RNA id: TCONS_00029725


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029725
length 208
lncRNA type inter_gene
GC content 0.50
exon number 2
gene id XLOC_014133
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 30969012 ~ 30970025 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGCTAAGAATAACAGAGCTAATAGTGATGTCATATCTCGTGGGAATCAGTGGCAAGGGATCTGTTACTGGCTCATCTGGTTTCCTTTTGAATCCTGGCTGACGGTGAGCTCACTCAGAGATGTGAACGCTGCCGCTCCGACAACTTCCTCTGAGGTGTGTGACCATTGGTCTAGAAGGTCGTCTAGAtggggttgtggctgaaaggac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00029724 lncRNA upstream 125779 30841639 ~ 30843233 (+) True XLOC_014130
TCONS_00029956 lncRNA upstream 132807 30832290 ~ 30836205 (+) True XLOC_014129
TCONS_00029955 lncRNA upstream 167024 30800052 ~ 30801988 (+) True XLOC_014128
TCONS_00029723 lncRNA upstream 243309 30724996 ~ 30725703 (+) True XLOC_014127
TCONS_00028144 lncRNA upstream 379061 30587866 ~ 30589951 (+) False XLOC_014124
TCONS_00029957 lncRNA downstream 168802 31138827 ~ 31153090 (+) True XLOC_014137
TCONS_00029958 lncRNA downstream 187622 31157647 ~ 31218099 (+) False XLOC_014138
TCONS_00029959 lncRNA downstream 280895 31250920 ~ 31348348 (+) False XLOC_014139
TCONS_00029960 lncRNA downstream 280916 31250941 ~ 31279906 (+) False XLOC_014139
TCONS_00029961 lncRNA downstream 280916 31250941 ~ 31315564 (+) False XLOC_014139
TCONS_00028152 mRNA upstream 73739 30884983 ~ 30895273 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028150 mRNA upstream 73740 30884706 ~ 30895272 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028154 mRNA upstream 77643 30884988 ~ 30891369 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028151 mRNA upstream 77830 30884960 ~ 30891182 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028156 mRNA upstream 77982 30885258 ~ 30891030 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028159 mRNA downstream 20104 30990129 ~ 30997794 (+) False XLOC_014134
TCONS_00028158 mRNA downstream 20104 30990129 ~ 30997794 (+) False XLOC_014134
TCONS_00028160 mRNA downstream 20790 30990815 ~ 30994160 (+) True XLOC_014134
TCONS_00028161 mRNA downstream 72977 31043002 ~ 31053378 (+) False XLOC_014135
TCONS_00028162 mRNA downstream 74462 31044487 ~ 31054326 (+) True XLOC_014135
TCONS_00028157 other upstream 78002 30885312 ~ 30891010 (+) True XLOC_014132
TCONS_00028153 other upstream 81761 30884984 ~ 30887251 (+) False XLOC_014132
TCONS_00028149 other upstream 86556 30879788 ~ 30882456 (+) True XLOC_014131
TCONS_00028145 other upstream 337952 30630943 ~ 30631060 (+) True XLOC_014125
TCONS_00028142 other upstream 450439 30518455 ~ 30518573 (+) True XLOC_014123
TCONS_00028165 other downstream 371998 31342023 ~ 31348348 (+) True XLOC_014139
TCONS_00028174 other downstream 617906 31587931 ~ 31590491 (+) True XLOC_014142
TCONS_00028175 other downstream 621499 31591524 ~ 31591540 (+) True XLOC_014144
TCONS_00028183 other downstream 1088452 32058477 ~ 32058599 (+) True XLOC_014151
TCONS_00028194 other downstream 1844295 32814320 ~ 32818574 (+) True XLOC_014160

Expression Profile

//