XLOC_005891


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005891
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 17464216 ~ 17466820 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00011624
TGCCGTCAAATGACAGTTCAGAAGGAGAGAAGCATGTAACGAAGACTCCCACTGACGTTTTTTCTGGGCATAAGACTGAAAGGTTAGCTTTATGTTTTCAACATAAACTTTTAAACTACTCTCCGTATGAAAAGCTTTACTTCTTCCGCGTGCTCGTGTCAGCTGATCTTGGACGGAAGCACGCGCCACTATTCAGTTGCACAAATCTGCTCAGCTATGAGATACTCCCGAAGATGTTTTGCCATGAAAGACACGCAGAAAGAGAGTCGCTCAAGAGCTTTGGTTGGGAGCGTCGTGACGTCACTATGGATCCTCCCATAGGCGGAAGTTTTGGACGCGCAGACAGTGTGGAGACAAGTCGGATTTCTTGTGCTGGCGGCACCGCGCGAACACTAGAATAATGTACCTACTCGGTTTGACTTCCAAAATGTGCCTGGTTAGACCTCACTGGAAATTTCTTTATATTATCGTCTTTGTAGAAAATAAAAGGAGTGTGCCTGTAAATGTTCGAACCTGTGGTTTCACGTTGGAGCGCGCGCTTGAGTGTTTTACCTATAAGGTAAAGTGGTTCGCTGTAGTGCCTTTTAGCAAATTTAATGATATTAAACGCTTTGTAATGCATGCCTAACTCATGTTAGTAAACAATTGTGTTTTATTGcagttgttactattattattgtatgttatGCTTTAAGAGAAAGGAATCGGGCGCTAAATAAAGCTGTTTGCATTTTAAATCAATGGAGTTGGATGCCATTTCTGCGGTGTAACGTTACttgtgttagtttttttttttcttaaacactaAAATTATAATAGCCTAAATACTGTTTTTATTGGAACTGATTTTATGCTGTTTCTATTTTAGTGTGCTTTCAGCAACCCTTTCAAATCTAGCCAATTCGTAACATGAGGGGGGAAATTCTgtgtaaaattaaagtgaaatcgtttattttgataaattgtATTGTGCGATCCTTAAACTTTtgagtacaaaaaaaaatgttttgcactaCTACGTGGCTTTTGGCCGCTTTAGGCAGCTCTCTAAATGACTACATTTAGTCATGCATAAACATGACGAtatgaaatatatgaaaatacatttgcatttaaataatatgaattatgACCCACTAAAATATGCTCCCATTTAAGGATAATGCCGAGTGTTTTGTATCTGATTCAGAGGCTCATTCGTCATGCAGACAATAAAGAGAATATTTTTACCCGATGCTGGAAATTTATGGTTACCCTTCTCTGCTCTAATAACTCACGCAGTGTGTCACGCGCTGACAGCCTGTGCAGAAAACAATCACACTTCTTTACATACTGAAGAAAGATTCTGCgataagcttgtttaaaaaatggcCGGTATCAACTTTAGGGTCTGGGTTATATTAGTGAATAATGTagtaaatgtttgcatttttaaaaacttacatTTAAACATGCAATGCACTCTTTTagccagaaagaaaaaaaaaatttttttccttGTTCATTTCAAATTGActctatatttgttttttaagcaTGTCGAGTAAGGCCTATGCATTGTGGATAATTAattctaactttttaaatattgcaaatgCGTTTTAAAAGCATGCATTCAGTAAGTATTGATTTTTAGAGaggttgtgtgtgtctgtgtgtatgcgtgtgtgcaaCGAGTAAGAGGATAGAATAGTTATTTTACGTTAATTAAAATTTAGgctatatgattttaaaataaaattattgtaatattattttaaacgaTAGATGTACTTGGGAAATTTGACcattttatttccttatttaaGAGGTTGCATTTTATATGTAGCCTATACGCTAAGTGCCTTAAATAAAACATCATATATTTAATTGCTATGGCAAACCAGCAAAGTTCACTGTTTGTCATAGACCAAGTGTTATCTGTTTCAATGTGTCTGAGATCCtccaacaaaatatacatttctttCACGCTGATGACTGTCCACTCCAGGTTTTCTTGCTCTCCTAGATGACCTGTCAAGCGGATTACCGCAGAAAGAGATTAATGGTGGAGGCGGGTTGCAATAATAATCGTTTTGTTTGATGTGACAACTTTGATAGGCGTTGATTTACTTACAAACTGATAGGCTTTTAATTGAGCGCCTCCATCCAGTGAGAGATGAAAGGCAAAGCGCATTGAAAAGCTGCCCGATTGCCCCGGAGCCTCAATACTGATTAGCCGTCTCAGCGGTGAATAGTTCAAGGCATTTTAAACTTCTTTTCTCAAAGGTCTGACAGAccatttctctttcttttatGTCTTTTGGTATcgtcaaataaaattaataattttattgtgtgtaaataaaatgtacttgACATG
>TCONS_00013579
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>TCONS_00011625
CGGAAGCACGCGCCACTATTCAGTTGCACAAATCTGCTCAGCTATGAGATACTCCCGAAGATGTTTTGCCATGAAAGTAAGcctaaaaaacaataattaatagcTATAGAGGCAGGTTTCATTCAAAGGCAGTTGTTTTAATCACTGGAAGTGTGGACAAATCGGCAAAGTGTGTGTTTACATACAACAAATTGCAATTCAGAGCGACACGCAGAAAGAGAGTCGCTCAAGAGCTTTGGTTGGGAGCGTCGTGACGTCACTATGGATCCTCCCATAGGCGGAAGTTTTGGACGCGCAGACAGTGTGGAGACAAGTCGGATTTCTTGTGCTGGCGGCACCGCGCGAACACTAGAATAATGTACCTACTCGGTTTGACTTCCAAAATGTGCCTGGTTAGACCTCACTGGAAATTTCTTTATATTATCGTCTTTGTAGAAAATAAAAGGAGTGTGCCTGTAAATGTTCGAACCTGTGGTTTCACGTTGGAGCGCGCGCTTGAGTGTTTTACCTATAAGGTAAAGTGGTTCGCTGTAGTGCCTTTTAGCAAATTTAATGATATTAAACGCTTTGTAATGCATGCCTAACTCATGTTAGTAAACAATTGTGTTTTATTGcagttgttactattattattgtatgttatGCTTTAAGAGAAAGGAATCGGGCGCTAAATAAAGCTGTTTGCATTTTAAATCAATGGAGTTGGATGCCATTTCTGCGGTGTAACGTTACttgtgttagtttttttttttcttaaacactaAAATTATAATAGCCTAAATACTGTTTTTATTGGAACTGATTTTATGCTGTTTCTATTTTAGTGTGCTTTCAGCAACCCTTTCAAATCTAGCCAATTCGTAACATGAGGGGGGAAATTCTgtgtaaaattaaagtgaaatcgtttattttgataaattgtATTGTGCGATCCTTAAACTTTtgagtacaaaaaaaaatgttttgcactaCTACGTGGCTTTTGGCCGCTTTAGGCAGCTCTCTAAATGACTACATTTAGTCATGCATAAACATGACGAtatgaaatatatgaaaatacatttgcatttaaataatatgaattatgACCCACTAAAATATGCTCCCATTTAAGGATAATGCCGAGTGTTTTGTATCTGATTCAGAGGCTCATTCGTCATGCAGACAATAAAGAGAATATTTTTACCCGATGCTGGAAATTTATGGTTACCCTTCTCTGCTCTAATAACTCACGCAGTGTGTCACGCGCTGACAGCCTGTGCAGAAAACAATCACACTTCTTTACATACTGAAGAAAGATTCTGCgataagcttgtttaaaaaatggcCGGTATCAACTTTAGGGTCTGGGTTATATTAGTGAATAATGTagtaaatgtttgcatttttaaaaacttacatTTAAACATGCAATGCACTCTTTTagccagaaagaaaaaaaaaatttttttccttGTTCATTTCAAATTGActctatatttgttttttaagcaTGTCGAGTAAGGCCTATGCATTGTGGATAATTAattctaactttttaaatattgcaaatgCGTTTTAAAAGCATGCATTCAGTAAGTATTGATTTTTAGAGaggttgtgtgtgtctgtgtgtatgcgtgtgtgcaaCGAGTAAGAGGATAGAATAGTTATTTTACGTTAATTAAAATTTAGgctatatgattttaaaataaaattattgtaatattattttaaacgaTAGATGTACTTGGGAAATTTGACcattttatttccttatttaaGAGGTTGCATTTTATATGTAGCCTATACGCTAAGTGCCTTAAATAAAACATCATATATTTAATTGCTATGGCAAACCAGCAAAGTTCACTGTTTGTCATAGACCAAGTGTTATCTGTTTCAATGTGTCTGAGATCCtccaacaaaatatacatttctttCACGCTGATGACTGTCCACTCCAGGTTTTCTTGCTCTCCTAGATGACCTGTCAAGCGGATTACCGCAGAAAGAGATTAATGGTGGAGGCGGGTTGCAATAATAATCGTTTTGTTTGATGTGACAACTTTGATAGGCGTTGATTTACTTACAAACTGATAGGCTTTTAATTGAGCGCCTCCATCCAGTGAGAGATGAAAGGCAAAGCGCATTGAAAAGCTGCCCGATTGCCCCGGAGCCTCAATACTGATTAGCCGTCTCAGCGGTGAATAGTTCAAGGCATTTTAAACTTCTTTTCTCAAAGGTCTGACAGAccatttctctttcttttatGTCTTTTGGTATcgtcaaataaaattaataattttattgtgtgtaaataaaatgtacttgACATG

Function

GO:

id name namespace
GO:0006729 tetrahydrobiopterin biosynthetic process biological_process
GO:0042559 pteridine-containing compound biosynthetic process biological_process
GO:0034312 diol biosynthetic process biological_process
GO:0046146 tetrahydrobiopterin metabolic process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00011624 False 2362 lncRNA 0.36 2 17464216 17466820
TCONS_00013579 False 2139 lncRNA 0.36 2 17464272 17466820
TCONS_00011625 True 2318 lncRNA 0.36 2 17464389 17466820

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005890 kcnma1a coding upstream 578098 16521898 ~ 16886118 (+)
XLOC_005889 dlg5a coding upstream 965216 16342926 ~ 16499000 (+)
XLOC_005888 NA coding upstream 1134004 16329149 ~ 16330212 (+)
XLOC_005887 anxa11a coding upstream 1137618 16279890 ~ 16326598 (+)
XLOC_005886 NA coding upstream 1185385 16261112 ~ 16278831 (+)
XLOC_005892 znf503 coding downstream 1341 17468161 ~ 17471044 (+)
XLOC_005893 comtd1 coding downstream 205707 17672527 ~ 17685345 (+)
XLOC_005894 ifit8 coding downstream 228025 17694845 ~ 17697158 (+)
XLOC_005895 si:dkey-27m7.4 coding downstream 235702 17702522 ~ 17708031 (+)
XLOC_005896 BX470214.1 coding downstream 309481 17776301 ~ 17820199 (+)
XLOC_005879 NA non-coding upstream 1890066 15571458 ~ 15574150 (+)
XLOC_005877 dre-mir-103 non-coding upstream 2240833 15223296 ~ 15223383 (+)
XLOC_005875 NA non-coding upstream 2314488 15149518 ~ 15149728 (+)
XLOC_005898 NA non-coding downstream 766632 18233452 ~ 18240994 (+)
XLOC_005902 BX927142.1 non-coding downstream 915469 18382289 ~ 18382405 (+)
XLOC_005912 CR932361.1 non-coding downstream 1242429 18709249 ~ 18709363 (+)
XLOC_005913 CABZ01032351.1 non-coding downstream 1684448 19151268 ~ 19155959 (+)
XLOC_005918 CR762487.1 non-coding downstream 2560147 20026967 ~ 20027084 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G683501 NA non-coding CI01180000 null 5873205 ~ 5875199 (-)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G1857281 NA non-coding NC_048587.1 CM023241.2 33837762 ~ 33838320 (-)
bowfin (Amia calva) G140009 znf503,LOC107708443,LOC101070189 non-coding CM030139.1 CM030139.1 9150816 ~ 9156562 (-)