LOC110501728 (LOC106582235)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110501728
gene name LOC106582235
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 30435323 ~ 30453758 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036959097.1
cCGTGGTCAGCTGACTTGCAGCGTCTTTGGCTGTCACAACACACGGTATGCTGTGTTCAAAGTGCTGCTACAAAACACTTTTGCGGCTCGACTAGGGCGTTATGTTACGGATAGCCAAAACCAGCAAAGCAGCTAGGCCTATACCTCCGGAATGGCGGCAGAAATACAACCCAAACCGCAGACTCGGACTCCTGTTCTGCTCAACAAAATCGAAGCTTCCCAAGATGTTGTGAACACAGCGGTCATAATTCCAAAGGAGGACGGGGTGATCAGCGTCTCAGAGGACAGGACGATCCGGATATGGCTGAAGAGAGACAGTGGCCAGTACTGGCCCAGCATTTACCACACAATGCCAGATTCCTGCTCCTGTATGTCCTTTAACCCAGAGACCAGGAGGCTGTCTATGGGGATGGAGAATGGAATCATCTCCGAGTTCATCCTGTCAGAAGACTACAACAAGATGACCCCGGCACAGACCTATCAGGCCCACCAGGGCAGAGTGACAGTGGTGCTGTTTGTATTGGAGATGGAGTGGGTCctcagtacaggacaggacaagaacTTCACCTGGCACTGCTCTGAGAGTGGAACACAGCTGGGGTTATACCGCACCACCGCCTGGGTCTCTGGACTGCAGTTCGACGTGGAGACGAGGCACGCCTTTGTGGGCGACTACTCTGGTCAGGTGACCATCCTCAAGCTGGAGCTGGACAGCTGTAGTCTGGTCACCACCTTCAAAGGACACACCGGCAATGTGACAGCTCTGTGTTGGGACCCGGTCCAGAGAGTGTTGTTCTCCGGCAGCGCCGATCACTCCATCATCATGTGGGACATCGGGGGAGGCAAAGGCACCGCTATTGAACTTCAGGGACACAATGAGAAGGTCCAGGGCCTATGCTACGCGCCACATACACGTCAGCTGATCTCCTGCAGCTCAGATGGAGGCATCGTCATCTGGAACATGGACGTGACCAGacaggagACCCCAGAGTGGCTGGACAGTGATTCGTGTCAGAAGTGTGAGCAGCCATTCTTCTGGAACTTCAAACAGATGTGGGACAGTAAGAAAATCGGCCTGCGACAGcACCACTGCAGGAAGTGTGGGCAGGCAGTGTGTGGGAAGTGCTCGGCCAAGCGCTCCACCATCCCTCTCATGGGCTTCGAGTTTGAGGTGCGGGTGTGTGACAGCTGCCACGAGTCCATCACAGACGAGGACCGGGCGCCCACGGCGACATTCCATGACAGCAAACACAGCATAGTTTACATGCACTACGAGCCTACCATGGGCTGGCTACTGACCTCTGGGGCAGACAAGGTCGTCAAGCTCTGGGACATGACTCCAGTGGTGTCCTGAAGGTCATTGTTGATGGAGCATCATGGAGCTCCATCCACCTATCAGGTGAGAGCTTACCGGTGGCCGTCATCCTGAGAGGAGGTGGTAATGTCCACAAGaacaaccaccacaacaataGTAACATCCACAGAACCTAGAAACACCAGGCCTTTCTTGCCTGCCCTTGTCCCTCTTGGTGACTAAATGTTCTGATGAAGAGCTGTACTCTGGCTCCCGATATGGATGGAAAGATTTGGAATAGAGACGCCTTGAAGAGGACGAAGGTATGCGTGCTGTATCAGGACTATGAAAGAGCATTTTTTTGTTAGTTTTATGGATCCCCCTTACCAACAGTAGGTCACTCTGGAACAACATTTGGAACTTCAACTAAAATGTTATTGTGCATATATAATTCCCTATATTCTTTGGTTTATTATATTTAAAACAATGGATCCATAGTAAAATGAACTCCGTGTAGGCTACCTGCTGAACAACACATACAGCTAGTCGGGCaaataaaaatattatatttaagTGCCTTCCTCATATCATATTGCAGCTCTCACTATGGCAAACAGAGCATGAAAAAAAGTAGGtgaaaaaattaaaataaaattataaaaaaatgtaCTGGGGTTATATGAATATCAGTGAGATATGTAACCTGGAGTATGTACAGTACCAAGATGGAATACTCTAATATAATCACAACTTAagaaggtcccaaagttgacctCTTATAACTCATCCTGTTTTGATTGGCTCTTTGCTTGTTAGCTGCTGTACATAGAAGCAGCAGGTGGAGGGTAGAATAGCCCTGTTTCTGGGTGGACCCTGTTTCAGTTGAGGTGTCAGAAGAGTTCATAGCCTAcagataactgccaaaataaaggaaccaccaacattgtcttaatagggcattgggccaacaagctgccagaacagcttcaatgcgccttggcgtAAATTCTAAGTCTCTGGAACTCTTTCGGAGGGAAGTGTCACAATTCTTCCACAGGACATCtgtaatttggtgttttgttgatggtggttgaAAAGgctgtctcaggcgccactccagtgttcaattgggttgagatgtggtgactgagacacacagttTAAATCGCCTATGCTCAATTGAGACCCACCTTTCAAATTCACTAAGATTTCTTCTAACCATGCTAGCCAAAATAattgggcaactgggcatttttgtacatgaccctaagcatgatgggatgttaattgcttaattatttatttattttattttacctttattctaaattcttattttcaatgatggtgggttaactgcctgctcaggggcagaacgacagatttgtaccttgtcagctgggggatttgaacttgcaaccttttggttactagtccaacgctctaaccactaggctaccctgccaccccaaattaACTCGGGAACCACATCTGGGTGGAAGCACCTGcattcaatatactttgtatccctcatttactcaattGTTTCCATTTACTTTGGCAGTCACCTAGCTTATAGGCTCTCCTGTAGTCATACATACACACGACTGGTGAACAAGTCTACATGTGGTATCTCACTGTCGGGTAACGGTTGACGACCACAGATGTAGGAGACGTGGAGAAAGACATTTCATTCTTTAGTAAAAAATTTTCAAATTAATATTGATTTGCTAACTGAAGTTCTTGATTAGGCTTGCCAATTGAAATGATAAATTGTAAAGAACAAGTTAATTCCAATCATATTTTTATGATTTATTTTGACTCTATTGTAGAGTTGTTATTGAAATGTCACCTACGACTCTTTGGACTTTGGTGGTGGACCAAAACATTATTCACCACGTGTCATCTCTAGTTTCTTTGCACTTCAGTTGTTACGGTTTGATTTCTAAGAGAACAAAATCATAGCTAAGCACTTTTTGTCCAATGCATACACTTGCAATATGTTGTTATCTACAAATGACATATGGTTGAAGTCTGAAAATATTAGATTTTTCTATTGCGTACGTATAACAGACTGGTGATATGTTAGTGGCTGTGTGTCAAATGTATTTGTGTTATGAGTTTATTTATTGCTGTGTGTTACTGGTGCCTCAAAGCTAGACATCTCTCATGTAGCCTACTACACCACACGTGTAAAGTGCATTCTCAAATTGTATTGATGGTTATTATGGATATAATATAGTTCAAGTTAAGTTCAATCACTGGATttgcttttggatttgtttttaGACAGAACCACGATTGTAAAACAACAATCTGTCTGCATGTTGATATTTGGGATATAAAACCTAATTACCCATTGTCATTTTTCACAAGTACTAGCATGTTATTTTAATAATCAGCCACACATCTTGGGCCTAGGCTAATGCATATCTACTGGTGGAGAATGGCTCTCAGGCTCTAGTGCTATTTACAGTAGTAGTCAATCACTGGATTGAATAATTATACTATCCCTATTCGTGTCCTCATTTAATGCCCTCTGTACAGTAAAGAACAATATCTGTTATCATTGTTGGCGGTAAAAATGTGTGTTCCATGCTGATTCATACAGCAATACTGATTTACATTATCTGAATGACTGCCCTACGATTTGAAATACCTTGATGATAATATTATTAGGTGTGTTTTGTAGCCTGGATACCAGTCTGTTTTTCTGCTTATGTCAATGTTTTGTCATTGGCAACAGTGTTGTTAATACAGGAGCTGTTTTGATCCCAGGCTAGTGCTTCTGTGTGGTGTTGTATGATGCTCACATGTAGCTGCTGTACTGTGTGTGACTCCTTGATCCTGCTTTGTGGCATTCCCCTCAGGTCTTGATGTGCGTGGTGTGTCCAAGCAGCAGATTAATGAAGATCATTAGTCCTATAGGAGTATCATTACTGCATGTCTCATCTTGGATCAAAAGctgatctgggtacaggtcaTCCTGAGTAGAGATGTGTACATATCATTCCATAATTACAGTTCCTCTTGTTGTCTTGCTGCTGATGTACTCATGTTTGTATTTGATTAAATTGATATGAGGTGACTGAAAGA
>XM_036959098.1
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Function

NR:

description
WD repeat and FYVE domain-containing protein 2-like

GO:

id name namespace
GO:0046872 metal ion binding molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036959097.1 False 4390 mRNA 0.44 12 30435323 30453758
XM_036959098.1 True 4235 mRNA 0.44 11 30435376 30453758

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
arsh LOC106582230 coding upstream 217382 30213664 ~ 30217941 (+)
LOC110501723 LOC106582229 coding upstream 232031 30178719 ~ 30203292 (+)
LOC110502086 NA coding upstream 309802 30120858 ~ 30125521 (+)
akap17a LOC106582227 coding upstream 316983 30102878 ~ 30118340 (+)
LOC110501719 LOC106582226 coding upstream 352814 30004681 ~ 30082509 (+)
LOC110501732 LOC106582240 coding downstream 16654 30470412 ~ 30487614 (+)
LOC110501730 LOC106582240 coding downstream 52526 30506284 ~ 30519043 (+)
LOC110501731 LOC106582241 coding downstream 98603 30552361 ~ 30575546 (+)
trnal-caa-106 NA coding downstream 125738 30579496 ~ 30579604 (+)
trnal-caa-107 NA coding downstream 126248 30580006 ~ 30580114 (+)
G1798195 NA non-coding upstream 2490 30432608 ~ 30432833 (+)
G1798194 NA non-coding upstream 2808 30428536 ~ 30432515 (+)
G1798191 LOC106581772 non-coding upstream 11012 30424079 ~ 30424311 (+)
G1798149 mab21l3 non-coding upstream 32625 30401673 ~ 30402698 (+)
G1798148 mab21l3 non-coding upstream 34949 30399178 ~ 30400374 (+)
G1798403 sucla2 non-coding downstream 447227 30900985 ~ 30901385 (+)
G1798446 NA non-coding downstream 517853 30971611 ~ 30971848 (+)
G1798447 NA non-coding downstream 522274 30976032 ~ 30976479 (+)
G1798473 NA non-coding downstream 577983 31031741 ~ 31031995 (+)
G1798474 NA non-coding downstream 579121 31032879 ~ 31033235 (+)
LOC118943632 LOC100194703 other upstream 509941 29917773 ~ 29933035 (+)
G1797582 NA other upstream 690469 29744192 ~ 29744854 (+)
LOC110501700 LOC106582186 other upstream 1425050 28997763 ~ 29010281 (+)
LOC110502085 LOC106582160 other upstream 1451097 28977890 ~ 28984226 (+)
G1795550 NA other upstream 2343207 28091565 ~ 28092116 (+)
G1798168 NA other downstream 46898 30500656 ~ 30545954 (+)
G1798397 NA other downstream 434903 30888661 ~ 30891067 (+)
G1798579 NA other downstream 792723 31246481 ~ 31292205 (+)
G1798597 NA other downstream 839794 31293552 ~ 31297419 (+)
LOC110501767 LOC106582273 other downstream 1913878 32317123 ~ 32374208 (+)

Expression


Co-expression Network