bean1 (bean1,LOC102779979)


Basic Information

Item Value
gene id bean1
gene name bean1,LOC102779979
gene type misc
species eurasian perch (Perca fluviatilis)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053130.1
NCBI id CM020927.1
chromosome length 36824488
location 8066336 ~ 8119063 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome

Sequence

>TU261305
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Function

symbol description
bean1 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Human ortholog(s) of this gene implicated in spinocerebellar ataxia type 31. Orthologous to human BEAN1 (brain expressed associated with NEDD4 1).

NR:

description
PREDICTED: protein BEAN1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU261305 True 5531 lncRNA 0.40 2 8075930 8101153
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XM_039784813.1 False 2506 mRNA 0.46 5 8066883 8119063

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cdh5 LOC104953929 coding upstream 8452 8020660 ~ 8057884 (+)
mtx2 mtx2 coding upstream 84658 7972431 ~ 7981678 (+)
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LOC120548244 LOC101474016,LOC102312708,LOC102214986 coding downstream 136351 8255414 ~ 8328929 (+)
b3gnt2b b3gnt2,LOC104931834,LOC103361191,LOC101061479,LOC108242584 coding downstream 301516 8420579 ~ 8450391 (+)
ehbp1 ehbp1 coding downstream 362363 8481426 ~ 8641787 (+)
otx1 otx1,LOC101469289,LOC105933319,LOC108245829,LOC103361189,LOC103152463,LOC106955545 coding downstream 526818 8645881 ~ 8653172 (+)
G192381 NA non-coding upstream 114211 7907763 ~ 7952125 (+)
G192375 NA non-coding upstream 159396 7906570 ~ 7906940 (+)
G192359 NA non-coding upstream 230629 7835423 ~ 7835707 (+)
G192333 NA non-coding upstream 847312 7128852 ~ 7219024 (+)
G192329 LOC108281047 non-coding upstream 943158 7122200 ~ 7123178 (+)
G192413 NA non-coding downstream 5855 8124918 ~ 8125993 (+)
LOC120548141 NA non-coding downstream 7655 8126718 ~ 8129363 (+)
G192464 NA non-coding downstream 250315 8369378 ~ 8377699 (+)
G192530 NA non-coding downstream 738928 8857991 ~ 8904877 (+)
LOC120548135 NA non-coding downstream 858141 8977204 ~ 9058418 (+)
LOC120547751 LOC103371019,LOC107095977 other upstream 1261784 6800514 ~ 6804552 (+)
zc3h15 zc3h15 other upstream 1277250 6775743 ~ 6789086 (+)
LOC120548025 ppp1r1c,LOC106939859 other upstream 1560485 6485581 ~ 6505851 (+)
si:dkey-22n8.3 LOC103376236 other upstream 1669437 6020122 ~ 6396899 (+)
itsn1 itsn1 other upstream 1705345 6324515 ~ 6360991 (+)
meis1b meis1,LOC101073206,LOC106613898,LOC103387108 other downstream 995593 9114656 ~ 9195416 (+)
kcnq5a LOC101074332,LOC101486129 other downstream 1377728 9496791 ~ 9602882 (+)
ddx43 ddx43,LOC107693529,LOC107588708 other downstream 1487462 9606525 ~ 9624564 (+)
arhgef33 arhgef33,LOC107098984 other downstream 1534841 9653904 ~ 9673252 (+)
pank1a LOC103364766,LOC102792137,LOC100705818,LOC106930799,LOC102312257 other downstream 2073966 10193029 ~ 10219271 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G208066 NA non-coding NC_053131.1 CM020928.1 35106155 ~ 35107742 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G207692 NA non-coding NC_035920.1 CM008323.1 24443276 ~ 24496664 (-)