G127414 (sh3pxd2b,LOC108413712)


Basic Information

Item Value
gene id G127414
gene name sh3pxd2b,LOC108413712
gene type unknown
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035910.1
NCBI id CM008313.1
chromosome length 38842236
location 36396893 ~ 36401487 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU172088
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>TU172092
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>TU172094
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Function

symbol description
sh3pxd2b Predicted to enable superoxide-generating NADPH oxidase activator activity. Predicted to be involved in superoxide anion generation. Predicted to act upstream of or within animal organ development and podosome assembly. Predicted to be located in cell projection and podosome. Predicted to be active in cytoplasm. Is expressed in several structures, including central nervous system; notochord; otic vesicle; segmental plate; and tail bud. Human ortholog(s) of this gene implicated in Frank-Ter Haar syndrome. Orthologous to human SH3PXD2B (SH3 and PX domains 2B).

NR:

description
PREDICTED: SH3 and PX domain-containing protein 2B-like, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU172088 True 4566 TUCP 0.42 2 36396893 36401487
TU172092 False 4392 TUCP 0.42 3 36396893 36401487
TU172094 False 4478 TUCP 0.42 3 36396893 36401487

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103041064 stk10,LOC100703168,LOC101487196,LOC102210605 coding upstream 3991 36323734 ~ 36392902 (+)
LOC103041373 NA coding upstream 74688 36318132 ~ 36322205 (+)
zer1 zer1,LOC107717741,LOC106570444 coding upstream 172982 36206294 ~ 36223911 (+)
jak2 jak2 coding upstream 355927 35981868 ~ 36040966 (+)
LOC103043535 NA coding upstream 416807 35976784 ~ 35980086 (+)
gfi1b gfi1b,LOC108444114,LOC106563235,LOC108271917 coding downstream 61686 36463173 ~ 36472246 (+)
gpn3 gpn3,LOC102778879 coding downstream 228538 36630025 ~ 36634321 (+)
arpc3 arpc3,LOC107707141,LOC107737855 coding downstream 233683 36635170 ~ 36639757 (+)
LOC111193953 NA coding downstream 312052 36713539 ~ 36719908 (+)
gtf3c5 gtf3c5 coding downstream 326339 36727826 ~ 36737588 (+)
G127413 NA non-coding upstream 330 36359231 ~ 36396563 (+)
G127412 NA non-coding upstream 2869 36378851 ~ 36394024 (+)
G127398 NA non-coding upstream 213287 36181058 ~ 36183606 (+)
G127386 NA non-coding upstream 302413 36067927 ~ 36094480 (+)
G127378 NA non-coding upstream 324357 36069419 ~ 36072536 (+)
G127439 NA non-coding downstream 114465 36515952 ~ 36552438 (+)
G127442 NA non-coding downstream 220666 36622153 ~ 36634817 (+)
G127447 NA non-coding downstream 239657 36641144 ~ 36642244 (+)
G127451 NA non-coding downstream 305998 36707485 ~ 36718162 (+)
G127453 vps29 non-coding downstream 319113 36720600 ~ 36727017 (+)
G127393 NA other upstream 219780 36175793 ~ 36177113 (+)
dtwd2 dtwd2 other upstream 427440 35966334 ~ 35969453 (+)
G127365 NA other upstream 438592 35954858 ~ 35958301 (+)
G127359 NA other upstream 453771 35934919 ~ 35943122 (+)
ubap1 ubap1 other upstream 558839 35828635 ~ 35838054 (+)
LOC103040450 atp2a2b,LOC108444117,LOC108278817,LOC103365013 other downstream 251810 36653297 ~ 36709049 (+)
G127456 NA other downstream 467151 36868638 ~ 36880665 (+)
sema4d sema4d,LOC107568542 other downstream 763213 37164700 ~ 37214615 (+)
homer1 homer1 other downstream 825878 37227365 ~ 37277757 (+)
G127703 bhmt,LOC104930139,LOC108279028,LOC107093785,LOC103366367,LOC106923054,LOC103141748,LOC106956825,LOC107092484,LOC107679462,LOC103362269,LOC106568115 other downstream 842625 37244112 ~ 37323347 (+)

Expression


Co-expression Network