RNA id: TCONS_00021963


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021963
length 9351
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_010014
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 29591119 ~ 29600668 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO:

id name namespace
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KEGG:

id description
ko03050 Proteasome
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00021721 lncRNA downstream 120959 29721627 ~ 29730138 (+) False XLOC_010018
TCONS_00021722 lncRNA downstream 120995 29721663 ~ 29808897 (+) False XLOC_010018
TCONS_00021723 lncRNA downstream 120995 29721663 ~ 29813252 (+) False XLOC_010018
TCONS_00021724 lncRNA downstream 129315 29729983 ~ 29738428 (+) True XLOC_010018
TCONS_00019936 lncRNA downstream 302976 29903644 ~ 29908970 (+) True XLOC_010019
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TCONS_00019927 mRNA upstream 3803 29586468 ~ 29587316 (+) True XLOC_010013
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TCONS_00019925 mRNA upstream 13411 29558530 ~ 29577708 (+) True XLOC_010012
TCONS_00019921 mRNA upstream 71142 29514473 ~ 29519977 (+) False XLOC_010011
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TCONS_00019931 mRNA downstream 30297 29630965 ~ 29647738 (+) False XLOC_010015
TCONS_00019930 mRNA downstream 30297 29630965 ~ 29647738 (+) False XLOC_010015
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TCONS_00019932 mRNA downstream 40903 29641571 ~ 29647738 (+) True XLOC_010015
TCONS_00019912 other upstream 374759 29216274 ~ 29216360 (+) True XLOC_010005
TCONS_00019905 other upstream 571981 29016936 ~ 29019138 (+) True XLOC_010002
TCONS_00019885 other upstream 1202956 28388046 ~ 28388163 (+) True XLOC_009989
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TCONS_00019951 other downstream 1369833 30970501 ~ 30971157 (+) True XLOC_010029
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TCONS_00019961 other downstream 2228370 31829038 ~ 31836487 (+) True XLOC_010037

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000027_08033124_08037571.mRNA True 2572 mRNA 0.37 3 CI01000027 8032971 ~ 8039234 (+)