XLOC_009903


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009903
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 24198479 ~ 24207903 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021712
CTGTATTGAAAAGAAGAGTTGtggttaaaatagttttattatgtGTTTGCTCTCTCCACCGGCACATTTGAGACTCACGGAGCCGTGAGGGGAATTTGGTGGCGGGAAAACAGAGCTGACGGGTCTCTTTGCGTCTAATTACGGAAATGATGCATGTTATGTGGCTGTATTCCCTACTTCAGTGTGTAATCGCTGTGCTGGTGGTTGGTGTGAGTGTGAGGTTGAGCTTGGCTGCTGGTTCGTTTGCAGCTGTGGCAGGAAGTAGAAGATGGAGCACATCTGCATGCCTGAAGCTTTGCCTCGGCTTGGTTGGGTCAGTGGGCAGTATTGCAGAAACTCCAGTGTTTGTGCTGTTGAACCTGAGAAGTTCCCAGTGCCTGTACACCTGCATTGCAATGGTGTCCTGCCCCATACTGGTCAGGCAGTTCACTGTGTGCATTCTGCTTCTACTCACCCTTAATAATCATCTGCAGCTCCGCCTGGGGAATAGATATGCAGGCTTAGTGACTCGCAGGCGGGTTTTGTGCTTGTTGCTGCTCTGCTGGGTCATTTCAGTGATCACCGCCTTCGGCCAGTTCATTGTTTCTAACTCTTCTGATACCTGGGGAGCTGCTGTGGACGACGATACAACCGGACTCGGGATGGATGAATGGCCTGAAGGAAATGACACCACCCCCGCCCTCCCTCCCAAACGCCCCTACCCCCAGGACCGCTCTGTTATCGGTGAGTTCTTGCCTTATGGAGGTTTTCTGTCCAAGTTCCTGGTGGAGGACAATGAAAACTTCACATACGCCGAGATCCATGGCAGCCACTGGGGCGTCTGTGCCACTGACACCACACTCAGTCCAGTCTTCCTAGTGTATGTTTATGCTGTCACTGTGTTTGTTATTCCTTTGTTGGTTTTACTGGCCGTGTATCTGGACTTGACGTGCTTCATGCCACAGCGGGTTTCTGCGTGCTCCACATTTTCTCAGAAACGAAGCTCTGTTTGGTCTCGCTCTTTGGCTCTCTCTATTTCTCTGCTGATAATGCTTTGCCTGCCCCAGCACATCACCCACGCTTTGTTACTCTTCGCCCCGAGCGCCACTAGACCCGACTGGACCTCTCTGACGGCCTCTGTTCTCTTCCAGATCTATAGCATAGTGCCCCCACTCCTCTTCACCAGCACCTCTCAGCAGGTAGGCTTCGAGTGCGCCTTGTTATCCGCACCCAACCTGACCTCCAGGGTTATCACCTCTCGAGTCAAATCTGTGCGGAGCGCTTTCTGTTCTGTGGAAGATTTCCATCACAGTGGGCTGACACTCAAAGGCAAAGCATCTCCAGGGTTGTCATGTGAAGAGGGCACTTACAGCTAAAGCTATCTGTAGAGTCATTGCATGGGTCATATCTAATTATATTCAGCAGTTAGGTTAAACTCATTCAATATTAGCTCATGGCTATCTGCTGCATTTGCATTAGGGTCGTTCATGTCGTTTCAGGCAATGAATGAAGAGAGTTACTGCACATTGATTTTGTTCACACTTACTCTGTTATGTGAAACCAAACCTGGAGTCTGCATGAAATATCATTTTTTATTCAACTGCCTTAAATTGTAATGGACCTGCATTACTTTTATAGGTAGTCAATTATgtgggcactttttttttttaatttcaatgaATTCTTCATGGTTAATGATTCCAAGCACTGTTTGTTATTCATCACTCTGTGTGCTGTTTAACCAGCATAGATAGTGTGTATACGCTTATTTCATGCGGCCACCATTTTAAAGAACGAAAGTgaggctgcagtgggaagaaacctggaagtctaggaccagcactgtaaatatTGCAACAAGATGCTGTTGACTACAATAACCTGCTGTTGCCATGATTTAaaaatgcagatatggtgtaaacatccCTTTAATATCCTTCAGttgagtttaatttaaacaattaaaagcacaCTAGGCGTCAAACAAAATCGCAATCTCTTTAGGAGTAATACGTGTAAGTGTCCTCATAGACTTCaattcatggcaccaggtaaacaacGTGGGGAcacttccctgcttcagcctatatGGTTagcgataaaacaatgcagtccttgtactggtactgaagttttaaaaatgtccaattcccgctaacatttaaaaagcggatttgccatagtattcatcagtgctcaacagaaatgactgtgattggccatgaaggttaACAATTCACCATTCTTTACAgattgcaaacacagatacacagacactGGAATCGTTTTAAAGCTGTGAAGATCAGTCAATTTGTCAAGTGGATTGCTTGTCTGGGTAAACATCATTGAAGTGTGGTAAACTGATGaacttcacggccaatcacagtcatttctgttgagcatgtgcacacaatggcaaatcagcagtgtttaagaacgcCATCAACGGTGCCTTACAATGgacgttttttttattattttagtaccGACATTTTGTATCATGACTAGTCTAATAtaatgaaagaatcagttcattaacttaagTTTgttaaatggcatctaaaacgtgtgtagtgccatttcccttaacttccCTTAAAATGAGATCCAAtattcctttttattttcactattcattAAGATCGGACTTTCAGGTCACTCAGAAGCCAGGTGTACAGCCAGATAAACAACATTTCTGTGTGACTCAAGCAATACTTCTTTCCACTGCAGCCTGGATTTCGTAGTTTAAAATGatggccgcgtgaaatcagtctgtAGTAGATTAATCCACACAGTTTTATAAATGAAACCATTAGTTGAACTGATGGGTACGTTAAGTCAGATCAGATCAGAGGTTTTCATTAATAGACCAGGATGCTAATTACAGTTAATATTATGTCATTTACTATCAATAACATACTTTTATTCATAAGTAATCTACTCAACACTGTCTAAAATGAACCTTACCTTTTAATTTTCTTCATGCGAACTTGCCTTTTAAGTTAGAAGTTGATTCTCACAACTGTCAGGTTGAAAATTAATCACAACTTATGCAAAATACCTGCTTAGAATTAAAACCTCAAATGTAGTGATctaagaaaaaaactgaaaagtttAGAAGTTACATTCAAAATACAATTTTCTGTTAAGTCATTTTCAAGTCTACTTTTCTTGGTCACCAGCTAGAGTTCCCACCAGACACATTAGACTCTACACCTCATATCTGCCACTCAACCGGATTACACCTCCCATAATCCTATGCACATCACATCTGATGTTTATGAACTTTGATTGCATTACACCTGCAGCCCATTATCACACATTATATATAGCCATGGCTTATTTATTGATTGTTCCATGTTGGTTCTGCCCAACAGGCAAACTAGAAACTATTAATAACTATTATTccctttcattttaaaaatgaaacattaaaacTTCTGCAAATTCTTTAAAACAGGATCCAAAATCAGGTTAAAACTATAAAACCTGTTCAGTGATTTGCCATTGGGGGGATCTAAGTGAACTAGCTTTATTCATGTGGATttcacaacataggctcattttgaaaacttagccctatataatgtacgtttctggagatcgcaaattatgtagccagagctatggctccatttcattttaaaacgaaagCTATGGTGCGGTATGACGCCAATACTTTTCGCTTACCAGCTGAACACTTAggtccatatggatggctttcctgctgttaccagtttgtctcattagctcaccatgtacgtcgacGGACTTAatatgcagagaggagttgaccacgatgacggtgTTCAAGTcaagtgaagaacggttccagaaagcaggtaagacataaatagaattcaaaatataaaataaaaaagtaggcCTAactaacagggtaagaatgtggcctttttctggattgcttttgaaaattgttggttgggtttagggaagtgggtgggtggccCAATCAATAcaatttgttgggtttagg
>TCONS_00021713
tctttccagcttagtccctttattaatcaggggttgccacagtgtaatgaactgccaacttatccagcatatgttttacgcagcagatgcccctccagccacaacccaccactggaaaacacacacacacacacactcattcacacaaatacactacgaacaatttagcttacctccCCATGTCTAATATTCatgtgttttatttcttttttcttttacagGAAATGATGCATGTTATGTGGCTGTATTCCCTACTTCAGTGTGTAATCGCTGTGCTGGTGGTTGGTGTGAGTGTGAGGTTGAGCTTGGCTGCTGGTTCGTTTGCAGCTGTGGCAGGAAGTAGAAGATGGAGCACATCTGCATGCCTGAAGCTTTGCCTCGGCTTGGTTGGGTCAGTGGGCAGTATTGCAGAAACTCCAGTGTTTGTGCTGTTGAACCTGAGAAGTTCCCAGTGCCTGTACACCTGCATTGCAATGGTGTCCTGCCCCATACTGGTCAGGCAGTTCACTGTGTGCATTCTGCTTCTACTCACCCTTAATAATCATCTGCAGCTCCGCCTGGGGAATAGATATGCAGGCTTAGTGACTCGCAGGCGGGTTTTGTGCTTGTTGCTGCTCTGCTGGGTCATTTCAGTGATCACCGCCTTCGGCCAGTTCATTGTTTCTAACTCTTCTGATACCTGGGGAGCTGCTGTGGACGACGATACAACCGGACTCGGGATGGATGAATGGCCTGAAGGAAATGACACCACCCCCGCCCTCCCTCCCAAACGCCCCTACCCCCAGGACCGCTCTGTTATCGGTGAGTTCTTGCCTTATGGAGGTTTTCTGTCCAAGTTCCTGGTGGAGGACAATGAAAACTTCACATACGCCGAGATCCATGGCAGCCACTGGGGCGTCTGTGCCACTGACACCACACTCAGTCCAGTCTTCCTAGTGTATGTTTATGCTGTCACTGTGTTTGTTATTCCTTTGTTGGTTTTACTGGCCGTGTATCTGGACTTGACGTGCTTCATGCCACAGCGGGTTTCTGCGTGCTCCACATTTTCTCAGAAACGAAGCTCTGTTTGGTCTCGCTCTTTGGCTCTCTCTATTTCTCTGCTGATAATGCTTTGCCTGCCCCAGCACATCACCCACGCTTTGTTACTCTTCGCCCCGAGCGCCACTAGACCCGACTGGACCTCTCTGACGGCCTCTGTTCTCTTCCAGATCTATAGCATAGTGCCCCCACTCCTCTTCACCAGCACCTCTCAGCAGGTAGGCTTCGAGTGCGCCTTGTTATCCGCACCCAACCTGACCTCCAGGGTTATCACCTCTCGAGTCAAATCTGTGCGGAGCGCTTTCTGTTCTGTGGAAGATTTCCATCACAGTGGGCTGACACTCAAAGGCAAAGCATCTCCAGGGTTGTCATGTGAAGAGGGCACTTACAGCTAAAGCTATCTGTAGAGTCATTGCATGGGTCATATCTAATTATATTCAGCAGTTAGGTTAAACTCATTCAATATTAGCTCATGGCTATCTGCTGCATTTGCATTAGGGTCGTTCATGTCGTTTCAGGCAATGAATGAAGAGAGTTACTGCACATTGATTTTGTTCACACTTACTCTGTTATGTGAAACCAAACCTGGAGTCTGCATGAAATATCATTTTTTATTCAACTGCCTTAAATTGTAATGGACCTGCATTACTTTTATAGGTAGTCAATTATgtgggcactttttttttttaatttcaatgaATTCTTCATGGTTAATGATTCCAAGCACTGTTTGTTATTCATCACTCTGTGTGCTGTTTAACCAGCATAGATAGTGTGTATACGCTTATTTCATGCGGCCACCATTTTAAAGAACGAAAGTgaggctgcagtgggaagaaacctggaagtctaggaccagcactgtaaatatTGCAACAAGATGCTGTTGACTACAATAACCTGCTGTTGCCATGATTTAaaaatgcagatatggtgtaaacatccCTTTAATATCCTTCAGttgagtttaatttaaacaattaaaagcacaCTAGGCGTCAAACAAAATCGCAATCTCTTTAGGAGTAATACGTGTAAGTGTCCTCATAGACTTCaattcatggcaccaggtaaacaacGTGGGGAcacttccctgcttcagcctatatGGTTagcgataaaacaatgcagtccttgtactggtactgaagttttaaaaatgtccaattcccgctaacatttaaaaagcggatttgccatagtattcatcagtgctcaacagaaatgactgtgattggccatgaaggttaACAATTCACCATTCTTTACAgattgcaaacacagatacacagacactGGAATCGTTTTAAAGCTGTGAAGATCAGTCAATTTGTCAAGTGGATTGCTTGTCTGGGTAAACATCATTGAAGTGTGGTAAACTGATGaacttcacggccaatcacagtcatttctgttgagcatgtgcacacaatggcaaatcagcagtgtttaagaacgcCATCAACGGTGCCTTACAATGgacgttttttttattattttagtaccGACATTTTGTATCATGACTAGTCTAATAtaatgaaagaatcagttcattaacttaagTTTgttaaatggcatctaaaacgtgtgtagtgccatttcccttaacttccCTTAAAATGAGATCCAAtattcctttttattttcactattcattAAGATCGGACTTTCAGGTCACTCAGAAGCCAGGTGTACAGCCAGATAAACAACATTTCTGTGTGACTCAAGCAATACTTCTTTCCACTGCAGCCTGGATTTCGTAGTTTAAAATGatggccgcgtgaaatcagtctgtAGTAGATTAATCCACACAGTTTTATAAATGAAACCATTAGTTGAACTGATGGGTACGTTAAGTCAGATCAGATCAGAGGTTTTCATTAATAGACCAGGATGCTAATTACAGTTAATATTATGTCATTTACTATCAATAACATACTTTTATTCATAAGTAATCTACTCAACACTGTCTAAAATGAACCTTACCTTTTAATTTTCTTCATGCGAACTTGCCTTTTAAGTTAGAAGTTGATTCTCACAACTGTCAGGTTGAAAATTAATCACAACTTATGCAAAATACCTGCTTAGAATTAAAACCTCAAATGTAGTGATctaagaaaaaaactgaaaagtttAGAAGTTACATTCAAAATACAATTTTCTGTTAAGTCATTTTCAAGTCTACTTTTCTTGGTCACCAGCTAGAGTTCCCACCAGACACATTAGACTCTACACCTCATATCTGCCACTCAACCGGATTACACCTCCCATAATCCTATGCACATCACATCTGATGTTTATGAACTTTGATTGCATTACACCTGCAGCCCATTATCACACATTATATATAGCCATGGCTTATTTATTGATTGTTCCATGTTGGTTCTGCCCAACAGGCAAACTAGAAACTATTAATAACTATTATTccctttcattttaaaaatgaaacattaaaacTTCTGCAAATTCTTTAAAACAGGATCCAAAATCAGGTTAAAACTATAAAACCTGTTCAGTGATTTGCCATTGGGGGGATCTAAGTGAACTAGCTTTATTCATGTGGATttcacaacataggctcattttgaaaacttagccctatataatgtacgtttctggagatcgcaaattatgtagccagagctatggctccatttcattttaaaacgaaagCTATGGTGCGGTATGACGCCAATACTTTTCGCTTACCAGCTGAACACTTAggtccatatggatggctttcctgctgttaccagtttgtctcattagctcaccatgtacgtcgacGGACTTAatatgcagagaggagttgaccacgatgacggtgTTCAAGTcaagtgaagaacggttccagaaagcaggtaagacataaatagaattcaaaatataaaataaaaaagtaggcCTAactaacagggtaagaatgtggcctttttctggattgcttttgaaaattgttggttgggtttagggaagtgggtgggtggccCAATCAATAcaatttgttgggtttagg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021712 False 3976 lncRNA 0.42 3 24198479 24207903
TCONS_00021713 True 4054 lncRNA 0.42 2 24201433 24207903

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009902 NA coding upstream 169861 24019108 ~ 24028618 (+)
XLOC_009901 apoc2 coding upstream 203837 23984179 ~ 23994642 (+)
XLOC_009900 apoa2 coding upstream 218125 23978978 ~ 23980354 (+)
XLOC_009899 apoc1 coding upstream 224758 23972126 ~ 23973721 (+)
XLOC_009898 apoeb coding upstream 235018 23960744 ~ 23963461 (+)
XLOC_009904 CT867948.1 coding downstream 308189 24516092 ~ 24524076 (+)
XLOC_009905 NA coding downstream 357831 24565734 ~ 24573801 (+)
XLOC_009906 si:dkey-56f14.7 coding downstream 418545 24626448 ~ 24646067 (+)
XLOC_009907 ywhabl coding downstream 473274 24681177 ~ 24695891 (+)
XLOC_009908 smg9 coding downstream 513653 24721556 ~ 24733321 (+)
XLOC_009889 CR533578.1 non-coding upstream 591127 23607231 ~ 23607352 (+)
XLOC_009875 NA non-coding upstream 1501983 22695226 ~ 22696496 (+)
XLOC_009872 NA non-coding upstream 1619153 22575143 ~ 22579326 (+)
XLOC_009870 NA non-coding upstream 1869451 22327970 ~ 22329028 (+)
XLOC_009910 NA non-coding downstream 626872 24834775 ~ 24897111 (+)
XLOC_009911 dre-let-7d-1 non-coding downstream 673219 24881122 ~ 24881218 (+)
XLOC_009912 dre-mir-125a-1 non-coding downstream 690268 24898171 ~ 24898253 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000027_05205628_05209568 NA coding CI01000027 null 5205087 ~ 5210170 (+)