nt5m (nt5m,LOC107719901)


Basic Information

Item Value
gene id nt5m
gene name nt5m,LOC107719901
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035900.1
NCBI id CM008303.1
chromosome length 25652880
location 20800120 ~ 20811142 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_022669328.1
CTATCTATAGCCAGCTAgttctttaaaaacaaataaagggcGCGCTCTGCACACAGTACAACACTACAGCGGAGCTGCTACAGAGGGGCTGCCTGCAGGCGCGAGCTGACTAACTGACGGAGCCGCAGAGCAGCGCGAGGACGACGGGTCAGCGGGGCGGCGGGGCAGCGGCAGCTCCGGGAGAAAGAACCGGGGTACGAATCCGTGTCCGTTGGGAGAGGACTGTGGGGCAGAGCGatgctgctgacacagatgtttCGCCGGATCGGGAGAGACACTGCCTCTGCTTACTCTGTTTACTCTCAGAGGCAGAGTATGAacagtgtgaggagtgtgaggaatGTGAGCACCAGTAAGAGGCTGCGGGTGCTGGTGGACATGGACGGGGTCCTGGCGGATTTTGAGGGAGGGTTCCTGAAGAAGTTCAGGAAAAGGTACCCACAAGATCCCTACATCACCCTGGAGGACCGAAGAGGATTCTGGGTGTCCACTCAATATGGGGAGCTGAGGAGTGACCTCTGTGCAAAAGCCATCAGCATCTGGGAGTCCAAAAACTTCTTCATAGAGCTGGAGCCTCTTCCAGGAGGTTTAGAAGCTGTAAAAGAGATGTCCAGGATGGAGAATACAGATGTCTTCATTTGCACCAGTCCCATTAAACATTACAAGTACTGTCCATATGAGAAGtATGCGTGGGTAGAGAAGCACCTGGGTTCTGAATTCCTGGAGCAGATCATTTTGACCAGAGATAAGACCGTAGTGACCGGAGACGTCCTCATCGATGACAAGCCAGACATCCTCGGCGTGGAACCGAACCCGGCCTGGGAGCATATCCTCTTCACTGCCTGCCACAACAAACACCTGCCCCCCTGCCCCTCAAAGAGACACCTGCTGTCCTGGGACGACGACTGGAGGGGCGTCCTGGAGGACCTGCGCCGCTGACCACGTCCACTTCACGTCCACGGACCATTCACACTCTGCCGCACCCTGCCGTCTGGGTTCGCTCTGTGGGTGGGCAGAGAACACTGGGAGAACAGCGAGCGAGGACCTCCGCAGATGCTGTTGATGGTCTGCATGGTGGTCTGTCTACAGATAAAGGGTGTAATCATGATGACACGAGCATGACTCGGTTCTGTGTGAGAACATTAATAGAGTTATTATAGTCCAGAAGTTTTCACATCTGTCGTGTTCATGGTTTACATCAGAGCAGAAACTGCCTCACACTttcattttactgcattttaaaGAAACACTGCTACTGTTATCTTTTACAGTCACTAAAGTTACAGTATGTagatacactatatgtccaagtGTTTGTGGACTTCACTACGTAATAAGTGTGTgctttcagctactttaagttacaCCCAttgctgctgacacagatgtgcaaatgcacatacacagctttcactgtaaaaaaactgcaataaatagttaaaaacatgtaattttCCATAAgatacaaaatatttgtaaaaaacaaatattgttctCCTTAGAATGATTTTAAGccagctgaacaaaaaaaaaatgaataccaCCATAAACTGTAGCAAACTAATTGcctcaactaacattattaaatttcttgataaaagtTGGTCTACCTAAATGATCTATGTTGGCAGATAATACAAATAAGGCCAAGCCAAttactctgcacatgctcatgAGCAATTATGCAGAGACTacacctgatgttggtcatgctatttgcatattggacATGTCCCCCAacctcaccatcagtgtgtagtcattctccacaggctgctgctgccttctACAGGgatttaaatatgtgttatataataattaactgCCGGGCCTCAGTGTTAAAGGCTCTAAGAGCAAGTTGCTGTCTTTTGTGTGACTATATGCTGACTGGGTCCAGCTAGTCACATTTGCAGGACTGATAATAAGGTAGATATGTAACAGTTGTAAATTCCCACTTTCCAGttgctaaattaaattaatgaaaaatagtGTTGCACTCCCTATATAAATTTGATTAATGAATAATGTGTGATTAAcaactgtttttgttgttgttgatccTAACTTATAACTCTTAACTAAGAACTAACAATACACATTTCATCGAACTTAAATTATgcctaaactaaaacaaaaagtaatttttttagttgGTGAAACTAACAATTTGTAGTTTTTGTACATAGGAAAACTGAATTTTCTGAAGTAAAGATTTGTAGTTGGCAAATGGTAGTGGTTTTCTACAAAACTTAAAAGTTTGAGTTGGCCTCTAACTTTTATCTTTCACAGTTGTTATCcctcaaaaaagaaaagcactgttacattaaaaaaacaaatgtaaagtaatgttCAGAAGTAATCCATAGCAGTGATTAATCCACATAACAATAatcattttgtgtaaaattacagaaaatttCCTAATTTTtagcaaaaacacacttaatTTTTAGTTAGCTTTAGTTAGTATTCCAAtaaataattgatttccttAAAATTAGTGTTACTGCCAAAAAGCTGTGTATCGAATCCCTGTAtaaaagtattgccaatagaatgggactctctgaagcagatagACATGAATCTTTTTGCACCATGCTTAAAAAAGCCAGGCATGGGCTAAAACTGTATAAAcctccagcattgagctgtggagcagtggaagaacagtgttctctggaataatggaaCTCTATCCAGTACATCCAGTAGtatgggatgagctggagagttgtggatgagttgtagtgggatggtgatcatccaacatgcTGACCTGATAAACACTcttgttgctaaatgcaatcaaatcctcacagcaatgctccaaaagcCTTCCCTGAAGAGAAGAGGCAGTTACTTCAATTATTGGTTTAGGAAGTAACACTAAATGAGCTTGGGTCCTAATactttggacatatagtgtattaaGTGCAGTAAGAGGTACTCCAAAGACATTTAAAGCTTGagattctaattttattttggttatcAAAATGGTCGATTACTTAATTCCAAGTTAAACTACCTAAATGAGACTGAAATTCCCAACAGGTTCTTGATACTAACTGGGTTAATGTTTGAGATACAAACTGTGGAATTTATTTTTCTCACTTACCTGGTTAATATTTTAAGAACAGAAGGGAACAGACCATTTTGACATTCACAATAGCCATGTAGCTACATTGTCTACCTGATTAATATCTAGAACTTAAGCTGCTGTAAAAGATGGTATTATGGGAACACTGCAGTGATCTCCATCCTGATCTTAGTTCTGCATATCTGTAGAGCACAGTCAATCACTGCTGAACATTCACATGTTTTCCTGAACCACACTCACTCTAAACCCATTTAACCAACTTATATTAGAAATCAAACTAACACAGTGCTGCCAGAAGTATTAGTAAGTGATTAGCAagtgatataacaaaaaaaaaatctaattattttaacttaaaatttaGGCATAATAAGTTAAATTCAGCTTTTCCatgcttaaatattttattagaatttcACACACATATTACTAAATTCAGACTCCACCCATTGACTTCCACTGTAACTGTGAGTGTCCAGTCAGGGTGTATaagatcagagaaacagataaaagTGAGTGTGCTGATATACTGGGTTCTACAGACACAGCAGTAAATGAAGAGATCAGGCTGGACAGTGCTGGAGTTCTCCTGTAGTGTCctgcatgtactgtatgtaataaagGGAACACAGAGCTGTACGCCAGCTCTTCCTCTCCTCACGTCTAACGCACAAACCACAAGACTATACTATATCtgcactctccacacacactcacacactcacactaacaccacTTCACCCAGTGGAGAGCAGTCTGAGAGCAGCATGATTTTAGCCACACTCAGGGAAGCGAGCAGCTGAACATACACGGACActgttattagtttttttagtttatttattttaggtttattagtattagtatttctTATTTAGTTAGGACTGAGATTCTTACACGCTAAACAGAAACTGGTTCACTATAATATTCTTTAACCAGGGTTAAGGTGATGTTGCAGTTAAAAGTGACCACAGGGGGGCAGCATTAGCACACACTCTTTTCAGAACTGAAACAGTGGCAGCTTCTTCATTAGGGCGATTGGGCGACGCCCCACCAAAGGACAAAAGGAGGAAAATGTTTCCAGCACATTCAACCAGTGTTATAATAGCTGTTACTGTTCTAGTCGGTCAGTCCTGCCTCTAAATATTACAGACCAATCAGTGCTGAGTTGCTTTCTGTACAGAATTACCTCTTTTTGGATTATTCctgatgattaaaaaaaaaacacccagttCATTCTCACTGGCTTACCTTTTGTAtgtctgtgttgtaggctgtaagaacaagcatatttttttctgagctgctaactctgtgttggctgtaTGCTGTATactgttcattcatttaattttctaTAAGTATTTCAGAtatgtattttacttaaacaaagtaaaaaagaagacaacattcaaatacatttatttctcattGATTACCATGTTACCCGCCCGTgtaaagaattttttttgtcctcGTAATGCAATCTCAATGGGCTCCAAAAGGGCTTGCACTTCCGGGTCCGTGTCACACGTAACCTAGGCAGTCATTTCAGGTCCATCTGTGTTTTTCCATAGACTGGATATAAgtttggttgctaaggttatTAGGTACCACACCGTACTGTTTTGAAGTGGACCCTTTACACAGGTTACGATTTCTTTTTCCACTTAAGTCAAAACAAGGAAGCATCTCGTAATAACTACGAGACCGCTGCTGCTGTTAGAAGTGTCTGCTCTCACTGTCCTGTCTTGATATCGAATtgctgctgatacagcattgccgagtagcatcacaacgcGCTCGGAGTAAAGAGCAGCaattcggttctgatacatcagctcacagatgccttgtgctgatcaacatcaccctaggagtgatgaggggaaagagc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Function

symbol description
nt5m Orthologous to human NT5M (5',3'-nucleotidase, mitochondrial).

NR:

description
PREDICTED: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial

GO: NA

KEGG:

id description
K01081 E3.1.3.5; 5'-nucleotidase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_022669328.1 True 6093 mRNA 0.41 6 20800120 20811142

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tnfrsf13b NA coding upstream 66449 20725051 ~ 20733671 (+)
LOC103031004 LOC103031004,LOC108274330,LOC108437322,LOC107726267,LOC107653975,LOC107693649,LOC107719927 coding upstream 91263 20702260 ~ 20708857 (+)
LOC103030679 LOC108437319 coding upstream 108394 20689666 ~ 20691726 (+)
LOC103045523 LOC108437318 coding upstream 500559 20294239 ~ 20299561 (+)
LOC103042203 NA coding upstream 950800 19840306 ~ 19849320 (+)
med9 med9,LOC108412951 coding downstream 51507 20862649 ~ 20865785 (+)
LOC103033426 NA coding downstream 179839 20990981 ~ 20996657 (+)
emc9 emc9,LOC106579550,LOC106590414 coding downstream 186973 20998115 ~ 21002011 (+)
cep55 NA coding downstream 220760 21031902 ~ 21043890 (+)
pde6c pde6c,LOC107557364,LOC107598595 coding downstream 244426 21055568 ~ 21077901 (+)
G38010 cops3 non-coding upstream 9994 20783931 ~ 20790126 (+)
G37972 NA non-coding upstream 254483 20445849 ~ 20545637 (+)
G37974 NA non-coding upstream 288934 20509679 ~ 20511186 (+)
G37969 NA non-coding upstream 382940 20416873 ~ 20417180 (+)
G37952 NA non-coding upstream 608434 20191412 ~ 20191686 (+)
G38059 NA non-coding downstream 63654 20874796 ~ 20875276 (+)
G38062 NA non-coding downstream 91935 20903077 ~ 20981763 (+)
G38081 rbp4 non-coding downstream 233370 21044512 ~ 21083648 (+)
G38093 NA non-coding downstream 320488 21131630 ~ 21139901 (+)
G38101 NA non-coding downstream 460990 21272132 ~ 21272572 (+)
G37943 NA other upstream 641781 20155728 ~ 20158339 (+)
LOC103039215 ubtd1b,ubtd1,LOC108437310,LOC107720068 other upstream 1288679 19488899 ~ 19511441 (+)
G37812 mms19,LOC106578995 other upstream 1315205 19481056 ~ 19484915 (+)
G37749 NA other upstream 1468459 19329368 ~ 19331661 (+)
LOC103022762 NA other upstream 2092392 18645635 ~ 18707728 (+)
G38079 kif22,LOC107664627 other downstream 208027 21019169 ~ 21030797 (+)
lgi1 lgi1,lgi1b,LOC107743957,LOC107664615,LOC107598600,LOC107654035,LOC107708938 other downstream 297938 21109080 ~ 21128764 (+)
plce1 plce1,LOC107743958 other downstream 355426 21166568 ~ 21296823 (+)
trnar-ccu_1 NA other downstream 2936327 23747469 ~ 23747541 (+)
trnar-ccu_2 NA other downstream 2936429 23747571 ~ 23747643 (+)

Expression


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