LOC120574587 (msi2,LOC103377698)


Basic Information

Item Value
gene id LOC120574587
gene name msi2,LOC103377698
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053113.1
NCBI id CM020910.1
chromosome length 48524041
location 44230372 ~ 44702449 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU32166
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>XM_039825004.1
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>XM_039825005.1
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Function

symbol description
msi2 Enables identical protein binding activity. Predicted to be involved in stem cell development. Located in cytosol and intracellular membrane-bounded organelle.

NR:

description
PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: RNA-binding protein Musashi homolog 2-like

GO:

id name namespace
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0000166 nucleotide binding molecular_function

KEGG:

id description
K14411 MSI; RNA-binding protein Musashi

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU32166 False 2625 lncRNA 0.43 1 44699383 44702007
XM_039825004.1 True 4821 mRNA 0.41 16 44230372 44702449
XM_039825005.1 False 4707 mRNA 0.41 14 44230372 44702449

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nf1a nf1 coding upstream 9815 43826569 ~ 44220557 (+)
LOC120572363 NA coding upstream 494835 43724141 ~ 43735537 (+)
LOC120545596 vezf1,LOC103355252 coding upstream 566743 43610083 ~ 43663629 (+)
LOC120551880 NA coding upstream 750046 43478606 ~ 43480326 (+)
LOC120554170 NA coding upstream 806441 43407185 ~ 43423931 (+)
ngef ngef coding downstream 125562 44828011 ~ 44867095 (+)
LOC120551895 NA coding downstream 192025 44894474 ~ 44895469 (+)
LOC120551903 NA coding downstream 231418 44933867 ~ 44934670 (+)
LOC120551909 NA coding downstream 243569 44946018 ~ 44947037 (+)
pipox pipox coding downstream 666923 45369372 ~ 45448620 (+)
G23813 NA non-coding upstream 1776 44228384 ~ 44228596 (+)
G23812 NA non-coding upstream 2108 44227533 ~ 44228264 (+)
G23810 NA non-coding upstream 3857 44222199 ~ 44226515 (+)
G23761 NA non-coding upstream 8440 44220727 ~ 44221932 (+)
G23758 NA non-coding upstream 407003 43823103 ~ 43823369 (+)
G23889 NA non-coding downstream 260 44702709 ~ 44703070 (+)
G23900 NA non-coding downstream 52575 44755024 ~ 44755251 (+)
LOC120553110 NA non-coding downstream 70869 44773318 ~ 44774491 (+)
G23907 NA non-coding downstream 114192 44816641 ~ 44820120 (+)
G23909 NA non-coding downstream 120641 44823090 ~ 44825026 (+)
G23673 LOC107727923,LOC107666201 other upstream 659358 43552207 ~ 43571014 (+)
G23605 NA other upstream 819962 43405893 ~ 43410410 (+)
G23411 NA other upstream 1527327 42702541 ~ 42703045 (+)
trpc6b trpc6,LOC103377966 other upstream 2363008 41853614 ~ 41867364 (+)
fndc3a fndc3a other upstream 3007884 41152447 ~ 41222488 (+)
G23999 NA other downstream 641009 45343458 ~ 45349337 (+)
LOC120546960 dhrs13 other downstream 1412938 46115387 ~ 46237439 (+)
ppp1r13l ppp1r13l other downstream 2299804 47002253 ~ 47054746 (+)
G24405 psmd8,LOC102787089 other downstream 2441343 47143792 ~ 47146369 (+)
spred3 spred3 other downstream 2579369 47281818 ~ 47289858 (+)

Expression


Co-expression Network