ccnt1 (LOC107697949,LOC107593984,LOC107707019,LOC107715012,LOC107664179)


Basic Information

Item Value
gene id ccnt1
gene name LOC107697949,LOC107593984,LOC107707019,LOC107715012,LOC107664179
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056721.1
NCBI id CM032090.1
chromosome length 19062720
location 18585124 ~ 18592854 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>XM_043224446.1
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>XM_043224447.1
GCAGtgagattttaaaacattgtccTTCTCAGTAATGGCGGCTTCGTTCCCTTCGCTTTcgctaaataacaataaatggtACTTCACGCGCGAACAAATCGAAAACAGTCCATCTCGCCGAGCGGGACTTGATCCCGACAAAGAGCTCTCGTACCGACAGCAAGCTGCTAACCTGCTGCAGGACATGGGACAGCGGCTCAACGTGTCGCAACTTACAATTAACACTGCCATTGTGTATATGCATCGGTTCTACATGATCCAGTCCTTCACTCGCTTCCACCGGAATGTGATTGCTCCTGCAGCTCTCTTTTTAGCCGCGAAGGTGGAAGAACAGCCCCGCAAGCTGGAACATGTGATTAAGGTGACCCATGCGTGTCTCAATCCTCAGGACCCGTCACCAGACACCAGGAGTGATACATACCTGCAACAAGCCCAAGACCTGGTCATTCTTGAGAGCATTATACTCCAGACCCTGGCTTTTGAGATCACCATTGATCATCCCCACACACATGTTGTCAAGTGTACCCAACTTGTGCGAGCGAGTAAAGACTTAGCTCAGACCTCATACTTCATGGCAACAAACAGtcTCCACTTGACTACGTTCTGCTTGCAGTACAGCCCACCCATAGTAGCTTGTGTTTGCATTCATCTGGCCTGCAAATGGTCCAACTGGGAGATTCCAGTTTCCACAGACGGCAAACACTGGTGGGAGTATGTTGACCCCACCGTGACCCTTGAACTGTTGGATGAGCTCACTCATGAGTTCCTGCAGATCTTGGAGAAGACGCCCAGTCGCTTAAAACGCATAAGAAACTGGAAAGCTGCTGGTCAGACTGCCAGGAAATCAAAAGTACAAGATGGTGATCAGTCCGAAGCCATCATGAATATGATCTCTATGGCATCGGCTGACAGTACATTGGCCGGGCTGATGAGCCTCTCCGCCCCACCCTCCGGTTCCTCTATGGACGACTCAACCGATGACCACAGTGCTGCTCCCTCGTCCCAACACTGGCAGGCTCCTGCCAAGGAGCAGCCCACCACCAACGAGCTTCACGCACCTGCCAAGCTGTCTCTGAGTGAATATCGGGTGAAGCACGCAGACGAGCTGGCGGCTCAGAAGCGGAAGTTGGAGAACATGGAAGCAAGCGTGAAACAGGGATACGCCACTGCCGCCCAGGCCCTCATGAACCAGCAGAGGAAGGAGAAGCACCATCACCACCAGCAGTCCAGCTCTAGTTCCTCAGACCTTAACAACCCCTCACCCATCGTCCTGAAGATCCCGTTGGACGAGCGATCGGAGCGCAGTTCCATAAAAATGCGCTTCCCTGTGCCAGGCCAATCAGGCAGCGGGGGGCACAGCAGCAGTAGCAGCAGTCGAGGATCCGAGCAGGACATTAAAGTTCGGATCCGAGTTCCGGAAAGGAGAAGCGGGTCTGGAGAAGATGGAAAGAGTCGCGAGAAGCATAGAGAGAGGTCcaaccaccaccaccatcatcatcaccatcaccaccaccactCCTCCTCGTCCGCCACTGGCTCTTTGTCAACATCGTCTTCCTCATCCTCAGCACAAAAGCATTCGAGTTCTGCCAGCGCGTCAGGAAGTAGCAAAAAGGTCTCAGGTGATTCTGTGCGAACGAGTTCTTCGTCATCCTCATCGCGAAAACGGACCCACTTGCCGGACCCTCCTTCCGGCAGCCATCCCTCGAAAGTTAGCAAATCGTCCAGAAACTCGTTTCAGTTGCCGACGCTTCCCGGAGTGCCCTCCCACGCGATGGGTCAGGGATCCGACATCCTTCCCTCGTTGAGTCTCTCGCACCATCAGGGAAACTATTCGCACTCCAAATCGGACAAAGCCGACACGAACGGACACAATACGGGCAGCCAGTCCAACGAATACCAGGACACTTTTGACATGTTGAACTCGCTGCTCAGTGCGCAGGGCGTTCAGCCGGCACAACCTCAGATGTTTGACTATCGCTCTCAGTACGGAGACTATCGGTATAGCAGTAGCGCTCGTGGAGGAACCCAGGCGCCACCTTTACCCTCAGAACCACCTCCACCTCTGCCGCCACTGCCCAAATAAACCCCTTTCAGCTCATCCGTCCACGTATGCTGATCAAATCAGTCGTCTTGGGAATCCTGGGTTCTTTTAGTGCATCTGACTTTGTGATATTGAGTTTGACAGCAGAGTAATGTAAGGCAAAAAATGTACCTGGTGAATCTTTGCCCTCATGTTGTCTTGCGTTTTGTGCGAGCGAGTGTGTTCACAACACCCATCTGTGGCAATAATGTTATAATAGaacaaaatattgcaaaaaaaaaaagcaaaaatgttatttattgaaaaaaattgtacataCTATTTTTGATGTTGCTCAGTTTTATATCAGCGCTAACAGAAAAGCATAATGGAATTAAGGGTATGTATTACTGAAAGAGAGGCACCCATTGTCCTCTTTAAAAAGTGtaactgaatgcaaaaaaaaaggaaaatgtttttgttttatgtatggATTTAAGTCTTGCTAACAATATATGTCTTTTTTATCAAGTATGGTATTTATTATTAGCCTTTTAAAACCATAGTTATTAGCAGTCGTTGCTTGAATGCGTCAGACGATAtctggatttatttttatactgttgTAACCTGCTTCCCAGTCTGTATTTACTTGATACGTCATGTATGTTTTGAGAATGGGCATACGAATCCCCAATATTTGCATCAAAATGTATGTTTCAAATATATGAATAGTCActgaagtaatgttttttattttgtttggtaaATATTTGtggtgtctttttcttttttctttttttttttttttttgtaaccttcAGCTTTGTATTAATTCTGTAAATtgactatttttacatttttccaggaaaaaaaaaaaaagaattttcgGGAAAGTGTAGACCTATGGTTCTAGATTCAAATTCAGATGCAGTCATTGTTTTAAATGGTTGTAGAATATCACGCTCCTATATGATACACTATTCACAACAGTATGTCCAGCTTGTGCTCATTTCAGTCTcgtatttaagttttttttatttcacaaaccCTAATGCTGTCATATGCAGgctatttgtcattttatgatGTAACTGACCTATAAATGGCCTTTAAACTTGAGTGAATATGAATCTGTGATGGGGAAAAATACAATCCAATGAATCTACTTTGTTTCTTTAGTTtaagaaaaacaattacaaCAGTGTAAGGTTTATTCTGTATGGGTTTATAAATGATTTCCCTCAAAATTGTGATACTATTACCCATCATAGCTTCAGTTTTTTGAtgttaaaggggtagttcatcgaaaaaatgtaaatcctgTCATTTGCACACccttatatttgatttaatacacacaaaagtacacaaaagtaattttttccaTATAATGAAACTCTGTAGGGGTTGATGTTTGTACTCCAAAGTatcttcatttttggatgactgtctctttaaataagCCGTGTCTTCTAAGGTCTGTTAGGTATTTGTTATCTGTCTGTATTTGAACACTCAAATTGTCCCTTGCAAAGCGAAAGGCCGAAACGCTGACcgcttttgtttatttgttgtaataCCTCCATTTATGTTCCACCTTGTGCATcaaggtcattttttttgtgtttgggAATGACAGTGATAAGCCATCCGCTCCTGATTCACGAAATTAAAACTAGTGGGATCTTAAATGTTGCTTTGTACCTTTAACAAGATTGTCTCCATATTCATATCTtgcttgtttatgtttttgcacGCAGTTATTAATGCGGTCTGTCCTGAATTAATGGCATGACTTTCATCGATCattaacagacaaaaaaaaaagtagaagcATGAAATGGAGTTTCTACTGTCAGagaaaattttactttaataaatgttGCGGTCTTTTAAAAAAGATGTAAGCAGGGATTCCGCCGTACTTTAATCGTTTTGCTGAATGTGCCTGTTGAACGTTTCGGGAACATTGTGAAATGATATGAAACACACACTATAAGCTATAAAAGATCTGTTTTGGCATATATTCCCTATATGATGCACTCCTCGTTTCCCGTCCCTGTTTTAAGTAGAACCTGAAGGTTTACCaccatgttttagttttgtgtttggTTCAGTAAGACTGAAGAGAAGGCGTTCTGTGGGTCTAATGCAATTCATGTCACCACTGTATTTTCTATGTACCTCCGTCTCaagaatataacattttatcaaatgtatatactgttttctgtgttttagtgGTACCACATGAACTCTCAggttttgaattgaattgttgGGGTGTTTCTTGTCAGAAGTTAAGGTTTGCATTTTTGTGAACTTGGTTCCTTTTTATAAATGTGGTTGATGtacaataatgttttatgaGAAACATACTTGTGGGTGTTTTTCTTACCGATTGCAgtgtaaattgtaataatgtgaCAGACGTTCTACCCATGCTTCTTGCAGTAAATTcacttttcagatttttatacGACAAATTGACCAGTTTTGCTTCCACCTGATGTCAACACCTTCATGGTTTGCCTTTGAATTCAGTGCTGGAATAAAGAGATACAAGAATAAA

Function

NR:

description
PREDICTED: cyclin-T1 isoform X1

GO:

id name namespace
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-templated biological_process
GO:0000079 regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity biological_process
GO:0019901 protein kinase binding molecular_function

KEGG:

id description
K15188 CCNT; cyclin T

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_043224446.1 True 4715 mRNA 0.43 8 18585124 18592854
XM_043224447.1 False 4598 mRNA 0.43 9 18585124 18592854

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122328645 tuba1b,tuba1c,LOC108255233,LOC107707017 coding downstream 14350 18564062 ~ 18570774 (-)
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si:ch211-236h17.3 si:ch211-236h17.3,LOC107715024,LOC107664194,LOC107593992,LOC107707028,LOC107598729,LOC107697955 coding upstream 221903 18814757 ~ 18829293 (-)
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G158980 LOC107707015,LOC107697945,LOC107593978,LOC107598797,LOC107715007,LOC107664110 non-coding downstream 21982 18559420 ~ 18563142 (-)
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G159055 NA non-coding upstream 77661 18670515 ~ 18672766 (-)
hoxc6a hoxc6a,LOC107593966,LOC107664205,LOC107714999,LOC107706971,LOC107697939,LOC107598897 other downstream 234777 18342334 ~ 18350347 (-)
hoxc1a LOC107598919,LOC107707004,LOC107697929,LOC107594049,LOC107664160,LOC107714959 other downstream 282549 18296046 ~ 18302575 (-)
hnrnpa1b hnrnpa1b,LOC107664187,LOC107714994,LOC107707002 other downstream 349588 18231643 ~ 18235536 (-)
march9 march9,LOC107593952,LOC107664138,LOC107714987,LOC107706970,LOC107599679,LOC107697857,LOC107088728,LOC108433385,LOC103130462,LOC105930772 other downstream 526385 18045926 ~ 18058739 (-)
coq10a si:dkey-190g6.2,LOC107671896,LOC107715030,LOC107598614,LOC107697969,LOC102210977,LOC108425511,LOC102797363 other downstream 1162607 17413703 ~ 17422517 (-)
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Expression


Co-expression Network