 (+)
XLOC_035479 NA coding upstream 247529 11319434 ~ 11319703 (+)
XLOC_035478 NA coding upstream 454665 11105506 ~ 11112567 (+)
XLOC_035477 BX321886.1 coding upstream 604743 10920205 ~ 10962489 (+)
XLOC_035483 ift81 coding downstream 68598 11642070 ~ 11681559 (+)
XLOC_035484 atp2a2a coding downstream 113782 11687254 ~ 11744994 (+)
XLOC_035485 NA coding downstream 221186 11794658 ~ 11812164 (+)
XLOC_035486 CR933523.1 coding downstream 286556 11860028 ~ 11860144 (+)
XLOC_035487 ntng2a coding downstream 419678 11993150 ~ 12111461 (+)
XLOC_035476 NA non-coding upstream 617049 10901547 ~ 10950183 (+)
XLOC_035474 FP085410.1 non-coding upstream 723164 10843952 ~ 10844068 (+)
XLOC_035472 NA non-coding upstream 860047 10694417 ~ 10707185 (+)
XLOC_035489 NA non-coding downstream 1192558 12766030 ~ 13063138 (+)
XLOC_035498 NA non-coding downstream 1945050 13518522 ~ 13597892 (+)
XLOC_035499 NA non-coding downstream 2113632 13687104 ~ 13692006 (+)

Expression


Co-expression Network