AMCG00000136 (btbd7)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00000136
gene name btbd7
gene type misc
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030141.1
NCBI id CM030141.1
chromosome length 22147039
location 5088439 ~ 5161195 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00000136
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>TU186651
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>TU186654
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Function

symbol description
btbd7 Predicted to act upstream of or within morphogenesis of a branching epithelium. Orthologous to human BTBD7 (BTB domain containing 7).

NR:

description
PREDICTED: BTB/POZ domain-containing protein 7 isoform X2

GO: NA

KEGG:

id description
K10479 BTBD7; BTB/POZ domain-containing protein 7

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00000136 True 7957 mRNA 0.46 8 5140428 5157464
TU186651 False 3861 lncRNA 0.38 2 5088439 5161195
TU186654 False 2104 lncRNA 0.36 2 5132609 5159533

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00000159 unc79,LOC106586068 coding upstream 2492 4940648 ~ 5085947 (+)
AMCG00000133 NA coding upstream 154243 4931735 ~ 4934196 (+)
AMCG00000132 NA coding upstream 196229 4873300 ~ 4892210 (+)
AMCG00000127 NA coding upstream 244453 4837585 ~ 4843986 (+)
AMCG00000126 NA coding upstream 278932 4807168 ~ 4809507 (+)
AMCG00000137 NA coding downstream 8866 5170061 ~ 5171426 (+)
AMCG00000139 itpk1,LOC106597151 coding downstream 46155 5207350 ~ 5237287 (+)
AMCG00000148 NA coding downstream 159150 5320345 ~ 5329033 (+)
AMCG00000152 NA coding downstream 179707 5340902 ~ 5373337 (+)
AMCG00000147 cdca4,LOC106599634,LOC106610950 coding downstream 214420 5375615 ~ 5380159 (+)
G148200 NA non-coding upstream 505888 4582311 ~ 4582551 (+)
G148146 mthfd1,LOC106952296,LOC105908326,LOC103136077 non-coding upstream 912723 4173437 ~ 4175716 (+)
G148143 NA non-coding upstream 926128 4160855 ~ 4162311 (+)
G148119 NA non-coding upstream 1075036 4011654 ~ 4013403 (+)
G148075 NA non-coding upstream 1208918 3876371 ~ 3879521 (+)
G148396 NA non-coding downstream 192756 5353951 ~ 5354185 (+)
G148402 NA non-coding downstream 221373 5382568 ~ 5388814 (+)
G148452 NA non-coding downstream 379484 5540679 ~ 5544478 (+)
G148459 NA non-coding downstream 516788 5677983 ~ 5678620 (+)
G148468 actn1,LOC100696265,LOC101469024,LOC106600942 non-coding downstream 554398 5715593 ~ 5719481 (+)
AMCG00000113 NA other upstream 895406 4112120 ~ 4193033 (+)
G148040 NA other upstream 1327815 3760179 ~ 3760624 (+)
AMCG00000093 srp14,LOC106610862 other upstream 1364123 3720985 ~ 3724316 (+)
AMCG00000094 NA other upstream 1389346 3690772 ~ 3699093 (+)
G147726 LOC104962440 other upstream 2684467 2403730 ~ 2403972 (+)
AMCG00000145 NA other downstream 145995 5307190 ~ 5314953 (+)
AMCG00000146 NA other downstream 173318 5334513 ~ 5340550 (+)
AMCG00000142 NA other downstream 273963 5435158 ~ 5454206 (+)
AMCG00000166 srsf5,LOC106602985,LOC106611464 other downstream 719828 5881023 ~ 5888027 (+)
AMCG00000175 NA other downstream 839716 6000911 ~ 6011397 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_018120 btbd7 coding NC_007131.7 CM002904.2 27114874 ~ 27190393 (-)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000325_05572394_05599826 BTBD7 coding CI01000325 null 5572382 ~ 5599826 (-)