LOC110501700 (LOC106582186)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110501700
gene name LOC106582186
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 28997763 ~ 29010281 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021579436.2
CACACGGGTGGCGTGGATTACGTTGAGTTCTAAGATTTTTCAAACCAGGATCTTACCCATTATTCTCTGGAAATCCAGTTGGTCGCTCTTTTGCAACCACCGCCCGAGGTCCATTTAAGAGCCAACTATAAAGGTCTCAATGAAACGCCGTTCCTCACGCAGAGACTGATCACGGCAGTGGAAGAGGATGGCCGTCCACGCTGAGGGGATCGTGGCTATAGTGATCTTCTACTTGCTTATTCTGGCCGTGGGGATATGGGCCGCGTGGAAGAACAAAAATTCAGGGGTGTCGGAGGGCCAGGACCGCAGTGAAACCATCATGGTGGGCGGGAGGGACATTGGGTTGTTCGTCGGTGGATTCACCATGACGGCTACATGGGTGGGCGGAGGCTACATCAACGGGACGGCAGAGTATGTCTACCTGCCTGACTACGGCCTTGCCTGGGCACAAGCTCCCTTTGGATATGCCCTCAGTCTGGTAGTAGGTGGCCTGTTCTTTGCCAAGCCCATGCGCTCCAGAGGTTACGTCACCATGCTGGACCCGTTCCAGCAGATATATGGGAAGCGCATGGGGGGGCTGCTCTTCATTCCCGCGCTCATGGGGGAGATCTTCTGGTCTGCCGCCATCTTGTCAGCCCTGGGAGCTACTCTGAGTGTGATTGTGGACATTGACATCAACATGTCGGTGGTGATCTCAGCCCTGATAGCCATCTTCTACACCCTGGTAGGAGGCCTGTACTCTGTGGCCTACACTGACGTGGTGCAGCTCTTCTGTATCTTCCTGGGACTGtggGTCAGTGTGCCGTTTGCCCTGTCCAACCCAGCGGTGTCAAGCATCAGTGTGACAGCTAAAGAGGCTGTGTACCAGACACCCTGGCTGGGTAAGATAGACTCAGCAGACACCTGGATGTGGATCGACAACTTCTGTCTTCTGATGTTGGGGGGGATTCCGTGGCAGGTGTATTTTCAACgggttctctctgcctcttcagcTACGTACGCCCAGGTTCTGTCCTTCATCGCTGCCGCTGGTTGCCTGGTCATGGCTGTCCCCTCCGTCCTCATAGGAGCGATAGGGGCctccacagACTGGAACCAGACTACATACGGGGCAATTCCTCCCAAAGAGAAGGACCAATCAGATATGATCCTGCCCATCGTGCTGCAGCACCTGTGCCCACCCTGGATCTCCTTCTTTGGTCTGGGGGCGGTGTCTGCCGCTGTGATGTCATCAGCGGACTCCTCCATCCTTTCAGCCAGTTCAATGTTCGCCAGAAACATCTACAAGCTGGCCTTCAGACAGTCtGCAACAGACCGTGAGATCGTGTGGGTGATGCGTATCACCATCTTTGTGTTTGGAGCTCTGGCCACGGCCATGGCGTTGCTCACAGGGACAGTGTACGGCCTGTGGTACCTGAGCTCCGACCTGGTCTATGTTATCATCTTCCCCCAGCTGCTCAGCGTGCTCTTCATCAAAGGAACCAACACGTACGGCTCGGTGGCCGGCTACATCTTCGGTCTGCTGCTGCGTATCGGGGGAGGGGAGCCCTACCTCAAACTACCCCCCTTTATCTACTACCCCGGGTGGGTGCAACAGGAAAAGATCCACCACCTGACTGGAGACGTGGAGTACTTCATCCAGCAACGCTTCCCCTTTAAAACGGTCTCCATGCTGGCCTCCTTCCTGGGTAACGTGGCCTTCTCCTACCTGCTCAAGTACCTGTTTGAGTCTGGGACTCTGTCTCATAAGTATGACTTCATGGATGCTGTGGTGTCCAAACACAGTAAGGAGATCATGGACAAGACCACGTTGGTCAGTAACGACAACATCATCCTGTCGGAGATGGCGCCGGTCAAAACGCACCTCAGCACCTCACTGGCCGGGGCGTTTACAAACACAGAGGCTCTCAGTGATGACGAGGAGTCCAGCCCCGAGTCCTTAAACAACGACCAGGAGTAGAGACCAGGACCCAAAGCCCAGGACCCAGAGCCAGACCTAGACCCAGAACTGACTAGAACCAGCCCTCCTGGGTACCTACCCTCCTGCAGAATTTTGCTGCAGCCTTGCTCTAACATACCTGACGCTACTAATCAGCATCTTTAATAGCTCAACCAGGTGTGCTACAGTagggctggagcaaaagcctgcataCCAATTGCTCTCCAGCAGAAGGGTTAGCCAGCCCTGATGTAGATCCTTGAACCCAGGCCCAGACCATGTCTGTCCAGCCATCCAGCCCCGTCGTGTTCTCATCATATCaaccactgactgactctctgcGAATCAGACGCCACGGCCATTTTAGTTTTCTGTTCTCAGTGCTGCTACAGTAAATGGAGTCATTATAAAGGTAAGGTAATCAAGGTATAAAATATAACTGTCTGTATGTGTCAATAGGGAGCTCTGAGATGGATGCCAGCCCAGAGGGTGATATAATGCAAtatttaattgtgtgtgtgtgtacgtgtgtacgtgcgtgcgtgtgtgcgtgcgtgcgtgaacaAATTAATATCCATTAGTTATGTGTCTGAAATCAGCTttagattattttatttatttatttagattaTTTCCTAATTTGCTTAGAATTAACTTACTAATACAGCAATACTGTTTTTAGGGTCCATGCTTTAAATATATATGTCATTACAAATCATTCCAAACTGTTGATTGTTTTTTATCTTGATAGCAAAAACACAACATTTCAGTTTGTTTTTATGTTGTGTGCTCATAATCTAATTTCCACACAATAAGCTGGTACAGTTCAGAATACTCAGTGTTAACAATATTTGCATAGTAACCGGATTTGAACAGAGCTGAGAAGGGAAACTCCTATTCCATGTTGTCCATGTCCCAAAATCCTCCTCTCTGCAGGTGGAGAGGTTCAATACTGTGCTGTTGTGTTGGAGCGGAACACTTGCTATATTTCACAGTCTTACATCACATTTTTACTGAGAAACTACCGTGTGTCAGCAATATAGGTGACAAGACATACAAATACTGTATTAATGGCTATACTGGTTGAAAGTGGACCTAGCTGTGGTTTTCATCCATCTGCATTagaaatgacaccatattccctatatagtgcactacttttggccagagccacATAAGGTTAGGTAGTGTgcaatataggaaatagggtaccatttgagatgGGCCCTATAATCGTTTGTTACCTTCTCTAAACTGTTATTGAGTGCAGAGCAGCAGCAGAGCGGCAGAGGGGTTGGGGAGGCTGAGATTGCTCCTCCAGGGATCGTATCAATAACCCGTTTGCACGAACGATTCGATTCTTCTCCGTCCGTCTGCCCCAAGAACATTTGATTGGTGTTCCAAGCTGGTTATGAGCTGAGACAGGGAAAGAACAGCACTGGTTGTTTTGGTATCAGTGGTTGTATTGATTGGAAGCTGAGCAGGTCCTATGCTGAGTGAATGATAGGTGAACGCTGACAGGGCccggctctagccttttggggagcccatgttttatgttttaaacTTCATTTCCTGAGATTCTACAGGAAGTGTAGTGAAAATGTTCCAatttataacacatttcatgcaatagTACACATTTTGCCGTGAGGCAGAGAGATTGTTTTGCAGTTCTACTGCAATTTTATCCATTTTTACCATGGGGTGGAAAgatatttttgcagttttaaagcaaatttcctgcaattctacacattttgtaatgaattatgccatgttaatatgatatctcaCTGAGAATGccaaacaaaatcaatgggggcctgcTGGAGGTCAGGTCCCCTGGGCATTtggtattcggccatgattactacaagtttagatagctgacgAGTTTAACTACCActctaaaaattgttagctgacatggctaactGAGTGGctgtcagtagctaggtttccatccaatttcgacagattttcatgcagatATTCTAAAACCTGCATAAAATAATATGCTTATTTTgcaccagagatgtgtttccattaAACTTACTTTTTGCCTTTAAAATACTGTGCGTGACGTAATGTAGATGGAAATAACTTTTGTGGTTCAATTTCCATTTAACAGTACCAAATGAAAAATAAGAGTTAGATGGGTTTCAATCACATTTTCAGCTCTACTGATGGTCTTGTCACAAAACCTTTTGAGTTATATAATGTATTCACTCTGGTCTTGTCACGAAACCTTTTGAGTTATATAATGTATTCACTCTGGTCTTGTCACGAAACCTTTTGAGTTATATAATGTATTCACTCTGGTCTTGTCACGAAACCTTTTGAGTTATATAATGTATTCACTCTGGTCTTGTCACGAAACCTTTTGAGTTATATAATGTATTCACTCCGGTCTTGGcacgtgtgctctagccaacagctggcagatacagtgcaggtagatTACCTAtgttatgagattattatggataagagtgtGTTTTTCAAACGGCAGCCAGGAATCGATCATGTCACCAGAAGAAGACCCTCAATATTttttggaaaggagcatcaaatTCATCACCTTGCACATTCACCCACtgtgtgaagttcatcataacttatttcaactgcagcctaataaactgcatgattttccgagtcgtagtgggaggaccacacaatatATCATTGCAtcactccaagtttacttcgataggATGGTTATTATaccaatatttgcgcataaaggcgcTTCCACTaccatttctcacataattcattttacagacacaagaAGATCACACCATGTTGAACCAACATTGTCtgttggcatttataaaattgtatcgGCATTTCTTGTTTCCATCAGCCCAGTCGTGACTTGTTTATGCGTCAGGTAATTGATGCTCATGAAATGGCTGGATGGAAACGTAGTCAGTGAACTGACACAAGAAGAAAAAACTGCTGATACACAACCACATTTCTAAATCGCACCTGGTGTATTATACTATTCTAActgtcaacagtaagttgagaccctgacCGACTTCCTTTTTAA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>TU2055989
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>TU2055990
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>TU2055991
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021579436.2 False 5734 mRNA 0.45 9 28997763 29010281
TU2055989 False 1606 TUCP 0.37 2 29008624 29010273
TU2055990 False 1606 TUCP 0.37 2 29008624 29010273
TU2055991 True 1562 TUCP 0.38 2 29008624 29010273

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110502121 cld14 coding upstream 3214 28993333 ~ 28994549 (+)
LOC110502085 LOC106582160 coding upstream 16562 28977890 ~ 28984226 (+)
epha6 LOC106582188 coding upstream 21024 28755790 ~ 28976739 (+)
LOC110501697 LOC106582162 coding upstream 295099 28701867 ~ 28702664 (+)
LOC110502084 NA coding upstream 601413 28236220 ~ 28400108 (+)
LOC110501701 LOC106586531 coding downstream 53358 29063639 ~ 29094498 (+)
LOC110501702 LOC106582183 coding downstream 91832 29102113 ~ 29167753 (+)
LOC110501703 LOC106582182 coding downstream 168590 29178871 ~ 29212842 (+)
LOC118943584 LOC106582182 coding downstream 217390 29227671 ~ 29243652 (+)
tpt1 tpt1 coding downstream 245076 29255357 ~ 29258127 (+)
G1796683 NA non-coding upstream 10890 28986572 ~ 28986873 (+)
G1796642 NA non-coding upstream 56625 28932411 ~ 28941138 (+)
G1796636 NA non-coding upstream 100887 28896642 ~ 28896876 (+)
G1796835 NA non-coding downstream 9762 29020043 ~ 29020596 (+)
G1796839 NA non-coding downstream 14337 29024618 ~ 29025673 (+)
G1796841 NA non-coding downstream 16794 29027075 ~ 29027468 (+)
G1796862 NA non-coding downstream 32869 29043150 ~ 29043457 (+)
G1796954 NA non-coding downstream 237656 29247937 ~ 29248165 (+)
G1795550 NA other upstream 905647 28091565 ~ 28092116 (+)
LOC110501693 LOC106582057 other upstream 959685 28036917 ~ 28052019 (+)
G1795411 NA other upstream 1084888 27898367 ~ 27912875 (+)
G1793717 NA other upstream 2681520 26315826 ~ 26316243 (+)
G1797582 NA other downstream 733911 29744192 ~ 29744854 (+)
LOC118943632 LOC100194703 other downstream 913276 29917773 ~ 29933035 (+)
G1798168 NA other downstream 1490375 30500656 ~ 30545954 (+)
G1798397 NA other downstream 1878380 30888661 ~ 30891067 (+)
G1798579 NA other downstream 2236200 31246481 ~ 31292205 (+)
G1796685 NA non-coding upstream 8831 28999581 ~ 28999793 (+)

Expression


Co-expression Network