cdk19 (cdk19,LOC108254892,LOC107653155,LOC107660514)


Basic Information

Item Value
gene id cdk19
gene name cdk19,LOC108254892,LOC107653155,LOC107660514
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047624.1
NCBI id CM018570.1
chromosome length 11744058
location 3592143 ~ 3665849 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU483672
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>TU483673
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>XM_034301990.1
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Function

symbol description
cdk19 Predicted to enable RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity and cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity. Predicted to be involved in protein phosphorylation. Predicted to act upstream of or within phosphorylation. Predicted to be part of mediator complex. Predicted to be active in cytosol and nucleus. Human ortholog(s) of this gene implicated in developmental and epileptic encephalopathy 87. Orthologous to human CDK19 (cyclin dependent kinase 19).

NR:

description
cyclin-dependent kinase 19 isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K02208 CDK8_11; cyclin-dependent kinase 8/11

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU483672 False 471 lncRNA 0.40 1 3661283 3661753
TU483673 False 3366 lncRNA 0.33 1 3662036 3665401
XM_034301990.1 True 11795 mRNA 0.39 13 3592143 3665849

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ppil4 ppil4 coding upstream 17999 3565403 ~ 3574144 (+)
LOC113528981 LOC108257640,LOC108261240,LOC108257518,LOC108275265,LOC108256816,LOC108257649 coding upstream 27579 3560782 ~ 3564564 (+)
LOC117596554 LOC108257640,LOC108261240,LOC108275265,LOC108256816,LOC108257623,LOC108257649,LOC108257771,LOC108257552 coding upstream 32852 3555795 ~ 3559291 (+)
LOC113528980 LOC108257640,LOC108275265,LOC108257552,LOC108257518,LOC108261240,LOC108257649,LOC108257623,LOC108256816 coding upstream 40830 3546164 ~ 3551313 (+)
LOC113528940 LOC108257640,LOC108275265,LOC108261240,LOC108256816,LOC108257623,LOC108257518,LOC108257552,LOC108257886,LOC108257649,LOC108258559 coding upstream 53566 3534200 ~ 3538577 (+)
LOC117596606 LOC108254838,LOC108261645,LOC108261364 coding downstream 268565 3934414 ~ 3940175 (+)
LOC113529295 LOC108275270,LOC103026919,LOC106607809,LOC103357708,LOC100700775 coding downstream 340894 4006743 ~ 4164910 (+)
c30h1orf131 NA coding downstream 538221 4204070 ~ 4207982 (+)
LOC113529367 sprtn coding downstream 575335 4241184 ~ 4244611 (+)
fam89a fam89a coding downstream 581893 4247742 ~ 4252589 (+)
G407463 NA non-coding upstream 677 3587442 ~ 3591466 (+)
G407469 NA non-coding upstream 13246 3574943 ~ 3578897 (+)
G407457 LOC108261601,LOC108256816,LOC108261479,LOC108257640,LOC108257623,LOC108262590,LOC108261249,LOC108257873,LOC108261240 non-coding upstream 68485 3504938 ~ 3523658 (+)
G407461 NA non-coding upstream 79718 3512069 ~ 3512425 (+)
G407427 NA non-coding upstream 176998 3413949 ~ 3415145 (+)
G407499 LOC108254877 non-coding downstream 57038 3722887 ~ 3725260 (+)
G407506 NA non-coding downstream 77564 3743413 ~ 3743666 (+)
LOC117596607 LOC108261645 non-coding downstream 205110 3870959 ~ 3871861 (+)
G407959 NA non-coding downstream 587044 4252893 ~ 4253907 (+)
G407971 NA non-coding downstream 618023 4283872 ~ 4285837 (+)
G407395 LOC108257771,LOC108257788,LOC108257640,LOC108257606,LOC108257613,LOC108275265,LOC108257518,LOC108257667,LOC108261240 other upstream 29332 3557397 ~ 3562811 (+)
dnmt3aa dnmt3a,LOC108414024 other upstream 199387 3314627 ~ 3392756 (+)
dtnba LOC108257508,LOC108412184 other upstream 285154 3271506 ~ 3306989 (+)
LOC113528901 LOC108280106,LOC108257640,LOC108257552,LOC108261587,LOC108261601,LOC108257854,LOC108262590,LOC108261249 other upstream 326557 3258583 ~ 3265586 (+)
G407358 NA other upstream 422429 3169289 ~ 3169714 (+)
tab2 tab2 other downstream 7003 3672852 ~ 3750247 (+)
LOC113528760 LOC108254838,LOC108261645,LOC108254905,LOC108261364 other downstream 146041 3811890 ~ 3863480 (+)
LOC117596542 LOC108254905,LOC108254838,LOC108261645,LOC108261364 other downstream 203438 3869287 ~ 3934235 (+)
LOC113529331 NA other downstream 990115 4655964 ~ 4659695 (+)
epha7 epha7 other downstream 1272649 4938498 ~ 5016462 (+)

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