LOC103038960 (dtx2,LOC107600799,LOC107691768,LOC108260301,LOC107689380,LOC107709752)


Basic Information

Item Value
gene id LOC103038960
gene name dtx2,LOC107600799,LOC107691768,LOC108260301,LOC107689380,LOC107709752
gene type coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 2868786 ~ 2885308 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>XM_007245249.3
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>XM_007245250.3
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Function

symbol description
dtx2 Predicted to enable ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in Notch signaling pathway and protein ubiquitination. Predicted to be located in cytoplasm. Predicted to be active in nucleoplasm. Orthologous to human DTX2 (deltex E3 ubiquitin ligase 2).

NR:

description
PREDICTED: probable E3 ubiquitin-protein ligase DTX2 isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K06058 DTX; deltex

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_007245249.3 True 5474 mRNA 0.46 9 2868786 2885308
XM_007245250.3 False 5331 mRNA 0.46 8 2868788 2885308

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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clip2 clip2,LOC107709754,LOC107744329 coding upstream 34230 2780166 ~ 2834556 (+)
LOC103040420 rasa4,LOC108428505,LOC108260369,LOC107561580,LOC107744328,LOC107709756,LOC107691765 coding upstream 93713 2729294 ~ 2775073 (+)
LOC103040935 LOC103040935 coding upstream 149373 2712371 ~ 2719413 (+)
prkrip1 prkrip1,LOC106567678,LOC107600793 coding upstream 160811 2704314 ~ 2707975 (+)
tmem132e tmem132e,LOC107691770,LOC107689377 coding downstream 729432 3614740 ~ 3783011 (+)
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tmem248 tmem248 coding downstream 1091250 3976558 ~ 3987439 (+)
LOC103022138 LOC108428416,LOC108260357,LOC107714896,LOC107691814,LOC107572424 coding downstream 1113121 3998429 ~ 4087460 (+)
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G15947 NA non-coding upstream 738506 2129879 ~ 2130280 (+)
G15940 NA non-coding upstream 766237 2102272 ~ 2102549 (+)
G16141 NA non-coding downstream 21620 2906928 ~ 2907676 (+)
G16204 NA non-coding downstream 130114 3015422 ~ 3016421 (+)
G16230 NA non-coding downstream 305104 3190412 ~ 3191314 (+)
G16229 NA non-coding downstream 306252 3191560 ~ 3201320 (+)
G16237 NA non-coding downstream 318646 3203954 ~ 3204293 (+)
nrgn NA other upstream 697579 2150630 ~ 2171207 (+)
G15839 NA other upstream 1186764 1681159 ~ 1682022 (+)
fdxacb1 fdxacb1 other upstream 1339369 1516497 ~ 1529417 (+)
LOC103025578 NA other upstream 1527986 1322516 ~ 1340800 (+)
LOC103031762 gnb2,LOC108428986,LOC107663406,LOC105023919 other upstream 2747605 70784 ~ 121181 (+)
LOC103038305 NA other downstream 1630689 4515997 ~ 4517309 (+)
LOC103025913 NA other downstream 3283452 6168760 ~ 6177884 (+)
G16820 NA other downstream 3647088 6532396 ~ 6532868 (+)
LOC103032995 NA other downstream 4537263 7422571 ~ 7429391 (+)
LOC103041197 NA other downstream 5283531 8168839 ~ 8184837 (+)

Expression


Co-expression Network